Peter Burke weiß nicht, wohin sich Neal Caffrey zusammen mit Mozzie abgesetzt hat. Beim FBI trifft er auf seinen Kollegen Kyle Collins, der ohne Rücksicht auf Verluste versuchen will, Neal wieder nach New York zurückzubringen. Bei der Suche nach dem derzeitigen Aufenthaltsort von Neal und Mozzie beginnt ein Wettrennen zwischen beiden. Nach seiner Flucht lässt es sich Neal auf den Kapverden gut gehen, wo er die Bekanntschaft der Café-Besitzerin Maya macht, mit der eine Liaison beginnt. Mit Hilfe detektivischer Kleinarbeit kommt Peter darauf, dass Neal sich auf den Kapverden befindet. Dort zahlt Neal monatlich der Inselgröße Dobbs 25.000 Dollar, um vor eventuellen Nachstellungen der örtlichen Inselbehörden verschont zu bleiben. Fast zeitgleich mit Peter kommt Agent Kyle Collins auf die Insel, wo er Informanten 500.000 Dollar für Hinweise zur Ergreifung von Neal bietet. Doch Letzterer zieht es lieber vor, mit Mozzie per Boot auf eine Nachbarinsel zu flüchten …
Aus der beabsichtigten Flucht Neals per Boot von der Insel wird nichts. Nachdem Mozzie und Peter die ganze Nacht am Hafen gewartet haben, erfahren sie von der Cafébesitzerin Maya, dass Neal mit ihr zu Dobbs Anwesen gefahren war. Um Neals Flucht zu verhindern, schießt ihm Agent Kyle Collins in Dobbs Haus ins Bein. Collins Absicht ist es, Neal per Flugzeug in die USA zurückzubringen. Auf der Fahrt zum Flughafen werden sie aber von Hectors umgestürztem Obststand aufgehalten. Mit Mozzies Hilfe gelingt Neal die Flucht. Peter hat sich inzwischen als Barmann bei einer High Society-Party eingeschlichen. Dort streut er Gerüchte über den Gastgeber Henry Dobbs, der angeblich ihm anvertrautes Geld auf sein Boot geschafft hat, mit dem er dauerhaft die Insel verlassen will. Peter ist darüber informiert, dass Dobbs nicht der wahre Name ist, sondern vielmehr Robert MacLeish, ein seit 20 Jahren vom FBI gesuchter Verbrecher. Aufgrund eines Deals mit Agent Collins kommt es dazu, dass Neal und Peter mit Dobbs/MacLeish zusammen in die USA zurückfliegen. Neal ist froh, wieder in New York zu sein, und Peter, der sich mit seinen Aktionen den Anweisungen des FBI widersetzt hat, wird aus der White-Collar-Abteilung abgezogen.
Weil Agent Peter Burke sich während Neal Caffreys Eskapade auf den Kapverden den Anweisungen des FBI widersetzt hat, wird er in die Asservatenkammer strafversetzt, wo er unter der Knute seines Vorgesetzten Patterson gestohlene Handys archivieren muss. Neal greift einen Fall auf, an dem sich Peter schon zehn Jahre lang erfolglos abgearbeitet hatte. Im Abstand von fünf Jahren bricht ein Gangster in Juweliergeschäfte ein und verschwindet mit einer Anzahl Diamanten im Millionenwert. Als ein gestohlener Laster auftaucht, durch den Juweliere in Manhattan mit Trinkwasserbehältern beliefert werden, ergibt sich eine erste Spur.
Peter Burke tut noch immer Dienst in der Asservatenkammer des FBI, wo er mit Sorge das Ergebnis der Untersuchung seiner Handlungen während Neals "Ausflug" auf den Kapverden erwartet. Dennoch helfen er und Neal Sara bei ihrem aktuellen Fall: Der Hedgefonds-Investor Grant Covington starb bei einem Tauchunfall und Sara hegt den Verdacht, dass seine junge Witwe Sophie wegen einer riesigen Lebensversicherungssumme von 50 Millionen Dollar selbst die Finger im Spiel hatte. Doch als Sophie kurz darauf Opfer eines Entführungsversuchs wird, den Neal in letzter Sekunde verhindern kann, sieht alles plötzlich ganz anders aus. Um der Sache auf den Grund zu gehen, soll Neal die reiche Witwe verführen...
