Kurz nachdem Carter und O'Neill das SGC verlassen haben und sowohl das SGC wie auch SG-1 eine neue Führung erhalten haben, bricht Lt. Colonel Cameron Mitchell mit seinem SG-1 Team auf eine Mission auf, um einige Antiker Technologien zu suchen.
Daniel Jackson und Vala, die noch immer aneinandergebunden sind, werden in eine weit entfernge Galaxie transportiert, bevölkert von Anbetern einer mystischen und potentiell bedrohlichen Rasse.
Nachdem Vala und Daniel ein Antiker Kommunikationsgerät reaktiviert haben, müssen sie erkennen, dass sie dadurch die Erde unglücklicherweise einer großen Bedrohung ausgesetzt haben: Die Ori erreichen das SGC.
Daniel erfährt, dass er und Vala durch ein Energiefeld permanent miteinander verbunden sind. Doch um diese Fesseln, die die beiden aneinenderbinden, zu brechen, müssen er und Mitchell auf eine schwierige Mission gehen.
Vala kehrt auf einen Planeten zurück, auf dem sie einst als Goa'uld Göttin Qetesh angebetet wurde. Doch auf diesem Planeten trifft sie mit dem SG-1 Team auf die Boten der Ori und eine vernichtende Plage.
Sam Carter kehrt zurück zum Stargate Kommando, als die Ori die Kontrolle über einen Planeten übernommen haben, und durch ein wachsendes Schutzschild einen Außenposten in unserer Galaxie errichten wollen.
Der interstellare kriminelle Baal soll sich, seit seiner Niederlage in der Schlacht um Dakara, auf der Erde versteckt halten. Doch die Suche nach ihm stellt die Allianz zwischen Menschen und Jaffa auf eine schwere Probe.
Mitchell zog sich bei einem Kampf mit Volnek, einem Krieger der Sodan, schwerste Verletzungen zu und wird nun von den Sodan gefangen genommen und versorgt. Er soll wieder zu alter Stärke finden, um dann für das Blutvergießen in einem Kampf um Leben und Tod anzutreten.
Das SG-1 Team findet einen genetisch weiterentwickelten Goa'uld-Mensch-Hybrid. Er war einer der ersten Elitekrieger von Anubis, die die Antiker besiegen sollten. Jetzt muss SG-1 über die Zukunft des Kriegers entscheiden
Während Teal'c versucht Gerak davon abzuhalten mit dem mächtigen Feind gemeinsame Sache zu machen, arbeitet Carter an einer Technologie, die dem Team sehr nützlich sein könnte im Kampf gegen die Ori.
Als die Stärke von Geraks Streitkäften weiter gegen das Team ansteigt, muss SG-1 schnell ein Gegenmittel gegen den Virus finden, welcher von den Ori freigelassen wurde.
Als eine außerirdische Wissenschaftlerin, die gerade an einem revolutionären Gedächtnisgerät arbeitete, tot aufgefunden wird, wird Mitchell des Mordes beschuldigt. Obwohl er diplomatische Immunität besitzt, riskiert er sein Leben und seine Karriere, um den wahren Mörder zu stellen.
Durch große Probleme mit dem Stargate kommen viele verschiedene alternative Versionen des SG-1 Teams auf die Erde - darunter sind auch alte Freunde.
Ein tot geglaubter unterzieht die Mitglieder des hohen Jaffa-Rates einer Gehirnwäsche, um eine Abstimmung zu seinen Gunsten zu verändern. Unterdessen muss Mitchell eine schere Entscheidung treffen, als er erfährt, dass ein alter Freund im Sterben liegt.
Die Ori entwickeln ein Bauplan einer neuen Waffe. Kane, ein Repräsentant der Rand Zivilisation, sucht daraufhin die Hilfe des SG-1 Teams, um alle Waffen, die nach diesem Bauplan gebaut wurden, zu vernichten. Außerdem will er - mit Hilfe des SG-1 Teams - seine Regierung davon überzeugen, den Ori nicht weiter zu folgen.
Das SG-1 Team wird nach einem missglückten Handelsversuch mit der Lucian Allianz gefangen genommen. Da auch das Stargate auf dem Planeten plötzlich fehlt, wird das neue Erdenschiff Odyssey losgeschickt um SG-1 zu retten, doch man mus noch viel mehr tun...
SG-1 wird die scheinbar unwürdige Aufgabe zugeteilt, ein Team von fremden Delegierten auf eine Tour zur Beta Basis zu begleiten. Doch die einfache Mission wird plötzlich zu einer großen Mission, als eine heimtückische, neue Bedrohung auftaucht.
Mitchell und Carter verschlägt es durch die Aktivierung eines Tarngeräts in eine andere Dimension. Während Daniel im SG Center versucht den Aufenthaltsort seiner Teamkameraden feszustellen, beschließt Mitchell seine missliche Lage zu seinem Vorteil zu nutzen und Teal'c bei der Jagd nach einem ebenfalls getarntem Killer zu helfen.
Vala wacht in einer von den Ori beherrschaften Stadt auf, nachdem sie in die Anomalie gezogen wurde. Dort versucht sie gemeinsam mit einer Widerstandsbewegung eine Ori Angriffsflotte zu zerstören, die es auf die Erde abgesehen hat.
Auf der Suche nach Merlins Antikerwaffe reist SG-1 zu einem außerirdischen Planeten. Dort liegt, wie sich später herausstellt, Merlins Bibliothek. Das Team muss in die Bibliothek gelangen, aber laut der örtlichen Legende wird sie von einem Schwarzen Ritter bewacht. Jeder, der sie betritt, wird sterben.