Der erbitterte Kampf zwischen Reddington und Berlin hält an. Doch ein weiterer mächtiger Feind tritt ins Rampenlicht, der sich Lord Baltimore nennt. Liz muss derweil versuchen, die finale Konfrontation mit Tom hinter sich zu lassen.
Als die Monarch Douglas Bank ausgeraubt wird, will Red die Gunst der Stunde nutzen und die bestehenden Geldwäschegeschäfte der Bank zerstören. Liz ist misstrauisch, was die wirklichen Absichten von Reddington angeht. Das Ermittlerteam erhält außerdem schlagkräftige Unterstützung, von einer Person, die alle beeindruckt.
Keen, Ressler und Samar sind einem illegalen Organhandel auf der Spur, nachdem ein Mann mit entferntem Herz aufgefunden wurde. Reddington versucht derweil, neue Geschäfte in Indonesien anzuschieben, ein Vorhaben, das sich schnell zu seinem Nachteil entwickelt.
Als eine Reihe scheinbar gewaltloser Bürger plötzlich zu Killern werden, legt Red Liz seinen Verdacht nahe, es könnte ein gefährliches sozial-psychologisches Experiment im Gange sein. Außerdem versucht Red Naomi und ihren Mann davon zu überzeugen, ein ganz besonderes Angebot zu anzunehmen.
Die Agenten Keen, Ressler und Cooper gehen einer Terroristenzelle nach, die womöglich eine zerstörerische Waffe besitzt. Liz versucht außerdem, ihren Beschützer loszuwerden und Red wendet gekonnt sein Manipulationsgeschick an, um jemanden zu verfolgen, der ihm sehr nahe steht.
Als eine verstümmelte Leiche am Strand angespült wird, tauchen Liz und Red in die gefährliche Welt der Wilderer ein. Ressler entwickelt eine gefährliche Angewohnheit.
Als ein iranischer Atomwissenschaftler ermordet wird, löst dies einen Racheplan gegen einen wichtigen Amerikaner aus. Red informiert Keen und Navabi darüber, dass der gefährliche Auftragsmörder „The Scimitar“ mit dem Job beauftragt wurde. Liz und Ressler geraten daraufhin in eine missliche Lage, als sie eine Spur verfolgen. In ihrer Freizeit sammelt Liz indes weitere Informationen über Berlin, während sich Red und seine vermeintliche Tochter Zoe weiter annähern.
Reds Absichten für Berlin nehmen eine plötzliche Wendung, als er herausfindet, dass Berlin vom neuen Blacklister manipuliert wurde, um sich an Red zu rächen. Red und Berlin reisen nach Moskau, um einen hochrangigen russischen Offizier zu finden, den sie für verantwortlich halten. Liz kämpft indes darum, ihr Geheimnis zu hüten.
Liz, Samar und Ressler kommen Red zur Hilfe, nachdem dieser in ein Geheimgefängnis in der Beringsee, genannt "Factory", gebracht wurde. Red hat sich allerdings absichtlich gefangen nehmen lassen, um dort auf einen alten Bekannten, Luther Braxton, zu treffen, mit dem ihn eine komplizierte Vorgeschichte verbindet. Braxton ist ein gnadenloser und brutaler Verbrecher, der mit allen Mitteln versucht an die Fulcrum, eine Erpressungsdatei/Akte heranzukommen. Red möchte das unter allen Umständen verhindern, da sein Leben davon abhängt, das angenommen wird, er habe die Fulcrum.
Braxton gelingt es, nach dem Luftangriff auf die "Factory" mit Liz in ein Krankenhaus zu fliehen, um von dort mit einem gestohlenen Krankenwagen zu verschwinden. Danach versteckt er sie in einem Safe House und will rausbekommen, was Liz über die "Fulcrum" weiß. Eine Ärztin, die von Braxton erpresst wird, behandelt Liz mit Medikamenten, die Liz unter einer Art Hypnose in die Vergangenheit zurückversetzen. Hierbei kommen zwar einige Ereignisse aus der Vergangenheit ans Licht, doch wo die "Fulcrum" ist, kann Liz leider nicht sagen. Auch Red, Ressler und Samar werden von der sinkenden "Factory" gerettet und versuchen, mit Coopers und Arams Hilfe alles um Liz aus Braxtons Händen zu befreien.
