Muneakira Yagyuu kommt am Bahnhof an und begibt sich auf den Weg zum Buou Gakuen Juku, der Akademie für Krieger des Tokugawa Shogunats. Dort angekommen stolpert er in ein Dojo in dem sich in diesem Moment Yukimura Sanada und Matabee Gotou umziehen und Muneakira sofort als Perversling abstempeln, wodurch es zu einem kurzen Kampf kommt. Nachdem Muneakira Matabee mit einer einzigen Bewegung besiegt hat, stellen sich die beiden Frauen Muneakira vor und er erfährt, dass Yukimura dem, mit den Tokugawa verfeindeten, Clan der Toyotomi angehört und plant das Tokugawa Shogunat zu stürzen. Doch das Gespräch wird von Hanzou Hattori und Anhängern des Sittenkomitees unterbrochen und die drei fliehen durch einen Geheimgang des Dojos. Am Ausgang des Tunnels, werden die drei aber schon von Hanzou Hattori erwartet und geraten in einen Hinterhalt.Aufgrund des hinterhältigen Verhaltens von Hanzou Hattori schlägt sich Muneakira auf die Seite der beiden Frauen. Doch kurz bevor es zu einem kampf kommt erscheint ein helles Licht am Himmel und ein nacktes Mädchen fällt Muneakira in die Arme. Das Mädchen küsst Muneakira, woraufhin ein grelles Licht erscheint und das Mädchen sich verwandelt...
Das vom Himmel gefallene Mädchen trägt den Namen Juubei Yagyuu und hat sich durch den Kuss mit Muneakira in einen Master Samurai verwandelt. Bei dem Versuch sie zu verhaften wird Hanzou von Juubei besiegt, doch bevor schlimmeres passieren kann, verwandelt sich Juubei wieder in das nackte, hilflose Mädchen. Woraufhin Hanzou ihre Chance wahrnehmen möchte, diesen Gengner zu vernichten, doch bevor sie die Möglichkeit dazu hat taucht Prinzessin Senhime Tokugawa(die Schwester von Yoshihiko Tokugawa) auf und beendet das ganze. Kurz darauf verhöhrt Senhime die drei "Aufständigen" und es stellt sich heraus, dass Muneakira und Senhime Freunde seit ihrer Kindheit sind. Die Bestrafung der drei "Aufständischen" ist vorerst im Dojo gefangen zu sein. Dort stellt sich heraus, dass Yukimura gesucht wird, weil sie in ihrem Feng-Shui einen Schatten gesehen hatte der ganz Japan bedecken wird. Als sie das dem Shogun Yoshihiko berichten wollte, landete sie auf der Fahndungsliste... Juubei ist aus ihren Träumen erwacht und die anderen Spekulieren über die Macht, die sie besessen hat, als sie die Form eines Master Samurai hatte. Denn in ihrer normalen Form ist sie eher naiv und ungeübt, ein "Amateur" und es stellt sich heraus, dass sie ihr Gedächtnis verloren hat und ihre Erinnerungen nur bis zu dem Moment reichen, in dem sie Muneakira in den Armen lag. Nun wollen die anderen herausfinden, ob sie wirklich ein Master Samurai ist, also untersuchen sie Juubeis kompletten Körper, da jeder Master Samurai eine Insignie irgendwo auf seinem Körper trägt und tatsächlich hat sie eine mitten auf der Brust...
Bei einem Training mit Matabee stellt sich erneut heraus, dass Juubei ungeschickt und keine Kämpferin ist. Deswegen spekulieren Yukimura und Muneakira, wie es sein kann, dass sie ein Super Samurai ist und wie es dazu kam. In dem Moment, in dem Yukimura Muneakira ihre Theorie mitteilen möchte betritt Senhime den Raum und verkündet die ausstehende Bestrafung. Yukimura und Matabee werden der Akademie verwiesen und dürfen nicht zurückkehren. Da Senhime nun Gast in Muneakiras Dojo ist, dekoriert sie es etwas "weiblicher" und Muneakira versucht sich als Hausmann bzw. Koch, jedoch scheint Juubei die einzige zu sein der es schmeckt. Trotz der großen Mühe, die sich Muneakira gegeben hat, verschmäht Senhime sein Essen komplett, Doch als Juubei alles aufgegessen hat und Muneakira deshalb schmeichelt, wird klar dass Senhime auch Gefühle für Muneakira hat und sie wird eifersüchtig. Senhime konfrontiert Juubei mit ihren Vorwürfen der Eifersucht woraufhin diese wie ein kleines Mädchen zusammenbricht und Zuflucht bei Muneakira sucht. Kurz darauf erzählt Senhime Muneakira von dem wahren Grund, warum er von ihr eingeladen wurde. An der Akademie verschwinden seit einer Zeit immer mehr Studenten und Muneakira soll helfen herauszufinden was dahinter steckt. Die beiden werden von einem lauten Schrei gestört und an der Quelle angekommen liegt dort eine total verängstigte Juubei, die sich in Muneakiras Arme legt und ihn küsst. Durch den Kuss verwandelt Juubei sich wieder in einen Master Samurai, in diesem Zustand ist sie kein naives Mädchen mehr, sondern eher gewalttätig. sie greift auch als erstes Senhime an, doch bevor es zu spät ist tauchen Yukimura und Matabee wieder auf und Yukimura hat endlich die gelegenheit Muneakira ihre Theorie mitzuteilen. Muneakira ist Juubeis General und durch den Kuss wird die Verwandlung ausgelöst. Nach einem langem Kampf lässt Juubei Milde walten und verschont die Anderen...
