Malcolm und Reese wollen unbedingt das legendäre "Burning Man"-Festival besuchen, ein Festival für aktive Kunst. Jeder Besucher kann dort machen, was er will, und die ganze Familie findet Gefallen daran, sich selbst neu zu erfinden. Während Malcolm sich in ein Mädchen namens Anita verliebt und absolut alles für sie macht, geht Reese so im Festival auf, dass er schließlich nicht will, dass es jemals aufhört. Und er ist bereit, dafür radikale Schritte zu tun.
Panisch stellt Hal fest, dass seine Familie nicht krankenversichert ist - weil er vergessen hat, die Rate zu zahlen. Da er dies erst am Montag nachholen kann, entschließt er sich, die Kinder zu Hause einzuschließen, damit sie sich nicht verletzen. Zu dumm, dass er sich dabei selbst das Knie verdreht. Lois hat davon glücklicherweise noch nichts mitbekommen. Sie ist viel zu sehr damit beschäftigt, den Verräter ausfindig zu machen, der ihrem Vorgesetzen gesteckt hat, dass die Kollegen in eine Gewerkschaft eintreten wollen.
Reese plant, sich endlich an Stevie zu rächen, der ihn immer fertig macht und damit durchkommt, weil er im Rollstuhl sitzt. Um gleiche Voraussetzungen zu schaffen, betäubt er sich die Beine mit Eis - muss aber herausfinden, dass Stevie einen Trick in Reserve hat. Lois will Jamie unbedingt das Sprechen beibringen, und so erzählt sie ihm ihr ganzes Leben - ohne Erfolg. Nur erkennt sie dabei, dass ihre Mutter an all ihren Fehlern Schuld ist. Dewey wird von Hal beim Rauchen erwischt. Dieser macht ihm das Angebot, ihm beim Abgewöhnen zu helfen, indem er aufhört, Kaffee zu trinken. Lois erwischt beide jedoch dabei, woraufhin Hal all seine alten Zigaretten wegwerfen muss.
Ausgerechnet an Halloween ist Malcolm krank und muss das Bett hüten. Reese und Dewey ziehen ohne ihn los, werden aber von Lois genötigt, Jamie mitzunehmen. Währenddessen erleben auch Malcolm und Hal zuhause ein sinngemäßes Halloween: Denn nachdem Hal erfahren hat, dass in ihrem Haus vor Jahren ein Massenmörder gelebt und seine ganze Familie getötet hat, ist er davon überzeugt, dass die Geister auch heute noch durchs Haus spuken.
Hal betätigt sich als Kammerjäger. Das Bienennest in der Garage ist auch schnell entsorgt - allerdings überlebt eine Biene das Massaker und verfolgt Hal nun wütend. Seine Nachbarin Jessica zeigt Malcolm, wie er seine Mutter um den Finger wickeln kann: Man muss sie nur emotional betroffen machen. Zuerst kann Malcolm nicht glauben, dass dies funktioniert, aber dann steigert er sich so in seinen neuen Trick hinein, dass er es Lois eines Tages beichtet.
Malcolm hat sich in die Schulschönheit Vicky verliebt. Das von allen als einfältiges Cheerleader verschriene Mädchen ist eigentlich hochintelligent, will aber diesen Schein wahren. Deshalb darf Malcolm sich nur heimlich mit ihr treffen, aber bald redet Jessica ihm ein, dass er sich dafür zu schade sein sollte. Während er nun überlegt, wie er Vicky zu einer "normalen Beziehung" überredet, macht Lois Reese klar, dass er sich entweder einen Job sucht - oder auszieht!
Obwohl seiner und Lois' Hochzeitstag mit einem Stromausfall beginnt, hält Hal an seiner Überraschung fest: Während Lois schick ausgehen will, plant Hal ein Festessen zu Hause, hat er doch gerade sundteure Steaks gewonnen. Für den Grill wird Reese zwangsrekrutiert und auch Lois ist bald umgestimmt. Wäre da nur nicht Malcolm, der auf eine sturmfreie Bude gehofft hatte - nun muss er seinen Mädchenbesuch heimlich ins Haus schleusen, und seine Eltern doch noch irgendwie loswerden.