Neal erzählt Peter von Sam, dem verdeckten Ermittler, der Ellen mehr über Neals Vater hätte sagen können. Er vermutet, dass sich im Tatortbericht der Marshals Hinweise dazu finden lassen sollten, wie Ellen mit ihm Kontakt aufgenommen hat. Doch die Marshals erweisen sich als unkooperativ und Neal sieht sich gezwungen, sich einen anderen Weg zu überlegen, an diese Daten heranzukommen - auch wenn das bedeutet, Peter zu hintergehen. Unterdessen hat Peter einen ersten Fall seit seiner Rückkehr in die Abteilung. Im Kessman Museum für moderne Kunst wurde ein Gerät gefunden, das den Alarm ausschaltet. Ziemlich bald haben Neal und Peter eine Verdächtige namens Abigail im Visier. Doch diese erkennt Neal und macht ihm einen Vorschlag: Sie bricht für ihn ins Büro der Marshals ein, wenn er für sie ein bestimmtes Kunstwerk stiehlt. Als er sich jedoch weigert, setzt Abigail auf Erpressung. Sollte Neal ihr nicht helfen, schiebt sie ihm den Einbruch bei den Marshals in die Schuhe...
Bei einer Zwangsversteigerung in einem Lagerhaus ersteigert Mozzie den Inhalt eines alten Apartments und entdeckt darin Hinweise auf die Geheimgesellschaft der Culper-Spione aus dem Amerikanischen Unabhängigkeitskrieg. Er glaubt, dass diese Spione auch heute noch aktiv sind und versucht dafür Beweise zu finden. Er gerät in Lebensgefahr, als er in einer ehemaligen Residenz der Gesellschaft von einem Maskierten mit der Waffe bedroht wird. Mozzie kommt mit dem Schrecken davon und bittet Neal und Peter um Hilfe. Die beiden finden heraus, dass es sich bei dem Maskierten um den zwangsweise emeritierten Professor und Buchautor Oliver Stringer handelt. Er ist ein Verschwörungstheoretiker, der ebenfalls die Existenz des Culper-Spionagerings beweisen will. Hauptziel bei dem Unternehmen ist es, eine historische Flagge aus der Zeit des Unabhängigkeitskrieges zu finden.
Neal kommt der dunklen Vergangenheit seines Vaters einen Schritt näher. Währenddessen droht ein alter Fall Peters vor Gericht zu scheitern …
Alexandra Hunter taucht plötzlich wieder auf und Peter hat sie prompt im Verdacht, einen kürzlich vereitelten Kunstraub organisiert zu haben. Neal soll sich daher mit ihr treffen und Genaueres herausfinden. Doch ein beleidigter Mozzie, der sich von Neal ausgegrenzt fühlt, macht Peter einen Strich durch die Rechnung, als er versehentlich in Alexandras Penthouse einbricht. Mozzie macht die Not jedoch zur Tugend und findet einen Umschlag, aus dem hervorgeht, dass Alex selbst einen Auftraggeber hat: den griechischen Staatsangestellten Rasmus Spiteri. Um ihn dranzukriegen und Alex zu schützen, lässt sich Neal auf ein gewagtes Spiel ein...
Neal und Peters Vertrauen füreinander wird erneut auf eine harte Probe gestellt. Währenddessen offenbart sich Neal, dass sein Vater vor Jahren Opfer eines durchtriebenen Komplotts wurde …
Nachdem Neal herausgefunden hat, dass Peter hinter seinem Rücken Nachforschungen über Sam angestellt hat und somit dessen geheimen Aufenthaltsort dem FBI offenbart hat, herrscht zwischen den Partnern eine angespannte Stimmung. Neal fühlt sich von seinem Vertrauten verraten, während Peter trotz allem der Ansicht ist, richtig gehandelt zu haben. Ausgerechnet in dieser schwierigen Phase ihrer Freundschaft, werden Neal und Peter zu einer Agentenkonferenz geladen, um für ihre besonderen Leistungen als Team geehrt zu werden … Als Neal nach der Konferenz nach Hause kommt, erwartet ihn eine Überraschung. Sam sitzt zusammen mit Mozzie in seinem Wohnzimmer. Zu dritt beschließen sie, dass sie alles daran setzen müssen, um herauszufinden wer es auf Sam abgesehen hat, da sie so möglicherweise auch den Mörder von Ellen identifizieren können. Doch um ihren Plan durchführen zu können, muss Neal Peter erneut hinters Licht führen. Wie viele Vertrauensbrüche hält die ohnehin schon auf die Probe gestellte Freundschaft der beiden aus? Währenddessen vertraut Peter seinem schlechten Gefühl und guckt sich Sams Vergangenheit nochmals genauer an. Als er routinemäßig seine DNA durch die Datenbänke des FBI laufen lässt, offenbart sich ihm die ungeheuerliche Wahrheit bezüglich Sams wahrer Identität.
