Kogoro fährt mit Ran und Conan aus dem Thermalbad Yunoyama zurück nach Tokio. Im Zug befindet sich eine Ärztegruppe, die die drei schon am Abend zuvor im Hotel kennen gelernt hatten. Sie beobachten einen Streit zwischen Dr. Date und Dr. Sato, in dessen Verlauf Dr. Date das Abteil verlässt, um später zurück zu kehren. Auf dem Umsteigebahnhof in Mizunokawa wird in einem anderen Zug ein Arzt aus derselben Ärztevereinigung umgebracht. Kann es Dr. Date gewesen sein?Kogoro fährt mit Ran und Conan aus dem Thermalbad Yunoyama zurück nach Tokio. Im Zug befindet sich eine Ärztegruppe, die die drei schon am Abend zuvor im Hotel kennen gelernt hatten. Sie beobachten einen Streit zwischen Dr. Date und Dr. Sato
Als Kogoro am Sonntagmorgen mit Ran und Conan joggt, wird in einer Seitengasse Herr Fujii, Geschäftsführer der Reinigungsfirma „Mondfisch“, von einem herabfallenden Eisenträger erschlagen.
In dem ersten Teil der Doppelfolge nehmen Kogoro, Ran und Conan an einer Erlebnistour teil, die der Sherlock Holmes Fan Hiroyuki Kanaya in seiner Pension veranstaltet. Er hat andere Holmes Fans eingeladen an einem Quiz teilzunehmen.
Im zweiten Teil der Doppelfolge geht es hauptsächlich um die Aufklärung der Morde an Herrn Kanaya und Ayako Oki. Zur Fallaufklärung benutzt Conan diesmal Heiji Hattori, seinen Konkurrenten, der ihm danach auf die Schliche kommt.
In der Einkaufsmeile von Beika wird ein Wettbewerb veranstaltet. Kleine Kinder sollen ohne Hilfe verschiedene Dinge einkaufen, die auf einem Zettel stehen. Das Ganze wird mit der Kamera dokumentiert.Ayumi hat die Detective Boys als Kamerateam angemeldet.
Kogoro wird in eine Designeragentur eingeladen. Der Chef des Büros, Kenjin Hanaoka, möchte seinen neuen Bildband über Mordschauplätze, mit einem Interview von Kogoro schmücken, doch er ist nicht pünktlich.
Kogoro wird zu einem Vortrag auf die abgelegene Insel Shikishima eingeladen. Dort ist kürzlich ein Schiff, die Ryûjinmaru, wieder aufgetaucht, das vor sieben Jahren mit einer Ladung Goldnuggets im Wert von 1 Mrd. Yen gesunken war.
Conan inspiziert Hamadas Leiche. Er entdeckt, dass er gefoltert wurde und dass er schon vor Stunden an anderer Stelle gestorben ist. Er betäubt Kogoro und kann die Anwesenden davon überzeugen, dass Kogoro unschuldig ist.
Professor Agasa hat einen alten Freund, den Filmregisseur Daisuke Mikami. Er wird mit Conan und den Detektive Boys in die Filmstudios zu den Dreharbeiten von „Gomeras letzte Schlacht“ eingeladen.
Kogoro, Ran und Conan werden zu einer Grillparty bei dem Oberinspektor der Ermittlungsbehörde, Herrn Teraoka und seiner Frau Misako eingeladen. Teraokas Handy klingelt.
Während sich Kogoro im Biergarten betrinkt, beobachtet Conan einen Mann (Herr Keigo Endo), seines Zeichens Zahnarzt, der nervös auf einen Anruf zu warten scheint
Die Studenten Yôichi, Hidenori, Kôji und Yoshirô feiern in der Wohnung von Kôji. Um 22 Uhr verlässt Yoshirô die Wohnung, um sich auf der Straße mit Masami zutreffen. Kurz nachdem Masami angekommen ist, fällt Yoshirô jedoch tot um. Treffpunkt war unter einer kaputten Straßenlaterne. Kogoro, Ran und Conan sind bei Ômura, als der Mord geschieht. Er wohnt im selben Haus wie Kôji. Es ist völlig unklar, wie Yoshirô ermordet wurde. Aber Conan kommt dahinter, dass Kôji der Mörder war. Er hatte, als er sich im Nebenzimmer aufhielt, mit einer Schnurkonstruktion über das gegenüberliegende Haus das Opfer mit Strümpfen voller Steine erschlagen.
Kogoro wird von einer Theatergruppe engagiert, die Erpresserbriefe bekommt. Währenddessen taucht sein Mentor, Heihachiro Shiota auf und lässt sich von Ran und Conan ins Theater bringen. Dort werden sie Zeuge verschiedener Streitigkeiten.