Reese bekommt überraschenden Besuch von Abby, einer ehemaligen Armee-Kameradin. Reese freut sich, endlich wieder etwas mit seinem besten Kumpel machen zu können, doch schon bald erkennt er, dass er sich in Abby verliebt hat. Nur darf er ihr das nicht sagen, um ihre Freundschaft nicht zu zerstören. Es stellt sich jedoch heraus, dass Abby lesbisch ist und auf Lois steht. Dank neuer Einlegesohlen kommt Lois nicht mehr völlig erschöpft von der Arbeit. Für Hal ist das ein Problem, und um seine Rolle als sorgender Ehemann nicht zu verlieren, manipuliert er die Einlagen. Malcolm schuldet Dewey Geld und wird von ihm erpresst.
Reese wird von Herkabe fertig gemacht. Malcolm erfährt, dass Herkabe dies macht, um Malcolm zu erpressen, da er auf dem besten Weg ist, dessen Notendurchschnittsrekord einzustellen. Lois hat für Jamie eine Babysitterin engagiert, Claire aus der Nachbarschaft. Nach kurzer Zeit muss Lois jedoch feststellen, dass Claire die totale Nervensäge ist, weil sie ununterbrochen redet und sich fast rund um die Uhr im Haus einnistet. Auf mysteriöse Art und Weise stirbt Claire, wobei Lois ihr nicht wirklich nachtrauert. Kurz darauf taucht Claires Schwester Donna auf, die genauso anstrengend ist wie ihre Schwester.
Lois und Hal entdecken in der Post, dass Malcolm von einer Stiftung ein Stipendium für ein Studium im Wert von 10'000 Dollar bekommt. Sie beschliessen, das Geld erst einmal selbst auszugeben und es später Malcolm zurückzuzahlen. Dummerweise bekommt auch Dewey etwas mit, als Lois und Hal das Geld ausgeben wollen und nun müssen sie das Geld zu dritt teilen. Doch dann erkennt Lois, dass es unfair ist, und will das Geld doch noch zur Bank bringen. Doch auf dem Weg dahin gibt sie spontan alles für ein Puppenhaus aus, das kurze Zeit später in Flammen aufgeht. Vom schlechten Gewissen geplagt, verkauft Hal sein Auto, Lois ihren Schmuck, und so kommen noch ein paar tausend Dollar für Malcolms Stipendium zustande. Währenddessen kämpft Malcolm um ein gutes Jahrbuchfoto. Reese trifft bei seinem neuen Job im Altenheim zwei Rentner, die er miteinander verkuppelt, ehe er erfährt, dass einer von beiden bereits verheiratet ist.
Weil Hal und Lois zu einem Klavierkonzert fahren, soll Großmutter Ida auf Reese und Malcolm aufpassen - sehr zum Unwillen der beiden. Aber Ida wartet mit einer Überraschung auf: Da sie der Meinung ist, dass Reese endlich eine Frau haben sollte, will sie Reese mit Raduca verheiraten. Allerdings erst, nachdem ihr Enkel bewiesen hat, dass er ein Mann ist. Zuerst muss der Tradition wegen noch ein Wettkampf stattfinden, den Reese nicht komplett für sich entscheiden kann und somit auch Raduca nicht heiraten darf. Er setzt sich jedoch über die Tradition hinweg und heiratet Raduca dennoch.
Während Malcolm, von Hal unterstützt, nach einem College sucht, wohnt das frischvermählte Paar Reese und Raduca in der Garage. Nur Lois ist Raduca von Anfang an ein Dorn im Auge. Selbst als sie bei einer Einladung zum Essen sieht, wie blitzblank die Garage aussieht, und wie gut das Essen schmeckt, ist sie nur kurzzeitig beruhigt. Denn bald findet sie heraus, dass der Junge, den Raduca als ihren Bruder vorstellt, in Wahrheit ihr Freund ist.