Sam offenbart sich als Neals Vater und weiht ihn endlich in seine Familiengeschichte ein. Während sich scheinbar endlich alles zum Guten wendet, bahnt sich jedoch schon die nächste Katastrophe an …
Neal hat die schockierende Enthüllung, dass sich hinter Sams Identität sein Vater verbirgt noch nicht verkraftet, da muss er sich schon neuen Problemen widmen. Nachdem Ellens Testament eröffnet wurde, bekommt Neal aus ihrem Erbe einen mysteriös aussehenden Schlüssel. Dieser führt zu sämtlichen Informationen, die Ellen und Neals Vater über das von Korruption infiltrierte Police Department gesammelt haben. Neal beauftragt Mozzie, weitere Nachforschungen anzustellen, doch der Schlüssel entpuppt sich als ein Unikat und das dazu passende Schloss scheint unauffindbar – bis Neal die alles entscheidende Beobachtung macht. Währenddessen entdeckt Peter eine bisher nicht erkannte Verbindung im Fall Dennis Flynn. Dieser wurde auf Geheiß von Senator Terrence Pratt in ein anderes Gefängnis verlegt und auf dem Weg dorthin ermordet. Das Interessante daran: Pratt ist niemand geringerer als der korrupte Chef des Police Departments, in dem Neals Vater vor Jahren gearbeitet hat. Um Pratt seiner Verbrechen zu überführen, tüftelt das White Collar-Team einen genialen Plan aus, doch Pratt scheint ihnen einen Schritt voraus. Als Peter dann in einem Unfall verwickelt wird, weil seine Bremsen manipuliert wurden, offenbart sich die wahre Skrupellosigkeit ihres Gegners …
Sowohl Neal als auch Peter haben das Rätsel um den mysteriösen Schlüssel aus Ellens Vermächtnis gelöst. Die merkwürdigen Einprägungen erweisen sich als Skyline, die den Ort darstellen, an den Ellen die Beweise gegen das korrupte New Yorker Police Department versteckt hat. Erneut zeigt sich, dass Neal und Peter sich trotz ihrer langjährigen Freund- und Partnerschaft noch immer nicht voll und ganz vertrauen können, denn sie haben dem Anderen nicht offenbart, das Rätsel gelöst zu haben. Auf beruflicher Basis indes erweisen sie sich als eingespieltes Team. Für das White Collar-Team gilt es, einen neuen Fall zu lösen. Mozzie, der sich unter falschem Namen eine Taxi-Lizenz besorgt hat und nebenher als Taxifahrer arbeitet, entdeckt in der Taxizentrale eine Ungereimtheit. Offenbar werden von einem Mitarbeiter gestohlene Taxi-Lizenzen für viel Geld verkauft. Agent Burke identifiziert diesen als einen gewissen Angelo Wells, der zusammen mit seinem Bruder Delmon den berühmten „Cotton Club“ neu eröffnen will. Das durch die Taxi-Lizenzen gewonnene Geld soll anscheinend mit den Einnahmen des Clubs gewaschen werden, so die Theorie des Ermittler-Teams. Neal und Peter überlegen sich einen genialen Plan und schleusen June als Sängerin in den Club ein. Als ihre Manager getarnt beginnen sie am Ort des Geschehens undercover mit ihren Ermittlungen …
Ellens Rätsel um das geheime Versteck der gesammelten Beweise gegen das von Korruption beherrschte New Yorker Police Department ist gelüftet. Die Sicherheitskassette muss irgendwo im Empire State Building versteckt sein. Obwohl Peter den Beweisen so nah ist, überlässt er es Neal, diese zu beschaffen und beweist so, dass er ihm mehr vertraut als Neal annimmt. Darüber hinaus hat Agent Peter Burke sich eine kleine Auszeit von der Arbeit verdient. Zusammen mit seiner Frau Elizabeth will er ein romantisches Wochenende in einem Hotel verbringen. Bevor die beiden in ihren Kurzurlaub aufbrechen, statten sie Saras Duftausstellung, in der unter anderem ein Flacon von Marie Antoinette ausgestellt wird, einen kurzen Besuch ab und verabschieden sich. Plötzlich stürmt ein maskiertes Pärchen die Galerie und bedroht die Besucher mit einer Waffe. Es stiehlt den berühmten