Nikitas Beteiligung bei der Bewertung der Sektion, die das Center durchführen ließ, hat schockierende Veränderungen zur Folge - Madelines Selbstmord, Walters Versetzung, Michaels Beseitigung und Operations Degradierung. Nun besteht Nikita darauf, daß der Kopf des Centers, Mr. Jones seinen Teil der Abmachung erfüllt, indem er ihr erlaubt Veränderungen vorzunehmen, die die Sektion humaner machen sollen. Aber dann entdeckt die Sektion die Formatierung einer neuen terroristischen Untergruppe, die "Die Kollektive" genannt wird. Mr. Jones zwingt Nikita zurück ins Feld. Sie bekommt einen neuen Partner, Marco O'Brien. O'Brien war der Cop, der gewaltsam vor vier Jahren von der Sektion rekrutiert wurde, da er hinter Nikita herschnüffelte ! Und zusammen mit Operations, Kate Quinn (die inzwischen Operations Freundin ist !) und zahlreichen andern, ist er anfangs nicht gerade gut auf Nikita zu sprechen. Wird es ihr möglich sein nicht nur den Verlust von Michael, sondern auch die Bedrohung, die von ihrem Umfeld ausgeht zu überleben? Nikita und O'Brien bekommen den Auftrag, sich bei einem Treffen der Kollektive als Sicherheitskräfte einzuschleichen und für den richtigen Zeitpunkt des Abschusses einer Rakete auf das Haus bescheid zu geben, wenn alle anwesend sind... Um wenigstens einen Vertrauten in der Sektion zu haben, holt Nikita schließlich Walter wieder zurück.
Mit einem Programm von Birkoff, daß ihr von Walter gegeben wurde hackt sich Nikita erfolgreich in ihr geheimes Centerprofil und entdeckt Hinweise für den wahren Grund ihrer Rekrutierung in die Sektion: Ein mysteriöses "M" und die mögliche Identität ihres Vaters. Laut den Unterlagen könnte Nikita einen Bruder haben, aber bedeutet das "M", dass Michael gar ihr Bruder ist !? Inzwischen verknüpft Quinn Birkoffs künstliche Intelligenztechnologie mit Madeline's Identitätsprofil und erschafft so ein Hologramm von ihr. Anfangs scheint die künstliche Madeline eine genaue Nachbildung der richtigen Madeline zu sein und Operations wird von der Idee besessen Madeline wieder an seiner Seite zu haben. Doch was er einfach nicht erkennen will ist, daß die künstliche Madeline eigentlich die Fähigkeit der Sektion, die Kollektive, die mächtigste Organisation, die der Westen je gesehen hat zu eliminieren, unterminiert. Jetzt liegt es bei Nikita Operations zu stoppen, bevor die Existenz der Sektion bedroht wird
Knapp ein Jahr nachdem Michael Nikita von der "Mind Control Process" Gehirnwäsche befreite, der von Gelman erfunden wurde und Operations und Madeline an ihr testeten, beginnt Nikita unter plötzlich auftretenden, schmerzvollen Nachwirkungen zu leiden. Sie bedrohen nicht nur Nikitas Gesundheit, sondern auch ihre Mission den Bio-Waffenexperten der Collective gefangen zu nehmen. O'Brien deckt Nikita, denn er weiß, daß Operations nach einer Entschuldigung sucht um sie zu eliminieren. O'Brien arbeitet mit Walter zusammen, um Nikita bei der Suche nach einem Heilmittel zu helfen. Leider finden sie eines, daß Gewebeproben von Adrian erfordert - Gelman's ursprünglichem Testobjekt - Und Michael war der einzige, der Adrians Aufenthaltsort kannte. Glücklicherweise enthält die Diskette, die Nikita in dem mysteriösen Haus entdeckte die Adresse von Adrians's letztem bekannten Standort. Sie vermutet, daß sich Michael immer noch außerhalb befindet und ihr hilft. Aber die Zeit rennt davon und wenn der Prozess nicht bald aufgehalten wird, wird Nikita sterben...
Die Nachforschungen der Sektion ergaben, daß Massima Valenti, einer der führenden Lieferanten der Kollektive plant eine Schiffladung von Anthrax-Raketen zu erwerben und wieder zu verkaufen. Um die Transaktion zu verhindern, braucht die Sektion Mr. Jones, der seinen "Mick Schtoppel" Charakter wieder ins Spiel bringen muß, da "Mick" und Valenti schon in der Vergangenheit miteinander zu tun hatten. Die Mission erfordert, daß Mr. Jones das Center verlässt und einen Ausseneinsatz durchführt. Da Nikita weiß, daß das Center ihn in dieser Situation nicht beschützen kann, nutzt sie die Möglichkeicht um Mr. Jones zu zwingen ihr zu erzählen warum sie vor sieben Jahren von der Sektion rekrutiert worden war. Doch was Nikita entdeckt ist sogar noch schockierender, als sie sich hätte vorstellen können...
Nach einer eingehenden Suche, die fast Nikitas Leben gekostet hat, trifft sie schließlich auf ihren Vater - den richtigen "Mr. Jones" und tatsächliches Oberhaupt des Center ! Sehr zu Nikitas Verärgerung weigert sich Mr. Jones ihre Fragen über ihre Rektutierung zu beantworten und schickt sie stattdessen auf eine Mission, um eine Computerdiskette zu beschaffen, die für die Kollektive bestimmt war. Sie enthält Informationen, die Jones' Verdacht, daß sich ein Maulwurf der Kollektive in der Sektion befindet, bestätigt. Die Beweise deuten entweder auf Operations oder O'Brien und Jones befiehlt Nikita, daß sie herausfinden soll um welchen von beiden es sich handelt. Nikitas Untersuchung ergibt, daß weder O'Brien, noch Operations schuldig sind. O'Brien wird später durch eigene Schuld bei einer Mission getötet. Nikita stellt fest, das der Maulwurf ein Agent sein muß, der nicht länger für die Sektion arbeitet, so wie Michael ...
