Die Enterprise wird zur Erde zurückberufen, da in einer Höhle in der Nähe von San Francisco eine merkwürdige Entdeckung gemacht worden ist. Außer einigen Geräten, die offensichtlich aus dem 19. Jahrhundert stammen, wurde dort auch Datas Kopf gefunden. Offenbar ist Data aus der Zukunft in die Vergangenheit zurückgekehrt und dort ums Leben gekommen. Picard und ein Landeteam gelangen durch ein Subraumfeld ebenfalls in die andere Zeit und begeben sich tief in die Höhle hinein ...
Die Enterprise trifft auf ein Forschungsschiff, das in einem Plasmastrahl gefangen ist. An Bord ist nur ein Toter. Vier weitere Besatzungsmitglieder werden vermisst. Als ein Crewmitglied der Enterprise auf das Schiff gebeamt wird, begegnet ihm ein Ungetüm und berührt ihn mit seinem Maul am Arm. Kurz darauf beginnt sich der Arm zu verändern.
Botschafter Alkar und seine 93-jährige Mutter Maylor werden an Bord der Enterprise gebeamt. Die alte Dame stirbt kurz darauf. Troi, die Alkar bei der Begräbnis-Zeremonie behilflich ist, verändert sich dabei völlig. Sie glaubt, dass alle ihr den Botschafter wegnehmen wollen und altert innerhalb kürzester Zeit um Jahre. Als Troi ins Koma fällt, führt Beverly an der Leiche von Maylor eine Autopsie durch. Sie stellt erstaunt fest, dass die Tote höchstens 30 Jahre alt war ...
Die Crew der Enterprise staunt nicht schlecht, als sie ein Notsignal der U.S.S. Jenolan, die vor 75 Jahren als vermisst gemeldet wurde, empfängt. Die Jenolan ist auf die äußere Oberfläche einer Dyson-Sphäre abgestürzt. Als Geordi und Riker das noch funktionierende Transportersystem aktivieren, erscheint Captain Scott, der einst auf der Jenolan als Passagier mitflog. Kurze Zeit später wird die Enterprise in die Sphäre hineingezogen und kann sich nicht mehr befreien ...
Bei der Vermessung eines Sternhaufens treten auf der Enterprise vier erhöhte Tetryton-Emissionen auf. Einige Besatzungsmitglieder leiden unter Gedächtnisschwund. Sie können sich an gewisse zeitliche Perioden nicht mehr erinnern. Auf dem Holodeck rekonstruieren sie ihre Erlebnisse. Nun wird allen klar, dass sie sich in diesem Raum schon einmal aufgehalten haben. Die Mannschaft vermutet, dass sie dem Einfluss fremder Wesen unterliegen. Fieberhaft arbeiten sie an einem Ausweg.
Amanda, die vor der Aufnahme auf die Akademie erst ein Praktikum bei der Enterprise absolvieren muss, rettet Riker durch telekinetische Kräfte vor einem herabstürzenden Container. Riker bleibt durch ihren Einsatz sogar unverletzt. Plötzlich taucht Q auf und interessiert sich für Amanda. Er will herausfinden, ob sie eine echte Q ist. Amandas richtige Eltern kamen unter merkwürdigen Umständen ums Leben, als sie noch ganz klein war. Q will Amanda mit ins Kontinuum nehmen ...
Picard, Guinan, Ro und Keiko geraten nach einem Besuch auf dem Planeten Marlonia mit ihrem Shuttle in ein Energiefeld - das kleine Schiff droht auseinander zu brechen. O'Brien kann die vier in letzter Sekunde auf die Enterprise zurückbeamen. Allerdings hat er ihre Muster nicht ganz erfassen können, sodass sie als Kinder auftauchen. Picard beschließt schweren Herzens, das Kommando an Commander Riker abzugeben. Kurze Zeit später wird die Enterprise von den Ferengi geentert ...
Die Crew der Enterprise genießt ihre Freizeit. Worf und sein Sohn Alexander wollen auf dem Holodeck ein Abenteuer im Wilden Westen erleben. Als Worf in der Rolle des Sheriffs den Revolverhelden Eli verhaftet, nimmt dieser Datas Aussehen an. Auch Elis Vater Frank trägt plötzlich Datas Gesicht. Die zunächst harmlose Störung wird gefährlich, als auch noch die Sicherheitsprotokolle des Holodecks ausfallen.
