Claire und ihre Freunde versuchen, zu einem normalen Leben zurückzufinden, müssen aber erkennen, dass die Vergangenheit sie nicht loslässt. Nach seiner Gehirnwäsche glaubt Sylar, er sei Nathan Petrelli - doch seine vermeintliche Mutter Angela befürchtet, er könnte seine tatsächliche Persönlichkeit wiederentdecken. Der Zirkusdirektor einer Freakshow bietet übernatürlich Begabten eine Heimat, hegt dabei aber militante Absichten.
Claire erfährt vom Tod ihrer neuen Freundin Annie und glaubt nicht an einen Selbstmord. Hiro lernt den Zirkusdirektor Samuel kennen. Dieser verleitet ihn dazu, die Vergangenheit zu ändern. Matt weigert sich, seine Fähigkeit einzusetzen - bis ihm die Eifersucht ein Schnippchen schlägt.
Bei einer Hausdurchsuchung verlässt sich Matt auf Hinweise, die Sylar ihm einflüstert. Gretchen beweist Spürsinn und zwingt Claire zu einer Entscheidung. Zirkusdirektor Sullivan erschleicht sich mit einer List Peters Vertrauen.
Hiros Gesundheitszustand verschlechtert sich. Dennoch versucht er, die Tragödie eines Selbstmörders rückgängig zu machen. Claires Aufmunterungsversuche wecken den Jagdtrieb ihres Ziehvaters. Tracys Bestreben, ins Politgeschäft zurückzukehren, bringt ihr ein unmoralisches Angebot ein. Und Nathans lückenhaftes Gedächtnis fördert eine morbide Erinnerung zutage.
Einer Psychiaterin gelingt es den wahren Sylar zum Vorschein zu bringen - mit den zu erwartenden Konsequenzen. Claire erhält Grund zur Annahme, dass ihre neue Freundin Gretchen nicht nur ehrbare Absichten hegt. Trotz Lydias Warnungen ist Zirkusdirektor Samuel kurz vor dem Ziel, seinen verstorbenen Bruder zu ersetzen. Peter erkennt im Spital die Fähigkeit seiner Kollegin Emma und blitzt bei ihr ab.
Sylar kommt seiner blutigen Vergangenheit auf die Spur. Hiro führt Emma den Wert ihrer Gabe vor Augen. Peter sucht mit Noah nach einem Heiler, der Hiro retten kann, wird von diesem aber höchst feindselig empfangen.
Mit Tracys Hilfe befreit Noah den jungen Heiler Jeremy aus der Haft. Damit bringt er ihn aber erst recht in Gefahr. Ein harmloses Aufnahmeritual wird für Claire zum Überlebenskampf. Und Matt findet ein Mittel gegen Sylars Gedankenkontrolle, das ihm selbst zum Verhängnis wird.
Hiro reist in die Vergangenheit, um die Liebe seines Lebens zu retten. Dort trifft er auf einen entfesselten Sylar. Noah Bennets innige Freundschaft zu einer Arbeitskollegin zerbricht. Und Samuel will sich Hiros Dienste mit einer ganz miesen Masche sichern.
Claire fürchtet, ihre neue beste Freundin zu verlieren. Von Samuel erfährt sie, weshalb Rebecca ihr und ihrem Vater ans Leder will. Nach einem Zugsunglück setzt Peter seine neue Fähigkeit ein und erkennt Emmas Talent als Ärztin. Sylar begeht einen Mord, um Matt zum Schweigen zu bringen, der daraufhin alles auf eine Karte setzt.
Hiro reist in die Vergangenheit. Er besucht Mohinder, der brisante Filmaufnahmen über Samuel findet. Claire erhält bei ihrem Vater einen eisigen Empfang. Und Sylars Chancen, in seinen Körper zurückzukehren, steigen bei einem Spitalbesuch markant.
