Nachdem Jackson Gibbs Besuch von Paloma Reynosa hatte, ist er vorübergehend zu seinem Sohn gezogen. Gibbs bittet Mike Franks, seinem Vater - zusätzlich zu den Personenschützern des NCIS - Schutz und Gesellschaft zu bieten. Alles ist ruhig, doch durch einen Mord, den Gibbs und sein Team untersuchen, wird klar, dass Paloma auf dem Weg nach Washington und damit zu Gibbs ist. Sie will den Tod ihres Vaters rächen ...
Nicholas Masons Enkelin ist entführt worden. Kurz darauf werden mehrere Männer ermordet aufgefunden. Es stellt sich heraus, dass Mason sowohl seiner Familie als auch dem NCIS gegenüber falsche Angaben bezüglich seiner Vergangenheit gemacht hat. Er hat vor langer Zeit an einer staatlich initiierten Geheimoperation teilgenommen und war mit sieben anderen Personen als Agent tätig. Nach Ende des Projekts waren noch drei Teammitglieder übrig, zwei von ihnen sind nun ermordet worden.
Im Haus von Marine Sergeant Heather Dempsey wird eingebrochen, als sie sich dort mit ihrem Geliebten Gary Tolin vergnügt. Sie erschießt den Eindringling. Heather streitet trotz aller Hinweise ab, in der fraglichen Nacht Besuch gehabt zu haben. Gibbs findet über seinen alten Mitstreiter Fornell heraus, dass Tolin ein ranghoher FBI-Beamter ist. Im Zuge der Ermittlung kommt auch heraus, dass Dempseys Bruder bei einer Schießerei zwischen zwei Drogen-Gangs schwer verletzt wurde ...
Im Mund eines toten Marines wird der Rest eines präparierten Geldscheins gefunden. Allem Anschein war er an einer Geheimoperation - der Bestechung afghanischer Warlords – beteiligt. Schon bald muss das Team nicht nur den Mörder finden, sondern auch das verschwundene Geld. Doch der Verbindungsoffizier der ebenfalls an der Operation beteiligten, britischen Marine scheint den Fall blockieren zu wollen.
Während eines Radiointerviews bei einem kleinen Provinzsender werden der Moderator Adam Gator, sein Gast, der Navy Commander Daniels, und ein Techniker erschossen. Der Anschlag galt eigentlich Gator, der in seiner Sendungen publik gemacht hatte, dass ihn sogenannte Fans für ihre falsch verstandenen patriotischen Ziele einspannen wollten. Weil er diese verhöhnte, musste er sterben. Gibbs und seine Leute kommen bei den Ermittlungen einer Gruppe reaktionärer Bürger auf die Spur ...
Clea Thorson läuft vor einen fahrenden Bus und stirbt. Sie hat für die Firma Gen-One als Chemie-Ingenieurin an einem Projekt für die Navy gearbeitet und galt als Genie, aber auch als schwierig im Umgang. Ducky stellt fest, dass Clea schwer krank war. Auf ihrem Körper finden sich unendlich viele Formeln und Koordinaten, die sie selbst dorthin geschrieben hat. Abby ist fasziniert von Cleas Denkweise. Sie glaubt, wenn sie ihren Wegen folgt, kommt sie ihrem Geheimnis auf die Spur ...
Tonys Vater kommt nach Washington, stilvoll im Privatjet seines alten Freundes Jonathan Royce. Ebenso an Bord: Woody Iverson. Der nimmt sich mit Tonys Vater ein Taxi. Kurz darauf wird Iverson tot in einem Müllcontainer gefunden. Er wollte seinen guten Bekannten Admiral Chase besuchen, um ihm etwas zu zeigen. Wie Gibbs und sein Team herausfinden, handelt es sich dabei um eine wertvolle Plakette von einem Nuklear-Sprengkopf aus einem vor 50 Jahren abgestürzten Kriegsflugzeug.
