Staffel 2

Der Tornado hat eine Spur der Verwüstung durch Smallville gezogen. Zwar konnte Clark Lana im letzten Moment vor dem Sturm retten, doch von seinem Vater fehlt jede Spur. Dieser ist gemeinsam mit Sensationsreporter Roger Nixon verschüttet worden, der Clarks Geheimnis kennt und es unbedingt publik machen möchte.

Lex heiratet die ebenso attraktive wie mysteriöse Desiree. Mühelos verdreht sie allen Männern den Kopf. Mit wahrhaft heißen Blicken verfolgt auch Clark jede ihrer Bewegungen und setzt dabei allerlei Gegenstände in Brand. Desiree nützt ihre ungewöhnlichen Kräfte, um den Männern der Stadt ihren Willen aufzuzwingen. Clark scheint sich als einziger noch unter Gewalt zu haben und versucht, dem schönen Biest Einhalt zu gebieten.

Pete entdeckt ein Raumschiff in einem Maisfeld und versteckt es in seiner Scheune. Er ist verwundert, dass Clark seine Begeisterung über den sensationellen Fund nicht teilt. Als das Raumschiff am nächsten Tag weg ist, glaubt Pete, Clark habe ihm übel mitgespielt. Doch leider ist nicht er sondern Dr. Hamilton im Besitz des UFOs. Clarks Geheimnis droht gelüftet zu werden. Um nicht auch noch seinen besten Freund zu verlieren, klärt er Pete über seine außerirdische Herkunft auf.

Zum Zeichen ihrer Verbundenheit wollen sich Clark und seine Kameraden einen Freundschaftsring kaufen. Ein windiger Juwelier macht ihnen ein gutes Angebot für Smaragdringe. Der vermeintliche Edelstein ist jedoch rotes Kryptonit. Und dieses macht aus Clark einen wahrhaft bösen Buben. Seine besorgten Eltern und Pete versuchen, Clark den Ring wieder abzunehmen. Das erweist sich als äußerst schwierig.

Lana hat in Byron Moore einen Verehrer gefunden. Als sie von seinem tragischen Schicksal erfährt, ist sie schockiert: Byron wird von seinen Eltern unter Tags im Keller gefangen gehalten. Clark und Pete beschließen, den Jungen zu befreien. Die böse Überraschung folgt auf den Fuß. Sobald Byron ins Sonnenlicht tritt, verwandelt er sich in ein Monster mit Superkräften.

Mehrere Schüler kommen unter mysteriösen Umständen ums Leben. Ihre Körper sind um Jahrzehnte gealtert. Clark hat den Verdacht, dass die neue Mitschülerin Chrissy mit den Vorkommnissen in Verbindung steht. Die Kents stecken in finanziellen Nöten. Martha überwindet ihren Stolz und bittet ihren Vater um Geld, mit dem sie seit Jahren zerstritten ist. Ein Foto gibt Lana Anlass zu der Vermutung, dass ihre Mutter einen Geliebten hatte. Sie bittet Lex um Hilfe bei den Nachforschungen.

Rachel Dunlevy taucht in Smallville auf und behauptet, Clark sei ihr leiblicher Sohn. Nach einer Affäre mit Lionel Luther habe sie einen Sohn geboren, und sei von Lionel gezwungen worden, das Kind zur Adoption freizugeben. Nun verlangt Rachel einen Gentest. Damit droht das Geheimnis um Clarks außerirdische Herkunft gelüftet zu werden.

Clark erhält überraschend einen Anruf von seinem alten Freund Ryan. Der junge Gedankenleser ist in die Fänge eines dubiosen Forschungsinstituts geraten. Er bittet Clark, ihn zu befreien. Dieser ist sofort zur Stelle und bringt Ryan auf der Kent-Farm unter. Die Lage spitzt sich zu, weil Ryan an einem schnell wachsenden Gehirntumor leidet, der umgehend von einem Spezialisten operiert werden muss. Dieser sitzt jedoch bereits abflugbereit im Flugzeug.

Ian ist neu an der Schule. Sein ehrgeiziges Ziel ist es, zwei Klassen auf einmal zu überspringen. Obwohl seine Intelligenz und Begabung beeindruckend sind, legt er ein Lernpensum an den Tag, dessen Bewältigung nur durch einen Doppelgänger erklärbar ist. Als er zur selben Zeit eine Verabredung mit Lana und Chloe hat, läuten bei Clark die Alarmglocken. Seine Freundinnen wollen jedoch nicht auf ihn hören und halten ihn für eifersüchtig.

Clark macht Bekanntschaft mit der attraktiven Indianerin Kyla. Dieser bleiben Clarks Fähigkeiten nicht verborgen. Sie hält ihn für den Nachfahren eines von ihrem Stamm verehrten Helden, der ebenfalls über außergewöhnliche Kräfte verfügt hatte. Zur selben Zeit werden mehrere Bewohner Smallvilles von einem weißen Wolf attackiert. Die Bevölkerung erinnert sich an eine alte Legende, dernach sich die Mitglieder von Kylas Indianerstamm in Tiere verwandeln können.

Lange Zeit galt Whitney, der sich zu einem Kriegseinsatz in Indonesien gemeldet hatte, als verschollen. Nun ist er nach Smallville zurückgekehrt, bereit, sein altes Leben wieder aufzunehmen. Dazu gehört auch die Beziehung mit Lana. Clark und Lana, die sich in den letzten Wochen näher gekommen waren, betrachten Whitneys Heimkehr mit gemischten Gefühlen. Außerdem gibt Whitneys eigenartiges Verhalten Anlass zu Sorge.