An Thanksgiving kommen Familien und Freunde zusammen. Der Blick zurück verrät Hiro und Lydia, wer die Schuld an Josephs Tod trägt. Claire kann Ordnung in ihr Leben bringen. Und bei den Petrellis kommt es zu einer gefährlichen Konfrontation. Hiro verbringt Thanksgiving auf Samuels bizarrem Jahrmarkt. Als er die Tafel zu decken hilft, bemerkt Lydia seine bedrückte Miene. Sie setzt ihre übernatürliche Fähigkeit ein, um seinem Kummer auf die Spur zu kommen. Hiro und Lydia reisen gemeinsam acht Wochen in die Vergangenheit, um herauszufinden, wer Joseph auf dem Gewissen hat. Sie schleichen Samuel und Joseph nach und werden Zeugen einer erbitterten Auseinandersetzung. Noah Bennet lädt zum Thanksgiving ein und bittet auch Claire zu kommen, damit er nicht mit seiner Exfrau und deren Neuem alleine ist. Unerwartete Gesellschaft erhält Claires Vater von seiner einstigen Partnerin bei der Company, Lauren Gilmore, die ihm bei den Vorbereitungen zur Hand geht. Nachdem die Familienfeier für Claire eher deprimierend verlaufen ist, taucht auch für sie ein unangemeldeter Gast auf und bietet ihr die Gelegenheit, ihr Leben wieder zur Sonnenseite zu wenden. Auch wenn das Thanksgiving der Petrellis in Peters vergleichsweise gewöhnlicher Wohnung stattfindet, sorgen ihre Bedienstete doch dafür, dass die Familie nicht auf Luxus verzichten muss. Die schlichte, ungeschminkte Wahrheit ist dann aber, was Nathan von seiner Mutter fordert. Angela kann zwar erklären, was es mit Nathans leblosem Körper in der Lagerhalle auf sich hat und was Matt Parkman zugestossen ist. Doch auch sie hat die ganz böse Überraschung nicht kommen sehn, mit der ihr Ältester alle vor den Kopf stösst.
Claire schaut sich mit Gretchen auf Samuels Jahrmarkt um. Ein Zwischenfall zwingt sie zu einer folgenreichen Entscheidung. Peter liefert sich mit Sylar einen offenen Kampf. Es gelingt ihm, zu Nathan durchzudringen, der nur noch in einer Verzweiflungstat einen Ausweg sieht. Noah Bennet studiert seine Unterlagen, als Lauren zum Rendez-vous auftaucht. Er erklärt, dass er nach dem Ende von Primatech die ganze Arbeit alleine bewältigen muss. Lauren bietet an, die Ressourcen der CIA einzusetzen, um Claire zu finden, und den Kompass, den sie sich unter den Nagel gerissen hat. Claire und Gretchen finden Samuels Jahrmarkt in Ohio, der ihnen einen angenehmen Empfang bereitet. Er präsentiert ihnen den Jahrmarkt als sicheren Hafen für übernatürlich Begabte, die andernorts diskriminiert und gejagt werden. Als ein Zwischenfall an der Schiessbude eskaliert, ist Claire gezwungen, bereits Partei für oder gegen die Jahrmarktsclique zu ergreifen. Entgegen den Warnungen seiner Mutter zieht Peter mit Betäubungsmittel los, um Sylar zu überwältigen und zu seinem Bruder durchzudringen. Nach einem hart geführten Kampf, bei dem Peter eine neugewonnene Fähigkeit einsetzen kann, gelingt es ihm tatsächlich, Sylar auszuschalten und Nathan zum Vorschein zu bringen. Dieser gesteht seinem Bruder, dass ihn der Kampf gegen Sylar ans Ende seiner Kräfte gebracht hat. Nathan entschliesst sich zu einem letzten verzweifelten Schritt.
Emma erfährt von Samuel, welches Potenzial in ihrer übernatürlichen Fähigkeit steckt. Ando kümmert sich um seinen sichtlich verwirrten Freund, der in Zitaten spricht. Claire kommt dahinter, dass Samuel zweifelhafte Absichten hegt. Die Petrellis erweisen einem der Ihren die letzte Ehre. Emma ist am Boden zerstört, weil sie von der Medizinischen Fakultät eine Absage erhalten hat. Als Samuel auftaucht, will sie nichts mit ihm zu tun haben - bis er sich als Spender ihres Cellos zu erkennen gibt. Mit dem Instrument im Central Park erklärt Samuel ihr das Potenzial ihrer übernatürlichen Fähigkeit, das über das Sehen von Klängen weit hinausgeht. Gemeinsam lernen sie dort auch einen Obdachlosen kennen, der sich von grösster Wichtigkeit für Samuels Pläne erweist. Hiro materialisiert sich auf einer Tokioter Strasse, wo er einen Handtaschendieb in die Flucht schlägt. Er handelt sich allerdings auch Ärger mit zwei Polizisten ein, in denen er den Star-Wars-Roboter C-3PO und den Ritter Lancelot zu erkennen glaubt. Bei Yamamoto Industries kann Ando die Cops beruhigen. Kimiko schlägt vor, Hiro zu einem Neurochirurgen zu bringen, doch Ando hält den Zustand seines Freundes nicht für bedrohlich. Er erkennt in Hiros Kauderwelsch einen Kode, den es mittels Comics und Science-Fiction zu dechiffrieren gilt. Claire wird misstrauisch, als sie Samuel durch die Unterlagen ihres Vaters blättern sieht. Nachdem sie ihren Verfolger Eli im Spiegelkabinett abgeschüttelt hat, schnappt Claire sich die Primatech-Dokumente. Dabei wird sie jedoch ertappt: Doyle will verhindern, dass Claire mit ihren Nachforschungen Samuel zu Fall bringt und den Jahrmarkt vernichtet, die neue Heimat der verfolgten Leute mit Superkräften. Auf dem Friedhof besammeln sich die Petrellis, um Nathan das letzte Geleit zu geben. Peter hält eine rührende Totenrede, während Nathan mit allen militärischen Ehren zu Grabe getragen wird.
