Die geheimnisvolle Entführerin Root hält Finch immer noch in ihrer Gewalt. Reese versucht verzweifelt mit Hilfe der Maschine seinen Freund aufzuspüren - doch erfolglos. Stattdessen spuckt die Maschine eine verschlüsselte Nachricht aus, die Reese decodieren muss...
Eine neue Nummer führt Reese nach Texas, um den Fall der seit 1991 verschwundenen Hanna wieder aufzurollen. Dabei bekommt er Unterstützung von Detective Carter, denn der Verdacht liegt nahe, dass es sich bei Hanna um Root handeln könnte. Währenddessen befindet sich Finch noch immer in den Fängen seiner Entführerin - und bleibt dabei nicht ihr einziges Opfer...
Die Maschine hat eine neue Nummer ausgespuckt: Hinter ihr verbirgt sich Sofia Campos, die Tochter des brasilianischen Diplomaten Hector Campos, dessen Plan es ist, für die Präsidentschaft zu kandidieren. Finch schleust Reese als Sofias Bodyguard in ihr persönliches Umfeld ein, doch mit der verwöhnten, feierwütigen Tochter hat Reese so seine Mühen ...
Finch und Reese beschützen Riley Cavanaugh, der für den irischen Mafiaboss George Massey arbeitet. Doch schon bald stellt sich heraus, dass nicht nur Riley auf Masseys Abschussliste steht, sondern auch die unschuldige Kellnerin Annie...
Reese und Finch beschützen die Enthüllungsjournalistin Maxine Angelis und dabei hat vor allem Reese alle Hände voll zu tun: Nicht nur, dass er Maxine vor ihren zahlreichen, potenziellen Mördern schützen muss, auch darf er ihr gegenüber nicht als der "Mann im Anzug" auffliegen, den sie nebenbei ebenfalls jagt...
Reese und Finch zieht es in einen beschaulichen Vorort auf Long Island, wo sie den scheinbar perfekten Vater und Ehemann, Graham Wyler, vor dem Bösen schützen müssen. Aber wer sollte so einem friedlichen Kerl etwas anhaben wollen?
Die Maschine spuckt direkt hintereinander zwei Nummern aus: Hinter ihnen versteckt sich zum einen ein alter Bekannter, Leon Tao, der die Probleme magisch anzuziehen scheint und zum anderen die junge Ärztin Madeline Enright, die in echte Schwierigkeiten gerät...
Reese und Finch müssen sich erneut um zwei Nummern gleichzeitig kümmern: Das schwerreiche und erfolgreiche Ehepaar Drake hat sich offenbar Feinde gemacht, die es nun auf sie abgesehen haben - so scheint es. Die Ermittlungen bringen jedoch Ergebnisse, mit denen sowohl Finch als auch Reese nicht gerechnet hätten...
Eine neue Nummer bringt Reese und Finch in Kontakt mit der estnischen Mafia, die den unschuldigen Taxifahrer Fermin Ordoñez umbringen will. Detective Fusco lässt sich indes immer weiter in die korrupten Machenschaften von HR ziehen...
Die Maschine lässt Finch und Reese keine Ruhe: Sie müssen der jungen Frau, Abby Monroe, helfen. Allerdings gestaltet sich dies äußerst schwierig, da diese zunächst scheinbar spurlos verschwunden ist. Ein weiteres Problem bekommt Reese mit dem FBI, dem es mittlerweile gelingt, sein Handy zu orten und ihm somit dicht auf den Fersen ist...
Reese wurde bei seinem letzten Coup vom FBI geschnappt und sitzt seitdem im Untersuchungsgefängnis. Das bedeutet für Finch, dass er sich bei seinem neuen Fall alleine durchschlagen muss: Die Maschine spuckt die Nummer des Teenagers und vermeintlichen Durchschnittsschülers Caleb Phipps aus. Um näher an Caleb heranzukommen, lässt sich Finch in dessen Schule als Vertretungslehrer einstellen und entdeckt im Matheunterricht Calebs ungeahnte Stärken.
