Nikita hatte mitgeholfen Adrian, die Gründerin von Sektion Eins, zur Strecke zu bringen, nachdem sie die Sektion zerstören wollte, da sie glaubte, Operations hätte völlig die Kontrolle verloren. Trotzdem hält Operations Nikita immer noch für eine Bedrohung für die Organisation und versucht sie auf einer Routinemission auszuschalten. Als sie jedoch überraschenderweise überlebt, stellt sie Nachforschungen über Michaels seltsames Verschwinden an. Dabei entdeckt sie sein geheimes, zweites Leben...
Salla Vacek ist einer der reichsten und gefürchtetsten Terroristen, für dessen Ergreifung Sektion Eins 20% ihrer Ressourcen eingesetzt hat, jedoch ohne Erfolg. Michael war als Teil einer verdeckten Operation, die zur Ergreifung und Eliminierung Vaceks diente, mehrere Jahre mit dessen Tochter Elena verheiratet. Nun hofft Sektion Eins Vacek und Elenas Wunsch, sich zu treffen, dazu benutzen zu können, um Vacek endlich stellen zu können, doch da haben sie ihn wohl ein bißchen unterschätzt, denn so einfach läßt sich ein Könner seines Fachs auch nicht überlisten...
Obwohl Sektion Eins das anscheinend perfekte Szenario kreiert hat, in dem sich Vacek und seine Tochter treffen können, taucht dieser nicht auf. Nun zwingen Operations und Madeline Michael dazu, seine Frau zu vergiften, um Vaceks Treffen mit Elena zu erzwingen, bei dem dann Vacek endgültig eliminiert werden soll. Doch Michaels Widerstand gegen den Plan droht den ganzen Einsatz zu gefährden
Mit Vaceks Eliminierung endet auch Michaels "Missionsleben" außerhalb der Sektion. Daraus resultiert, dass er nun nicht nur permanent von seiner Frau Elena getrennt ist, sondern auch von seinem Sohn Adam. Obwohl Operations ihm verspricht, dass man sich gut um sie kümmern werde, steigt in Michael die Verbitterung über die gewaltigen Opfer, die er für Sektion Eins eingehen muss. Er interessiert sich nicht mehr für die Ziele der Sektion, ihre Missionen oder sogar für sein eigenes Überleben. Nikita versucht ihn vor sich selbst zu beschützen, doch als sie von einer Terroristengruppe, die sich mit chemischen Waffen beschäftigt, entführt wird, kann nur Michael sie retten. Aber ist er dazu noch bereit?
Nach einem selbstmörderischen Bombenanschlag in einem gut besuchten Einkaufszentrum steigert Sektion Eins noch einmal ihre Bemühungen, Ivan Chernov zu schnappen. Dieser Terrorist entführt Kinder und trainiert sie darauf, für ihn als Selbstmordterroristen zu fungieren. Nikita und Michael geben sich als Kokaindealer aus, um an Chernov heranzukommen, doch sehr zu Nikitas Überraschung "verkauft" Michael sie an Chernov, der sie für sich selbst haben will. In seinem Versteck erfährt sie nicht nur, dass Chernov sich mit der modernsten Cloningtechnologie beschäftigt, sondern auch von den gleichfalls beunruhigenden Gründen der Sektion ihn zu stoppen...
Operations glaubt, dass Nikolai Markali, ein Politiker in Zentraleuropa, der sich gerade zur Wahl stellt, enge Verbindung zu terroristischen Organisationen pflegt und deswegen eliminiert werden muß. Da Markali in seinem Land sehr populär ist, beschließt Operations heimlich vorzugehen und sich an Corinne, Markalis Frau und Operations Ex-Ehefrau, zu wenden, die emotional instabil ist und psychiatrische Hilfe benötigt. Nikita wird ausgesandt, um in Markalis Wahlkampfhauptquartier zu arbeiten und ihn zu verführen. Madeline gibt sich inzwischen als Corinnes neue Psychiaterin aus und benutzt Drogen, um ihren geistigen zustand zu beeinflussen. Doch dieser sorgfältig ausgearbeitete Plan droht zu zerfallen, als Nikita zu glauben beginnt, dass Markali unschuldig ist...