Lois und Malcolm leiden an Mononukleose und müssen während der Quarantäne im Schlafzimmer ausharen. Im selben Zimmer kämpfen sie also gegen Viren und Langeweile an. Hal nutzt die Krankheit seiner Frau, um in der Nachbarschaft ein bisschen feiern zu gehen. Es stellt sich heraus, dass jeden Tag irgendwo ein Fest stattfindet. Anfangs hat Hal dort sehr viel Spass. Als ihm die Nachbarn jedoch erzählen, dass sie ihn mögen, Lois aber nicht ausstehen können, will er nichts mehr mit ihnen zu tun haben.
Hals Vater stirbt, und als die Familie von der Beerdigung zurück kehrt, bemerkt Hal, dass er kein bisschen getrauert hat, was ihn sehr nachdenklich stimmt. Daraufhin beschliesst er, alles erdenklich Mögliche für seine Kinder zu tun, damit sie ihm irgendwann nachtrauern werden. Er spielt die verrücktesten Spiele mit ihnen und kauft ihnen alles, was sie wollen. Malcolm durchschaut die Sache zwar, aber er hat keine Chance, seine Brüder davon zu überzeugen, dass es falsch ist, ihren Dad so auszunutzen. Lois kommt auch irgendwann dahinter und kann gerade noch verhindern, dass Hal für Malcolm, der dann doch irgendwann den Angeboten erliegt, ein Auto kauft.
Lois und Hal fahren zum einjährigen Jahrestag von Francis Trockenheit. Er nimmt sie zu einem kleinen Fest der Anonymen Alkoholiker mit. Dort stellt Lois fest, dass Francis überall erzählt hat, sie sei der Grund für seine Alkoholsucht. Dewey findet in der Garage Hals Autoschlüssel und will zur Spielhalle fahren. Da dies Malcolm und Reese nicht unterstützen, versteckt Dewey den Schlüssel und behauptet, er hätte ihn verschluckt. Mit einem Trick lenkt er die beiden ab und verschwindet dann allein mit dem Auto.
Vier High School-Schönheiten spielen Reese einen Streich: Sie erzählen ihm von einer angeblichen geheimen Verehrerin, die ihn treffen will, setzen dann jedoch nur ein Schwein vor seiner Tür ab. Reese ist völlig fertig und fällt ins Delirium. Als Lois dies mitbekommt, schwört sie den Mädchen Rache und ersinnt einen Plan, das Leben der Teenager-Gören zu zerstören. Unterstützt wird sie dabei nicht, denn sowohl der Direktor als auch die anderen Schüler freuen sich, dass Reese endlich auch mal zum Opfer wurde. Um seiner Frau in dieser Verfassung aus dem Weg zu gehen, verzieht sich Hal in die Garage und versucht, aus Müll seine eigene Ball-Maschine zu basteln.
Hal bekommt den Schock seines Lebens, als er sich in der Zahnarztpraxis eines Freundes eine Zahnlücke schließen lässt, und danach eine Rechnung über 2000 Dollar erhält. Reese will Lois das Fahrrad Fahren beibringen, weil sie bei einer Spenden-Fahrradtour teilnehmen muss. Irgendwann gelingt ihm auch dies. Als er ihr dann die Angst vor Stürzen nehmen will, verletzt sich Reese, und Lois hat die Angst überwunden. Dewey und Malcolm bekommen aus heiterem Himmel eine neue Matratze, auf der sie schlafen wie Könige. Malcolm will gar nicht mehr aufstehen und ist zu nichts mehr zu gebrauchen.
Dewey und Reese sperren Hal in einen neu entdeckten Bunker, der sich im Garten befindet, ein. Da dieser Bunker voll mit Essen und Trinken ausgestattet ist, füllt sich Hal da unten ganz wohl. Lois gewinnt ein Auto, und Malcolm nimmt an einem Tanzkurs teil, um ein Mädchen zu beeindrucken. Nach kurzer Zeit merkt er, dass sie überhaupt kein Taktgefühl hat und er schliesslich eine andere Partnerin braucht, um den abschließenden Tanzwettbewerb zu gewinnen.
