Malcolm plagt sein schlechtes Gewissen. Schliesslich hat er Reese aus dem Hause gejagt. Also beginnt er eine Arbeit als Volontär im Krankenhaus. Natürlich hilft dies Reese im Militär herzlich wenig, ausserdem hat er sowieso herausgefunden, dass Army nichts für ihn ist. Also verkleidet er sich als afghanische Frau und desertiert - ohne zu ahnen, dass Lois ihn schon in Kabul sucht und seinen Vorgesetzten das Leben schwer macht.
Dewey hat genug und will seine Spezialklasse verlassen. Seine Schulkollegen wollen ihn aber nicht ziehen lassen, also laufen sie alle davon und bauen sich ein Lager im Vorgarten seines Hauses. Hal und seine neuen Kumpanen, die Bodybuilder, helfen Hal, Dewey zu finden.
Um Lois entgegenzukommen, hat Hal ihr einen Luxus-Katzenbaum gekauft. Doch Lois hat dafür nichts übrig, und das gute Ding wandert auf den Müll. Als der Müllmann sich weigert, den Katzenbaum aufgrund seiner Größe mitzunehmen, kommt es zu einem erbitterten Streit. Zu Deweys Freude steht bald der ganze Vorgarten voller Müll ... Lois hat ihren Job bei Lucky Aide wieder, allerdings erst auf Probe. Es dauert nicht lange, bis Malcolm und seine Mutter sich in die Haare geraten ...
Dewey schreibt einen Essay über Hal als Held, der sich inzwischen in einen Wettbewerb mit dem Nachbar verstrickt und das Haus für den "Pearl Harbor Tag" "leicht" umdekoriert. Die unbeliebte Nachbarin Jessica redet Reese ein, Malcolm sei schwul, und Malcolm wiederum überzeugt sie, dass Reese schwul ist, was die beiden natürlich nicht so einfach hinnehmen.
Als Stevies eigensinnige Mutter Kitty zurückkehrt um Abe zurück zu erobern, wird sie von allen ausser Lois akzeptiert. Nach dem Reese an der Sonne geschlafen und sich verbrannt hat, versucht er nun, seine Haut in einem Stück abzuschälen. Und Dewey wird nach dem Geburtstag von Francis in die Geheimnisse der Bruderschaft eingeweiht.
Es gibt nicht genug Geld, um für alle richtige Weihnachtsgeschenke einzukaufen, also ruft Lois so genannte "Handmade"-Weihnachten aus. So ist jeder mit Bastel-Arbeiten beschäftigt. Das hat zur Folge, dass Hal eine Panikattacke erleidet, weil seine Geschenke hinter denen seiner Söhne herhinken. Und Malcolm muss feststellen, dass seine Brüder ihn schief angucken.
Gestresst von der Suche nach einem perfekten Geschenk für den 20. Hochzeitstag ist Hal am Ende seiner Kräfte. Er schlafwandelt und Reese nutzt dies sehr fies aus. Malcolm gewinnt einen Trip nach Europa und will Gitarre spielen.
Lois möchte so gern Jamie besiegen, also holt sie Francis nachhause, damit er sich besser erinnern kann, wie er und sie sich benommen haben, als er klein war. Dabei werden bei Francis verdrängte Erinnerungen von Lois's fraglichen Erziehungsmethoden hervor geholt. Malcolm, Reese und Dewey haben ein anderes Problem: Sie wissen nicht, was mit einer gefundenen, alten Swimmingpool-Treppe anfangen sollen.
Malcolm wettet illegal bei Pferderrennen und investiert den Gewinn in ein altes Auto, das ihm bald wichtiger als alles andere wird. Hal entdeckt seine Begabung für Hairstyling und Lois eine Affäre von der Frau ihres Chefs.
Malcolm, Reese und Dewey bemalen ein Plakat, was an sich nicht so schlimm wäre, wäre auf dem Plakat keine halbnackte Frau abgebildet. Als sie erwischt werden, tun sie so als wollen sie sich für Frauenrechte einsetzen und werden unerwartet Frauenrechtler. Es dauert nicht lange und Feministinnen und Medien erfahren von dem angeblichen Protest.