Ruslan Denisovs "Geschäftsmodell" ist es, mit seiner Separatisten-Gruppe SRU in Usbekistan hochrangige ausländische Geschäftsleute zu entführen und von deren Unternehmen Lösegeld zu erpressen. Als die SRU jedoch den katholischen Priester Pater Nabiyev verschleppt, der in Wahrheit der verdeckte CIA-Agent Burke ist, kommt Red ins Spiel. Dieser übergibt den Fall an das FBI, das keine Wahl hat, als CIA-Direktor Heyworth über die Ermittlung und die Geiselverhandlungen auf dem Laufenden zu halten.
Das Team untersucht das spurlose Verschwinden eines eigenartigen Kultanführers, auf dessen Grundstück einige Container mit gefährlichen Inhalten in der Erde vergraben gefunden werden. Red geht derweil seiner eigenen Agenda nach und begibt sich auf die Suche nach einem versteckten Safe.
Liz und das Team jagen einen Serienmörder, der "Hirschjäger" genannt wird, weil er seine Opfer wie Rotwild jagt und nach deren Tod ausweidet. Red hilft der Task Force bei der Suche nach dem Mörder, nicht ganz uneigennützig, weil er hofft, so Informationen über Fulcrum zu bekommen. Er nimmt nämlich an, dass Liz die Datei hat. Im Laufe der Ermittlungen stellt sich dann heraus, dass sie es nicht mit dem Hirschjäger, sondern mit einem Nachahmungstäter zu tun haben, der aus ganz anderen Motiven tötet, als sie ursprünglich angenommen haben. Liz bekommt mehr und mehr Schwierigkeiten mit der örtlichen Polizei, die den Mord an dem Hafenmeister untersucht, den Tom auf dem Schiff umgebracht hat. Die Leiche wurde gefunden, und es hat sich auch ein Zeuge bereiterklärt, gegen Liz und ihren Ex-Mann auszusagen. Der Fall soll vor ein Bundesgericht kommen, aber auch in dieser Angelegenheit kann Red Liz aus der Patsche helfen.
Die berüchtigte Familie King steht als nächstes auf Reddingtons Liste. Seit 200 Jahren agieren deren Mitglieder unter dem Deckmantel Investoren und Unternehmer zu sein. Das eigentliche Geschäft sind jedoch geheime Auktionen, bei denen die Palette der zu ersteigernden Güter von gestohlenen Gemälden bis zu wertvollen Entführungsopfern reicht. Als die Kings mit Hilfe von Madeline Pratt als Köder, Reddington entführen lassen, verschafft sich Elizabeth mit der Identität als Vertreterin eines berüchtigten russischen Kunstsammlers, der Interesse an einem gestohlenen Van Gogh hat, Zugang zu der Auktion, um Reddington zu retten und die Geschäftstätigkeit der Familie King zu beenden. Tom, der inzwischen gemerkt hat, dass ihm Elizabeth fehlt, ruft sie an, bevor er in Deutschland als Neonazi unter dem Namen Christof Mannheim einen neuen Undercover-Job in Dresden annimmt.
Liz wird vor Richter Denner zu ihrer Rolle bei der Ermordung des Washingtoner Hafenmeisters Eugene Ames befragt. Denner möchte mehr über ihre ungewöhnliche Beziehung zu Reddington und die Arbeit der Task Force erfahren. Aber Denner kann Liz' Ausführungen nur schwer Glauben schenken. Derweil versucht Red Bill McCready, alias 'The Major', einen ehemaligen Mitarbeiter ausfindig zu machen, der der Schlüssel dazu ist, Liz vor dem Gefängnis zu bewahren, da er Kontakt zu Tom Keen hat. McCready hatte vor vielen Jahren Tom angeheuert und ihn als Undercover Agent ausgebildet. Tom bewegt sich inzwischen in der Dresdener Neonaziszene, wo er sich einer Gruppe als Waffenlieferant anbietet.