Zivas Vater taucht plötzlich auf und das Team erfährt, dass er heimlich zu einer Konferenzen hochrangiger NCIS-Mitglieder gekommen ist. Eigentlich soll nur Leon Vance etwas darüber wissen, aber anscheinend bereitet eine palästinensische Terrorgruppe einen Anschlag auf Mossads Chef. Das NCIS-Team wird mit seinem Schutz beauftragt, aber die Sache erweist sich komplizierter als gedacht und plötzlich geraten sie zwischen den Fronten. Aber um welche Fronten geht es dabei? Kann wiederum Ziva je ihrem Vater verzeihen?
In "Enemies Domestic" erfährt man in Flashbacks wie Leon damals rekrutiert und ohne jegliche Erfahrung auf gefährliche Mission nach Amsterdam geschickt wurde. Es war Eli David, der damals sein Leben vor "The Russian" Anatoly Zukov rettete. Genau diesen Mann tötete wiederum Gibbs im Jahre 1999 in Paris. Die Verbindung zwischen beiden Fällen verkörpert McCallister, der Leon schon 1991 tot sehen wollte. Ziva bricht das Schweigen zwischen ihr und ihrem Vater. Am Ende ist zwar nicht alles vergessen zwischen den beiden, aber der erste Schritt aufeinander zu ist getan.
Der NCIS untersucht das Verschwinden eines Offiziers der Navy, der in einem Mordfall der einzige Zeuge ist.
Marine First Lieutenant Jeremy Nolan, gerade aus Afghanistan zurück, sitzt mit seinem Onkel und seiner Schwester Kimberly an Bord eines Dinner-Schiffes, wo man seine Heimkehr feiert. Als er kurz mal an Deck geht, fallen plötzlich Schüsse und Jeremy bricht tot zusammen. Agent Abigail Borin von der Küstenwache, die zufällig auch an Bord war, verständigt Gibbs und sein Team. Die beiden kennen sich von früher und legen bei der Untersuchung des Falles ein atemberaubendes Tempo vor ...
Officer Simon Craig wird in einer Highschool die Treppe hinuntergestoßen und durch brutale Fußtritte ermordet. Er beriet Schüler über die Möglichkeiten, bei der Navy Karriere zu machen. Mit dem NCIS-Team taucht am Tatort der alte Dr. Magnus auf, Duckys Vorgänger. Im Fall des ermordeten Officers gerät schnell ein Schüler unter Verdacht. Doch die Aufklärung des Mordes gestaltet sich schwieriger als gedacht und hält noch einige Überraschungen für Gibbs und sein Team bereit ...
Die Leiche des ehemaligen Sergeants Travis Wooten wird in dessen Garten tot aufgefunden. Laut Duckys Diagnose wurde er mit einem Gegenstand zu Tode geprügelt. Wooten hatte nach seinem Ausscheiden bei der Navy in einer Fabrik gearbeitet und kürzlich seinen Job verloren, während seine Frau Georgia bei den Marines Karriere gemacht hatte. Niemand weiss aber, dass sie von ihrem Mann misshandelt wurde. Da die Schläge mittlerweile nichts mehr brachten, hatte er ihr gedroht, ihr den gemeinsamen Sohn wegzunehmen. Ein Mordmotiv..?
Beim NCIS taucht Rachel Cranston auf, eine Psychiaterin, die das Team um Gibbs begutachten soll. Davon ist niemand sehr angetan, vor allem Gibbs nicht. Um die Ausfallzeiten so gering wie möglich zu halten, begleitet Rachel das Team während einer Mordermittlung auf die USS Colonial. Dort wurde Commander Reynolds erschossen in seiner Koje aufgefunden. Wie sich herausstellt, stand der Commander kurz vor seiner Pensionierung. Und er hatte seit zwanzig Jahren ein Verhältnis mit der Frau seines Freundes und Vorgesetzten, eines Admirals...
