Lore ist es gelungen, seinen Bruder Data auf seine Seite zu ziehen. Gemeinsam planen die beiden die Vernichtung der Föderation: Den Anfang soll die Enterprise machen. Riker und Worf finden unterdessen den Borg Hugh, der eine Widerstandsgruppe gegen Lore anführt. Mit seiner Hilfe hoffen sie die beiden Androiden aufzuhalten.
Drei Iyaaraner sind zu Gast an Bord der Enterprise und machen der Besatzung das Leben schwer. Während Counselor Troi für Botschafter Loquel allerlei kulinarische Genüsse organisieren muss, wird Worf von Botschafter Byleth ständig provoziert. Unterdessen begleitet Captain Picard Botschafter Voval in einem Shuttle auf seinen Heimatplaneten. Als sie auf dem Weg dorthin notlanden müssen, wird Voval lebensgefährlich verletzt.
Geordi experimentiert mit einer neuen Art Sonde. Mit der kann er an Orte vordringen, die er sonst nicht untersuchen könnte. Das ermöglicht ihm, auch in für Menschen unzugängliche Bereichen vorzustoßen. Während einer Rettungsaktion in einem Gasnebel, erscheint Geordi plötzlich das Bild seiner Mutter. Da deren Schiff vermisst wird, will Geordi ihr unbedingt helfen. Data bezweifelt allerdings, dass es sich tatsächlich um seine Mutter handelt.
Captain Picard ist spurlos verschwunden. Ein Außenteam unter Riker folgt einer Spur zum Barrardas-System. Dort stoßen sie auf den Schmuggler Baran und seine Leute. Ein Mitglied von Barans Schmugglertruppe ist Riker sehr vertraut: Es handelt sich um den Captain, der sich unter falscher Identität in Galens Bande eingeschlichen hat.
Die Enteprise verfolgt Barans Schmugglerschiff mit Picard und Riker an Bord bis in den Hyralan-Sektor. Dort warten bereits Klingonen, die Baran ein altes Artefakt verkaufen wollen. Verbunden mit einem weiteren Artefakt, das der Verbrecher bereits besitzt, wird daraus eine verheerende Waffe. Picard und Riker müssen das unter allen Umständen verhindern.
Die Crew der Enterprise will den neuen Warp-Kern des Schiffs testen. Doch es kommt zu Unregelmäßigkeiten, der Antrieb fällt aus. Die Enterprise bewegt sich ziellos durchs All. Zur gleichen Zeit wird Data von sonderbaren Träumen geplagt, für die er keine Erklärung hat. Er begibt sich aufs Holodeck, um in einer Simulation Dr. Freud zu konsultieren. Doch dessen Psychoanalyse bringt den Androiden noch mehr durcheinander.
Counselor Trois Mutter Lwaxana ist an Bord der Enterprise. Sie begleitet eine Gruppe von Cairn, eine Spezies die ausschließlich telepathisch kommuniziert, zum Rat der Föderation. Da bricht Lwaxana plötzlich zusammen und fällt ins Koma. Troi versucht, auf telepathischem Weg in die Psyche ihrer Mutter vorzudringen. Doch rätselhafte Blockaden versuchen sie davon abzuhalten, ihr zu helfen.
Die Enterprise steuert den Planeten Kesprytt III an, der von zwei Spezies bewohnt wird: Die Kes möchten der Föderation beitreten, die Prytt wollen dies unter allen Umständen verhindern. Deshalb entführen die Prytt Captain Picard und Dr. Crusher. Diese können sich zwar befreien, doch sie sind durch neurale Implantate untrennbar miteinander verbunden.
Zufällig stößt die Besatzung der Enterprise auf ein Ferengischiff, dass durch eine Art Sonde manövrierunfähig gemacht wurde. Kurz darauf widerfährt der Enterprise das gleiche Schicksal. Zwei Forscher von einem nahe gelegenen Planeten haben eine Erklärung dafür: Flüge mit Warpantrieb könnten ihren Planeten zerstören, da sie Subraumspalten erzeugen. Daher halten sie fremde Schiffe von ihrer Heimat fern.
