Staffel 1

Bei einer Verfolgungsjagd durch die Polizei wird Navy-Commander McGuire durch Gangster erschossen. Wie sich herausstellt, hat er offensichtlich für ein mexikanisches Drogenkartell gearbeitet und Satellitenaufnahmen weitergegeben, die dem Kartell Einzelheiten über eine konzertierte Militäraktion verraten haben. Durch die Entführung seiner Lieblingsnichte Emma wurde er unter Druck gesetzt. Callen und Sam stoßen bei der Verfolgung auf Luis, den leiblichen Vater von Emma ...

Das Haus eines Drogendealers wird überfallen und eine Menge Geld wird gestohlen - zwei Tote bleiben zurück. Sam erkennt beim Sichten der Videoaufnahmen, dass es sich um SEALs handeln muss; einen davon erkennt er sogar. Das Team findet heraus, dass einer der Toten ein Undercover Cop gewesen ist, und Sam, selber ein SEAL, macht es schwer zu schaffen, dass seine ehemaligen Kameraden auf kriminellen Abwegen sind.

Bei einer Manöverübung mit einer Drohne und scharfer Munition verliert Pilot Briggs die Kontrolle und muss hilflos mitansehen, wie einer seiner Freunde durch die explodierende Rakete ums Leben kommt. Die Drohne verschwindet vom Radar und ist vorerst spurlos verschwunden. Das NCIS-Team nimmt die Ermittlungen auf und findet sehr bald heraus, dass ein Hacker in das Computersystem der Drohne eingedrungen ist. Die Spuren führen zu einem Universitätscampus ...

Ein ehemaliger Marine, nun Angestellter in einer privaten Sicherheitsfirma, soll im Irak einen Geschäftsmann ermordet haben. Als er am Flughafen von L.A. eintrifft, versuchen Mitarbeiter von Citdential Security, ihn auszuschalten - Flynn gelingt die Flucht, auf der er einen der Männer umbringt. Das NCIS-Team wird in die Ermittlungen eingeschaltet. In Callen wachsen immer mehr die Zweifel, dass Flynn des Mordes, dessen er beschuldigt wird, auch schuld ist.

Ein Jetski gerät außer Kontrolle und dessen Fahrer wird nach einem Crash mit Kaimauer auf die Promenade geschleudert. Es stellt sich heraus, das er von einem Scharfschützen erschossen wurde. Es stellt sich heraus, das geheime Software verschwunden ist und Director Leon Vance schaltet sich persönlich in die Ermittlungen ein. Bei ihren Ermittlungen entgehen Callen und Hanna nur knapp der Scharfschützin und kommen so dem Geheimnis auf die Spur. Doch was hat der Verdächtige mit Vance Vergangeheit zu tun...?

Als ein junger Marine vom Dach eines Hotels, auf dessen Dachterrasse eine Party gefeiert wurde, fällt, stellt sich heraus, dass er bereits ohnmächtig über die Brüstung geworfen worden sein muss. Das NCIS-Team nimmt die Ermittlungen auf und stößt auf Falschgeld. Als Kensi und Callen undercover auf den Kopf der Falschgeldbande treffen, scheinen sie in einer Sackgasse gelandet zu sein. Schließlich ist es Agent Giordanos Geschick zu verdanken, dass sie den Mörder doch noch finden ...

Der neue Fall des NCIS-Teams, bei dem es um eine erschossene junge Frau geht, führt sie in Callens Vergangenheit. Zehn Jahre zuvor war er an einer von der CIA geleiteten Operation in Russland beteiligt, die gegen ein Syndikat der Russenmafia gerichtet war. Die Operation wurde verraten und Callen hatte Arkady als Verräter verdächtigt. Arkady, den sie schließlich ausfindig machen können, gelingt es, Callen davon zu überzeugen, dass nicht er der Verräter gewesen ist ...

Agent Renko, ehemaliger Partner von Callen, hat einen Informanten in einer militanten Gruppe. Als dieser umgebracht wird, findet das Team im Laufe der Ermittlungen heraus, dass Dragon-Panzerabwehrwaffen aus seinem Depot in Camp Pendleton gestohlen wurden. Schließlich können sie Private Riley dingfest machen, doch bei einem fingierten Gefangenentransport, in dem auch Callen sitzt, nimmt der Fall eine schreckliche Wende...