Stevie liegt im Krankenhaus und Malcolm will ihn besuchen. Ihm kommt aber jedesmal was dazwischen, bis ihm auffällt, dass er vor dieser unangenehmen Situation wegläuft. Schliesslich sucht er das Krankenhaus doch noch auf, beschimpft Stevie aber nur, um so schnell wie möglich wieder verschwinden zu können. Hal hat ein neues ferngesteuertes Boot, wird jedoch von einem kleinen Jungen über den Haufen gefahren und kentert. Um sich zu rächen, baut er mit Malcolm ein Boot mit vielen Extras. Als es dann zur Revanche kommt, sieht es anfangs wieder nach einer Niederlage für Hal aus, doch dann schiesst er das Boot des Jungen einfach ab.
Reese lernt die süße Carrie kennen. Die ist leider Vegetarierin, darum kann Reese ihr nicht sagen, dass er auf einem Schlachthof arbeitet. Da sie ihn kurze Zeit später mit Schweinekotelettes erwischt, bleibt ihm nur eine Möglichkeit, sie zurückzuerobern: Er muss die Kühe aus dem Schlachthof befreien! Diese laufen dummerweise geradewegs auf die befahrbare Strasse. Um auf ein Rockkonzert gehen zu dürfen, versucht Malcolm Lois auszutricksen, die gerade Nachtschicht hat. Er plant, sich trotz Stubenarrest rauszuschleichen und zu dem Konzert zu gehen. Lois überredet Craig jedoch, ihre Schicht zu übernehmen, woraufhin Malcolm Craig klarmacht, dass er sich nicht alles gefallen lassen soll. Craig beschliesst deswegen, bei Lucky Aid zu kündigen und mit einer alten gebrauchten Vespa durch die Lande zu fahren, Banjo zu spielen und das Leben zu geniessen wie ein richtiger Mann. Dewey gewinnt gegen Hal in einem Gesellschaftsspiel, was Hal nicht auf sich sitzen lassen kann. Er fordert Dewey immer wieder heraus, bis er am Ende nach tage- und nächtelanger Spielerei endlich mal gewinnt.
Der grosse Schulball steht an, doch Malcolm hat darauf überhaupt keine Lust. Er beschliesst, mit anderen Aussenseitern der Schule eine Gegenveranstaltung zu organisieren, die das genaue Gegenteil zum Schulball ist. Als jedoch am Ende die Looser von den Coolen der Schule auf deren Schulball eingeladen werden, steht Malcolm allein mit seiner Gegenveranstaltung da. Reese wird mit Geld überredet, Jeanie zum Schulball zu begleiten, er muss nur nett zu ihr sein und sich ordendlich schick machen lassen. Dies gelingt ihm auch sehr gut, so dass sich Jeanie sogar richtig in ihn verknallt. Um Mitternacht ist der Spuk jedoch zu Ende. Dewey soll für die Schule eine Autobiografie schreiben, muss aber feststellen, dass von ihm kaum Fotos aus der Kindheit existieren. Damit Jamie nicht dasselbe Schicksal trifft, heckt er einen radikalen Plan aus.
Malcolm feilt an seiner Rede vor dem Abschlussjahrgang. Nur fällt ihm das alles andere als leicht, erst recht, nachdem Lois und Hal ihm eröffnet haben, dass sie wollen, dass er Präsident wird. Auch gerät sein Studium in Gefahr, weil Hal Probleme hat, die Schulgebühr zu überweisen. Anlässlich des Schulabschlusses kommen Francis, der mittlerweile einen ordentlichen Job hat, Piama und Grandma vorbei. Malcolm zieht schliesslich von zu hause aus, und muss sich zur finanzierung seines Studiums mit einem Job über Wasser halten. Auch Reese findet einen neuen Job als Schulhausmeister, der ihm Spaß macht. Er wohnt nun glücklich mit Craig zusammen. Dewey und Jamie machen das Haus nun allein unsicher... .