Das Ende des Sommers naht und Spannung liegt in der Luft. Die Familie Cohen versucht, Seth zur Rückkehr zu überreden, nachdem er sein Zuhause zu Beginn des Sommers verlassen hat. In der Zwischenzeit arbeitet Ryan in Chino auf dem Bau, während die schwangere Theresa zuhause wartet. Summer versucht unterdessen in Newport Beach mit Seths Verschwinden klar zu kommen. Und Marissa entfernt sich immer mehr von der Welt und versteckt ihre Probleme, indem sie zu alten Verhaltensweisen zurückkehrt.
Ryan und Seth sind nach Newport zurückgekehrt und die Schule beginnt wieder. Sie treffen dort auf ihre Ex-Freundinnen, doch es wird deutlich, dass die Dinge nie wieder so werden, wie sie waren. Caleb hat unterdessen immer noch mit seinen rechtlichen Problemen zu kämpfen und Hailey hat schlechte Nachrichten für Jimmy.
Nachdem Caleb aus der Haft entlassen wurde, muß er einige wichtige Entscheidungen hinsichtlich der Newport Group treffen, die nicht gerade in Kirstens Sinne sind. Seth ist unterdessen fest entschlossen, Summers Freundschaft zurückzugewinnen, auch wenn er dann mit Zach klarkommen muss. Ryan hat eine merkwürdige Begegnung mit einem neuen Mädchen in der Stadt, während Marissa mit ihrer Einsamkeit zurechtkommen muss.
Eine neue Ära beginnt in Newport Beach. Kirsten und Julie arbeiten gemeinsam in "The Newport Group", was nicht ohne Spannungen zwischen den beiden abläuft. Sandy versucht herauszufinden, was Caleb vor ihm verheimlicht. Seth und Ryan gehen unterdessen auf ein Doppeldate mit Lindsay und Alex und sehen sich ein Konzert von "The Killers" an. Marissa lädt DJ für den Abend ein und später taucht er endlich auf. Als auch noch Summer dazu kommt, ist das Chaos perfekt und der Abend endet für alle unerwartet.
Der Winterball "The SnO.C." findet wie in jedem Jahr statt und Ryan bittet Lindsay, ihn dorthin zu begleiten. Doch Lindsay ist der Meinung, dass die Beiden besser nur Freunde bleiben sollten. Seth möchte unterdessen mit Alex hingehen, doch für Alex war der Kuss zwischen ihnen ohne Bedeutung. Nachdem Julie Marissa und DJ in einer eindeutigen Situation erwischt hat, feuert sie ihn. Ryan und Marissa gehen schließlich zusammen auf den Ball - als Freunde. Zwischen Zach und Seth kommt es zum Streit, nachdem Zach Summer mit Seth hat tanzen sehen und Ryan versucht erneut sein Glück bei Lindsay. Caleb lüftet schließlich sein Geheimnis: Er hat mit Renée seit 16 Jahren ein uneheliches Kind.
Seth möchte auch in diesem Jahr wieder das Weihnukkah-Fest organisieren und hat alle Freunde zu den Cohens eingeladen. Doch das Fest ist schnell ruiniert, als Geheimnisse ans Tageslicht kommen, die die Familie Cohen für immer verändern werden. Summer und die anderen versuchen, Weihnukkah zu retten. Jimmy und Julie sind sich näher gekommen, versuchen aber, ihre Beziehung geheim zu halten.
Marissa erfährt von der Affäre zwischen Julie und Jimmy - und dass Jimmy Newport Beach verlassen will. Ryan und Lindsay halten ihre frische Beziehung vor Kirsten geheim. Seth will Alex mit einem neuen "Bad Boy"-Image beeindrucken und betrinkt sich. Außerdem erfährt er, dass Zach seine Ex-Freundin geküsst hat und rät Zach, Summer von seinem Ausrutscher zu erzählen. Die Cohens organisieren schließlich eine Abschiedsparty für Jimmy.
