Torchwood gibt es nicht mehr. Nur Gwen konnte sich retten und lebt nun mit ihrem Mann Rhys und Baby Anwen irgendwo in Wales auf dem Land. Als ihr Vater einen Herzinfarkt erleidet, kehrt sie nach Cardiff zurück, um ihn zu sehen. Trotz seiner schweren Krankheit hat Geraint Cooper überlebt. Er kann gar nicht sterben, denn die Welt wird von einem unheimlichen Phänomen heimgesucht. Die Menschen werden immer noch krank, erleiden Verletzungen, haben Unfälle, aber sie sterben nicht. Was für die einen ein Segen ist, verstehen die anderen als Bedrohung, denn die Notaufnahmen sind überfüllt und die Welt ist überbevölkert. Einer der ersten, die nicht sterben, ist der Kinderschänder und Mörder Oswald Danes, dessen Hinrichtung spektakulär scheitert. Er muss daraufhin freigelassen werden und beginnt, sich zu einem Medienphänomen zu entwickeln. Genau zu dem Zeitpunkt, als der letzte Mensch stirbt, ist eine anonyme Mail mit dem Wort „Torchwood“ bei der CIA eingegangen. Das ruft Captain Jack Harkness auf den Plan, der versucht, die Mail und alle Bezüge auf Torchwood zu löschen, um Gwen zu beschützen. Dennoch spürt CIA-Agent Rex Matheson Gwen auf und lässt Torchwood an die USA ausliefern. Auch der mysteriöse Pharma-Konzern Phicorp tritt auf den Plan, in Gestalt seiner PR-Frau Jilly Kitzinger. Eine riesige Lagerhalle wird entdeckt, in der Phicorp unglaubliche Mengen von Medikamenten gebunkert hat. Offensichtlich wussten sie von dem Wunder, bevor es passierte. Über Jilly Kitzinger kontaktiert Phicorp sowohl Oswald Danes als auch die Ärztin Vera Juarez. Vera behandelt den plötzlich bei ihr aufgetauchten Rex, und nach einer gemeinsamen Nacht kann Rex sie überreden, für ihn bei Phicorp zu spionieren.
Rex will Gwen und Jack in die USA ausfliegen. Dabei bekommt er eine Kollegin aufs Auge gedrückt, was nicht nur - für ihn - nervig, sondern auch gefährlich ist. Denn besagte CIA-Agentin versucht im Auftrag ihres Bosses Friedkin Jack, den derzeit einzigen sterblichen Menschen auf Erden, mit Arsen zu vergiften. Friedkin ist jedoch nicht the big bad, sondern selbst nur ein Befehlsempfänger, der jeden zu beseitigen versucht, der auch nur im Entferntesten etwas von Torchwood weiß. Oswalt Danes zieht unterdessen während eines TV-Auftritts die Aufmerksamkeit der undurchsichtigen PR-Agentin Jilly Kitzinger auf sich.
Rex stellt seinen Boss Friedkin mit vorgehaltener Pistole zur Rede. Er will wissen, warum er ihn und Esther verraten hat. Friedkin händigt ihm ein Handy aus, mit dem seine - ihm selbst unbekannten - Auftraggeber mit ihm Kontakt aufnehmen. Über Friedkin kommt das Torchwood-Team auch noch auf eine weitere Fährte: ein mysteriöses Lagerhaus, in dem das Pharmaunternehmen Phicorp in rauhen Mengen Medikamente gebunkert hat.
Esther besucht ihre Schwester, die jedoch so sehr wegen der überall kursierenden Seuchen verängstigt ist, dass sie sie nicht ins Haus lässt. Esther ruft darafhin die Behörden an, da sie um die Kinder ihrer Schwester besorgt ist.
