Das Leben des jungen Stephen Jameson ändert sich schlagartig, als er Stimmen in seinem Kopf wahrnimmt und plötzlich an unbekannten Orten aufwacht. Auf der Suche nach einer Antwort für die seltsamen Geschehnisse stößt er auf eine Vereinigung namens "The Tomorrow People", deren Mitglieder übernatürliche Kräfte besitzen. Die Gemeinschaft bekämpft eine Gruppierung namens ULTRA.
Für die Mitglieder von ULTRA ist Stephen ein gefundenes Fressen. Sie versuchen, das Gehirn des jungen Mannes mit übernatürlichen Kräften zu scannen. John befiehlt Cara heimlich, Stephen zu helfen. Stephen macht sich in der Zwischenzeit auf die Suche nach seinem vermissten Vater.
Lange hat Stephen sein soziales Leben vernachlässigt. Astrid will das ändern und nimmt ihn auf eine Party mit. Dort testet er zum Spaß seine Fähigkeiten im Gedankenlesen. Als er von seiner Mitschülerin Emily die telepathische Nachricht erhält, sie würde in 48 Stunden sterben, will er sofort handeln. Cara rät ihm aber, nicht einzuschreiten, da er sonst auffliegen könnte.
Der ehemalige ULTRA-Agent Killian McCrane erscheint wieder auf der Bildfläche. Während der Zeit bei ULTRA freundete er sich mit John an und wurde durch Medikamentengabe zum Massenmörder gezüchtet. Nun kehrt er zurück, um sich an Jedikiah zu rächen. Er hätte dabei gerne John an seiner Seite, doch der hat einen Deal mit dem Feind geschlossen. Jetzt heißt es: Töte oder du wirst getötet!
Cara will sich endlich wieder einmal unter gleichaltrige „Normalsterbliche“ mischen und schlägt den Tomorrow People vor, auf eine Party zu gehen. John ist nicht einverstanden. Ein Duell zwischen ihm und Cara soll über die Abendplanung entscheiden. Auch Astrid und Stephen sind für eine Party verabredet. Kurz bevor es losgeht, wird Stephen von Jedikiah abgeholt. Und dem ist nicht nach Feiern zumute.
Stephen und Russell lernen in einer Bar eine junge Frau namens Piper kennen. Es stellt sich heraus, dass sie ebenfalls ein Mutant ist. In einem unachtsamen Moment verschwindet Piper jedoch. Stephen und Cara machen sich auf die Suche nach der Ausreißerin, der bereits die Leute von ULTRA auf der Spur sind. Zu diesem Zeitpunkt ahnt noch niemand, dass Piper mit einem der Tomorrow People verwandt ist.
Darcys Tod beschäftigt Stephen und er beschließt, ULTRA den Rücken zu kehren. Jedikiah willigt ein, beraubt ihn aber gleichzeitig seiner Superkräfte. Stephen merkt, dass seine übernatürlichen Fähigkeiten ein Teil von ihm geworden sind und er sie nicht missen will. Nachdem er eine Nacht mit Cara verbracht hat, verabschiedet sie sich brüsk. Wie wird sie ihr Fremdgehen nun ihrem Freund John erklären?
Die Begegnung mit seinem Vater und Thanatos geht Stephen nicht mehr aus dem Kopf und er erzählt den Tomorrow People davon. Cara und Russell nehmen daraufhin Jedikiah gefangen, um seine Gedanken zu lesen. Es gelingt ihnen jedoch nicht. Unterdessen hat der ULTRA-Gründer von dem Verschwinden seines Mitarbeiters Wind bekommen und will ihn befreien. John und Cara sehen nur einen Ausweg: Jedikiah muss sterben.
John wird von ULTRA festgehalten und gefoltert. Cara und Russell versuchen unterdessen fieberhaft, Morgan zu finden, um Jedikiah zu erpressen. Als sie Morgan in ihrer Gewalt haben, kommt es tatsächlich zum Austausch der Geiseln. Als er wieder in Sicherheit ist, verrät John sein bitteres Geheimnis: Er ist der Mörder von Stephens Vater. Cara ist enttäuscht und möchte nichts mehr mit ihm zu tun haben.
Zum ersten Mal erreicht Stephen einen besonderen Zustand – den Limbus. In dieser Grauzone zwischen Leben und Tod trifft er seinen Vater. Er verrät seinem Sohn, wie er wieder heil aus der Zwischenwelt hinauskommt. Unterdessen läuten bei ULTRA die Alarmglocken: Ein berüchtigter Telepath ist aus der Zitadelle, einem Versuchslabor der Organisation, ausgebrochen.
Stephen und seine Ultra-Kollegen bekommen einen Text von Jedikiah, um zu sehen, wer würdig genug ist, zum Ultra-Agenten aufzusteigen. Nicht alle Kandidaten schaffen es jedoch, im Team zusammenzuarbeiten. Cara bekommt unterdessen Besuch von einem mysteriösen Gast aus ihrer Vergangenheit. Russell wird auf eine gefährliche Erkundungsmission geschickt, die zu einer Auseinandersetzung zwischen zwei Gruppen der Tomorrow People führen könnte. Schließlich arbeitet John mit einem neuen Talent zusammen.