Lois kauft eine neue Matratze, die grösser ist als die alte und schon denkt Hal, Lois suche Abstand zu ihm, was in einem Ehestreit endet. Dewey nutzt diese Streitereien, um daraus eine Oper zu schreiben. Er wandelt die Streitszenen seiner Eltern sofort in Noten um und sieht seine Eltern daraufhin singen. Als er mit der Oper fertig ist, führt er diese mit seinen Schulkameraden in der Schule auf. Malcolm und Reese entdecken das Strassen-Rodeln für sich, und auch die schlimmsten Verletzungen halten sie nicht davon ab, ihren Rodel immer weiter zu entwickeln, um den König der Strassen-Rodler zu schlagen. Jamie verguckt sich Hals über Kopf in das kleine Nachbarsmädchen von Gegenüber.
Malcolm, Reese und Dewey trainieren Craig dazu, sich seinem grössten Feind zu stellen: dem Vater. Hal soll über Tod und Leben seiner Nachbarin entscheiden. Als dann die wichtige Entscheidung getroffen werden muss wird klar, dass er Lois wegen dazu nicht in der Lage ist.
Es ist wieder einmal Zeit, über Wichtiges zu streiten. Also stürzen sich Hal und Lois in eine tiefe Diskussion, bei der Hal zu seinem Entsetzten entdeckt, dass Lois nicht an das Leben nach dem Tod glaubt. Mr. Herkabe zwingt Malcolm an einer Wohltätigkeitveranstaltung in der Schule teilzunehmen, und Reese versucht, Jamie das Rauchen beizubringen.
Ida rettet Dewey vor einem Lastwagen, indem sie ihn mit letzter Kraft von der Strasse schubst. Nur leider gelingt es ihr nicht, sich zu retten, und sie verliert beim Unfall ein Bein. Da sie nun gepflegt werden muss, bittet Lois Francis, dies zu übernehmen. Dewey versucht die Unfallsituation zu verarbeiten und das amputierte Bein zu ehren, indem er eine Bestattung dafür zelebriert. Malcolm und Reese haben ein neues Spiel: Derjenige, der zuerst einschläft, wird mit dem Gesicht am Fussboden festgeklebt.
Dewey lädt Chad zum Übernachten ein, wovon Hal überhaupt nicht begeistert ist. Später wird klar warum: Es stellt sich heraus, dass Hal ähnliche Macken hat wie Chad, diese aber besser unterdrücken kann. Chad räumt das komplette Haus der Familie um. Malcolm und Reese erfahren von einem Schulschwänztag, von dem sie nichts wussten. Das stürzt Malcolm in tiefe Depression, da er bemerkt, dass er keine Freunde hat. Die beiden beschliessen, es ihren Mitschülern heimzuzahlen und wollen ihnen eines Abends ordentlich Angst einjagen.
Francis kommt zu seinem 21. Geburtstag, und er hat nicht vergessen, dass Hal ihm in seiner Kindheit eine Motorradfahrt zu diesem Geburtstag versprochen hat. Hal versucht, sich davor zu drücken, doch aufgrund eines Missgeschicks düsen die beiden durchs Wohnzimmer und erleben nette Stunden miteinander. Auf die drei Brüder zuhause wartet Randy, der Rache üben will. Die drei verschanzen sich im Haus. Dewey und Reese halten's nicht lang aus und lassen sich nach der Zeit verprügeln, nur Malcolm hat Angst und zögert rauszukommen. Als auch er sich schliesslich Randy stellt, stellt sich heraus, dass Randy sich im Haus geirrt hat. Das sinnt nach Rache...
Reese arbeitet während der Ferienzeit bei einem Kammerjäger und freundet sich mit einem Karton Raupen an. Als diese jedoch in seinem Zimmer zu Schmetterlingen werden, ist er mit den tausenden von Schmetterlingen völlig überfordert. Lois bekommt die Nachtschicht aufgebrummt was Malcolm freut, da er während der Ferienzeit die Abende für sich nutzen kann. Doch Lois sorgt dafür, dass er mit ihr zusammenarbeitet. Das gefällt ihm gar nicht, da er sich gerade in Wendy, eine Arbeitskollegin bei Lucky Aide, verkuckt hat, mit der er ordentlich Party machen wollte. Während der Nachtschicht stellt Malcolm fest, dass ein Mann namens Norm seit drei Jahren unbemerkt im Laden wohnt.