Im tyranischen System hat Dr. Farallon eine völlig neuartige Bergbau-Technologie entwickelt. Bei der Begutachtung durch ein Team der Enterprise ereignet sich eine Explosion, der Schaden wird jedoch von einem ebenfalls von Dr. Farallon entwickelten Exocomp in Minutenschnelle repariert. Als ein weiterer Exocomp einen erneuten Schaden beheben soll, kehrt dieser unverrichteter Dinge zurück. Wenige Augenblicke später kommt es zu einer weiteren Explosion.
Captain Picard, Beverly und Worf erhalten einen Geheimauftrag von Admiral Nechayev. In der Zwischenzeit übernimmt Captain Jellico das Kommando, was zu einigen Verwirrungen führt. Die Enterprise fliegt zu einem Treffen mit einem cardassianischen Schiff, wo Verhandlungen mit dem Cardassianer Lemec über einen umstrittenen Sektor geführt werden sollen. Picard, Beverly und Worf begeben sich unterdessen nach Celtris Drei, wo ein geheimes Labor der Cardassianer vermutet wird ...
Captain Picard wird zum Gefangenen der Cardassianer, die ihn aufs Grausamste foltern. Die Zugeständnisse, die Madred von ihm erwartet, macht er jedoch nicht. Inzwischen werden auf der Enterprise Vorbereitungen getroffen, um die Cardassianer in die Schranken zu weisen. Die Flotte der Cardassianer wird im McAllister-Nebel vermutet. Captain Jellico droht dem Captain der cardassianischen Flotte, diese Schiffe in die Luft zu jagen. Wird der Feind nachgeben und Picard freilassen?
Data und Geordi spielen auf dem Holodeck ein Sherlock Holmes-Rollenspiel. Dabei kommt es zu einem gefährlichen Systemfehler. Die fiktive Figur des Dr. Moriarty entwickelt ein eigenes Bewusstsein. Moriarty bringt die Steuerung der Enterprise unter seine Kontrolle und fordert von Captain Picard, ihm ein Leben außerhalb des Holodecks zu ermöglichen.
Die zwei Mann starke Besatzung einer entlegenen Relaisstation ist spurlos verschwunden. Von Lieutenant Aquiel Uhnari sind lediglich Zellreste zurückgeblieben. Geordi untersucht die Logbücher, in denen er sich Hinweise auf den Verbleib erhofft. Während des Sichtens der privaten Aufzeichnungen, verliebt er sich ganz allmählich in die rätselhafte Aquiel.
Troi wacht zu ihrem Entsetzen als Romulanerin auf. Das Rätsel ist schnell gelöst: Die romulanische Untergrundbewegung hat sie entführt und bittet sie nun um Hilfe. Getarnt als Geheimdienstoffizier soll sie auf einem romulanischen Kriegsschiff einen Prokonsul zur Flucht verhelfen. Doch Toreth, die Kommandantin des Schiffes, misstraut ihr und folgt ihren Befehlen nur widerwillig.
Captain Picards künstliches Herz droht nach einem Unfall zu versagen. Q empfängt ihn im Leben nach dem Tod und gibt ihm die Chance, wichtige Entscheidungen in seinem Leben zu ändern. Picard könnte damit sein Leben retten, verlöre aber das Kommando über die Enterprise.
Die Enterprise ist zu Besuch auf der Raumstation Deep Space Nine. Bei einem Experiment mit dem Stationsarzt Dr. Bashier erleidet Data einen Plasmaschock. Als er wieder zu sich kommt, verfügt er über sonderbare Erinnerungen in seinem Speicher. Worf erhält unterdessen von einem Yridianer eine schockierende Nachricht: Sein totgeglaubter Vater soll in einem romulanischen Lager gefangen gehalten werden.
Auf der Suche nach seinem Vater wird Worf von den Romulanern gefangen genommen. Er wird zu den überlebenden Klingonen des Khitomer-Überfalls gebracht, die in einem abgeschiedenen Lager leben. Sie haben sich mit den Romulanern versöhnt und jeglichen Freiheitswillen verloren. Da Worf nun von dem geheimen Lager weiß, stellt ihn der Leiter Tokath vor die Wahl: Entweder teilt Worf ihr Schicksal und bleibt freiwillig im Lager, oder er muss sterben.
