Clark wird zur Festung der Einsamkeit transportiert, wo er sich entscheiden muss, Chloe vorm Erfrieren oder den Planeten zu retten. Währenddessen stößt Lana auf zwei Kryptonier, die aus dem Raumschiff entsteigen und auf der Suche nach Kal-El eine Spur der Verwüstung hinterlassen …
Clark ist glücklich, endlich ein „normales“ Leben zu führen, baut zusammen mit seinem Vater die Kent-Scheune wieder auf und turtelt verliebt mit Lana herum. Doch als seine Eltern und Lana als Geiseln genommen werden, sodass Clark gezwungen ist, ein Serum aus der geheimnisvollen „Ebene 3“ von LuthorCorp zu besorgen, muss er auch ohne Superkräfte seine Retterqualitäten unter Beweis stellen.
Gabriel, ein ehemaliger Smallville-High-Schüler und Freund von Chloe, verschafft sich gewaltsam Zugang zu Raketencodes, da er Smallville samt aller Kryptonit-Mutanten ein für alle Mal auslöschen will. Clark versucht sich ihm entgegenzustellen und wird angeschossen. Mit tödlichen Folgen ...
Lana, Clark, Chloe und Lois erfrischen sich im Kratersee. Als Lois sich am Kopf stößt und zu ertrinken droht, wird sie von Arthur „A. C.“ Curry gerettet, der nicht nur schneller als Clark schwimmen kann, sondern auch Lex die Zerstörung der Wasserwelt vorwirft. Und er ist nicht der Einzige, auch Professor Fine redet Clark wegen Lex’ dunklen Machenschaften ins Gewissen …
Auf Grund ihrer Last-Minute-College-Einschreibung schließt Lana sich einer Schwesternschaft an, um noch ein Quartier zu bekommen. Doch die Schwestern entpuppen sich als Vampire, die Lana zuerst in eine von ihnen verwandeln und dann gegen Clark aufhetzen. In der Zwischenzeit bewirbt Chloe sich um ein Volontariat beim Daily Planet und trifft dabei auf die knallharte Chefredakteurin Pauline Kahn.
Jonathans ältester Freund, Senator Jack Jennings, kommt nach Smallville, um sich Unterstützung für seine Wiederwahlkampagne zu besorgen. Als er jedoch beschuldigt wird, seine Geliebte ermordet zu haben, muss Lois undercover als Stripperin auftreten.
Als Clark neuem „silbernen” Kryptonit ausgesetzt wird, leidet er an paranoiden Wahnvorstellungen. Das geht so weit, dass er Lana töten will …
Als Martha ernsthaft erkrankt, überzeugt Professor Fine Clark davon, dass Jor-El dafür verantwortlich sei und dass die Festung der Einsamkeit zerstört werden muss, um ihr Leben zu retten. Doch Fine führt natürlich etwas Größeres im Schilde ...
Lex überlegt, ob er unfaire Aktionen in die Wege leiten soll, um Jonathan, seinen Gegenkandidaten bei der Wahl zum Senator, schaden zu können. Doch dann wird Lex angeschossen, fällt in ein Koma und wird vom Geist seiner Mutter besucht, die ihm zeigt, wie sein Leben aussehen könnte, wenn er sich vom Einfluss seines Vaters befreien würde. In der Zwischenzeit hilft Clark, Weihnachtsgeschenke auszuliefern.
Das Rennen um die Wahl zum Senator erreicht seinen siedenden Höhepunkt: Zunächst erhält Jonathan einen anonymen Drohanruf mit der Aufforderung, aus der Wahl auszusteigen. Als er dann auch noch zusammengeschlagen aufgefunden wird, setzt Clark alles daran, die Angreifer ausfindig zu machen. Lois gerät zwischen die Fronten, als sie entführt und gezwungen wird, während einer Rede ein Attentat auf Jonathan zu verüben.
