Staffel 2

Mit hoher Geschwindigkeit donnert das schwarze Motorrad über den Florida-Highway. Plötzlich werden Maschine und Fahrer von einem roten Scanner-Strahl erfasst. Vom Fahrer unbemerkt, registiert ein Computer das Nummernschild und zieht vom Konto des Motorradfahrers eine hohe Strafe wegen überhöhter Geschwindigkeit ein. Der Raser ist Captain Nathan Bridger. Er hat kein Auge für Tempolimits. So schnell er kann, will er zum Heimathafen der neuen „seaQuest DSV“ – seinem Schiff. Lange genug hat er darauf warten müssen. Jetzt ist es so weit: Die seaQuest – gebaut nach seinen Wünschen und Vorstellungen – ist endlich einsatzbereit für ihre Mission in der neuen Welt im Meer. Nun soll das modernste U-Boot der UEO nach New York gebracht werden, um an einer großen Parade teilzunehmen. Doch während Bridger letzte Reisevorbereitungen trifft, planen die „GELFs“ einen Aufstand. Sie sind ein Überbleibsel aus einer düsteren Vergangenheit der „seaQuest“-Generation, ein Resultat von Genmanipulationen, menschenähnlich, aber künstlich erschaffen. Da sie den Erwartungen der Wissenschaftler nicht entsprachen, lebt diese „Genetisch erschaffene Lebensform“ (GELF) isoliert von den Menschen auf einer einsamen Insel im Ozean – fernab jeglicher Zivilisation. Die GELFs werden in einem Camp wie Tiere gefangen gehalten und haben keinerlei Rechte. Jetzt – an ihrem 21. „Geburtstag“ – planen sie ihre Flucht und die Revolte gegen die Menschen. Denn die GELFs haben Angst: Eine von ihnen, Sarah, hat eine gesunde Tochter entbunden. Sie ahnen: Wenn die Menschen erfahren, dass ihr genetisches Kunstprodukt sich vermehren kann, müssen alle GELFs sterben. Eine ihnen ähnliche Rasse würden die Menschen nicht dulden. Während die GELFs ihre Wachen überlisten und in die Zellen sperren, läuft die „seaQuest DSV“ Richtung New York aus.

Als General Thomas vom Aufstand in der GELF-Kolonie erfährt, befiehlt er Captain Bridger, sein Reiseziel zu ändern. Mit aller Gewalt soll er den Aufstand niederschlagen. Gegebenenfalls hat die „seaQuest DSV“ den Auftrag, die Kolonie in die Luft zu jagen. Als die GELFs von diesem Plan erfahren, schicken sie das neugeborene Baby in einer Boje aufs offene Meer hinaus. Piccolo von der Besatzung der „seaQuest“ entdeckt die Boje und bringt sie an Bord des U-Bootes zur Mannschaftsärztin Dr. Smith: Die junge Frau untersucht das GELF-Baby und macht eine erstaunliche Entdeckung. Durch spontane Evolution ist das Neugeborene vollkommen menschlich – trotz seiner Herkunft gibt es keinerlei Unterschiede zu anderen Babys. Mittlerweile haben die Freiheitskämpfer – angeführt von Mariah – das U-Boot mit General Thomas an Bord entführt. Um ihren Forderungen mehr Gewicht zu verleihen, sprengen die GELFs mehrere Luftumwandler. Diese Maschinen regeln seit der vollständigen Vernichtung der Regenwälder den Sauerstoffgehalt auf der Erde. Die Sprengungen bedeuten eine Katastrophe für die Menschen – nicht aber für die GELFs, denn sie brauchen kaum Sauerstoff. Obwohl die UEO bereit ist, den Forderungen der Aufständischen nachzugeben, will Mariah weitere Luftumwandler zerstören. Der Countdown für einen Krieg zwischen Menschen und GELFs läuft. Nur Captain Bridger und seine Crew können den drohenden Kampf noch stoppen...

Drei Außerirdische nehmen mit seaQuest Kontakt auf. Sie beteuern ihre friedlichen Absichten und bitten die Crew um Hilfe. Auf der Erde wollen sie nach dem Ursprung des Lebens suchen. Doch dazu benötigen sie eine unauffällige Tarnung: Sie schlüpfen in die Körper von Lucas, Ford und Brody.

Die seaQuest empfängt einen Hilferuf aus der Unterwasserkolonie Miranda. Freunde von Captain Bridger berichten, dass es unter den sonst friedlich gesinnten Bewohnern zu unerklärlichen Gewaltausbrüchen kommt. Zunächst findet die Crew keine Hinweise auf die Ursache der rätselhaften Vorkommnisse. Doch dann kommt es auch bei den Crewmitgliedern zu beunruhigenden Persönlichkeitsveränderungen.