Da Muneakira der Auslöser für Juubeis Verwandlung ist und sie beim letzten Mal fast alle vernichtet hätte, muss Muneakira von nun an eine Maske tragen, die ihn davon abhalten soll jemanden zu küssen. Doch Yukimura hält davon nicht sehr viel, da sie der Meinung ist, dass man Muneakiras Mund nicht versiegeln darf, da er die Macht besitzt mit seinem Kuss Master Samurai zu erschaffen. Sie hat in ihrem Feng-Shui einen großen Schatten, der das große Japan bedroht gesehen und ist nun der Meinung als Master Samurai Japan beschützen zu können. Da aber noch nicht sehr viel darüber bekannt ist, wie das mit dem Kuss nun genau abläuft und Senhime eifersüchtig ist, verbietet sie Yukimura Muneakira zu küssen. Doch Yukimura lässt sich davon nicht abhalten und versucht unermüdlich ihr Ziel zu erreichen. Lange Zeit scheitern ihre Versuche, doch als sie Senhime ein Schlafmittel verabreicht bekommt sie die Gelegenheit zu einem Kuss und verwandelt sich tatsächlich in einen Master Samurai. Sie hat ihre Kräfte aber noch nicht unter Kontrolle, was dazu führt, dass sie fast das ganze Dojo zerstört...
Es wird weiter im Fall des „mysteriösen Verschwindens“ ermittelt. Der ältere der Tokugawa Geschwister schickt eine Spionin namens Naoe Kanetsugu auf das Akademiegelände um Recherchen über die Eindringlinge Yukimura Sanada und Matabei Goto vom Toyotomi Clan anzustellen. Da Kanetsugu eine alte Kindheitsfreundin von Yukimura ist, soll sie sich leichter Eintritt zum Gelände verschaffen können. Es sind jedoch noch nicht alle Rechnungen zwischen den beiden beglichen. Wegen eines von Yukimura verursachten Kindheitstraumas, ist Kanetsugu nun auf Rache aus. Mit herablassenden Äußerungen zu Yukimras geringem Brustumfang stiftet sie einen Streit an. Und als sie auch noch von den scheinbar unzüchtigen Handlungen Muneakiras erfährt, erkennt sie ihre Berufung als Tugendwächterin und Kriegerin der Liebe. Unter diesem Vorwand greift sie nun auch Muneakira an. Senhime Tokugawa lässt nichts unversucht um Muneakira zu beschützen und kann sich so auch ihren heimlichen Wunsch erfüllen...
Aus einer Liste der von der Akademie verschwundenen Personen wird ein Zusammenhang zwischen den Vermissten und den Familien, die Mastersamurai hervorbringen können, sichtbar. Dem wollen Senhime und Muneakira auf den Grund gehen und beschließen ohne das Wissen der anderen die im Süden liegende Villa der Tokugawa Familie aufzusuchen um weitere Dokumente zu finden. Die heimliche Flucht wird jedoch sofort entdeckt,wodurch Senhime und Muneakira dazu gezwungen sind ihr Vorhaben als Urlaub zu tarnen und den Rest der Gruppe ebenfalls mitzunehmen. Auch Kanetsugu folgt der Gruppe und schafft es als Zimmermädchen in der Villa unterzukommen. Mit ihrer neuen Erkenntnis ist sie nun der Überzeugung, dass Muneakira für alles Böse an der Akademie verantwortlich sein muss. Mit der Zustimmung von Kanetsugus Auftraggeber Yoshihiko Tokugawa ist es fortan ihr höchstes Ziel Muneakira auszuschalten. Nach einem erfolglosen Versuch das zu erreichen, sieht sie sich gezwungen die Geheimwaffe, die ihr Yoshihiko für den Notfall mitgegeben hat, einzusetzen. Als sich die Geheimwaffe jedoch als Monster entpuppt, wird ihr diese plötzlich zum Verhängnis. ...