Prof. Agasa schenkt Conan, Kogoro und Ran einen dreitägigen Aufenthalt in einem Hotel in Izu. Dort findet „Die geheimnisvolle Izu-Tour“ statt, bei der es darum geht, den „Baron der Nacht“ zu enttarnen, der sich unter den Teilnehmern befindet.
Im zweiten Teil der Trilogie, in dem der geheimnisvolle „Baron der Nacht“ gesucht wird, kommt Conan ein gutes Stück weiter in der Fallaufklärung. Der Mann, der aus dem 21. Stock gestürzt ist, ist nicht, wie vermutet, der Veranstalter der Tour.
Im dritten Teil der Mordtrilogie um den „Baron der Nacht“ geht es im Wesentlichen um die Aufklärung des Falls. Verdächtigt wird zunächst der Karatechampion Satoru Maeda. Doch er ist nicht der Mörder.
Als Kogoro früh morgens mit Ran und Conan läuft, stirbt vor ihren Augen ein junger Mann, Nagai, an einem vergifteten Getränk. Offenbar hatte er die Flasche aus demselben Automaten, aus dem auch Kogoro gerade ein Getränk gezogen hatte.
Plötzlich werden Ayako, Sonoko, Ran und Conan Zeugen, wie Tetsuharu Tomizawa von jemandem erschlagen wird, den sie für Yuzo halten. Als jedoch seine Brüder am nächsten Morgen eintreffen, wird allen klar, dass sie Drillinge sind.
Kogoro ist mit Ran, Conan und den Detective Boys ans Meer gefahren. Als die Kinder mit einem Schlauchboot unterwegs sind, werden sie beinahe von einem Motorboot gerammt. An Bord sind Teruhiko Kasuga und seine Verlobte Shinobu.
Conan, Ran und Kogoro sehen sich die Premiere des neuesten Films aus der Reihe Jinnai, der Todesengel an. Nach der Vorstellung wird Kogoro von der Frau des Hauptdarstellers angesprochen, weil dieser eine Morddrohung erhalten hat.
Um einen vierten Mann für Mah-Jongg zu bekommen, ruft Herr Hasegawa den Besitzer eines Kreditbüros, Herrn Hida, an. Als der zur verabredeten Zeit nicht auftaucht, sehen Kogoro und die anderen nach dem Rechten. Sie finden ihn tot in seinem von innen verschlossen Büro. Schon nach kurzer Zeit ist klar, dass er vergiftet wurde.
Sonoko Suzukis Familie stellt eine besonders kostbare schwarze Perle, den „Black Star“ aus dem Familienbesitz im Beika Museum aus. Sie haben einen Drohbrief vom Meisterdieb Nr. 1412 erhalten, der in Japan auch unter dem Namen Kaito Kid bekannt ist. Im zweiten Teil der Doppelfolge, in der Conan gegen Kaito Kid antritt, wird die berühmte Perle der „Black Star“ tatsächlich von Kid geklaut. Sonokos Mutter, Tomoko Suzuki hat sich diverse Gesellschaftsspielchen ausgedacht, um den Meisterdieb zu verwirren.
Kogoro, begleitet von Ran und Conan, wird zum wohlhabenden Herrn Nagato bestellt; angeblich um dessen Jugendliebe ausfindig zu machen. Später stellt sich heraus, dass Polizeipräsident Hattori und sein Sohn ebenfalls, darum gebeten hatten, Mouri zu holen.
Heiji und Conan entdecken auf der Unterseite der Balkone von Mitsuakis und Yasues als auch von Nobukos Zimmer merkwürdige Abdrücke. Daraufhin durchsuchen sie zunächst diese beiden Zimmer.Gemeinsam mit dem betäubten Kogoro schildern sie der Familie die Tat.
Ran, Sonoko und Conan kommen gerade aus der Bowlingbahn, als Ran einfällt, dass sie noch für ihren Vater zur Bank gehen soll. Kurz vor Schalterschluss sind sie in der Toto Bank, wo sie Zeugen eines Überfalls werden.
Kogoro geht mit Ran und Conan ins Museum, dort beobachten sie einen Penner, der sich auffällig benimmt. Kurz darauf sieht Conan mit den Detective Boys diesen Mann am Flussufer wieder, er zeichnet Skizzen und hat offensichtlich sein Gedächtnis verloren.
Conan und die Detective Boys spielen im Park. Dort sehen sie Ran und Sonoko. Die beiden sind auf dem Weg in ein Konzert des Popduos „Two Mix“. Als die Detective Boys sich ebenfalls auf den Weg machen, erfahren sie, dass die Sängerin Drohanrufe erhält.
Conan erscheint als Ayumi verkleidet beim Versteck der Entführer. Er trifft aber nur einen von ihnen an und schaltet ihn mit dem Narkosechronometer aus. Die drei anderen Kinder haben ihn mithilfe seiner Radarbrille verfolgt und werden erwischt.