Endlich Landurlaub für die seaQuest-Crew: Ford, Brody und Ortiz machen sich sofort auf die Suche nach amourösen Abenteuern und auch O Neill und Henderson beginnen eine Affäre. Sogar zwischen Captain Bridger und Doktor Smith scheint es zu funken. Doch Piccolo stört die Zweisamkeit mit einem Anliegen: Er macht sich Sorgen um seine Mutter, die offenbar gefährliche Schönheitspillen schluckt.

Die seaQuest empfängt den Hilferuf eines Kindes. Captain Bridger startet eine Rettungsaktion. Doch plötzlich gerät die seaQuest in Turbulenzen und wird in die Zukunft geschleudert. Das Notsignal führt das Schiff schließlich zu zwei Jugendlichen und einem Computer. Sie sind die einzigen Überlebenden eines schrecklichen Krieges, der die Menschheit vernichtet hat. Der Computer beauftragt Bridger, die Gegenwart zu ändern, um dieses schreckliche Szenario zu verhindern.

Die UEO schickt ein ganz besonderes U-Boot auf Jungfernfahrt: Die Marauder ist mit Atomwaffen bestückt und nur durch einen hochmodernen Computer gesteuert. Prompt kommt es zu einem Notfall: Der Computer spielt verrückt und droht die Millionenstadt New Cape Quest zu zerstören. Captain Bridger ist der einzige, der die Katastrophe abwenden kann. Doch er trifft auf einen ebenbürtigen Gegner, denn der Computer wurde nach seinem Vorbild geschaffen.

Ein Notsignal führt die seaQuest zur Unterwasserkolonie Calimar. Als Bridger und seine Crew dort ankommen, finden sie die Station menschenleer und die Pflanzen der Kolonie sind zu Staub zerfallen. Lediglich einige eigenartigen Blumen erinnern an das frühere Paradies. Henderson bringt heimlich eine der merkwürdigen Blumen an Bord der seaQuest. Mit schlimmen Folgen, denn das Gewächs entwickelt ein gefährliches Eigenleben.

Brody rettet einer Frau, auf die ein Anschlag verübt wird, das Leben. Er fällt aus allen Wolken, als er erfährt, dass es sich bei Alison um seine tot geglaubte Mutter handelt. Diese hatte sich vor Jahren ins Koma versetzen lassen, weil sie an einer tödlichen Krankheit litt. An Bord der seaQuest erinnert sich Alison, wie sie sich angesteckt hat: Der Mörder ihrer Freundin wollte so ihre Aussage vor Gericht verhindern. Es handelt sich um Frank Thomas, der jetzt General bei der UEO ist.

Dr. Brown, ein Genforscher und Schöpfer gentechnisch erzeugter Wesen, wird ermordet. Unter Verdacht steht Dagwood, eine seiner Kreaturen. Lucas ist sich sicher, dass sein Freund Dagwood unschuldig ist, und macht sich auf die Suche nach dem wahren Täter. In einem Labor macht er dabei eine verblüffende Entdeckung: Offenbar hat Brown eine ganze Reihe identischer Dagwoods erschaffen. Und einer von ihnen muss der Mörder sein.

Lucas, Henderson, Brody und O Neill sind gemeinsam auf einer Routinemission. Da wird ihr Shuttle plötzlich von einem Strudel erfasst und in die Tiefe gerissen. Sie landen in einer Höhle und treffen dort auf den Forscher Mark Rawlings, den das gleiche Schicksal ereilt hat. Bald ist allen klar, dass der Strudel keine Naturphänomen war: Ein gigantisches, wurmähnliches Wesen greift die fünf an.

Darwin informiert die Besatzung der seaQuest über tödliche Attacken auf Delfine und Seelöwen. Bevor Captain Bridger sich mit dem Problem beschäftigen kann, erreicht ein Notruf von Charles Ford das U-Boot. Seine Pflanzungen am Meeresgrund wurden zerstört und einige seiner Angestellten sind unter rätselhaften Umständen verschwunden. Die seaQuest eilt zur Hilfe und stößt auf ein riesiges, reptilienartiges Wesen.

Commander Ford glaubt, er leide unter Halluzinationen: Während eines Tauchgangs auf dem Meeresgrund erscheint ihm ein Soldat in antiker Rüstung. Doch auch als der Krieger verschwunden ist, bleiben dessen Helm und Schwert zurück. Vorsichtig bringt Sam die Gegenstände an Bord der seaQuest. O Neill entdeckt schließlich, dass die Sachen aus dem legendären Atlantis stammen. Doch auf dem Helm lastet ein Fluch, der zur Gefahr für die gesamte Crew wird.