Nachdem die Mastersamurai Kanetsugu vor ihrer eigenen Geheimwaffe retten mussten, wird klar, dass ihr Meister, Yoshihiko, sie betrogen hat. So beschließt sie sich der Gruppe anzuschließen und ihnen bei den Nachforschungen zu helfen. Sie werden auf eine geheimnisvolle Audiodatei aufmerksam ,in der eine unheimliche Stimme, die Jubei bekannt vorkommt, von einer verbotenen Religion spricht. Plötzlich werden sie von einem unsichtbaren Wesen angegriffen. Doch nur Hanzou ist fähig dazu das Wesen durch ihre Spezialbrille wahrzunehmen und zu bekämfen. Da sie aber nur Senhime als ihren General akzeptiert, weigert sie sich ein Mastersamurai zu werden um die nötige Kraft zu erlangen. So kommt es zu einem Kampf, bei dem Hanzou ihr Leben aufs Spiel setzen muss um mit Hilfe von Kanetsugu und Senhime doch noch einen Sieg zu erlangen.
Yoshihiko, der ältere der Tokugawa Geschwister, beschließt noch im Laufe der nächsten Woche zur Akademie zurückzukehren um seine störende kleine Schwester Senhime und ihre Freunde loszuwerden. Zusammen mit Yukimura entscheidet sie, dass auch die anderen Mädchen zu Mastersamurai werden sollen um der Kraft ihres Bruders standhalten zu können. Besonders bei Jubei, die der Meinung ist ein Vertrag zwischen Mastersamurai und einem General solle nur aus Liebe geschlossen werden, stößt diese Entscheidung auf Widerstand. Doch ein ganz anderes Ereignis überschattet die Debatte über das Erschaffen neuer Mastersamurai. Erneut fällt ein mysteriöses, nacktes Mädchen vom Himmel direkt in Muneakiras Arme.Und das einzige was sie weiß ist, dass sie Muneakira verehrt und ihren Namen, Gisen Yagiyuu. Sie bezeichnet ihn als Meister und schafft es mit ihren schamlosen Offensiven Muneakira in schlüpfrige Situationen zu bringen. Mit ihrer Einstellung zu Muneakira und zum Dasein als Samurai löst sie einen Grundsatzstreit aus, der nur mit der Stärke von Mastersamurai Jubei beigelegt werden kann. Sie ist es, die alle daran erinnert, dass Vertrauen und Verbundenheit die Grundsteine des Samurais sind
Während noch diskutiert wird, ob Matabei und Hanzou von Muneakira geküsst werden sollen, kann Gisen Muneakira in einen Schuppen locken. Dort versetzt sie ihn mit ihrer Geheimwaffe, dem „bösen Auge“, in eine Art Hypnose. Gefangen von Gisens Auge soll sich Muneakira um Juubei „kümmern“, sodass Gisen die unterlegene Senhime angreifen kann. In letzter Sekunde taucht Yoshihiko mit dem übermächtigen Meister-Samurai Charles d'Artagnan auf, um Gisen in die Flucht zu schlagen. Yoshihiko nimmt daraufhin Juubei, Muneakira und Senhime mit, um Genversuche an ihnen durchzuführen. Der Rest soll von d'Artagnan getötet werden...
Yoshihiko ist mit den Genversuchen an Juubei und Muneakira beschäftigt, während die anderen von Charles im Dojo festgehalten werden. In einem Moment der Unachtsamkeit können sie die Flucht ergreifen und eilen sogleich zum Palast, um Muneakira und Juubei zu befreien. Als sie in Yoshihikos Labor ankommen, werden sie bereits erwartet...
Während Juubei und Muneakira aus ihrer Gefangenschaft befreit werden, bereitet Gisen ihren Angriff auf das Shogunat vor. Muneakira schlägt Yoshihiko vor, die Waffen niederzulegen und fortan gemeinsam gegen Amakusa zu kämpfen. Doch Yoshihiko will davon nichts wissen. Sein Stolz verbietet ihm, jedwede Hilfe anzunehmen. Juubei sieht sich durch diesen Affront genötigt, Yoshihiko anzugreifen und Muneakira muss versuchen, sie aufzuhalten. Erst dadurch schafft er es, zum wahren General aufzusteigen. Doch plötzlich beginnt Gisen mit ihrem Angriff...
Die Auferstehung Amakusas steht kurz bevor und der Kampf scheint fast verloren. Nun muss Juubei den wahren Vertrag mit ihrem General abschließen. Das bedeutet, dass sie ihre „normale“ Persönlichkeit verlieren wird. Doch eigentlich hat sie keine Wahl – denn nur sie kann die Welt retten! Und so tritt sie ihren finalen Kampf gegen Gisen an...