Frank McEllon, ein Ingenieur, der an der SuperGravitation für U-Boote arbeitet, wird ermordet. Bei den Ermittlungen stößt das Team auf seine Frau, die die Scheidung eingereicht hat, und ihren jungen Liebhaber. Allerdings stellt sich nach kurzer Zeit die Unschuld der beiden heraus. Vance bringt Abby ins Spiel, die den Verdacht hat, dass es sich hier um einen Serienkiller handelt, der schon einige Morde ohne jeden erkennbaren Zusammenhang und ohne jedes Motiv begangen hat..

Im Irak wird ein ehemaliges Mitglied eines Bombenräumkommandos durch eine Bombe via Handyzündung umgebracht. Während der Ermittlungen stößt das Team auf eine weitere Bombe unter Hastings Kings Wagen, die er erfolgreich mit Sam entschärfen kann. Der gleiche Erfolg bleibt ihnen jedoch bei dem dritten Sprengsatz versagt, der kurz darauf in Olins Wagen explodiert, als er versucht, vor Sam und Callen zu flüchten. Nate findet durch gekonntes Kalkulieren schnell den wahren Täter...

Als ein Auto in einen Nachtclub rast, wird neben dem Fahrer unbekannter Herkunft auch ein Verschlüsselungsexperte der U.S. Navy getötet. Das Team von NCIS wird mit der Aufklärung beauftragt.

Ein Taxifahrer wird auf offener Straße hingerichtet. Der Tote war ein ehemaliger Navy-Systemtechniker und hat einst mit einigen Komplizen fünf Millionen Dollar abgezweigt. Callen hat damals als Jason Tedrow verdeckt ermittelt und war maßgeblich an der Verhaftung der Männer beteiligt. Allerdings blieb das Geld spurlos verschwunden. Im Zuge der Ermittlungen besucht Callen seine ehemalige Freundin Kirsten - die Schwester eines der Verbrecher...

Nach einem gemeinsamen Karaoke-Abend, bei dem Dom nicht dabei gewesen ist, erhalten bei Dienstbeginn alle Team-Mitglieder von seinem Handy einen Notruf. Sie finden sein Auto mit Einschusslöchern und blutbeschmutzten Sitzen. Dom selbst ist spurlos verschwunden. Als sein Handy für kurze Zeit aktiviert wird, kann Eric ein Haus ausfindig machen, wo das Team die Leiche eines Südamerikaners findet - einer von drei Brüdern, die als Auftragsverbrecher bereits aktenkundig sind...

Das Team untersucht rätselhafte Todesfälle von Menschen und Tieren, die in einem Lagerhaus gefunden worden sind. Bald ist klar, dass dort ein gefährlicher Erreger produziert worden ist. Die Spur führt überraschend zu einer demenzkranken alten Dame, die in ihrer Blütezeit in der Biowaffen-Forschung der Army tätig war. Der "Holländer", ein internationaler Terrorist, hat sie so schlau manipuliert, dass sie ihm das Gift hergestellt hat - es soll bei einer Auktion versteigert werden.

In Bagdad ist ein Hilfskonvoi mit Geldern in Millionenhöhe überfallen worden. Das Team beginnt zu ermitteln und findet den Mann, der die Route des Transporters preisgegeben hat. Doch er ist schon tot. Bald kommen sie dahinter, dass eine Terrorgruppe aus dem Nahen Osten an ihre vom FBI eingefrorenen Konten gelangen will. Das Team heuert in Los Angeles eine auf Banküberfälle spezialisierte Truppe an, um die Sicherheitsprotokolle durch einen Insider einhalten zu können.

Das Team untersucht den vermeintlichen Selbstmord eines chinesischstämmigen Lieutenant Commanders der Navy. Eric findet eine Videoaufzeichnung, in der alle Zweifel am Selbstmord ausgeräumt werden. Im Zuge der Ermittlungen finden sie heraus, dass die Schwester sich von der Familie losgesagt hat und unter anderem Namen einen Antiquitätenladen betreibt. Sie informiert Callen und Sam darüber, dass ihr Bruder schwul gewesen ist und in einer Beziehung gelebt hat.

