Coulson und die Agents of S.H.I.E.L.D. werden in der Zeit zurückgeschickt und landen im New York des Jahres 1931. Der neue Zephyr könnte jeden Moment einen Zeitsprung auslösen und das Team muss schnellstmöglich herausfinden, was passiert ist. Wenn sie es nicht schaffen, würde dies ein Desaster für die Vergangenheit, die Gegenwart und die Zukunft der Erde bedeuten.
Die Mitglieder des Teams stellen vor dem Hintergrund einer Enthüllung ihre Werte in Frage.
Ein unerwarteter Zeitsprung lässt Enoch im Jahr 1931 stranden und das Team in einem weiteren unbekannten Jahrzehnt. Die Agenten müssen eine der sichersten S.H.I.E.L.D.-Basen infiltrieren. Doch dafür brauchen sie Hilfe von alten Bekannten.
Der Morgen des 22. Juli 1955 wirkt ganz normal als Agent Phil Coulson erkennt, wie wichtig der Tag für die Geschichtsbücher von S.H.I.E.L.D. ist. Mit einem Chip auf der Schulter setzt er eine Reihe von Ereignissen in Gang, die die Zeiten, wie wir sie kennen, hoffentlich erhalten werden.
Nach einer holprigen Landung im Disco-Jahrzehnt, trifft das Team auf mehr als ein bekanntes Gesicht und entdeckt, wie sie den aktuellen Plan des Chronicoms aufhalten können. Doch als sie ihm zu nahe kommen, springt der Zephyr unerwartet weiter vor und dieses Mal in eine Zeit, die nicht nur für die Zukunft von S.H.I.E.L.D. wichtig ist, sondern auch für die Zukunft von Director Mack.
Das Team muss sich beeilen, Macks Eltern zu retten, S.H.I.E.L.D. vor einem Chronicom-Befall zu befreien und das Schiff zu reparieren. Und das alles müssen sie vor dem nächsten Zeitsprung schaffen. Unterdessen finden Daisy und Sousa sich dem machthungrigen Nathaniel Malick und seinen Gefährten unterlegen. Agent Phil Coulson muss tun, was er am besten kann um die Zukunft zu retten.
Mack strandet überraschend im Jahr 1982 und kehrt in sein Kindheitszuhause zurück um den Tod seiner Eltern zu verarbeiten. Unterdessen arbeitet Deke daran, eine Gruppe von neuen Agenten zusammen zu stellen. Sie haben keine Idee, wann das Team zurückkommen wird und denken, dass die Zeit endlich auf ihrer Seite ist. Zumindest bis die Killerroboter auftauchen.
Zephyr funktioniert nicht und das Team strudelt ins Desaster. Yo-Yo könnte ihre einzige Hoffnung sein. Das einzige Problem daran? Um ihre Kräfte zurückzubekommen, muss sie die Hilfe eines alten Verbündeten gewinnen und einen Teil ihrer Vergangenheit besuchen, den sie lange versteckt hatte.
Der Zeitsturm mischt Zephyr auf und bringt es an den Rand der Zerstörung während Daisy und Coulson zeitgleich gezwungen werden, die fehlgeschlagenen Versuche ihr Team zu retten immer und immer wieder zu durchleben. Zumindest bis sie eine Lösung finden oder vom Sturm verschluckt werden.
Nach Enochs Opfer das Team aus dem Zeitsturm geführt hat, kommen sie im Jahr 1983 an wo Nathanial und Kora daran arbeiten, eine Armee aus handverlesenen Anarchist-Inhumans aufzubauen bei Afterlife. Als die Agenten sich aufteilen um das Gelände besser abdecken zu können, wird Daisy damit beauftragt, Jiaying zu beschützen und will ihre Mutter zum ersten Mal seit ihrem Tod zur Rede zu stellen.
Mit der Hilfe von Kora im Inneren fahren Sibyl und Nathaniel mit ihrem Kampf gegen die düstere, neue Zukunft des S.H.I.E.L.D. fort. Sie schaffen es, den Agenten einen Schritt voraus zu bleiben.
Ohne Ausweg mit Nathaniel und Sibyl kurz davor, S.H.I.E.L.D. aus den Geschichtsbüchern zu löschen, müssen sich die Agenten auf ihre Stärken besinnen und die Chronicoms überlisten und überleben.
Für ihren bisher wichtigsten Kampf brauchen sie die Unterstützung von Freunden und Teamkameraden aus der Vergangenheit und der Gegenwart, um zu überleben.