Reese sitzt immer noch im Gefängnis und auch der Einsatz von Detective Carter konnte bisher nichts an diesem Zustand ändern. Special Agent Donnelly geht nun sogar noch einen Schritt weiter: Er hält die vier Verdächtigen Macavoy, Kelly, Packer und Reese unter dem Vorwurf fest, als terroristische Kämpfer aktiv zu sein und beauftragt Detective Carter mit einer speziellen Verhörtechnik den Mann im Anzug herauszufiltern. Doch Reese’ Alibi ist dank Finch absolut wasserdicht, einzig eine Tatsache lässt in Reese den Zweifel aufkommen, dass seine Tarnung auffliegen könnte: Er trifft auf Elias, den er und Finch vor langer Zeit überführen konnten.
Detective Carter hat den fingierten Autounfall wie durch ein Wunder überlebt, während Special Agent Donnelly von Reese’ ehemaliger CIA-Partnerin Kara Stanton erschossen wurde. Sie nimmt Reese als Geisel und stattet ihn mit der gleichen Sprengstoffweste aus, wie ihren gemeinsamen ehemaligen Kollegen Mark Snow. Damit kontrolliert sie nun beide Männer und lässt sie mehrere Aufträge erfüllen. Sollten sie sich weigern, diese auszuführen, droht Kara damit, die Männer in die Luft zu sprengen. Der erste Auftrag führt Reese und Snow zu dubiosen Männern, um dort eine Festplatte abzuholen...
Die Maschine spuckt die Nummer des schwerreichen Internetunternehmers und Ekelpakets Logan Pierce aus. Doch sowohl Finch als auch Reese haben ihre Mühe, den kreativen und exzentrischen Erfinder von "Friendczar" unter Kontrolle zu halten. Sein Benehmen ruft viele Neider und damit auch potenzielle Mörder auf den Plan...
Reese und Finch beschützen das Zimmermädchen eines örtlichen Hotels, Mira Dobrica. Dabei scheint es zunächst unmöglich, dass jemand der ehrlichen jungen Frau ernsthaft etwas antun könnte. Doch Mira hat eine heikle Vergangenheit und diese holt sie schließlich ein...
Ausgerechnet zwei Geheimagenten benötigen die Hilfe von Reese und Finch. Doch deren Hilfe auch tatsächlich anzunehmen, fällt ihnen schwer...
Die Maschine spuckt plötzlich sechs Nummern gleichzeitig aus, deren dazugehörige Personen seit einiger Zeit verschwunden sind. Auf der Suche nach ihnen muss Reese auf eine Insel vor New York, die jedoch nach kurzer Zeit aufgrund eines Unwetters von der Außenwelt abgeschnitten wird. Auf dem Festland stellen Finch und Carter indes fest, dass sie es offenbar mit einem Serienmörder zu tun haben, der sich noch auf der Insel befindet...
Reese und Finch tauchen ins Spielerparadies von Atlantic City ein. Die Maschine hat die Nummer des unscheinbaren Rentners Lou Mitchell ausgespuckt, aber wer sollte diesem Mann ein Haar krümmen wollen? Indes verfolgt Detective Carter eine Spur, die HRs Handschrift tragen könnte...
Finch ist ganz in seinem Element, denn bei seinem neuen Fall geht es um den Schutz einer IT-Spezialistin und um einen großen Computerkonzern. Währenddessen versucht Detective Fusco, den Verräter des ermordeten Detective Szymanski ausfindig zu machen. Er ist davon überzeugt, dass Beecher an der Sache nicht ganz unschuldig ist...
Reese und Finch versuchen das Leben des erfolgreichen Herzchirurgen Dr. Nelson zu retten, doch sie geraten an ihre Grenzen als sich herausstellt, dass der Arzt unbemerkt vergiftet wurde. Währenddessen wird Fusco von seiner Vergangenheit eingeholt, als die Dienstaufsicht ihn zum Verhör bittet: Sie können beweisen, dass er für den Mord an Stills verantwortlich ist...
Der "Tag Null" kommt immer näher, an dem sich die Maschine neu starten wird. Finch, Root und die Firma Decima versuchen, diesen Neustart zu ihrem jeweiligen Vorteil zu nutzen. Währenddessen muss Carter sich internen Ermittlungen unterziehen...
Die Suche nach der Maschine geht weiter. Während Root für 24 Stunden Informationen von der Maschine erhält und sich gemeinsam mit Finch auf den Weg macht, verfolgen Reese und Shaw ihre Spur. Derweil ist Detective Carter immer noch Mittelpunkt interner Ermittlungen...