Stephen vertraut seine Traineekollegin Hillary nicht, weil sie wohl eine versteckte Agenda verfolgt. Seine Mutter möchte, dass die Familie zusammen auf einen Campingausflug geht, zusammen mit ihrem neuen Freund Peter, den Stephen ebenso wenig einschätzen kann. Für die Zeit seiner Abwesenheit bittet er schließlich Cara und John darum, auf Astrid aufzupassen.
Stephen muss einen gefährlichen Deal eingehen, um Astrid zu schützen. Cara spricht eine strenge Strafe aus, nachdem sie mit John aneinandergeraten ist und über Stephens Mutter werden mehrere Geheimnisse enthüllt.
Nachdem Stephen einige schockierende Nachrichten erhalten hat, versucht er wieder für etwas Gleichgewicht zu sorgen, indem er einen Deal mit Jedikiah eingeht. Derweil ist ein weiterer Gefangener ausgebrochen, und Cara und Russell versuchen diesen auf ihre Seite zu ziehen, jedoch müssen sie auch auf eine Falle von Ultra achtgeben. Unterdessen ist Jedikiah sehr nahe an der Entwicklung einer neuen Technologie, welche seine Zukunft für immer verändern könnte.
Julian ist zurück und wütender denn je. Als er jedoch von Ultra gefangen genommen wird, muss er einen Deal eingehen, der das Leben von ihm und Stephen in Gefahr bringen könnte. John missachtet derweil erneut die Befehle von Cara, was für weitere Spannungen sorgt. Astrid wird derweil von furchtbaren Alpträumen heimgesucht und wendet sich nach ihrem Nahtoderlebnis an ihren neuen Freund John, von dem sie sich etwas Hilfe erhofft.
Stephen wandelt mit seiner Ultrapartnerin Hillary immer noch auf einem schmalen Grat, die weiterhin misstrauisch ist, was seine Loyalität angeht. Als die Tomorrow People und Ultra herausfinden, dass es einen neuen, menschenfreundlichen Ausbruch gibt, wollen beide sie auf ihre Seite ziehen. Morgan geht unterdessen ein Risiko ein und hintergeht Jedikia, um den Tomorrow People zu helfen. Was Jedikiah jedoch von Morgan herausfindet, ist jedoch eine noch größere Überraschung.
Stephen stolpert über einen Hinweis, dass die Tomorrow People verzweifelt nach ihm gesucht haben. John und Russell finden unterdessen heraus, dass Jedikiah einen gefährlichen Plan ausheckt. Niemand hätte jedoch das Ergebnis vorherahnen können. Cara ist derweil einem neuen Ausbrecher auf der Spur, ist jedoch schockiert, als sie erfährt, dass es sich dabei um eine Person aus ihrer Vergangenheit handelt.
Stephen hat genug von Jedikiahs ständigen Lügen über seinen Vater und muss eine Entscheidung über seine Verbündeten treffen. Er vertraut in Ultra und Hillary und will Ultra einen neuen Break-Out zeigen, was Cara sehr missfällt. Stephens Bruder verschwindet unterdessen spurlos, nachdem Jedikiah Stephen dazu gezwungen hat, ihn zu beschützen.
Stephens Tätigkeit als Doppelagent scheint sich endlich auszuzahlen, als ein Waffenstillstand zwischen den Tomorrow People und Ultra unmittelbar bevorsteht. Immer noch misstrauisch, schickt Cara Russell zu einem Treffen mit The Founder. Jedikiah befindet sich derweil auf der Flucht und versucht verzweifelt, Ultra davon abzuhalten, sein Geheimnis zu erfahren. Mit der Hilfe Hillarys versucht Stephen unterdessen, seinen Vater zu kontaktieren.
Eine mögliche Rückkehr Rogers zeichnet sich ab und so machen sich alle Sorgen über die Konsequenzen, sollte The Founder enttarnt werden. Stephen kennt nun die Wahrheit über die Maschine, die der Founder benutzt hat. Er braucht nun die Hilfe von John und Cara, um sie zu zerstören. Russell und die übrigen Tomorrow People haben unterdessen die Hoffnung verloren, dass sie The Refuge jemals finden und machen sich deshalb selbst auf den Weg.
Als die Tomorrow People die Wahrheit über das Serum erfahren, das sie einst injiziert bekamen, versuchen Stephen und Cara, Jedikiah Zeit zu erkaufen, während er versucht, ein Gegenmittel herzustellen. Mit wachsender Ungeduld treffen Russell und die anderen ausgebrochenen Tomorrow People die übereilte Entscheidung, Roger an Ultra zu opfern, um ihre eigene Sicherheit gewährleisten zu können. John hat unterdessen Probleme damit, seiner neuen Rolle gerecht zu werden. Die einzige Person, an die er sich wenden kann, ist Astrid.
Russell realisiert, dass seine Allianz mit The Founder ein großer Fehler war. Also versucht er, seine Entscheidung wieder wettzumachen, indem er Cara vor einem Angriff der Ultras rettet. Stephen versteht, dass er derjenige ist, der The Machine und die Auslöschung der gesamten Menschheit aufhalten muss, fürchtet jedoch, dass er zu spät kommen könnte. Russell offeriert Stephen einen Hilfsplan, gemeinsam brauchen sie jedoch die Hilfe aller, inklusive John und Astrid, wenn sie auch nur den Hauch einer Überlebenschance haben wollen. Jedikiah bietet John unterdessen eine interessante Gelegenheit an, die zu einer erneuten Zusammenarbeit der beiden führen könnte.