Bewaffnete Terroristen haben die chinesische Botschaft in New Port City eingenommen. Die Gruppe nennt sich Individual Seven und verlangt, dass die Regierung asiatische Flüchtlinge nicht mehr anerkennt und die fünf Flüchtlingscamps auflöst. Die Mitglieder der Sektion 9 haben sich mobilisiert und in Stellung gebracht, um das Gebäude zu stürmen. Allerdings besteht sie offiziell nicht mehr, was dem Laughing Man zu verdanken ist. Die Einheit muss auf einen Befehl von Chief Aramaki warten, der versucht, dem neuen Premierminister den Fall zu schildern.
Der japanische Nationalist Gino, der die Qualen des vierten Weltkriegs und des zweiten vietnamesischen Krieges mitgemacht hat, ist nun als Helikopterpilot für den Vorsitzenden eines Medienimperiums angestellt. Sein angenehmer Job lässt ihn jedoch nicht die Schrecken des Krieges vergessen. Er lebt isoliert zwischen Fantasie und Wirklichkeit, behält seine Wahnvorstellungen aber für sich. Da er allein ist, verschlimmert sich dieser Zustand stetig.
Der Einbrecher Cash Eye ist in ein Gebäude des Präsidenten der Federation of Economic Organizations eingestiegen und hinterließ eine Karte auf dem Schreibtisch, mit der Nachricht, dass er während einer baldigen Party seinen Safe knacken und ausräumen wird. Obwohl Aramaki nur ungern in die Sektion 9 involviert wird, hilft er Tadokoro. Der Premierminister Kayabuki hat verlangt, dass seine Einheit verdeckt ermitteln soll, um den Einbruch zu verhindern.
Auf einem Sperrgebiet findet eine gemeinsame Trainingseinheit zwischen japanischen Land- und Marinesoldaten statt. Dabei geht jedoch etwas schief, wodurch die asiatischen Flüchtlinge gefährdet werden. Aramaki, der Chef der Sektion 9, und sein Freund Kubota nehmen sich des Vorfalls an. Während sie vor Ort sind, wird Aramaki von Kazunoto Goda kontaktiert, einem Mitglied des Intellingence Service. Er verlangt von Aramaki, dass er sämtliche Kräfte der Sektion 9 ausschöpft, um die Situation zu klären. Es gibt jedoch einen Haken...
Während eines Besuches des Dejima Refugee Residental District erhält der Premierminister Kayabuki einen Blumenstrauß, der mit einem Briefumschlag versehen ist. Dieser enthält einen Brief mit einer Morddrohung. Aramaki und die Sektion 9 werden diesem Fall hinzugezogen.
A highway accident involving a large commercial truck has left a fully prostheticized man dead, his body torn apart from the impact. Togusa is summoned by Aramaki to delve deeper into the matter as the dead man had recently tried to blackmail the Energy Ministry. The dead man's name was Kanji Kotan and he had recently arrived to Niihama by way of Tōkyō. Due to the rest of Section 9 guarding the Prime Minister ("INDUCTANCE"), Aramaki can only send Togusa, with a Tachikoma as protection, to dig up what he can about the man's recent activities before he died.
A botched arms deal reveals that the government's plans to remove Plutonium from the Shinjuku dig site ("EXCAVATION") by sea have been compromised. Section 9 is called in to take the Plutonium out of Old Tōkyō by land. The members of Section 9 are not happy being used by the government. Batou is especially incensed since Section 9 is supposed to be an offensive organization. His patience will be further tried when he and Section 9 find out who will be accompanying them on their mission...
Ishikawa nimmt das Umfeld von CIS-Repräsentant Kazunoto Gouda genauer unter die Lupe, während die restlichen Mitglieder der Sektion 9 damit beauftragt werden, Shou Kawashima, einen thailändischen Besitzer eines vegetarischen Restaurants festzunehmen
In New Port City sind mehrere Bomben detoniert. Jedes mal kam die Section 9 zu spät. Selbst der Central Intelligence Service gerät in Schwierigkeiten. Ein Hacker ist in das hoch gesicherte Computer-System eingedrungen und sammelt geheime Daten.