Bei seiner Arbeit stößt Data auf Juliana O Donnell. Sie behauptet, seine Mutter zu sein und dass sie mit Datas Erschaffer verheiratet war. Dennoch misstraut Data ihr. Als die beiden in eine gefährliche Situation geraten, müssen sie sich in einen Abgrund stürzen, um sich zu retten. Juliana verliert dabei ihren Arm und Data erkennt, dass sie eine Androidin ist.
Worf kommt nach dem Urlaub auf die Enterprise zurück und erlebt dort wunderliche Dinge. So steht trotz seines Sieges bei einer Sportveranstaltung auf dem Pokal Neunter Platz. Deanna beharrt darauf, mit ihm verheiratet zu sein, und Geordi ist tot. Schließlich ist Worf so verwirrt, dass Data den Dingen auf den Grund geht.
Admiral Pressman bittet die Enterprise-Crew, ihm bei der Suche nach seinem verschollenen Schiff, der Pegasus, zu helfen. Captain Picard sagt ihm seine Unterstützung zu, aber auch die Romulaner wollen die Pegasus ausfindig machen. Als die Enterprise-Besatzung schließlich das Raumschiff inmitten eines Asteroiden entdeckt, lauern die Romulaner ihr schon an Bord auf.
Die Enterprise empfängt einen Notruf von Worfs Ziehbruder Nikolai. Er informiert sie, dass starke atmosphärische Stürme den Planeten Boraal II bedrohen. Worf begibt sich, als Boraalaner getarnt, auf die Suche nach Nikolai. Er findet ihn auch und kann ihn auf der Enterprise in Sicherheit bringen. Nun macht sich die Enterprise daran, auch die restliche Bevölkerung zu retten.
Auf der Beerdigung ihrer Großmutter erfährt Beverly, dass diese eine romantische Beziehung zu einem gewissen Ronin hatte. Wenig später lernt Beverly ihn kennen und verliebt sich. Sie zieht mit Ronin auf den Planeten Caldos. Dort stirbt kurz darauf ein Mann unter sonderbaren Umständen. Der Leichnam weist Rückstände anaphasischer Energie auf, wie sie auch am Leichnam von Beverlys Großmutter gefunden wurden.
Mehrere künftige Offiziere sind auf Visite auf der Enterprise, unter ihnen die Bajoranerin Fähnrich Sito. Ein kardassianischer Geheimagent, der für die Föderation arbeitet, tarnt sich für eine heikle Mission als Kopfgeldjäger. Sito begleitet ihn als seine Gefangene. Mit einem kleinen Shuttle soll sie anschließend zurückkehren. Doch darauf wartet die Crew der Enterprise vergeblich.
Data birgt auf dem Planeten Barkon IV radioaktives Material, als ein Energiestoß ihn plötzlich seiner Erinnerungen beraubt. Die Bevölkerung eines kleinen Dorfes nimmt ihn auf und umsorgt ihn. Skoran, der Schmied des Ortes, verarbeitet das radioaktive Material zu Schmuckstücken. Nach und nach erkranken die Bewohner des Dorfes und machen Data dafür verantwortlich.
Die Enterprise-Crew stößt auf einen von einer Eishülle ummantelten Kometen. Mit den Phasern des Schiffes schmelzen sie den Eismantel und dringen zu einem mysteriösen Kern vor. Kurz darauf tauchen sonderbare Gegenstände an Bord auf, Gewächse und Moore entstehen auf der Enterprise. Auch Data verhält sich äußerst rätselhaft.