Die Enterprise wird im Raumdock einer gründlichen Säuberung unterzogen. Da dazu eine gefährliche Strahlung nötig ist, verlässt die gesamte Crew das Schiif. Als Captain Picard noch einmal an Bord zurückkehrt, stößt er auf Terroristen. Diese wollen das hochgefährliche Trilithium der Enterprise stehlen. Im Alleingang muss es Picard mit den Gangstern aufnehmen.
Commander Nella Daren ist neu an Bord der Enterprise. Captain Picard und die Wissenschaftlerin kommen sich über ihre Liebe zur Musik näher und entdecken bald, dass sie mehr für einander empfinden als Freundschaft. Ein Team, dem auch Nella angehört, soll auf der Oberfläche eines Planeten Deflektoren anbringen, um die Kolonisten vor einem Feuersturm zu schützen. Dabei kommt es zu einem Unfall.
Captain Picards früherer Lehrer, Professor Galen, wird bei einem Angriff eines yridianischen Zerstörers getötet. Picard beschließt, Galens letzte Mission fortzusetzen. Dabei stößt er auf einen uralten Computercode. An dem sind aber auch Klingonen und Cardassianer sowie Romulaner interessiert.
Riker probt mit Data ein Theaterstück. Er spielt den Patienten in einer Irrenanstalt. Gleichzeitig schickt Picard ihn auf eine Geheimmission nach Tilonus Vier. Er soll ein verschwundenes Erkundungsteam ausfindig machen. Plötzlich findet sich Riker tatsächlich in einer psychiatrischen Klinik wider. Allmählich beginnen für ihn die Grenzen zwischen Traum und Wirklichkeit zu verschwimmen.
Dr. Crusher lädt einige Wissenschaftler auf die Enterprise ein. Gemeinsam wollen sie das von dem Ferengi Dr. Reyga entwickelte Schutzschild erproben. Doch der erste Testflug mit einem Shuttle endet tödlich. Dr. Crusher vermutet bald, dass das Unglück durch Sabotage ausgelöst wurde. Sie beschließt, der Sache auf den Grund zu gehen.
Worf reist auf den Planeten Boreth und erwartet dort die Ankunft von Kahless, dem mythischen spirituellen Anführer der Klingonen. Dieser soll das klingonische Reich einen. Tatsächlich erscheint der legendäre Held. Doch Gowron, der Führer des Hohen Rates, hegt starke Zweifel an dessen Identität.
Vor acht Jahren musste Riker bei einer Notevakuierung wichtige Daten auf dem Planeten Nervala-4 zurücklassen. Als er nun mit einem Außenteam zurückkehrt, trifft er auf einen absolut identischen Doppelgänger. Der Mann behauptet sogar, selbst Will Riker zu sein. Es stellt sich heraus, dass der Commander durch eine Transporterfehlfunktion zweimal materialisiert wurde. Es dauert nicht lange, bis es zwischen den beiden Rikers zu Spannungen kommt.
Captain Picard kehrt mit Data, Geordi und Counselor Troi von einer Konferenz zurück. Sie finden die Enterprise gemeinsam mit einem romulanischen Warbird in einem Zeitfragment gefangen. Während auf Picards Shuttle die Zeit normal abläuft, scheint sie auf der Enterprise still zu stehen. Fieberhaft sucht die Crew nach einem Weg, das Schiff aus der misslichen Lage zu befreien. Bis Data eine alarmierende Entdeckung macht: Der Warpkern der Enterprise droht zu brechen.
Die Enterprise wird erneut von den Borg angegriffen. Data tötet im Kampf einen Borg und erlebt dabei zum ersten Mal Gefühle. Aber nicht nur der Androide, auch die Borg verhalten sich anders als sonst. Es scheint so, als würden sie wie Individuen handeln. Data beschäftigt dieses Erlebnis so sehr, dass er sich sogar von einem gefangenen Borg manipulieren und zur Flucht zu ihrem Anführer überreden lässt.