Togusa hilft einer Frau, die von einem Fremden quer durch Niihama gejagt wurde - mit fraglichem Ergebnis!
"Recruitment Time" in der Sektion 9! Zahlreiche Rekruten werden getestet, um die Einheit wieder aufzufüllen. Das bedeutet einigen Stress - für Mitglieder und Kandidaten!
Die Sektion 9 enttarnt das externe Gedächtnis von Sho Kawashima ("FAST FOOD") und findet zudem heraus, dass es von Goda versteckt wurde. Leider hat dieser keinerlei Spuren hinterlassen, sodass sich die Suche als äußerst schwierig erweist.
Die Sektion 9 ist auf der Suche nach dem Macher von Kuzes Gesicht. Nach einiger Recherche kann die Sektion die Gruppe der Verdächtigen auf zwei sehr fähige Personen eingrenzen. Sektion 9 Mitglieder suchen den einen Mann auf - und finden ihn ermordet auf.
While on an assignment guarding the Prime Minister, Saitou and the Tachikomas pass the time playing poker with a few policemen who are also assigned to the case. Much to the chagrin of the other men, Saitou wins hand after hand. The Tachikomas take notice of Saitou's uncanny accuracy and start to comment. Their constant chattering quickly gets on the other player's nerves, so to smooth things over Saitou recounts his time working as a sniper for mercenaries in Mexico.
Ein neue aber defektes Sniper-Device sorgt für ordentlich Unruhe in der Sektion 9.
Ishikawa hat wichtige Neuigkeiten über Kuze herausgefunden und muss diese berichten. Beinahe ungewollt erfährt er dabei aber noch ganz%26 ANDere Dinge.
Einem Hinweis nachgehend lässt der Major einen Undercover-Einsatz von Kuze observieren.
Batou und der Major fliegen nach Berlin, um einen Terroristen Namens "Angels Wing" festzunehmen.
Despite close scrutiny by the authorities, the Dejima refugees declare their independence. Kuze is suspected to be the mastermind behind this new resistance and Section 9 is sent to detain him. The Major hacks into the refugee cyberbrain hub and easily locates Kuze. When the team rushes to capture him, however, they find themselves in the middle of a trap.
Section 9 heads to Etorofu in search of Kuze. During their investigations, the Major finds an interesting floppy disk on the body of a dead addict. The floppy proves to be a goldmine of information, as it contains records of plutonium transactions. The last buyer to purchase the material was a group of Asian refugees. Realizing the transaction is about to take place, the team rushes to the location and is surprised by what they find.
Zum Ärger von Batou, Motoko und dem Rest des Teams gelingt es Kuze und den Flüchtlingen auf einem der Tarnboote zu fliehen.
In Fukuoka wird eine Atombombe gefunden - Alarmstufe rot für die Sektion 9!
In dieser Folge nimmt der Chief Cabinet Secretary 10 Tonnen Plutonium zum Anlass, um die Special Forces gegen Dejima einzusetzen!
Das Gerücht, wonach die Flüchtlinge Selbstmordanschläge mit nuklearen Waffen planen, macht die Runde - mit fatalen Folgen.
Als die Bombardierungen weiter eskalieren, sucht der Major Kuze auf und versucht sich mit ihr zu verständigen.
Kuze and the Major come up with a plan to save the refugees, but the chances of its success are slim. Realizing this, the Tachikomas disobey the Major's orders and come up with a plan of their own. Batou has also disobeyed the Major's orders to go to the bridge and is desperately searching for her in the ruins of Dejima. Meanwhile, the Prime Minister is frustrated with being spurned by the Chief Cabinet Secretary. Determined to be remembered as more than a mere figurehead, she takes matters into her own hands.