Claire befiehlt, Gabriels Adlerhorst zu bombardieren, obwohl bekannt ist, dass Alex dort gefangen gehalten wird. Ihm und Noma gelingt es, der Zerstörung zu entkommen. Gemeinsam machen sie sich auf den Weg nach New Delphi. Währenddessen ist Michael davon fasziniert, dass die Bewohner einer kleinen Stadt offenbar nur durch die Kraft ihres Glaubens die Atomkatastrophe überlebt haben.
Während Gabriel ihnen schon dicht auf den Fersen ist, suchen Alex und Noma in New Delphi nach Verbündeten. Währenddessen freundet sich Claire mit Zoe an, der Frau, die sie eigentlich umbringen sollte. Gleichzeitig kämpft Michael damit, sein Geheimnis zu wahren, während die Stadt sich auf ein heiliges Ritual vorbereitet, um ihren unerschütterlichen Glauben unter Beweis zu stellen.
Alex sucht in der Zufluchtsstätte nach Julians Schlüssel, in der Hoffnung, mit ihm ein Bündnis mit den Herrschern von New Delphi eingehen zu können. Unterdessen begreift Michael, welches Opfer von Laurel verlangt wird, um die Stadt zu retten. Claire bittet einen alten Bekannten um Hilfe, nachdem es Zoe gelungen ist, aus der Gefangenschaft zu fliehen.
Auf seiner Jagd nach Gabriel geht Alex einen gefährlichen Schritt, als er, Noma und Riesen die Wahrheit bezüglich Julians Herkunft aufdecken. Währenddessen bekommen es Claire und Gates Foley mit einem hartnäckigen Verfolger zu tun und David versucht, sich mit den revoltierenden V1 zu verbünden. Gleichzeitig trifft sich Michael mit Gabriel und schlägt ihm ein Bündnis vor.
Michael und Gabriel greifen mit vereinten Kräften New Delphi an und durchbrechen schon bald die Mauern der Stadt. Alex verbündet sich mit Julian, um Michael und Gabriel aufzuhalten. Sie wollen Michael gefangen nehmen, um so Gabriel zu ködern. In der Zwischenzeit macht David gemeinsame Sache mit den Rebellen, um Vega aufzuteilen und Claire zu besiegen.
In New Delphi erkennt Alex, was Julian vorhat. Während die Zeit immer knapper wird, versucht Alex, den Engel Lyrae aus dem Körper des Herrschers zu befreien und einen Angriff auf Vega abzuwehren. In der Zwischenzeit begibt sich Gates Foley gegen Claires Anweisungen auf ein Himmelfahrtskommando, während David Zoes Revolution plant.
Statt Vega immer weiter zu zerteilen, bittet Claire Zoe um eine Unterredung. Währenddessen foltert Julian Michael und Gabriel, die nach Möglichkeiten suchen, aus ihrer Gefangenschaft zu fliehen. Alex und die verwundete Noma finden, die Armee von New Delphi im Nacken, unerwartet Unterschlupf und Hilfe. David hingegen versucht, sein Vermächtnis in Vega zu sichern.
Michael befreit Alex und Noma aus Julians Eightballs. Danach macht sich das wiedervereinigte Trio auf den Weg nach Vega. In der Zwischenzeit enttarnen Gates Foley und Claire den Verräter, der die Rebellen gewarnt hat. Julian verfolgt unterdessen einen neuen Ansatz was die Folter Gabriels betrifft.
Michael, Alex und Noma werden auf ihrem Weg nach Hause unerwartet von einer Straßensperre aufgehalten. Währenddessen trifft Claire eine weitreichende Entscheidung, die die Sicherheit des kriegszerrütteten Vega gefährdet. In der Zwischenzeit ändert Julian seine Taktik, um Gabriel zu brechen, während Arika und Gates Foley mit dem Preis, den sie für ihr Überleben zahlen müssen, hadern.
Während Michaels Körper im Koma liegt, ruft der Prophet die Seele des Erzengels nach Mallory, damit er dort sein Versprechen erfüllen kann. In der Zwischenzeit bündeln Alex und Gates Foley ihre Kräfte, um Vega vor der nuklearen Zerstörung zu bewahren. Unterdessen versucht David, William davon zu überzeugen, mit ihm Vega zu verlassen.
Die Amphore der Finsternis vernebelt den Verstand der Bürger von Vega und treibt sie in den Wahnsinn und zum Selbstmord: David sieht sein inneres Ich, während Arika von der Eightball Rose, die sie getötet hat, gequält wird und Claire ihr Kind noch einmal verliert. Als William die Wahrheit über seine Zeit in der Wüste erfährt, bleibt er rat- und hoffnungslos zurück. Michael macht sich derweil Sorgen um Noma und Alex sucht nach der Amphore.
Von Vega ist nicht mehr viel übrig, nachdem die Amphore die Stadt verwüstet hat. Jetzt stehen sich Gabriel und Michael im Kampf gegenüber, während einiges über Nomas mysteriöse Vergangenheit bekannt wird. Derweil bereitet sich Arika auf ihre Rückkehr nach Helena vor. Als William eine Entscheidung trifft, die das Schicksal von Vega besiegelt, versucht Alex alle zu retten.
Alex und Noma ziehen los, um Duma in Riesens Körper zu töten. Claire ist ihnen jedoch einen Schritt voraus und versucht, zu ihrem Vater durchzudringen. Sie will endlich die ganze Wahrheit herausfinden. In der Zwischenzeit versuchen Arika und David aus Vega zu entkommen. In Mallory fleht Michael den Proheten und dessen Herrn Lucifer an, Gabriel zu retten.