Audrey und ihre Freunde haben über William gesiegt und ihn in eine andere Dimension verbannt. Nachdem der Leuchtturm zusammengebrochen ist, finden sich alle an unterschiedlichen Orten in Haven wieder. Nathan trifft auf Audrey, allerdings muss er bald feststellen, dass es sich um Mara handelt. Sie hat sich den Körper von Audrey angeeignet, um Jennifer zu finden, mit deren Hilfe sie die Tür in die andere Dimension öffnen will. Auch Duke macht sich auf die verzweifelte Suche nach Jennifer.
Mara sorgt für neuen Ärger in Haven. Als Audrey getarnt, bewegt sie sich durch die Stadt und sucht Vickie auf. Nathan und Duke treffen sich am Strand und planen, getrennt voneinander nach Mara und Jennifer zu suchen. In der Zwischenzeit erfährt Dwight, dass Jennifer tot ist. Dann hat Nathan eine Idee, wie man Audrey zurückholen könnte. Dafür muss er allerdings Mara in seine Gewalt bringen.
Nathan nimmt Mara gefangen und flieht mit ihr an einen geheimen Ort. Dort will er versuchen, Audreys Persönlichkeit, die in Mara steckt, zu befreien. Duke und Dwight haben derweil schon wieder mit einem neuen Problem zu kämpfen, das die Stadt in große Gefahr bringen könnte. Doch während Duke um Jennifer trauert, kann er kaum seine Gefühle unter Kontrolle halten.
Nathan und Dwight streiten darüber, was sie mit Mara tun sollen. Nathan ist fest davon überzeugt, dass Audrey noch lebt, und will sie unbedingt retten. Dwight verlangt von Mara, die Flüche in Haven endgültig zu beenden. Mara willigt ein, wenn Dwight ihr im Gegenzug hilft, die Dimension zu finden, in der sich William aufhält. In der Zwischenzeit erfahren Vince und Dave, was sich in der Höhle zugetragen hat, während Duke von einem neuen Fluch heimgesucht wird.
Während Dave und Vince in North Carolina unterwegs sind, um mehr über Daves Vergangenheit herauszufinden, taucht in Haven ein neues Problem auf: Menschen tauschen ihre Körper. Nathan hingegen verfolgt mittlerweile einen neuen Ansatz, um Audrey zurückzuholen.
Mara nutzt die Auswirkungen der letzten Vorkommnisse in Haven, bei denen die Menschen ihre Körper tauschen, um die Stadt anzugreifen. Währenddessen setzen Nathan und Duke alles daran, Audrey zurückzuholen, bevor sie für immer verloren ist.
Die Feier zum Anlass von Audreys Rückkehr findet ein jähes Ende, als Nathan durch ein paranormales Phänomen in die Welt der Geister verschwindet. Audrey ist jetzt auf sich allein gestellt und muss sich gegen die feindlich gesinnten Garden wehren. Die glauben immer noch, sie sei Mara. Währenddessen muss sich Duke dazu durchringen, die gefährliche Realität seines neuen Zustands zu akzeptieren.
Audrey und Duke bitten Seth Byrne um Hilfe. In der Zwischenzeit geraten Dave und Vince in North Carolina in Schwierigkeiten. Dave liegt wegen eines verletzten Beins in einem Krankenhaus, und die beiden müssen unbedingt verhindern, dass er gründlich untersucht wird – denn ein Labortest würde seine übernatürliche Herkunft entlarven. Gemeinsam mit Vince versucht er zu fliehen. Duke glaubt währenddessen, in einem ehemaligen Feind einen Seelenverwandten gefunden zu haben.
Die Ärztin Charlotte Cross, mit der Dwight sich angefreundet hatte, war eigentlich nach Haven gekommen, um durch eine Biopsie herauszufinden, was die Ursache von Daves Infektion ist. Sie wird jedoch mit einer mysteriösen Krankheit konfrontiert, die Audrey und Dutzende Einwohner von Haven befallen hat. Dadurch besteht die Gefahr, dass die Geheimnisse der Stadt nach außen dringen.
Dwight versucht, Charlotte davon zu überzeugen, nicht die Armee zu Hilfe zu rufen. Audreys Gesundheitszustand verschlechtert sich indes zusehends. Nathan sucht verzweifelt nach einem Heilmittel gegen ihre mysteriöse Krankheit. Schließlich findet er den Ursprung der Seuche. In der Zwischenzeit kommt Duke zu der Einsicht, dass er die Sache in die eigenen Hände nehmen muss, um Haven zu schützen. Außerdem entschließt er sich, Mara zu befreien.
Als mit Dukes zunehmender Selbstauslöschung in Haven das Chaos auszubrechen droht, wächst der Druck auf die Mediziner der Seuchenschutzabteilung, schnell ein Gegenmittel zu entwickeln. Gleichzeitig verschlechtert sich auch Audreys Zustand. Sie wird immer schwächer. Während sie mit Nathan ein psychologisches Problem zu lösen versucht, muss sie gute Miene zum bösen Spiel machen. Doch Nathan macht sich längst große Sorgen um ihre Gesundheit.
Vince und Audrey suchen nach einem Beweis, um Dwight zu überzeugen, dass Dr. Charlotte Cross nicht diejenige ist, für die sie sich ausgibt. Die Ärztin macht inzwischen Fortschritte bei der Entwicklung eines Heilmittels, doch Dukes Zustand verschlechtert sich zusehends.
