Haruka und seine Freunde haben sich seit dem Turnier im letzten Sommer sehr gesteigert. Inmitten der Hektik des Trainings für die Einzelwettkämpfe geht ihr alltägliches Leben wie üblich weiter. Doch eine neue Saison naht heran!
Die Gruppe grübelt darüber nach, wie sie am besten neue Mitglieder für den Schwimmclub anlocken können. Haruka wird zu Amakata-sensei gerufen, um mit ihr seine Karrierepläne für die Zukunft zu bereden, aber wie immer folgt er seinem eigenen Kopf. Währenddessen bietet sich durch Coach Sasabe eine interessante Gelegenheit für die Schwimmer.
Das Iwatobi-Schulfest hat begonnen! Haruka und seine Freunde fiebern dem Club-gegen-Club-Staffellauf entgegen und hoffen, durch eine beeindruckende Vorstellung neue Mitglieder anzuziehen. Währenddessen beginnt Rei mit seinem Training, doch ist besorgt darüber, dass er noch immer nur den Schmetterlingsstil beherrscht.
In gespannter Erwartung auf die bevorstehenden Präfektur-Wettkämpfe stellen die Mitglieder des Samezuka-Schwimmclubs enthusiastisch ihre individuellen Fähigkeiten zur Schau. Im Iwatobi-Schwimmclub ordnet eine ebenso enthusiastische Rin eine Inspektion der Frühstücksdosen an, um sicherzustellen, dass die Schwimmer die richtigen Nahrung für ihr Training zu sich nehmen. Allerdings...
Die Mitglieder des Iwatobi-Schwimmclubs grübeln über Nagisas merkwürdiges Verhalten beim Training nach. Obwohl sie die besten Gelegenheiten ergreifen, um Nagisa zu fragen, was passiert ist, weigert dieser sich stur, über das, was ihn bekümmert, zu sprechen...
Am Vorabend der Präfektur-Wettkämpfe beschließt Makoto, mit Haruka über ein bestimmtes Thema zu reden. Als das Turnier beginnt, ist der Iwatobi-Schwimmclub in Hinblick auf die Siegeschancen extrem motiviert. Aber schaffen es die vier auch, die Vorrunden in den Einzelkämpfen zu meistern?
Haruka und die anderen haben hart für die Konfrontation mit Samezuka trainiert. Nach dem ersten Tag des Turniers laden Gou und Amakata-sensei die Jungen zu einem wundervollen, kohlenhydratreichen Festmahl ein, damit sie kurz verschnaufen können. In der Zwischenzeit muss Rin als Anführer des Samezuka-Schwimmclubs eine schwierige Entscheidung treffen. Wen wird er für das Staffelschwimmen auswählen?
Während Haruka und die anderen im Angesicht der Wettkämpfe noch härter trainieren, bemerkt Makoto, dass Gou besorgt aussieht und fragt sie, was los ist. Sie erzählt im, dass Coach Sasabe in letzter Zeit so beschäftigt mit seinem eigenen Schwimmclub ist, dass er den neuen Trainingsplan noch nicht absegnen konnte. Makoto bietet an, an ihrer Stelle zu ihm zu gehen, doch was er in der Schwimmhalle vorfindet, ist...
In Samezuka geht es weiter mit dem heißblütigen Training im Angesicht der Wettkämpfe. Auch der Iwatobi-Schwimmclub trainiert jeden Tag ausdauernd bis die Sonne untergeht. Trotz Amakata-senseis Sorge bestehen Haruka und die anderen darauf, vor dem Turnier so viel wie möglich zu trainieren.
Als das Turnier voranschreitet, erzählt Sousuke Rin endlich von der Zeit, in der sich die beiden nicht gesehen haben. Rin besorgt es, wie lässig sich Sousuke manchen Dingen gegenüber gibt, und nimmt kein Blatt vor den Mund. Währenddessen blickt der Iwatobi-Schwimmclub dem Finale im Staffelschwimmen entgegen.
Das Training des Iwatobi-Schwimmclubs geht weiter. Doch die Zeichen der Unsicherheit in Harukas Schwimmleistungen werden immer deutlicher. Makoto und die anderen sind um ihn besorgt, aber geben sich weiterhin fröhlich und tun so als ob alles in Ordnung wäre. Doch plötzlich erscheint Sousuke, der mit Haruka sprechen will.
Auf Rins Einladung hin reist Haruka mit in "ein gewisses Land". Rin, der sich bewusst ist, dass Haruka in einer Sackgasse angekommen ist, weil er sich um seine Zukunft sorgt, öffnet sich und spricht über seine eigenen Gedanken und Gefühle. Anschließend fragt er Haruka leise, was er für seine Zukunft plant...
Nachdem er seine Gefühle schließlich ernsthaft konfrontiert hat, erzählt Haruka Makoto, Nagisa und Rei von seinen Entscheidungen für die Zukunft. Der Iwatobi-Schwimmclub ist wieder vereint, und während alle ihre Startblöcke bei den Nationalwettkämpfen besteigen, sind sie entschlosse, für sich selbst, für ihre Freunde und nun auch für die Zukunft zu schwimmen.