Operations sah Nikitas Beziehung zu Mr. Jones immer als Bedrohung seiner eigenen Autorität an, also beschließt er die Situation zu entschärfen. Er schickt Nikita auf eine Mission, um eine Computer-Festplatte zu sichern, welches bevorstehende Angriffspläne der Kollektive enthält. Operations gibt ihr absichtlich die Fluchtroute nicht durch, in der Hoffnung, daß sie getötet wird. Nikita schafft es zu überleben und als sie Operations erzählt, daß sie Mr. Jones über diesen Mordversuch informieren will, droht dieser ihr wiederum zu beweisen, daß Nikita Michael bei der Flucht von der Sektion geholfen hat. Wenn Michael wirklich der Maulwurf ist, wäre Nikita letztlich verantwortlich für das Versagen der Sektion, die Kollektive zu fassen. Sollte Mr. Jones das herausfinden, könnte dies das Ende ihrer neuen Rollen in der Sektion sein. Nikita und Operations reisen zum Center um für ihre Fälle vorzutragen. Mr. Jones ist von Nikita schwer enttäuscht, dennoch müssen Nikita und Jones zusammenarbeiten, als Operations Jet auf seinem Weg zurück in die Sektion abgeschossen wird. Nun müssen sie ihn vor der Kollektive finden ...
Die Kollektive fängt damit an zahlreiche terroristische Angriffe gegen den Westen durchzuführen und der Sektion ist es nicht möglich sie zu verhindern. Als Nikita von einer anderen gescheiterten Mission zurückkehrt, erhält sie plötzliche eine Nachicht von Michael, der Nikita darum bittet ihn wieder in die Sektion zu bringen. Nikita informiert Mr. Jones, doch der steht Michaels Absichten skeptisch gegenüber. Michael hat seit Wochen auf beiden Seiten gespielt, wie können sie jetzt sicher sein, daß Michael vertrauenswürdig ist? Nikita bittet Mr. Jones ihren Instinkten zu vertrauen, sie ist der Meinung, daß Michael nur helfen will und widerwillig tut es Jones. Michaels Unterstützung bei einer Mission, die der Kollektive ernsthaften Schaden zufügt beweist, daß Nikita recht hatte. Michael will jedoch den Aufenthaltsort seines Sohnes Adam im Austausch für seine weitere Hilfe. Mr. Jones willigt ein, doch die Kollektive, die jetzt davon ausgeht, daß Michael sich gegen sie gewendet hat, ist schneller. Adam's Kindermädchen arbeitet für die Kollektive und erführte ihn. Elena, Michael Frau und Adams Mutter, wird getötet, aber ein nicht erwarteter Held taucht auf : Operations stirbt, während er versucht Adam zu beschützen ! Jetzt steht Michael vor der schweren Wahl : Mr. Jones der Kollektive auszuhändigen oder seinen Sohn Adam sterben zu lassen.
Von dem Moment an, wo Nikita ihren Vater das erste Mal traf, erzählte er ihr, daß es ihre Bestimmung sei Sektion Eins zu übernehmen und deren ursprüngliche Prinzipien wieder herzustellen, doch Nikita weigerte sich immer. Sie will nichts mit der Sektion, der Aufsicht oder dem Center zu tun haben und wünscht sich ihre Freiheit mehr als alles andere. Doch die Dinge beginnen sich zu ändern als Michael wieder auf der Bildfläche erscheint. Nikita entdeckt ihn schwer verletzt an einer Bushaltestelle, und er informiert Nikita daß er seinen Sohn Adam von der Kollektive befreit hat, sich seinen Weg aus dem Hauptquartier freigeschossen hat und knapp mit dem Leben davongekommen ist. Michael behauptet auch, daß er weitere Informationen über die Kollektive hat, die er Mr. Jones unmittelbar geben muß. Nikita glaubt seine Geschichte und kehrt mit ihm in die Sektion zurück - doch als sie dort sind, entführt Michael Mr. Jones. Es stellt sich heraus, daß Michaels Geschichte über die Flucht eine Lüge war: Die Kollektive hat Adam immer noch und sie werden ihn nicht freilassen, bevor Michael ihnen nicht Mr. Jones aushändigt. Jetzt steht Nikita vor der schrecklichsten Wahl ihres Lebens : Soll sie ihren eigenen Vater opfern oder Michaels Sohn? Ihre schicksalhafte Entscheidung wird für immer ihre Zukunft verändern - und die Zukunft von jedem um sie herum. Ihr Vater nimmt ihr die Entscheidung ab, und nachdem er Nikita das Versprechen abringt, dass sie sich in Zukunft um die Sektion kümmert, tauscht er sich gegen Adam ein, und wird erschossen. Nikita schenkt Michael die Freiheit und entlässt ihn aus der Sektion mit Adam in ein neues Leben. Die letzten Worte von Michael an Nikita bei der Verabschiedung sind "Ich liebe dich". Nikita bleibt einsam in der Sektion zurück ...