Die Cohens feiern ihren 20. Hochzeitstag und finden gleich am Morgen heraus, dass ihr Sohn Seth heimlich die Nacht bei Alex verbracht hat. Als Summer davon erfährt, nimmt sie an, dass die Beiden miteinander geschlafen haben und wird eifersüchtig. Um nun selbst einen Schritt in ihrer Beziehung voran zu gehen, stellt sie Zach ganz offiziell ihrer Mutter und Schwester vor. Sandy erwischt schließlich Seth, wie er erneut zu Alex will und spricht mit ihr, mit der Bitte, einen guten Einfluss auf seinen Sohn auszuüben. Dieses Gespräch bleibt natürlich nicht ohne Konsequenzen auf die Beziehung zwischen Seth und Alex... Kirsten erwischt Ryan und Lindsay halbbekleidet in einer eindeutigen Situation. Julie lässt in der Zwischenzeit nichts unversucht, um einen Keil zwischen die Beziehung von Marissa und DJ zu treiben.
Marissa und Summer wollen Lindsay überreden, an einem gemeinsamen Mädchen-Abend teilzunehmen. Die Drei gehen in einen Club, wo Summer einen Polospieler namens Matt kennenlernt. Sie ist überrascht, als sie erfährt, dass das Polo-Team sowohl von ihr und Zach, als auch von ihrem 6monatigen Jubiläum weiß. In der Zwischenzeit kehrt Alex Ex-Freund zurück und Seth bekommt einen neuen Eindruck von Alex. Lindsay betrinkt sich gemeinsam mit Marissa. Sandy, Kirsten und Caleb gehen miteinander Essen, doch Sandy verlässt schließlich aus Ärger über Caleb den Restauranttisch. Sandy muß sich in der Zwischenzeit Gedanken um seine Zukunft machen.
Sandys ehemaliger Mentor, Professor Max Bloom, schaut in seinem neuen Büro vorbei, und bittet Sandy um Hilfe bei seiner Tochter Rebecca. Er ist totkrank und will Rebecca noch einmal sehen, bevor er stirbt. Offensichtlich hat Rebecca vor mehr als 20 Jahren etwas Schreckliches getan, denn das FBI überwacht immer noch das Haus von Professor Bloom in der Hoffnung, sie würde irgendwann Kontakt zu ihrem Vater aufnehmen. Bloom hofft, dass Sandy ihm weiterhelfen kann, immerhin war er die Liebe ihres Lebens... Marissa verbringt in der Zwischenzeit ihre ganze Freizeit mit Alex, während ihre Mutter Julie immer noch in Europa ist. Die beiden fahren gemeinsam nach Los Angeles, um sich eine Kette zurückzuholen, die Jodie von Alex gestohlen hat. Caleb entdeckt schließlich später, wie Alex Marissas neues Tatoo betrachtet... Summer findet unterdessen Zeichnungen, die Seth von ihr gemacht hat und ist gerührt. Caleb bittet Lindsay schließlich endlich zum Abendessen, nachdem Ryan ihn darum gebeten hat. Beim Essen jedoch ist er sauer, dass Ryan sich in seine Familienangelegenheiten einmischt und denkt, dass Ryan und Lindsay es nur auf sein Geld abgesehen haben.
Zach erzählt Seth, dass er Kontakte in die Comic-Branche hat, die viel von seiner Idee eines The OC-Comicbandes halten. Er überredet Summer, für Seth Modell zu stehen, damit der seine Zeichnungen verbessern kann. Dabei kommt es aber beinahe zu einem Kuss... Kirsten hat in der Zwischenzeit von dem ruinierten Abendessen von Caleb, Ryan und Lindsay gehört und lädt ihren Vater erneut ein. Dort geraten Ryan und Caleb allerdings wieder im Streit aneinander und der Abend endet mit einer Katastrophe: Caleb bekommt einen Herzinfarkt... Er überlebt den Anfall und versöhnt sich schließlich mit seinen Töchtern. Sandy verbringt unterdessen zu viel Zeit mit Rebecca und Alex und Marissa kommen sich langsam näher...