Ein Auto explodiert während eines illegalen Straßenrennens - James Rush, der Fahrer des Wagens, stirbt. Er war Mitglied der Navy und hat an einem geheimen Projekt mitgearbeitet. Die Geschwister des Toten, Angela und Keith, führen die Autowerkstatt ihres Vaters, der im Gefängnis sitzt, weiter, stecken jedoch in finanziellen Schwierigkeiten. Während Sam und Kensi ermitteln, muss Callen wegen seines Verhaltens im Straßenverkehr zur Verkehrsschule eines total durchgeknallten Lehrers.

Ein Marine Sergeant wird auf offener Straße von einer Gang mit automatischen Waffen erschossen. Bei den Ermittlungen entdeckt das Team Verbindungen zur Gangkriminalität der Stadt. Als Callen und Sam den Vater des Toten besuchen, erfahren sie, dass es einen jüngeren Bruder gibt, der sich einer Gang angeschlossen hat. Daraufhin geraten sie unter Waffenbeschuss. Die Spur führt zu einer Firma, die aus dem Krieg zurückgeführte Humvees wieder einsatzfähig macht...

Lance Corporal Daniel Zuna wird in einer Gasse neben einem Club verblutet aufgefunden. Die Ermittlungen ergeben, dass er viel Zeit in einem Sportstudio verbracht hat, in dem die verschiedensten Kampfkünste trainiert werden. Laut Autopsie ist er wegen einer Überdosis eines Medikamentes buchstäblich ausgeblutet. Sam schleust sich als erfahrener Ultimate Fight-Kämpfer in die Szene ein und stellt fest, dass es Zusammenhänge zu einer Gruppe von Marines gibt, die im Irak gedient hat.

Lieutenant Brian Roth stürzt in einem Auto einen steilen Abhang hinunter. Der Wagen gehört Aubrey Darva, einem IT-Girl, das vermisst wird. Ihr Stiefvater, ein Immobilien-Milliardär iranischer Abstammung, wird von Kensi befragt. Die Ermittlungen ergeben, dass Roth einen Hinweis auf einen flüchtigen irakischen Offizier namens Jahiri hatte, der unter Saddam Hussein gearbeitet hat. Kensi, die im Haus der Darvas Nachforschungen anstellt, steht plötzlich besagtem Jahiri gegenüber...

Das Video einer Dschihadisten-Gruppe taucht auf, in dem ein Terrorist auf Arabisch damit droht, Dom zu exekutieren, wenn nicht innerhalb von 24 Stunden der Terrorist Ala Adin Keshwar freigelassen wird. Das Team vermutet Dom im Nahen Osten oder im afrikanischen Raum. Drahtzieher der Entführung ist der Immobilienhai Kalil Abramson. Auf legalem Wege ist dem Mann in kurzer Zeit nicht beizukommen, also entscheidet Hetty, ihn mit einem Trick zum Reden zu bringen ...

Zwei Flugzeug-Fans nehmen durch Zufall auf, wie ein Gefangenentransport überfallen und der berüchtigte Terrorist Ala Adin Keshwar befreit wird. Dieser Mann war Anlass zu Doms Entführung. Hetty, die sehr unter dem Tod von Dom leidet, reicht bei Vance ihre Kündigung ein. Er versucht, sie umzustimmen, jedoch ohne Erfolg. Callen merkt, dass etwas im Busch ist und versucht, Hetty ebenfalls umzustimmen, aber sie will ihrem Entschluss treu bleiben und sich aus dem Dienst zurückziehen.

Callen wird von dem Informationshändler Keelson angerufen, der über seine wahre Identität und seine Vergangenheit mehr weiß als Callen selbst. Callen will mehr über seine Vergangenheit erfahren und lässt sich auf einen Deal ein, bei dem er bulgarischen Gangstern einen Datenstick zukommen lassen soll. Kurz darauf gibt es einen Hacker-Angriff auf das NCIS. Eric muss feststellen, dass der Hacker Zugriff auf alle Daten des NCIS weltweit hatte.

Von Eric auf die Spur gebracht, findet das Team das Lagerhaus, in dem Keelson seine Informationen und seine Server aufbewahrt. Doch das Lagerhaus wird per Fernzündung zur Explosion gebracht, und Callen muss mit ansehen, wie die Akte, die sämtliche Informationen über ihn enthält, verbrennt. Hetty zieht Callen wegen seiner persönlichen Verwicklung von dem Fall ab und schickt Sam und Kensi zu weiteren Ermittlungen los. Das Rätsel um Callens wahre Identität ist noch nicht gelöst.