Staffel 2

SG-1 muss Apophis' Invasionstruppen stoppen, bevor sie die Erde erreichen und alles vernichten.

Carter wurde von einem Goa'uld eingenommen der vorgibt ein Feind der Systemlords zu sein. Der Goa'uld, Jolinar von Malkshur, wird von einem Kopfgeldjäger gejagt.

SG-1 wird gefangen genommen und auf einen fremden Planeten verbannt, auf dem eine Frau die Macht über die anderen Gefangegen hat.

Das SG-1 Team ist in einer virtuellen Realität gefangen und wird dazu gezwungen die schlimmsten Momente aus ihrem Leben immer und immer wieder zu erleben.

Jackson wird abhängig von den Folgen eines Sarkophages und möchte die leicht manipulierbare Prinzessin des Planeten heiraten.

SG-1 kehrt zurück nach Cimmeria, und findet heraus, dass der Planet ohne die Hilfe der Asgard von den Goa'uld eingenommen wurde.

SG-1 entdeckt ein altes Artefakt das O'Neill und das SGC zur Geisel nimmt.

Das SG-1 Team versucht Teal'c's Sohn zu Retten, Rya'c. Dieser wurde von Apophis entführt und einer Gehirnwäsche unterzogen. Außerdem bekommt Teal'c erschreckende Nachrichten über seine Frau.

Jackson erfährt, dass seine Frau nach Abydos zurückgekehrt ist, und dass sie im 9. Monat schwanger ist, von Apophis. O'Neill muss dafür sorgen, dass das SG Programm geheim bleibt und Carter erfährt, dass ihr Vater im Sterben liegt.

Teal'c wurde mit tödlichem Gift von einem gigantischen Insekt infiziert, und verfällt in eine schwere Verwandlung. Als er aus dem SGC flüchtet, muss das SG-1 ihn finden, bevor es Colonel Maybourne tut

SG-1 lokalisiert die Tok'ra, eine Goa'uld Widerstandsbewegung, welche die Systemlords attackieren, und versuchen mit ihnen ein Bündnis einzugehen. Jacob Carter's steht kurz vor dem Tod, weil er Krebs hat.

Während das SG-1 versucht ein Bündnis mit den Tok'ra einzugehen, verrät ein Spion diese an die Goa'uld. Jacob Carter erkennt, dass die Tok'ra seine einzige Rettung sein könnten.

SG-1 findet einen Planeten, bewohnt von amerikanischen Indianern, die von Geistern bewacht werden, welche natürlich starke Außerirdische sind.

Das SG-1 Team wird des Diebstahles eines Wetterkontrollgerät beschuldigt, welches einen primitiven Planeten ins Chaos stürtz. Das Team entdeckt, dass das zweite Tor auf der Erde missbraucht wird

O'Neill's Gehirn wird aus Versehen als Speicher für eine außerirdische Bibliothek genutzt, was letztendlich zum ersten Treffen mit den Asgard führt.

Nachdem eine Welt angewählt wurde, über der ein schwarzez Loch hängt, kann das SGC das Stargate nicht mehr abschalten. Jeder auf der Welt bekommt etwas von der Zeitverzerrung mit.

SG-1 entdeckt einen Mann, der bekannt dafür ist, Technologien gegen die Goa'uld zu entwickeln. Daniel wird mit einem Trick dazu bewegt mit ihm den Körper zu tauschen. Ma'chello, glaubt, dass es ihm erlaubt sei, für all das Gute, was er getan hat.

Apophis, SG-1's größter Feind, wird von Sokar fast zu Tode gequält und endet als Gefangener des SG-1 Teams.

Eine Gruppe primitiver Aliens beginnt zu sterben, nachdem das SG-1 Team deren Planeten betreten hat.

Ein Junge kommt durch das Stargate auf die Erde, und warnt das SGC vor einem Angriff unsichtbarer Aliens auf die Menschheit, um den Goa'uld die Möglichkeit zu nehmen, die Menschen als Wirte zu benutzten.

Ein kosmischer Zwischenfall hat die Folge, dass das SG-1 Team 30 Jahre zurück in die Zeit geschickt wird, in der sie das Stargate lokalisieren müssen und einen Weg zurückfinden müssen in ihre Zeit

O'Neill, Carter und Jackson erwachen aus einer Art Schlaf in einem Komplex. Der scheint das SGC zu sein , mehr als 80 Jahre in der Zukunft. Die 3 werden über entscheidende Vorgänge in den letzten Jahren ihres Teams befragt.