Andor Gorgova, Verteidigungsminister des fiktiven Landes Belgravien, will einen Vertrag mit den USA schliessen, der es den Verbündeten gestattet, militärische Stützpunkte in Belgravien zu errichten. Bei einem Treffen mit der US-Aussenministerin in seinem Land versucht ein Selbstmordattentäter Gorgova mit in den Tod zu reissen. Der kommt unverletzt davon, aber ein Navy Sergeant stirbt. Damit landet der Fall zunächst beim NCIS, der ihn allerdings ans FBI abgeben muss. Gibbs und sein Team bekommen den Auftrag, Gorgovas Tochter Adriana zu schützen, die in den USA studiert. Als sie in Anwesenheit von Tony und McGee aus ihrer Wohnung entführt wird, bekommen die beiden natürlich Ärger. Die Ermittlungen führen das Team zu Adrianas Professor, Carl Fleming, der kurz nach der Entführung tot aufgefunden wird...
Das Team um Gibbs findet in einer Damenhandtasche Fingerkuppen und Zähne des Corporals Zach Armstrong. Bald darauf wird auch seine Leiche entdeckt. Der Corporal wurde zu Tode gefoltert. Die Spuren führen zu einer Laser-Tag-Arena, wo sich Computer-Freaks in futuristischen Anzügen gegenseitig mit Infrarotstrahlen attackieren. Eine der Spielerinnen, Maxine, war mit Armstrong zusammen. Nach der Trennung hatte sie mit seiner Kreditkarte ihre Teilnehmergebühr in der Laser-Tag-Arena bezahlt, weil er ihr zufolge noch Schulden bei ihr hatte. McGee fährt sie nach Hause, um dort einen Umschlag abzuholen, den Armstrong Maxine gegeben hatte. Sie sollte ihn nur öffnen, falls er sterben würde. In dem Umschlag ist ein Testament, allerdings gefälscht. Plötzlich wird von draussen in ihre Wohnung geschossen ...
Eine Aushilfe des NCIS wird ermordet unter einem Auto gefunden. Der Mann war zwar nur kurzzeitig angestellt, in seinem Kofferraum findet das Team dennoch wertvolle Asservaten eines Falles. Die Spur führt zu Leona Phelps, einer Anlageberaterin, die viel Geld ihrer Kunden bei riskanten Investitionen verloren oder veruntreut hat, sich selbst aber ein schönes Vermögen angehäuft hat. Auch das Geld des Toten hat sie auf dem Gewissen. Es wird klar, dass Phelps viele Feinde hat...
Gibbs und sein Team sollen im Auftrag von Director Vance einen zwei Wochen alten Mordfall untersuchen. Der pensionierte Marine Yale Peyton wurde in seinem Wohnzimmer mit einer Axt erschlagen. Sein Sohn, der 18-jährige Nick, steht unter dringendem Tatverdacht. Obwohl der NCIS keine Fälle behandelt, die Marines im Ruhestand betreffen, drängt Vance auf Ermittlungen, um dem Staatsanwalt, mit dem er befreundet ist, einen Gefallen zu tun. Als Gibbs und Tony den Jungen das erste Mal verhören, wird klar, dass der sich nicht an den Mord erinnern kann, und auch, dass er kein gutes Verhältnis zu seinem Vater hatte. Die Mutter ist zwei Jahre zuvor verschwunden und war tablettenabhängig. Auch der Sohn nimmt verbotene Pillen. Sein Vater hat ihn dreimal in eine Entzugsklinik gesteckt, aber Nick hat nie durchgehalten. Er war mit der Tochter des Nachbarn zusammen, die ebenfalls süchtig war. Ein halbes Jahr zuvor ist sie an einer Überdosis gestorben. Vance hält den Jungen für den Mörder und setzt ihn gewaltig unter Druck...