Der Konflikt zwischen Lex und Lionel verhärtet sich. Lex entdeckt Abhörgeräte in seinem Büro, die offenbar von seinem Vater dort angebracht wurden. Er will es ihm mit gleicher Münze heimzahlen und engagiert zwei Handlanger, die Lionels Umgebung verwanzen sollen. Die Männer dringen jedoch in den Luthor Tower ein und räumen den Safe aus. Dabei finden sie eine Geheimakte über Clark.

Auf Lionel Luther wird ein Mordanschlag verübt. Im Krankenhaus ringt der schwer Verletzte mit dem Tod. Die Polizei sucht inzwischen fieberhaft nach dem Täter. Clark ist schockiert, dass auch sein Vater zu den Verdächtigen gehört. Als man eine Waffe bei Jonathan Kent findet, aus der kürzlich geschossen wurde, wird er verhaftet.

Einige von Clarks Mitschülern werden von lebensgefährlichen Parasiten befallen, die in ihrem Wirt eine Todessehnsucht hervorrufen. Mehrere Jugendliche begehen daraufhin Selbstmord. Als auch Pete und Chloe beginnen, sich eigenartig zu verhalten, ist Clark alamiert. Er will sie ins nächste Krankenhaus bringen. Pete widersetzt sich Clarks Bemühungen und weiß auch, wie er seinen Freund in Schach halten kann. Er steckt ihm rotes Kryptonit in die Tasche.

Nach langer Suche findet Lex endlich seinen jüngeren Bruder Lucas. Er empfängt ihn mit offenen Armen und bietet ihm einen Platz im Firmenunternehmen an. Ein Schritt, den er schon bald bereut. Lucas versucht Lex von der Firmenspitze zu drängen und selbst das Ruder zu übernehmen. Mit dieser rücksichtslosen Vorgehensweise sichert er sich obendrein Lionel Luthors Gunst.

Martha macht sich am Achteck, einem Teil des Raumschiffes, zu schaffen und setzt dabei eine giftige Staubwolke frei. Sie erkrankt schwer und fällt ins Koma. Als sich die Seuchenbehörde auf der Kent-Farm umsehen will, muss Clark das Raumschiff verstecken. Dabei gerät auch er in Kontakt mit der giftigen Substanz.

Clark entdeckt in der Indianerhöhle eine achteckige Öffnung. Offenbar das Gegenstück für ein gleichgeformtes Metallteil aus dem Raumschiff. Als Clark die beiden Teile zusammensetzt, fällt er in eine tiefe Ohnmacht, aus der er, durch neue Erkenntnisse und Fähigkeiten bereichert, erwacht. Wenig später erhält Clark E-Mails von Dr. Swann, einem geheimnisvollen Milliardär, der auf der Suche nach außerirdischem Leben ist. Dr. Swann behauptet, etwas über Clarks Herkunft zu wissen.

Cyrus Krupp ist neu an der Schule. Seine verschlossenen Art macht ihn zum Außenseiter und Prügelknaben. Als er wieder Opfer der Schlägertypen zu werden droht, setzt er kurzerhand die Klassentafel in Flammen - und das durch einen Blick. Clark hofft endlich, einen Artgenossen gefunden zu haben und freundet sich mit Cyrus an. Dieser behauptet tatsächlich, ein Außerirdischer zu sein.

Lana wir in ihrem Lokal von mehreren Betrunkenen belästigt. Clark ist zur Stelle und lässt die Fäuste sprechen. Dafür wird er vom neuen Sheriff verhaftet und zu Sozialdienst verurteilt. Auch Lex gerät mit dem Gesetz in Konflikt. Ein Ex-Freund seiner Freundin verletzt sich selbst und zeigt ihn als angeblichen Täter an.

Clark beobachtet einen Überfall auf einen Transporter der LutherCorp. Er schreitet ein, hat es aber mit ebenbürtigen Gegnern zu tun. Dafür kann es nur einen Grund geben: Kryptonit. Sein Verdacht erhärtet sich, als er einen Täter wieder erkennt. Es ist sein Mitschüler Eric Marsh, der innerhalb kürzester Zeit von belächeltem Streber zum Sporthelden mutiert ist. Clark steht ein schwieriger Kampf bevor.

Lana glaubt einen Geist zu sehen, als sie einem kleinen Mädchen gegenüber steht, dass ihrer vor Jahren verstorbenen Freundin Emily aufs Haar gleicht. Nach mehreren unheimlichen Begegnungen vertraut sie sich Clark an. Der findet heraus, dass Emilys Vater Gentechniker ist und mit Hilfe von Lionel Luthers Kryptonitbarren in der Lage ist, Menschen zu klonen.

Dr. Walden erwacht aus dem Koma und warnt sogleich vor Clark. Er hat die Zeichen in der Indianerhöhle entziffern können und ist der Überzeugung, Clark sei ein Außerirdischer, der die Menscheit unterwerfen wird. Dr. Waldens Prognose scheint sich zu bewahrheiten, als Clark eine geheimnisvolle Stimme hört, die ihm genau dies befiehlt.

Clarks leiblicher Vater Jor-El befiehlt ihm, seiner eigentlichen Bestimmung nachzugehen und die Herrschaft über den Planeten Erde anzutreten. Sollte er der Anweisung zuwider handeln, werde seinen engsten Freunden großes Unheil widerfahren. Clark sieht nur einen Ausweg, den Spuk zu beenden. Er will das Raumschiff zerstören. Bei der dabei entstehenden Explosion wird Martha leicht verletzt und verliert ihr ungeborenes Baby. Clark ist am Boden zerstört. Er will Smallville für immer verlassen.