Seth gesteht Ryan am Valentinstag, dass seine Gefühle für Summer so stark wie nie zuvor sind. Gemeinsam mit Zach und Summer ist er wegen des Comic-Buchs in San Diego, wo die Drei in einem Hotel übernachten - die beiden Verliebten, Summer und Zach, teilen sich ein Zimmer und Seth ist sehr eifersüchtig, was schließlich die Verhandlungen mit den Comic-Bossen platzen lässt... Seth fährt direkt wieder zurück nach Newport, während Summer und Zach noch eine Nacht dort bleiben wollen. Sandy versucht unterdessen, sich mit Kirsten zu versöhnen. Rebecca quartiert er in einem Hotel ein und beschließt, sie nicht mehr als Anwalt zu vertreten. Um sich von seiner ersten Liebe zu verabschieden, verschiebt er sein Valentinstag-Essen mit Kirsten und kommt Rebecca dabei gefährlich nahe. Ryan will Lindsay in der Zwischenzeit davon überzeugen, ihre Beziehungspause zu unterbrechen. Julie kehrt überraschend aus Paris zurück und Marissa und Alex planen ihr erstes, richtiges Date.
Während Sandy weiterhin an Rebeccas Fall arbeitet, fragt sich Kirsten, wie stark die Gefühle der Beiden füreinander sind. Sie stattet Rebecca einen Besuch ab, woraufhin diese schließlich die Stadt verlässt. Seth hat immer noch mit den Ereignissen des Valentinstag zwischen Zach und Summer zu kämpfen. Er entscheidet sich, Zach ganz direkt zu fragen, der nicht sehr begeistert über diesen Eingriff in seine Privatsphäre ist. Als Summer sieht, wie deprimiert Seth ist, gesteht sie ihm, dass sie nicht mit Zach geschlafen hat – Zach will mit dem Sex bis zur Ehe warten, erzählt Seth aber, dass er seine Meinung geändert hat. Und Summer wird bewusst, dass sie immer noch nicht über Seth hinweg ist... Caleb möchte Lindsay unterdessen adoptieren und Julie befürchtet, dass eine Adoption ihr Erbe gefährden könnte. Marissa hat in der Zwischenzeit große Schwierigkeit mit der neuen Situation zwischen sich und Alex und Angst, Summer von ihrer neuen Beziehung zu erzählen…
Lindsay entschließt sich, den DNA-Test zu machen, wobei Ryan ihr beisteht. Wie sich herausstellt, ist Caleb tatsächlich ihr Vater und möchte sie nun adoptieren. Ihre Mutter will die Stadt verlassen und nach Chicago gehen und Lindsay steht nun vor einer schwierigen Entscheidung. Sandy will Rebecca immer noch mit ihrem Fall helfen und versucht, sie davon zu überzeugen, nicht wieder wegzulaufen. Kirsten hat große Schwierigkeiten damit und zweifelt an ihrer Ehe. Marissa gesteht ihrer überraschten Mutter unterdessen, dass sie mit Alex zusammen ist und zieht Hals über Kopf bei ihrer Freundin ein. Summer und Zach wollen nach Italien abreisen, als Seth einen letzten Versuch unternimmt, Summer zurückzugewinnen...
Ryan ist deprimiert wegen Lindsays Abreise und beschließt, nach Chicago zu fahren, um sie zu überraschen. Seth überredet ihn jedoch, stattdessen mit ihm ins Einkaufscenter zu gehen, Marissa, die frustriert über ihr Zusammenleben mit Alex ist, sowie Summer begleiten die Jungs. Kirsten und Julie lernen in der Zwischenzeit Carter kennen, den neuen Editor des Magazins. Julie wird mit einer Person aus ihrer Vergangenheit konfrontiert…
Seth beschließt, die guten Zeiten des letzten Jahres zurück zu bringen und will nicht eher aufgeben, ehe sein Plan in die Tat umgesetzt ist. Alex ist in der Zwischenzeit eifersüchtig, dass Marissa ihre Freundschaft zu Ryan wieder pflegt und für ein Schulprojekt mit ihm zusammen arbeitet. Julie bittet unterdessen Sandy wegen Lance um Hilfe.