Lois macht sich Sorgen um ihre Mutter, da sie seit Wochen nichts von ihr gehört hat. Sie trifft sie in einem Verein an, bei dem Ida unter Gleichgesinnten ist und alle aus ihrer alten Heimat stammen. Anfangs machen sie die Rituale und Feste fertig, aber am Ende fügt sie sich ihrem Schicksal und geht bei diversen Tanzeinlagen förmlich auf. Hal und Reese nutzen die Abwesenheit von Lois, um sich abends Horrorfilme reinzuziehen. Diese machen Hal jedoch völlig fertig, und er läuft nur noch ängstlich durch die Gegend. Malcolm hat ein neues Schulfach für sich entdeckt und bittet Dewey um Hilfe. Dieser denkt überhaupt nicht dran, ihm zu helfen, da es endlich etwas gibt, was Dewey besser kann als Malcolm.
Hal kriegt von seinem Arbeitgeber ein Motivationsseminar aufgebrummt. Anfangs kann er sich überhaupt nicht damit anfreunden, doch als der Seminarleiter überraschend gehen muss, übernimmt Hal das Kommando und findet Gefallen an seiner neuen Aufgabe. Ihm gelingt es, alle Mitarbeiter zu motivieren. Er motiviert sie jedoch so sehr, dass sie stärker werden als er selbst und sogar sein Job in Gefahr ist. Reese freundet sich mit den Hunden der Nachbarschaft an und zieht mit denen Nacht für Nacht um die Häuser. Er fühlt sich als Teil des Rudels und glaubt, neue Freunde gefunden zu haben. Dewey geht heimlich zu einer anderen Frau, die er als seine Ersatzmutter ansieht. Lois ist davon schwer enttäuscht...
Bei Lucky Aide wird der Stelzenmann gekündigt, woraufhin Malcolm diesen Job übernimmt. Reese lässt sich überreden, als Medikamentenversuchskaninchen zu arbeiten, was ihn körperlich völlig fertig macht. Hal hat aus Versehen 800 Dollar vertelefoniert. Um dies wieder gut zu machen, kauft er Lois ein teures Geschenk. Als er es Lois beichtet, bekommt er zu hören dass sie sein Golfpack kaputt gemacht hat. Daraufhin werfen sich die beiden sämtliche Fehler, die sie in der Vergangenheit gemacht haben, an den Kopf.
Dewey ist stolz, als sein ältester Bruder Francis Zeit mit ihm verbringen will. In wirklichkeit testet Francis an seinem Bruder Freizeitaktivitäten aus - Er erhofft sich so Ideen für seinen neuen Job. So hat Dewey keine Zeit mehr für seine Mitschüler, die ohne ihn nicht mehr auskommen und kurzerhand Lehrer in Geiselhaft nehmen. Hal und Lois werden wiedermal zur jährlichen Versammlung des Nachbarschaftsvereins eingeladen. Hal beschliesst, dort ein einziges Mal hinzugehen, um dann nie wieder eine Einladung zu bekommen. Als er mit Malcolm dort auftaucht, stellen sie entsetzt fest, dass sie die einzigen Anwesenden sind - inklusive des Anwalts des Vereins. Hal lässt sich zur Präsidentschaft des Vereins überreden. Reese stellt entsetzt fest, dass er Abschlussarbeiten schreiben muss und lernt daraufhin wie ein Verrückter.
Die Jungs machen sich einen Spaß und lassen Lois ohne ihr wissen an einem Schönheitswettbewerb teilnehmen. Als die dann von den anderen Teilnehmerinnen zu hören bekommen, ihre Mutter hätte keine Chance zu gewinnen, setzen sie aus Trotz alles daran, damit sie doch gewinnt.