Nach einem erfolgreichen Einsatz, bei dem ein Labor für biologische Waffen in der Nähe der baltischen See ausgehoben wurde, bemerkt Michael, dass Nikita sich seltsam verhält. Sie scheint ungewöhnlich in sich versunken zu sein und ihr Verhalten gegenüber den anderen Agenten ist völlig abnorm. Als Nikita und Michael nur knapp die nächste Mission überleben, offenbart eine Videoaufzeichnung, dass Nikita scheinbar absichtlich vom gegnerischen Feuer verschont wurde. Daraufhin vermutet Michael, dass Nikita für die Rote Zelle arbeitet, doch als er schließlich die Wahrheit erfährt, ist diese noch weit überraschender, als seine erste Annahme...
Sektion Eins will das Archiv einer terroristischen Organisation, die für ihre technischen Fähigkeiten bekannt ist, stehlen, doch die Datei ist verschlüsselt und kann nicht kopiert oder heruntergeladen werden, ohne das sie dabei selbst zerstört wird. Ein MIT Absolvent, Kruger, mit perfektem fotographischen Gedächtnis wird von Sektion angeworben, um sich die Datei anzusehen und zu merken. Doch als Nikita erfährt, dass Kruger nun permanent zur Sektion gehören soll, versucht sie herauszufinden, ob ihre eigene Anwerbung von Sektion Eins von Anfang an geplant war...
Nach einem Bombenanschlag auf eine Botschaft vermutet Operations, dass der Täter ein Terrorist ist, den die Sektion eigentlich schon vor Jahren beseitigt zu haben glaubte. Operations' Anordnungen werden immer seltsamer und irrationaler und er droht jeden zu töten, der sich seinen Anordnungen widersetzt. Nikita, Walter und Birkoff denken über eine Revolte nach, doch da hat schon Michael die Kontrolle über Sektion Eins übernommen. Allerdings befürchtet Madeline, dass Michael selbst einem fragwürdigen Plan folgt...
Die Brüder Karl und Simon Peruze sind für einige der brutalsten Angriffe auf Zivilisten verantwortlich, die jemals aufgezeichnet wurden. Doch die Eliminierung beider erweist sich als schwierig, da keiner der beiden den anderen jemals aufgeben würde. Sektion Eins entführt Karl, löscht sein Kurzzeitgedächtnis und plaziert Nikita an seiner Seite, als er wieder erwacht, damit sie sich als seine Verlobte ausgeben und dadurch die Sektion zu seinem Bruder Simon führen kann. Seltsamerweise fühlt sich Nikita, je mehr sie über Karls grausame Vergangenheit erfährt, immer mehr zu ihm hingezogen und verliebt sich in ihn. Doch schließlich erkennt Nikita, dass die Sektion ihre Gedanken kontrolliert und die gesamte Mission gerät in Gefahr...
Bei einer Rettungsmission mit neuen Rekruten erfährt Nikita überraschend, dass einer von ihnen, Jamey, aus ihrer alten Nachbarschaft stammt. Leider war Jameys Auftreten enttäuschend und sein Leben in der Sektion hängt an einem seidenen Faden. Verzweifelt schließt er einen Handel mit Nikita: Falls sie ihm hilft, eine gute Bewertung zu bekommen, wird er sie zu ihrer Mutter führen, die niemals daran glauben wollte, dass Nikita im Gefängnis Selbstmord begangen und seit damals nach ihr gesucht hat. Nikita geht zögernd auf Jameys Vorschlag ein, erkennt jedoch schnell, dass, falls sie ihre Mutter treffen sollte, diese von der Sektion beseitigt werden würde. Ihr bleibt nichts anderes übrig, als sich an Michael zu wenden, um das Überleben ihrer Mutter zu sichern...