und äußerst wertvollen Flacon von Marie Antoinette und macht sich samt Beute aus dem Staub. Elizabeth und Peter sind dabei zur falschen Zeit am falschen Ort. Gerade als sie das Auto starten, um etwas wohlverdiente Zweisamkeit genießen zu können, steigt das Diebespärchen aus der Ausstellung in deren Wagen und nimmt die beiden als Geiseln, um vom Tatort fliehen zu können. Aus dem romantischen Wochenend-Trip wird schnell ein nervenaufreibendes Geiseldrama. Während das White Collar-Team versucht, den gestohlenen Flacon aufzuspüren, ahnt es nicht, dass Agent Peter Burke und dessen Frau in großer Gefahr sind …
Für die White Collar-Abteilung steht ein neuer Fall an. Doch vorher muss sich das Team an eine Umstrukturierung gewöhnen. Agent Hughes, der jahrelang die White Collar-Abteilung geführt hat, wurde entlassen und an seiner Stelle wird nun Amanda Callaway den Posten als Chefin übernehmen. Hughes war dafür bekannt und beliebt, die eher unkonventionellen Ermittlungsstrategien seines Teams zuzulassen, um einen Fall zu lösen. Mit Agent Callaway als neue Vorgesetzte der White Collar-Abteilung, müssen sich Neal und Peter an eine ungewohnt strenge Führungsweise gewöhnen. Die beiden werden zu einer Galerie geschickt, um die Herkunft einer äußerst wertvollen und oft kopierten Statur von Bernini zu verifizieren. Neals Auge fällt jedoch schnell auf ein anderes Kunstwerk, eine abstrakte Skulptur des vor kurzem verstorbenen Künstlers DeBois. Anhand ein paar kaum zu erkennender Unstimmigkeiten, enttarnt Neal die Skulptur als eine Fälschung. Hauptverdächtiger ist in diesem Fall DeBois Schützling und Schüler Bellmiere. Dieser besitzt die vier verbliebenen Skulpturen seines Meisters und will sie anscheinend für viel Geld verkaufen. Undercover beginnen Neal und Peter, unter dem prüfenden Blick von Amanda Callaway, mit ihren Ermittlungen. Währenddessen nähern sich Neal, Mozzie und James den im Empire State Building versteckten Beweisen gegen Senator Pratt. Neal und Peter agieren auch in dieser Sache als eingespieltes Team. Mit Hilfe eines FBI-Detektors und eines Ablenkungsmanövers, können sie den genauen Fundort der Beweise endlich lokalisieren …
Neal, Peter und James konnten den geheimen Aufenthaltsort von Ellens Beweisbox endlich lokalisieren. Um die prekären Beweise zu sichern, James’ Unschuld zu beweisen und Senator Pratt hinter Gittern zu bringen, müssen sie nur noch unbemerkt in den 50. Stock des Empire State Buildings gelangen. Doch dies gestaltet sich schwieriger als gedacht, vor allem weil Amanda Callaway, neue Chefin der White Collar-Abteilung, ebenfalls auf die Beweisbox aufmerksam geworden ist. Peter vermutet, dass sie mit Pratt unter einer Decke steckt und die belastenden Beweise beschaffen will, bevor James sie in die Finger bekommt. Doch im Gegensatz zu Neal, Peter und James hat Callaway eine gesamte FBI-Abteilung zu ihrer Verfügung, um an ihr Ziel zu gelangen. Während das FBI systematisch jedes Stockwerk des Empire State Buildings durchkämmt, überlegen sich Neal und Mozzie einen genialen Plan, um vor den Agenten die Indizien zu sichern. Ein letztes Mal kann Sara Neal unterstützen, bevor sie nach London zieht. Als Ablenkungsmanöver und um Zugang zu den obersten Stockwerken des Empire State Buildings zu bekommen, fällt Neal vor Sara auf die Knie und macht ihr einen romantischen Heiratsantrag. Der Plan geht auf, Mozzie und James finden die Beweise und schmuggeln sie aus dem Gebäude. Doch Senator Pratt wartet bereits auf sie und stellt James mit einer Waffe. Der Kampf zwischen James und Pratt eskaliert. Als Peter versucht, die Situation zu entschärfen, passiert ihm ein fataler Fehler – mit schicksalhaften Folgen …