Staffel 1

Der Leiter der Antiterroreinheit des FBI, John O'Neill, nimmt den Neuling Ali Soufan, einen muslimisch-amerikanischen Agenten, in seine Einheit. Sie kämpfen darum, Informationen von der CIA zu erhalten und erkennen bald, dass ihre Arbeit gerade erst beginnt... als zwei amerikanische Botschaften bombardiert werden.

Nach den gleichzeitigen Bombenanschlägen auf die Botschaften in Kenia und Tansania, beginnt das FBI mit seinen Ermittlungen vor Ort, während die CIA an einem Plan für einen Vergeltungsschlag arbeitet.

Das FBI findet einen der überlebenden Terroristen und entdeckt einen ausschlaggebenden Hinweis in Nairobi, während der Vergeltungsplan der CIA genehmigt wird.

Weil er dem FBI weiterhin Informationen vorenthält, wird Schmidt aus der Alec Station entlassen. Diane macht eine wichtige Entdeckung über den Besitzer der Telefonnummer, die Owhali Chesney gab. O'Neill sucht Trost in seinem Glauben, als sein Privat- und sein Berufsleben in die Brüche gehen.

CIA und FBI sind in Alarmbereitschaft, da die Drohungen mit dem nahenden neuen Jahrtausend zunehmen. O'Neill und Soufan führen eine Razzia in einer al-Qaida-Zelle in Brooklyn durch. Die CIA enthält dem FBI weiterhin entscheidende Informationen vor, während sie verdächtige Personen verfolgt, die in die USA einreisen.

Vince bittet immer noch um die Erlaubnis, Mihdhars Visum mit dem FBI zu teilen. O'Neill verliert seinen Aktenkoffer und eine Untersuchung bezüglich seines Umgangs mit geheimen Unterlagen wird eingeleitet. Ein Junge, der nach dem Vergeltungsschlag des CIA radikalisiert wurde und seinen Freund tötete, reist nach Jemen und damit in seinen eigenen Märtyrertod.

O'Neill und Soufan reisen nach Jemen, um mit der Untersuchung des Bombenanschlags auf die USS Cole zu beginnen. Das FBI erfährt von einem Treffen in Malaysia und von Khallad, nicht wissend, dass die CIA schon seit Monaten davon Kenntnis hat.

Alle passen sich dem neuen Präsidenten und der geänderten Bedrohungspolitik an. Soufan erfährt, wie wichtig Bin Ladens Bodyguard ist. Der Zugang zu diesem wird ihm verweigert. Man untersagt O'Neill die Wiedereinreise nach Jemen und er ist gezwungen, zurückzutreten. Die Verantwortlichen der Regierung verlieren die sich in den USA aufhaltenden Terroristen Hazmi, Mihdhar und Atta.

Die CIA bemerkt, dass Hazmi und Mihdhar weg sind und muss es dem FBI melden. O'Neill nimmt einen Job als Sicherheitschef im World Trade Center an. Soufan wird zurück nach Jemen geschickt. Hazmi, Mihdhar und Atta sind unterwegs nach Vegas, um sich ein letztes Mal zu amüsieren.

Es ist der 11. September 2001 und niemand kann O'Neill erreichen. Soufans Abtransport aus Jemen kommt zum Stillstand, als der Chef der CIA-Station ihm all die Antworten liefert, die er seit Monaten von der CIA fordert. Schmidt wird wieder in der Alec Station eingesetzt. Soufan verhört letztlich Abu Jandal.