Liz' Lage verschärft sich, die Beweislast gegen sie wird immer erdrückender. Doch Red und Ressler geben nicht auf, um den wahren Schuldigen zu einer Aussage zu bewegen und Liz vor einer Verurteilung zu bewahren...
Dr. Julian Powell forscht im Auftrag von Milliardär und Inhaber der sogenannten "Langlebigkeits-Initiative", Roger Hobbs, nach dem Schlüssel zur Unsterblichkeit des menschlichen Körpers. Hierbei schreckt er allerdings auch nicht vor illegalen Menschenversuchen zurück. Sein Auftraggeber hofft, ewiges Leben zu erlangen, doch Dr. Powell verfolgt ein eignes Ziel: Er will die Gehirnschäden seiner Verlobten heilen, die durch einen von ihm verschuldeten Autounfall entstanden sind. Sein Assistent, der Pharmavertreter Loyd Munroe, entführt für diese Zwecke geeignete Testpersonen aus Pflegeheimen. Die Experimente scheitern jedoch und alle Testpersonen sterben. Beim Versuch, die Leichen zu entsorgen, wird Munroe erwischt und erschießt auf seiner Flucht einen Polizisten. Red bringt das FBI auf die Fährte von Hobbs, mit dem ihn eine ominöse Geschäftsbeziehung verbindet. Das FBI kann Munroe und schließlich auch Powell aufspüren. Doch Red, der von Hobbs den Auftrag hat, Powell zu töten, entführt diesen kurzerhand, um in Erfahrung zu bringen, ob Powells Methode ihm helfen könne, Liz' Erinnerungen zu reaktivieren. Derweil werden Tom Keen und Bud McCready von den "Entrechteten" entführt...
Die Taskforce verfolgt eine provokative weibliche Täterin, die es augenscheinlich auf wohlhabende Männer abgesehen hat. Sie erwirbt deren Vertrauen, um sich dann mit deren Vermögen aus dem Staub zu machen. Dabei geht sie extrem akribisch vor und plant ihre Taten bis ins letzte Detail. Werden die Ermittler es schaffen, sie zu überführen? Währenddessen bittet Tom Liz um Hilfe. Er braucht die Pässe, die er damals in der gemeinsamen Wohnung unter dem Fußboden versteckt hatte, um untertauchen zu können. Liz möchte sie ihm zunächst nicht aushändigen, als sie dann jedoch bei den laufenden Ermittlungen auf seine Hilfe angewiesen ist, gibt sie klein bei. Tom erzählt ihr zum Dank von der Herkunft der Pässe und noch einige andere prekäre Details … Mit ihrem neuen Wissen entschließt sich Liz, Reddington die Fulcrum zu überlassen. Bei der Übergabe geht dann jedoch einiges schief – plötzlich geraten die beiden unter Beschuss …
Während Red um sein Leben kämpft, bittet er Liz Nicholas Caul ausfindig zu machen. Die mysteriöse Figur aus Reds Vergangenheit hat Wissen über Fulcrum. In einem Rennen gegen die Zeit muss die Task Force Caul finden bevor Reds Leben erneut in Bedrohung ist. Dabei erweist sich Tom auf unerwartete Weise als hilfreich.
Nach dem entschlüsseln der Informationen aus Fulcrum, ist Red entschlossen die drohende Gefahr zu stoppen. Die Task Force entdeckt inzwischen, dass Leichen chinesisch-amerikanischer Frauen unter falschen Identitäten aus dem Land geschmuggelt werden.
Die Task Force verfolgt nach einem Hinweis von Reddington das ehemalige Mitglied des russischen Geheimdienstes, Karakurt, der jedoch jetzt für die Kabal arbeitet und einen terroristischen Anschlag plant. Zur gleichen Zeit versucht Tom wieder mit Liz zusammenzukommen.
Liz erkennt, dass sie von The Cabal betrogen wird und zwingt Red, seine Kontakte spielen zu lassen, um ihren Namen reinzuwaschen. Cooper erhält schockierende Neuigkeiten. Ressler, Samar und Aram müssen sich entscheiden, wem in der Taskforce sie noch vertrauen können.