Vera hat die Nase endgültig voll von der schönen neuen Welt des Phicorp-Gesundheitswesens, und schließt sich Torchwood an. Regierungen auf der ganzen Welt haben das neue Kategorien-System und zahlreiche Auffanglager eingerichtet. Patienten werden hier in zwei Kategorien eingeteilt: Verletzte und Kranke stellen die eine Kategorie dar, Menschen, die eigentlich tot sein sollten und es nur wegen des Wunders nicht sind, die andere. Gwen kehrt nach Wales zurück, um ihren Vater nach Hause zu holen. In Kalifornien infiltrieren Esther und Vera ein Lager, nachdem Rex sich dort als Patient hat einschleusen lassen. Sowohl in Wales als auch in Kalifornien geschehen unglaubliche Dinge. Es geht offensichtlich nur noch um die Aufbewahrung von Patienten, nicht etwa darum, sie zu behandeln. In der Zwischenzeit hat Jack von einem leitenden Phicorp-Angestellten erfahren, dass die Firma zwar vom Wunder profitiert, es aber nicht herbeigeführt hat, und dass ein wichtiger Begriff durch die Akten geisterte, bevor er in den 90er-Jahren ausgelöscht wurde: „Die Quelle“. Gwen und Rhys befreien Gwens Vater aus dem Lager, doch bevor Gwen in die USA zurückkehrt, um den Kampf gegen das Wunder weiterzuführen, jagt sie noch die Module des Waliser Lagers in die Luft. Nach Veras gewaltsamem Tod filmt Rex ein Beweisvideo über die Vorgänge in den Lagern. Obwohl daraufhin die Nachrichten voll sind von Rex und Gwens Enthüllungen über die Lager, werden sie nicht geschlossen. Kaum auf amerikanischem Boden erhält Gwen eine schreckliche Nachricht. Jemand hat ihre Mutter, ihre Tochter und Rhys in seiner Gewalt und verlangt, dass Gwen ihm Jack ausliefert…
Jack macht sich die mangelnde eheliche Treue eines hochrangigen PhiCorp-Managers zu Nutzen, um über ihn herauszufinden, was hinter dem Miracle Day steckt. Doch da wendet er sich an die falsche Adresse: Denn das PhiCorp-Management weiß das selber nicht.
Wir schreiben das Jahr 1927: Jack macht bei seiner Einreise nach New York die Bekanntschaft mit dem jungen Italiener Angelo, der schon bald sein Zimmergenosse wird - und noch mehr. Für Angelo ist die Begegnung mit Jack gleich in mehrfacher Hinsicht ein Kulturschock: Nicht nur, weil er mit ihm seine Homosexualität ausleben kann, sondern auch weil Jack ihn - wenn auch nach einigem Zögern - in die Alien-Jagd von Torchwood einführt.
Jack, Esther und Rex versuchen herauszufinden, was es mit den drei Familien auf sich hat, die angeblich hinter dem Wunder stecken. Oswald Danes erfährt, dass die Regierung die Einführung einer „Kategorie Null“ plant, in die Verbrecher wie er fallen, und flieht. Jilly wird von einem mysteriösen jungen Mann angeworben, der „für ein Familienunternehmen“ arbeitet. Als Jack sich von seinem uralten Freund Angelo verabschieden will, stirbt dieser. Jack scheint zu vermuten, wie das passieren konnte, doch er rückt nicht mit der Sprache heraus. Nicht, als eine Apparatur unter Angelos Bett gefunden wird, und auch nicht, als Shapiro Gwen deportieren lässt. Jack fleht Rex und Esther an, ihn mit einem Schlüsselteil der Apparatur entkommen zu lassen. Auf der Flucht wird er schwer verletzt. Gwen hat ihren kranken Vater im Keller versteckt, damit die Behörden ihn nicht finden. In Virginia versucht Rex immer noch, die drei Familien ausfindig zu machen. Doch jede Spur endet in einer Sackgasse. Rex vermutet daher einen Maulwurf bei der CIA. Oswald Danes gibt schließlich einen Namen preis, Harry Bosco. Ein entscheidender Hinweis, der Esther auf die richtige Spur der „Quelle“ führt, nämlich nach Buenos Aires und Shanghai. Das Team verteilt sich über die Welt. Jack und Gwen landen in Shanghai mit Oswald im Gepäck, und Rex und Esther in Buenos Aires, im Kontakt mit der CIA-Zentrale in Langley, wo sie kurz davor sind, den Maulwurf zu enttarnen. In China und Argentinien kommt es schließlich zu einem Showdown zwischen dem Torchwood-Team und den Vertretern der drei Familien…
Gwen versteckt ihren Vater vor der Polizei - und kümmert sich gleichzeitig in Eigeninitiative um die Versorgung der Nachbarschaft mit Medikamenten. Da taucht auf einmal Oswald Danes bei ihr auf: Er will mit Jack sprechen, um ihm zu verraten, wer hinter dem Wunder steckt. Jack, dank Esthers Hilfe mittlerweile wieder genesen, ist auch bereit, Danes anzuhören.
Jack und Gwen landen in Shanghai mit Oswald im Gepäck, und Rex und Esther in Buenos Aires, im Kontakt mit der CIA-Zentrale in Langley, wo sie kurz davor sind, den Maulwurf zu enttarnen. In China und Argentinien kommt es schließlich zu einem Showdown zwischen dem Torchwood-Team und den Vertretern der drei Familien.