Als die Ori den Planeten Chulak angreifen, müssen sich Vala und Daniel mit dem Anführer der Ori herumschlagen - Valas Tochter, die von den Ori erschaffen wurde, um ihnen zu dienen.
Das SG-1 Team um Lt. Mitchell geht nach dem ersten, weniger erfolgreichen Kampf gegen die Ori-Flotte auf eine Off-World Mission und gerät in große Schwierigkeiten. Landry entscheidet unterdessen ob man Vala trauen und sie im SGC lassen kann.
Während Daniel und Vala in Atlantis nach Merlins Anti-Ori-Waffe suchen, arbeiten Mitchell, Carter und McKay an einem gefährlichen Plan, um die Ori-Invasion vorerst zu verlangsamen.
Der NID und Ba'al, der seine Macht verstärkt hat und erneut nach der Kontrolle über die Erde greift, bereiten dem SGC kopfzerbrechen.
SG-1 trifft zusammen mit General Landry Vorbereitungen zu einem Rückzug im Kampf gegen die Ori. Währenddessen entdeckt Teal`c zusammen mit SG-3 dass die Einwohner eines weit entfernten Planeten mysteriöse Mutationen aufweisen die zum Tode führen.
Martin Lloyd bittet das SGC und SG-1 Team um Hilfe, als er in den Vorbereitungen für einen Fernsehfilm zu seiner gescheiterten Fernsehserie "Wormhole X-Treme" steckt.
Tödliche Kämpfe zwischen den Ori - angeführt von Adria - und den Jaffa beginnen, nachdem hunderttausende Bewohner eines Planeten durch eine mächtige Energiewelle ausgelöscht wurden. Adria glaubt, dass dies das Werk von SG-1 war. Sie nimmt Daniel und Vala kurze Zeit später gefangen, um an Hinweise zu der Waffe zu kommen.
Vala wird von Trust-Agenten, die auf Befehl des Goa'uld Athena handeln, entführt. Sie suchen in Valas Gedächtnis nach Hinweisen auf Antikerartefakt, doch ein Unfall lässt Vala vergessen wer sie ist und woher sie kommt.
Mitchell muss einen wagemutigen Undercover-Plan durchziehen, nachdem Teile seines Teams von der Lucian Allianz gefangen genommen und die Odyssey gekapert worden ist.
SG-1 befindet sich zwischen zwei Feinden - einem alten und einem neuen - als man zu einer Mission aufbricht, deren Ziel es ist den Heiligen Gral zu finden, bevor die Ori dies tun.
Nachdem sich der Heilige Gral nur als Hologram herausgestellt hat, findet das SG-1 Team den gefrorenen Körper von Merlin. Sie beleben ihn wieder und ein Wettlauf mit der Zeit beginnt, denn Merlin ist dem Tode nahe.
Carter benutzt Merlins Technologie, um ein komplettes Dorf einer Phasenverschiebung zu unterziehen, um es so vor einem Angriff der Ori zu schützen. Doch die Technologie ist unausgereift und das Leben aller Dorfbewohner und SG-1 steht auf dem Spiel.
Nach einem Unfall ist Carter in einer Parallelwelt gefangen, in der die Ori die Erde angreifen. Doch ist die Bedrohung durch die Ori ihre geringste Sorge, denn ihr wird es nicht erlaubt zurückzukehren.
Auf einem fremden Planeten stellt das SG-1 Team mit erschrecken fest, dass Daniel Jackson in einen Prior der Ori verwandelt wurde.
Mitchell nimmt an seinem High School Klassentreffen in Kansas teil und wird von Vala begleitet. Was Mitchell nicht weiß, ist, dass er von einem außerirdischen humanoiden Kopfgeldjäger verfolgt wird. Dieser isr darauf aus, das komplette SG-1 Team in seine Gewalt zu bekommen.
Das Stargate-Team landet in einem außerirdischen Museum und wird fälschlicherweise für eine Gruppe von Geiselnehmern gehalten. Da sie einem außerirdischem Polizisten die Situation nicht deutlich machen können, muss SG-1 die Polizei von sich fern halten, indem sie vortäuschen brutale 'Bad Guys' zu sein - bis sie einen Weg nach Hause finden.
Teal'c ist überzeugt, dass sein ehemaliger Schüler Arkad der Drahtzieher hinter einem Anschlag auf ein Jaffa-Gipfeltreffen ist. Er ignoriert seine SG-1 Kollegen und macht sich alleine auf die Suche nach Arkad, um sich für den Anschlag zu rächen.
General Landry kümmert sich um seine (Ex-)Frau, die gleichzeitig Dr. Lams Mutter ist, während Vala und ihr räuberische Vater einige Zeit miteinander verbringen und sich herausstellt, dass er der Erde helfen könnte. Doch dafür müsste Vala ihrem Vater Vertrauen entgegenbringen.
SG-1 entwickelt einen Plan um Adria gefangen zu nehmen, Vala soll dabei als Köder genutzt werden. Doch Ba'al hat einen eigenen dunklen Plan, der tödlich für alle Beteiligten Enden könnte. Drastische Schritte müssen unternommen werden, um ihn zu stoppen, doch wird Vala fähig sein das Undenkbare möglich zu machen?
SG-1 ist auf der Odyssey und müssen ihr letztes Gefecht schlagen gegen angreifenden Ori-Schiffe. Dabei erzeugen sie ein Zeiterweiterungsfeld in der nur sie altern und müssen den Rest ihres Lebens miteinander verbringen, während sich die Beziehung des Teams untereinander verändert...