Nikita und zwei weitere Agenten, Mark und Angela, werden vom Schwarzen März, einem Bruder/Schwester Terroristenteam, das für seine Brutalität bekannt ist, gekidnappt. Als Angela gefoltert wird, bricht Mark, ihr Freund, zusammen und verrät den Standort eines Sektion Eins Außenpostens. Angela wird trotzdem getötet. Nach ihrer Befreiung ist sich Nikita sicher, dass nun Mark von Sektion eliminiert werden wird, weswegen sie ihn darum bittet, über den Verlauf der Mission zu lügen, um Zeit zu haben, selbst gegen das Terroristenpärchen vorzugehen und sie für immer daran zu hindern, der Sektion zu schaden. Als ihr Plan allerdings mißlingt beschuldigt nun Mark Nikita, unter der Folter zusammengebrochen zu sein. Nikita wird der Prozeß gemacht und ihre Überlebenschancen schrumpfen immer mehr, als ein Beweis nach dem anderen gegen sie angeführt wird...
Anstatt den begehrten Posten des Oberstrategen an Michael zu vergeben, übergeht ihn Operations und wählt einen anderen Agenten, Zalman. Michael ist außer sich und er überredet Nikita dazu, eine Verteilerstation zu stehlen, mit der man die Funkfrequenzen stören kann, um so sicher die Flucht bei einem der nächsten Einsätze ergreifen zu können. Als es schließlich soweit ist, verstecken sich Michael und Nikita in einem alten Landhaus in Belgien. Doch schon bald wird Michael beim Besuch in der Stadt von der Sektion gefangengenommen und von Zalman gefoltert, damit er Nikitas Aufenthaltsort preisgibt. Doch als Zalman schließlich versucht Nikita zu schnappen, werden seine Pläne vereitelt, da seine wahren Absichten schließlich doch noch klar werden...
Sektion Eins will einen mächtigen Geschäftsmann eliminieren, der als Lieferant für zahlreiche Terroristengruppen agiert. Doch der einzige Weg, um an ihn heranzukommen, führt über den Mittelsmann Anagar. Dieser hat in seinem Programm eine besondere Form von Unterhaltung: Kämpfe bis zum Tode von Frauen, die durch eine Schein-Talentfirma angeheuert werden, für seine reiche Kundschaft abgehalten werden. Nikita und Michael bekommen den Auftrag, Anagar undercover auszuspionieren, Nikita als eine der Kämpferinnen und Michael als interessierter, reicher Geschäftsmann. Doch als Nikita schließlich gegen die gefährlichste Gegnerin antreten soll, bleibt Michael nichts anderes übrig, als sie unter allen Umständen zu retten...
Die Sektion heuert eine junge Frau an, die an einer unheilbaren Krankheit erkrankt ist, um eine Selbstmordmission durchzuführen. Als die Terroristenkurierin Jay Baylin lieber Selbstmord begeht, anstatt für die Sektion zu arbeiten, muss Operations eine Doppelgängerin finden, die Jay bei ihren nächsten anstehenden Treffen mit dem einzig bekannten Verbindungsglied zu einer gefährlichen Terrorgruppe spielen kann. Die Frau wird auch gefunden. Es ist Sarah, die schwer an Leukämie erkrankt ist und nur noch einige Wochen zu leben hat. Madeline überredet Sarah dazu, sich der Sektion anzuschließen und ihrem Leben noch einen Sinn zu geben, doch als Sarah sich in Jay verwandelt, verändert sich auch ihr Verhalten und die Mission gerät in Gefahr...
Als ein Terrorist der Glass Curtain Gruppe aus dem Weißen Zimmer entkommt, gelingt es diesem das Mitarbeiterverzeichnis der Sektion zu stehlen und nach außen zu übertragen, bevor er wieder geschnappt werden kann. Obwohl die Informationen verschlüsselt sind, gab es einen Abschnitt, der es nicht ist und in dem der Standort des Sektion Eins Hauptquartiers angegeben ist. Sofort gibt Operations den Befehl zur Selbstzerstörung und alle Mitarbeiter begeben sich in Ausweichquartiere, von denen aus sie den Gegenschlag planen können. Ihr Ziel ist es Glass Curtain ein für alle mal zu eliminieren, bevor der Rest der Datei entschlüsselt werden kann und alle Sektionsmitglieder um ihr Leben fürchten müssen...