Lucas lernt während des Landurlaubs die attraktive Sandra kennen und verliebt sich auf den ersten Blick in sie. Das Mädchen ist die Tochter des UEO-Mitarbeiters Dr. Kirby. Gegen die beiden ermittelt die Polizei wegen des Verdachts, an einer Verschwörung beteiligt zu sein. Doch Lucas glaubt fest an ihre Unschuld und will sogar ihretwegen die seaQuest für immer verlassen. Zu spät bemerkt er, dass Sandra und ihr Vater tatsächlich etwas im Schilde führen.

An Bord der seaQuest laufen die Untersuchungen eines bevorstehenden Meteoriteneinschlag ins Meer auf Hochtouren. Auch der blinde Physiker Professor LaConte, der als Gast an Bord ist, erhofft sich von dem Ereignis neue Erkenntnisse. Doch dann geschieht etwas Unerwartetes: Der Meteorit verwandelt sich nach dem Einschlag in eine geleeartige Masse, die die seaQuest vollständig umschließt.

Ein mysteriöses Wesen namens Atavar hat mehrere hohe UEO-Mitarbeiter ins Koma versetzt. Dr. Smith, die über eine besondere parapsychologische Begabung verfügt, soll die bösartige Kreatur stoppen und mit ihren eigenen Waffen schlagen. Doch Atavar hat es unterdessen geschafft, Dr. Smith überall zu diskreditieren.

Captain Bridger und seine Crew begleiten die Sängerin Sarah Toenin zur Militärbasis der Insel Solitaire, wo ein Konzert für Soldaten stattfinden soll. Zugleich soll das Team der seaQuest herausfinden, warum die Insel jedes Jahr tiefer in den Ozean sinkt. Bei ihren Forschungen machen Lucas und Tim eine unglaubliche Entdeckung. Solitaire ist keine natürliche Insel, sondern eine antike Pyramide. Plötzlich wird die seaQuest durch eine starke Strömung in das Innere der Pyramide gezogen.

Eine mehrere tausend Jahre alte Truhe wird vom Meeresboden geborgen. Commander Ford und andere Wissenschaftler werden daraufhin zur Alpha-Basis geschickt, um die Kiste zu öffnen. Dabei entweicht unbemerkt eine unsichtbare Kreatur aus dem All. Das Wesen erweist sich als gefährlicher Killer, das seinen Opfern das Blut aussaugt. Zunächst fällt der Verdacht für die schrecklichen Morde auf Ford.

Der größenwahnsinnige Forscher Marauder befreit die Terroristin Mariah aus dem Gefängnis. Die beiden verbindet ein grenzenloser Hass gegen Captain Bridger und die seaQuest. Währenddessen bittet O Neill um einige Tage Urlaub, um sich über seine Zukunft Gedanken zu machen. Als Mariah davon Wind bekommt, entführt sie ihn bei seinem Landgang und zwingt ihn, ihr bei der Lokalisierung des U-Bootes zu helfen. Sie will die seaQuest mit Torpedos angreifen.

Piccolo und Dagwood leiden unter unerklärlichen Alpträumen. Dr. Smith nimmt die beiden deshalb in ein Institut für Parapsychologie mit. Dort trifft die Ärztin auf ihre alte Liebe Clay Marshall. Smith ist sprachlos, weil Marshall um kein Jahr gealtert zu sein scheint und sich zudem ausgesprochen merkwürdig verhält. Zu spät erkennt sie seine wahren Absichten.

Piccolo geht von Bord der seaQuest, um sich gründlich untersuchen zu lassen. Denn Eddie, dem ebenso wie ihm künstliche Kiemen eingepflanzt wurden, klagt über permanente Atemnot. Die UEO befiehlt daraufhin eine Untersuchung aller operierter Personen. Doch Eddie sitzt mittlerweile im Gefängnis und hat die Beschwerden nur vorgetäuscht, um fliehen zu können. Als er gemeinsam mit Piccolo zur Untersuchung fliegt, provoziert er einen Flugzeugabsturz.

Ein guter Freund von Captain Bridger erscheint ihm als Hologramm und bittet um Hilfe. Doch als die seaQuest zum vereinbarten Treffpunkt fährt, wird das U-Boot mit gewaltiger Kraft auf den überfluteten Planeten Hybrion geschleudert. Dort erklärt ihnen Forscher Tobias LeConte, ein alter Bekannter der Crew, die Situation: Die seaQuest soll gegen die Kray Taks kämpfen, die einen Angriff auf die Erde planen. Bridger und sein Team ziehen in die nahezu aussichtslose Schlacht.