Navy Lieutenant Commander Patrick Casey wird erschossen im Wald aufgefunden. Er wurde mit einem seltenen Gewehrtyp umgebracht. Gibbs und sein Team können sich keinen Reim darauf machen. Dann erfahren sie dass Casey im Besitz eines hochgeheimen Buches mit dem Titel Operation Birdsong war ein erster Hinweis auf das Mordmotiv. Kurz darauf wird Caseys ehemalige Kollegin Elise Archer ebenfalls ermordet aufgefunden. Auch sie hatte dieses Buch. Der Autor ist ein ehemaliges Mitglied ihres Teams. Keeler Archer und Casey waren auf Zypern in einer Antiterror-TaskForce tätig. Das Gewehr mit dem Casey erschossen wurde gehörte zu einer geringen Auflage die vom Verteidigungsministerium entwickelt worden und später verworfen worden war. Die drei boten diese Gewehre zum Schein illegalen Waffenhändlern auf Zypern an um deren Ringe auszuheben. Keeler fand heraus dass damit schmutzige Geschäfte gemacht wurden und dass dahinter sein Vorgesetzter bei der DIA dem militärischen Geheimdienst steckt ...
Gibbs, sein Team und EJ Barrett erhalten von Vance den Auftrag, gemeinsam den sogenannten Hafenmörder zu überführen, der schon in Spanien anfing, Navy-Angehörige umzubringen und sie dann mit Uniformen ranghoher Navy-Offiziere zu verkleiden. Zudem hinterlässt er gern kleine Botschaften in Form von Blüten in Eiswürfeln oder ähnlichem. Barrett, die in Spanien für den NCIS gearbeitet hat, ist seitdem hinter dem Täter her. Gibbs empfindet ihre Einmischung als Affront, kann sie aber nicht abschütteln, weil ja Vance eine Zusammenarbeit erwartet. Auch die Tatsache, dass Tony mit der Neuen schläft, ist ihm ein Dorn im Auge. Zeitgleich taucht endlich der rätselhafte Ray Cruz auf, Zivas Freund aus Florida...
Lieutenant Lauren Ross wird im Pentagon ermordet. Auf dem Überwachungsvideo sieht man, wie Petty Officer Donner ihr das Genick bricht. Doch schnell stellt sich heraus, dass Donner bereits vor dieser Tat an einem Herzinfarkt gestorben ist. Barrett lässt unterdessen das Auge, das Tony und Ziva in einem Glas in einer Bar fanden, untersuchen, um eine neue Spur zum Hafenmörder zu finden. Überrascht bemerkt sie, dass der Scanner an der Tür zum Videokonferenzraum auf das Auge reagiert.
Die Vergangenheit und die Gegenwart treffen sich, als Tonys Expartner vom Baltimore PD ermordet wird. Die Tat sieht ganz nach dem Port-to-Port-Killer aus, der den NCIS jetzt schon seit einiger Zeit beschäftigt. Doch der Schlüssel zur Tat liegt in dem Fall, der Tony zum ersten Mal auf Gibbs stoßen ließ und ihn damit zum NCIS brachte. Auch steuert der Port-to-Port-Killer wertvolle Hinweise zur Lösung des Falles bei und es wird immer klarer, dass er Zugang zu NCIS-Interna haben muss.
Mike Franks kehrt nach D.C. zurück und muss dafür mit dem Leben bezahlen. Nachdem Gibbs' und Barretts Team sich zusammengeschlossen haben, um den Port-to-Port-Killer zu fassen, und dabei auf Trent Kort gestoßen waren, der ihnen erklärte, dass ein Mann namens Jonas Cobbs der PtP-mörder ist, holt Gibbs seinen alten Lehrmeister mit an Bord, um Cobbs zu stellen. Laut Kort ist Cobbs sein ehemaliger CIA-Agent und ist „entgleist“. Die CIA hatte Kort hinter ihm hergeschickt und dadurch hatte er ein Auge verloren. Nachdem es zu einer Konfrontation zwischen Franks und Cobbs kommt, stirbt Franks, da Cobbs ihn mit seiner eigenen Waffe nieder gestreckt hat.
Die Ereignisse überschlagen sich. Gibbs und sein Team versuchen, EJs Team zu retten, nur um festzustellen, dass sie nicht mehr alle retten können. Cobbs nutzt Ray als Köder, um Ziva zu entführen, nur um sich anschließend dem NCIS zu stellen. Auch das stellt sich als ein im Voraus geplanter Schachzug heraus, um Rache zu nehmen, wofür er schließlich den höchsten Preis zahlt...