Duke lässt sich auf einen Deal mit Mara ein, um Haven vor der Vernichtung zu retten. Gleichzeitig braucht Nathan Mara, um Audrey zu heilen. Unterdessen deckt Dr. Charlotte Cross das Geheimnis von Maras und Audreys Existenz auf, während Dave und Vince herauszufinden versuchen, welche Ursachen Daves Visionen haben.
Nachdem Duke für eine ganze Menge Ärger sorgte, hat Dwight Probleme, die Kontrolle über die Stadt zu bewahren. Währenddessen arbeiten Audrey und Charlottean an einer Lösung einen mysteriösen Nebel aus der Stadt zu treiben, der alle Bewohner gefangen hält.
Während Dwight alles tut um wieder Ordnung zu schaffen, ist Haven noch immer in große Gefahr. Um der Stadt zu helfen ruft Nathan eine neue Sondereinheit ins Leben, während Audrey ebenfalls bemüht ist, den Ärger in Haven endlich zu beenden.
Die Bürger von Haven stellen Nathans vor Gericht, während Dwight und Charlotte daran arbeiten seinen Namen reinzuwaschen. Um sich Zeit zu erkaufen, mäßigen die Teagues-Brüder den Gerichtssaal. Audrey setzt ihre Suche fort, um die dunklen Ärgernisse zu vertreiben.
Dwight und Charlotte arbeiten an einer Möglichkeit, Audrey aus den Fängen von Sandman zu befreien, bevor diese für immer verloren ist. Wärenddessen hilft Duke Seth dabei, seine Erinnerungen an Haven zurückzugewinnen.
Charlotte und Audrey arbeiten an einem Plan zur Vernichtung der Schwierigkeiten, doch es gibt etwas das ihren Plan zu durchkreuzen versucht. Nathan und Dwight versuchen herauszufinden, wer oder was dahintersteckt.
Dave wird von Visionen geplagt in denen er Croatoan trifft. Da er allerdings Angst hat ihm nicht gewachsen zu sein, findet er keinen Schwachpunkt bei ihm, um dadurch die Unruhen beenden zu können. In der Zwischenzeit kommt Duke der Rolle welche er in Croatoan Plänen zu spielen scheint näher.
Um die die Zusammenhänge zwischen Croatoan, Audrey und den Unruhen besser verstehen zu können reisen Vince und Nathan in die Vergangenheit. Angekommen im Jahr 1983 trifft Nathan auf seinen Vater und Vince auf den jungen Dave. Des Weiteren lernen sie Lucys Sohn James, besser bekannt als „Colorado Kid“ kennen.
Nathans Vorhaben endlich die Unruhen in Haven zu beenden, lassen sich nicht mit den Visionen von Duke in Einklang bringen. Davon unbeeindruckt, setzt Nathan seine Nachforschungen trotzdem fort. Dadurch kommt er schließlich an einen mysteriösen Ort außerhalb von Haven, wo er zu seiner Überraschung William wieder trifft.
Durch seine Nachforschungen ist Nathan in Schwierigkeiten geraten, er wurde an einem geheimnisvollen Ort außerhalb Havens gefangen. Aufgrund ihrer gemeinsamen Liebe zu Audrey bzw. Mara hofft er nun auf Unterstützung von William um nach Haven zurück kehren zu können. Währenddessen wollen dort Vince und Dwight Dave davon überzeugen, einen Weg zu Croatoan zu finden.
Um Audrey vor Croatoan zu beschützen verbarrikadieren sie sich Nathan und Duke mit ihr in der Polizeistation von Haven. Doch dann geschehen plötzlich seltsame Dinge mit der Kommunikationsanlage. Es sieht so aus, als das sich Croatoan bereits Zugang zu der Station verschafft hat. Auch hat es den Anschein, als ob Duke bereits dem Einfluss Croatoans unterliegt, da er sich immer merkwürdiger benimmt .
Duke steht in der Polizeistationimmer noch unter dem Einfluss von Croatoan, wodurch es ihm gelingt Audrey zu entführen. Nathan und Dwight versuchen, gegen diesen übermächtigen Gegner anzukommen um sie zu retten. Zunächst müssen die allerdings Duke überwältigen, der weiterhin von Croatoan kontrolliert wird.
Croatoan ist wieder mit seiner Tochter Audrey vereint. Doch um ihr Herz zu gewinnen, muss er zu einem Trick greifen. Er erschafft eine schöne, heile Welt, in der es sogar ein Wiedersehen mit längst verstorbenen Freunden und Verwandten gibt. Audrey durchschaut allerdings die Taktik ihres Vaters und setzt alles daran, sein perfides Vorhaben zu vereiteln. Es kommt zum Kräftemessen zwischen Vater und Tochter.
Croatoan steht mittlerweile kurz davor, endgültig die Kontrolle über Haven und dessen Bewohner zu erlangen. Es scheint keinen Ausweg aus der Situation zu geben. In ihrer Verzweiflung setzt Audrey alles auf eine Karte. Sie stellt ihre Liebe zu ihrem Vater der Liebe gegenüber, die sie zu Nathan und den Bewohnern Havens empfindet. Es kommt zum finalen Showdown.