Als Operations zurück ins Center berufen wird, überträgt er Michael vorübergehend das Kommando über Sektion Eins. Sowohl Operations als auch Madeline warnen ihn davor, daß George sich sehr stark auf ihn stützen wird, um Bergomi, einen mächtigen Geldwäscher für Terrorgruppen, den Sektion Eins noch nicht auf ihre Seite ziehen konnte, zu eliminieren. Doch nachdem George Michael eine aufhetzende Argumentation präsentiert hat, beschließt Michael das Risiko einzugehen und Bergomi trotz aller Warnungen nachzustellen. Doch der dadurch entstehende Druck, den Michael auf sich und alle anderen der Sektion ausübt, droht nicht nur seine Beziehung zu Madeline zu gefährden, sondern auch zu Nikita...
Als Nikita ihre romantische Beziehung zu Michael zu überdenken beginnt, überredet Madeline Operations dazu, einen Keil zwischen die beiden zu treiben. Michael wird sein Ebene Fünf Status entzogen und vom Einsatzleiter zum normalen Gruppenmitglied degradiert; sogar sein Büro wird geräumt. Nikita glaubt, daß diese Behandlung sich negativ auf Michael auswirkt, doch er behauptet genau das Gegenteil. Doch bei einer Mission zur Entführung eines Schwarzmarkthändlers, läuft alles schief, bis Michael das Kommando übernimmt und die Mission zum Erfolg werden läßt. Nun steht Michael vor der Frage, was ihm mehr bedeutet, sein Rang innerhalb der Sektion oder Nikita...
Operations befiehlt Birkoff, eine terroristische Sekte zu infiltrieren, die sich auf Hacking gegen Regierungsorganisationen spezialisiert hat, obwohl Madeline davor gewarnt hat, daß nur eine 20%ige Erfolgschance besteht. Als erstes muß Birkoff seine Aufrichtigkeit gegenüber Jean-Marc, dem Anführer der Sekte, beweisen, bevor er als Mitglied akzeptiert wird. Als Birkoff jedoch schließlich erfährt, daß die Sekte für die Rote Zelle arbeitet, befiehlt Operations ihm auf unbestimmte Zeit dort zu bleiben, um noch mehr Informationen zu sammeln. Als Birkoff unter dem Druck zusammenbricht und seine Identität als Sektion Eins Mitglied offenbart, zwingt ihn Jean-Marc dazu, Informationen aus den Sektionscomputern zu stehlen. Um am Leben zu bleiben, gehorcht Birkoff, doch da Operations nun annimmt, daß er "umgedreht" wurde, muß er einen Weg finden, wie er alleine zu Sektion Eins zurückkehren kann...
Birkoffs eingebildeter Assistent, Greg Hillinger begeht eine Reihe Fehler, die zum Scheitern einer wichtigen Mission führen. Außer sich zwingt George Operations dazu, die Kontrolle über einen Großteil der Sektion Eins Missionen an ihn zu übertragen. Dies verärgert Operations natürlich maßlos, der seinen Zorn daraufhin an Madeline ausläßt. Madeline antwortet darauf, indem sie Hillinger erstmal aus dem Verkehr zieht. Danach trifft sie sich heimlich mit George, um einen Plan zu ersinnen, wie sie Operations beseitigen und selbst die Kontrolle über Sektion Eins an sich reißen kann. Doch als Operations George eine Falle stellt, um ihn zu beseitigen, verschieben sich die Machtverhältnisse wieder, mit überraschenden Folgen...
Bei der Mission Bombenzünder aus einem gut bewachten Basiscamp einer terroristischen Organisation zu stehlen, wird Nikita gefangengenommen und vom Feind als Geisel benutzt. Oder so sieht es zumindest nach außen hin aus. Michael und Nikita haben in Wahrheit dieses Szenario kreiert, um sich heimlich treffen zu können. Die Täuschung funktioniert, doch als Birkoff versehentlich verschlüsselte Nachrichten von Nikita und Michael entdeckt, welche die beiden mit Walters Hilfe versenden konnten, muß Birkoff dies Madeline mitteilen. Da Operations und Madeline vermuten, daß Nikita und Michael vielleicht einen Sturz der Organisation planen, benutzen sie ein zweites Einsatzteam, um Michael und Nikita bei ihrem nächsten Treffen zu erwischen... und sie falls nötig zu beseitigen.
Madeline und Operations beschließen Michael und Nikitas Beziehung ein für allemal zu beenden. Inzwischen schwört sich Birkoff, als Walter "stillgelegt" werden soll, ihn zu befreien...