Ryans Bruder Trey wird aus dem Gefängnis entlassen. Er wendet sich an Ryan und die Cohens geben ihm einen warmen Empfang. Ryan traut dem Ganzen aber nicht. Zach kommt derweil aus Italien zurück und stiftet Verwirrung. Als Julie ihren Fehler Kirsten gegenüber zugibt, entscheiden sie gemeinsam, Caleb einzuweihen um Hilfe zu bekommen...
Sandy arbeitet widerwillig auf einer weiteren Benefizveranstaltung, Trey geht auf Apartmentsuche, Carter erweckt Seth' und Zachs Comicbuchtraum wieder zum Leben, sehr zum Leidwesen von Summer, und Marissa zieht zu den Cohens...
Trey zieht endlich in sein neues Apartment ein. Marissa versucht Ryan davon zu überzeugen, an der Überraschungsparty für Trey teilzunehmen. Da Ryan sich noch immer nicht mit Trey vertragen hat, weigert er sich. Das neue Magazin der Newport Group ist erschienen, nur Kirsten kann sich darüber nicht wirklich freuen. Julie stattet Lance einen Besuch ab - bewaffnet. Die Überraschungsparty für Trey endet mit einer Verhaftung und beinahe mit einem Todesfall.
Trey wurde vorerst aus dem Gefängnis entlassen. Wie er Sandy mitteilt, hat er nur versucht Marissa zu schützen. Ryan und Marissa wollen Trey helfen und versuchen daher auf dem Campus den Dealer zu finden, von dem die Drogen bei der Überraschungsparty waren. Caleb ist wieder zurück in Newport und muss gleich ein wichtiges Gespräch mit Julie führen. Seth und Zach haben ein Treffen mit den Verantwortlichen vom Comicverlag. Seth hat jedoch die Befürchtung, dass dies alles nicht mit rechten Dingen zugeht. Carter und Kirsten verbringen einen Abend auf einem Weingut und haben später Schwierigkeiten wieder heim zu kommen.
Sandy, Seth und Ryan reisen nach Miami um Nana zu besuchen. Diese hatte Sandy kurz zuvor verkündet, dass sie heiraten will... Kirsten kann die Drei wegen ihrer Arbeit nicht nach Miami begleiten und muss stattdessen alleine mit ihren Gefühlen für ihren Kollegen Carter klarkommen. Trey interpretiert in der Zwischenzeit zuviel in Marissas freundschaftliche Gefühle hinein und Zach lädt Summer zu einem Abendessen ein.
Seth und Zach erklären sich gegenseitig zu Rivalen, was Summers Zuneigung angeht. Marissa macht es unterdessen immer noch schwer zu schaffen, dass sie beinahe von Trey vergewaltigt wurde. Sandy spricht Kirsten auf ihr Alkoholproblem an, da sie dies nicht länger verbergen kann und Caleb ist es ernst: Er überreicht Julie die Scheidungspapiere...
Seth und Zach streiten darum, wer Summer zum Abschlussball begleiten darf und wer George Lucas zum Abendessen treffen kann. Sandy ergreift weitere Maßnahmen um Kirsten zu helfen und Ryan findet dank Theresa langsam heraus, was zwischen Trey und Marissa passiert ist. Julie versucht, Caleb zu vergiften, doch erlebt eine überraschende Wendung.
Kirstens Alkoholabhängigkeit erreicht auf der Beerdigung ihres Vaters einen traurigen Höhepunkt, was Sandy dazu veranlasst, endlich aktiv zu werden. In der Zwischenzeit taucht Jimmy Cooper wieder auf. Trey ist in einen Drogenhandel verwickelt, aus dem bald eine schlimme Schiesserei wird. Ryan erfährt endlich die Wahrheit darüber, was zwischen Marissa und Trey passiert ist und es kommt zu einer blutigen Konfrontation...