Lieutenant Kwan begeht Selbstmord. Als Deanna den Fall untersucht, erlebt sie selbst, wie es ist, von geliebten Menschen betrogen zu werden. Als sie sich selbst umbringen will, kann Worf sie gerade noch retten. Wie sich herausstellt ist in einer der Wände des Maschinenraums eine Subraumsignatur, durch die empathisch begabte Wesen genau das nacherleben, was vor acht Jahren in den Utopia Planitia Werften geschah...
Als Lt. Barclay die Grippe kriegt, injiziert Dr. Crusher ihm T-Zellen. Dabei hat sie nicht bedacht, dass diese T-Zellen Gene aktivieren, die seit Jahrtausenden nicht mehr benutzte Erbgutinformationen gespeichert haben. Barclay und andere Crewmitglieder verwandeln sich nun in eine niedere Lebensform...
Wesley kommt auf die Enterprise, aber man merkt ihm an, dass er mit Starfleet nicht mehr zufrieden ist. Als nun auf Grund eines neuen Vertrages, die Gebiete zwischen Föderation und Cardassia neu abgesteckt werden. Befinden sich einige Siedler der Föderation plötzlich unter cardassianischer Herrschaft! Als sie nun ihren Planeten verlassen sollen, kommt es zu Konfrontationen zwischen den Siedlern und den Cardassianern. Da tauch der Reisende wieder auf und sorgt für Entspannung der Situation. Er nimmt am Ende Wesley mit, der eine neue Existenzebene erreicht hat...
Alexander kommt als erwachsener Mann aus der Zukunft, um zu verhindern, dass er in seinem Leben zu einem Diplomaten wird. Als solcher wird er nämlich versuchen, die zerstrittenen klingonischen Clans u einigen, was in Worfs Tod resultiert. darum setzt er alles daran, dass aus Alexander ein Krieger wird. Am Ende muss er unverrichteter Dinge gehen und kann nur hoffen, dass sein Hiersein bereits gereicht hat, um die Handlungskette, die zu Worfs Tod führt, zu unterbrechen...
Bok, ein Ferengi, will sich an Picard rächen, der in einem schon lange zurückliegenden Krieg Boks Sohn getötet hat. Nun droht er, im Gegenzug Picards Sohn zu ermorden. Der Captain ist zunächst völlig überrascht, doch dann findet er heraus, dass ihn eine kurze Affäre vor 24 Jahren tatsächlich zum Vater gemacht hat. Nur wenig später muss er bereits um das Leben seines Sohnes Jason fürchten, der von Bok verschleppt wurde.
Data und Picard vertreiben sich die Zeit auf dem Holodeck, als sie beinahe vom Orient-Express überfahren werden. Der Zug kommt aus einem Programm, das Beverly häufig benutzt. Als die beiden das Programm beenden wollen, reagiert der Computer nicht mehr. Data macht sich auf die Suche nach dem Fehler und entdeckt ein seltsames Konstrukt.
Fähnrich Ro Laren kehrt an Bord der Enterprise zurück. Sie scheint der Sternflotte inzwischen treu ergeben zu sein. Als eine Gruppe von Maquis-Rebellen ein cardassianisches Schiff beschießt, bekommt Picard von Admiral Machat den Befehl, die Terroristen aufzuspüren und unschädlich zu machen. Picard schickt Ro als verdeckte Agentin zu den Maquis und setzt große Hoffnung in sie.
Eine Zeitanomalie lässt Picard zwischen Gegenwart, Vergangenheit und Zukunft hin- und herpendeln. Drei verschiedene Enterprises tauchen an einer Stelle auf. Auch Q hat wieder seine Finger im Spiel. Picard befiehlt schließlich der Crew, in allen drei Zeiten zur Anomalie zu fliegen.
Picard fliegt mit Worf, Data, Beverly und Geordi zu der temporalen Anomalie in das Devron-System. Data erkennt, dass durch einen Riss in der Anomalie eine Art Anti-Zeit entstanden ist. Die Entstehung der Menschheit ist dadurch in Gefahr.