Peter und Claire versuchen mit Nathans Tod fertig zu werden. Als Peter in Gefahr gerät, weil er versucht, den Tod des Bruders zu ignorieren, steht ihm Claire bei. Sylar kehrt im eigenen Körper zum Jahrmarkt zurück, um Samuel zu töten, muss aber feststellen, dass er es gar nicht kann. Samuel beauftragt Lydia herauszufinden, was Sylar abgehalten hat. Doch während sie mit Sylar spricht, verrät sie ungewollt ihr eigenes Geheimnis. Edgar versucht indessen Noah zu töten. Aber Noah kann ihn überwältigen und dazu überreden, sich mit ihm gegen Samuel zu verbünden. Ihr Bündnis wird jedoch schon bald auf die Probe gestellt...
Der Kompass auf Peters Arm wird plötzlich aktiv und führt ihn zu Emma. Als Angela die beiden zusammen sieht, ist sie total geschockt, will Peter aber nicht sagen, warum. Deshalb nimmt sich Peter die Fähigkeit seiner Mutter und sieht in einem prophetischen Traum, welche Gefahr von Emma ausgehen könnte. Hiro und Ando versuchen indessen Mohinder aus der Psychiatrie zu befreien, in der dieser gefangen ist. Doch die Rettungsaktion gestaltet sich schwierig, da Hiro seine Kräfte nicht einsetzen kann. Noah und Matt stellen derweil Samuel eine Falle, indem sie Vanessa als Köder benutzen ...
Hiro droht den Kampf gegen seinen Gehirntumor zu verlieren. Er kollabiert in Noahs Apartment und fällt ins Koma. Während er bewusstlos ist, sieht er sich in einem Gerichtssaal, und Adam Monroe teilt ihm mit, dass der Richter in Kürze entscheiden wird, ob Hiro leben oder sterben wird. Sylar hofft indessen, dass Claire ihm erklären kann, warum er ein Tattoo von ihr auf seinem Arm hat. Claire weigert sich ihm zu helfen, doch Sylar hat Möglichkeiten, sie zur Kooperation zu zwingen. Samuel versucht seine große Liebe Vanessa für eine gemeinsame Zukunft zu gewinnen, aber Vanessa reagiert nicht wie von ihm erhofft ...
Noah bereitet zusammen mit Lauren und Mohinder den Angriff auf Samuel vor. Als Claire davon erfährt, versucht sie Samuel davon zu überzeugen, aufzugeben und sich freiwillig auszuliefern, um einen Kampf zu vermeiden. Sylar taucht indessen bei Matt auf, der ihm dabei helfen soll, mit der Sehnsucht nach menschlicher Näher umzugehen. Schließlich bittet er Matt sogar, ihn seine Fähigkeiten komplett vergessen zu lassen. Peter hat in einer Vision gesehen, welches Schicksal Lauren bevorsteht, und möchte sie unbedingt davor bewahren. Doch Angela eröffnet ihm, dass er dafür ausgerechnet Sylars Hilfe braucht ...
Da Peter in einer Vision gesehen hat, dass Emma in großer Gefahr ist, versucht er Sylar aus dem Alptraum zu wecken, in dem dieser gefangen ist. Obwohl Matt ihn aufzuhalten versucht, ist Peter fest entschlossen - und landet plötzlich selbst in Sylars Unterbewusstsein. Ihnen bleibt nichts anderes übrig, als gemeinsam einen Weg aus dem Traum herauszufinden. Lauren versucht indessen vergeblich Emma vor Samuel zu warnen. Samuel selbst setzt noch einmal alles daran, Claire zum Bleiben zu bewegen. Als sie den Jahrmarkt trotzdem lieber mit Noah verlassen will, sorgt Samuel dafür, dass die beiden unter der Erde verschüttet werden ...
Nachdem sie von Tracy aus ihrem unterirdischen Gefängnis befreit worden sind, machen sich Claire und Noah auf den Weg nach New York, wo sich Samuel mit seinen Anhängern auf den großen Showdown vorbereitet. Auch Peter und Sylar eilen dorthin, um Samuel zu stoppen. Peter will ihn in Schach halten, damit Sylar eine Chance hat, Emma zu befreien. Denn nur mit Hilfe von Emmas Kräften kann Samuel seine Pläne umsetzen. Noah holt indessen auch Hiro nach New York. Gemeinsam versuchen die Heroes, Samuels Leute davon zu überzeugen, dass er sie nur benutzt. Aber so leicht gibt Samuel nicht auf ...