Lex und Lana befinden sich in der Gewalt eines geistig verwirrten Smallviller Polizisten. Zwar sind die beiden, eingesperrt in Lex’ Atombunker, außer Schussweite, doch der Cop will sie so lange nicht rauslassen, bis Lex den Aufbewahrungsort des kryptonischen Raumschiffes verrät. In der Zwischenzeit sehen sich die Kents mit den Problemen der Finanzierung der Wahlkampagne konfrontiert.
Clark enthüllt Lana sein Geheimnis und macht ihr einen Heiratsantrag. Jonathan und Lex erfahren die Wahlergebnisse, und es gibt einen tragischen Autounfall, bei dem jemand stirbt, den Clark liebt, sodass er Jor-El um Hilfe anfleht.
Ein trauernder Clark entdeckt, dass die neue Assistentin des Daily Planet, Andrea, ein Doppelleben führt: tagsüber als unauffällige Mitarbeiterin und nachts als Superheldin im Kampf gegen Bösewichter. Ihre Wege kreuzen sich, als sie denselben Gangster jagen. Währenddessen geraten Lionel und Lex wegen LuthorCorp aneinander.
Chloe ist besessen vom Geist eines jungen Mädchens, dessen Skelett sich in den Wänden des Talons befindet, und macht sich an der Seite von Lois und Clark auf die Suche nach „ihrem“ Mörder.
Clark gerät in Konflikt mit Lex, als er dem befreundeten Victor Stone – halb Mensch, halb Maschine – zur Seite steht, der aus einem Labor von LuthorCorp geflüchtet ist. In der Zwischenzeit hilft Lionel Martha, die mit einer DVD erpresst wird, die Clark mit seinen Superkräften zeigt.
Clark wird von einem Mädchen mit Hilfe ihrer Halskette hypnotisiert, sodass sie von seinen Superkräften erfährt und ihn gegen Lana und Lex ausspielt. In der Zwischenzeit macht Lex den verschwundenen Professor Fine in Honduras ausfindig.
Eine über die Trennung von Clark zutiefst unglückliche Lana erhält von einem dubiosen Medizinstudenten ein auf Kryptonit basierendes schädliches Serum, das Nahtoderfahrungen erlaubt, bei denen sie mit ihren verstorbenen Angehörigen reden können. Lana sucht Trost bei ihren Eltern, doch als Chloe vom Tod einer Süchtigen erfährt, versuchen sie und Clark, Lana aufzuhalten. In der Zwischenzeit arbeitet Lionel weiter daran, Martha näherzukommen.
Clark freundet sich mit einem Mädchen an, das durch bloße Gedankenkraft Glas zerschmettern kann. Als ihre Stiefmutter anscheinend durch ihre schwer zu kontrollierende Fähigkeit zu Tode kommt, steht er ihr helfend zur Seite. In der Zwischenzeit kommen Lex und Lana sich immer näher und Chloe erfährt davon.
Lionel wird von einem maskierten Mann gefangen genommen, der durch ihn bankrott ging und sich rächen will. Er zwingt Lionel, verschiedene ausgeklügelte Tests zu absolvieren, um am Leben zu bleiben. Als Martha Lionel aufsucht, wird sie selbst zum Teil des Spiels um Leben und Tod.
Clark rettet einem Mann das Leben, der sich allerdings als gefährlicher Auftragskiller entpuppt. Mit seiner Fähigkeit, sich unsichtbar zu machen, möchte er Clark einen „Gegengefallen“ erweisen und Lex töten, damit Clark und Lana wieder zusammensein können.
Clark erhält Besuch vom Geist Jonathans, der ihn vor Lionel warnt, und verlangt, dass Clark Lionel töten muss, wenn er ihn aufhalten will. In der Zwischenzeit setzt Fine alles daran, einen Impfstoff von Lex zu bekommen, mit dem er Schreckliches plant ...
Professor Fine alias Brainiac holt zum ultimativen Schlag gegen die Menschheit aus und setzt einen Computer-Virus frei. Chaos bricht auf den Straßen aus. Lex’ Körper wird von Jor-Els ehemaligen Erzfeind Zod besetzt, gegen den Clark keine Chance zu haben scheint ...