Beverly Crusher hat die Enterprise verlassen und wurde durch Dr. Katherine Pulaski ersetzt. Die Enterprise bringt unter strengen Sicherheitsvorkehrungen Exemplare einer tödlichen Plasmaseuche zur Station Tango Sierra, wo ein Gegenmittel entwickelt werden soll. Eines Nachts wird Deanna von einem körperlosen Energiewesen durchdrungen und nach kurzer Zeit schwanger. Der Fötus entwickelt sich mit rasanter Geschwindigkeit. Dr. Pulaski hat dafür keine Erklärung.
Bei der Untersuchung eines "Schwarzen Loches" treten auf der Enterprise unerklärliche Sinnestäuschungen auf. Die Besatzung weiß nicht mehr, ob das, was sie erlebt, Wirklichkeit oder nur Illusion ist. Dr. Pulaski erkennt, dass das Phänomen einem Labortest mit Ratten sehr ähnlich ist. Dann erscheint Nagilum, ein körperloses Wesen, welches zu Forschungszwecken die Hälfte der Mannschaft sterben lassen will, um zu sehen, wie die Menschen dem Tod begegnen.
Data übernimmt bei einem Spiel auf dem Holodeck die Rolle seines Lieblingsdetektivs Sherlock Holmes. Zur Seite steht ihm Geordi als Dr. Watson. Da der Android jedoch alle Fälle sofort löst, fordert ihn Geordi heraus, indem er einen neuen Fall mit Holmes Erzfeind Moriarty programmiert. Doch da entwickelt die Holofigur ein gefährliches Eigenleben: Moriarty entführt Dr. Pulaski und droht, die Kontrolle der Enterprise zu übernehmen.
Die Enterprise nimmt den Abenteurer Captain Okona auf, dessen Schiff dringend repariert werden muss. Vor allem die weiblichen Besatzungsmitglieder sind von dem schlitzohrigen Charmeur sofort begeistert. Da tauchen plötzlich zwei Schiffe auf, deren Captains von Picard die Auslieferung seines Gastes fordern. Indessen versucht Data, dem Geheimnis des menschlichen Humors auf die Spur zu kommen.
Die Enterpriase bringt den Vermittler Riva nach Solais V, wo dieser den Jahre andauernden Bürgerkrieg beenden soll. Riva ist taubstumm und kann sich nur mit Hilfe seines aus einer Frau und zwei Männern bestehenden Chors verständigen. Während des ersten Treffens mit den verfeindeten Parteien kommt es zur Katastrophe: Ein nervöser Kämpfer erschießt den Chor. Riva kann sich nun nicht mehr verständigen.
Der Kybernetik-Experte Dr. Ira Graves liegt im Sterben. Kurz vor seinem Tod transferiert er sein gesamtes Wissen und seine Persönlichkeit in Data. Der verhält sich daraufhin immer merkwürdiger. Er wird aggressiv und verweigert sogar Befehle.
Die Enterprise erreicht ein Notruf der USS-Lantree. Dort angekommen ist die Crew bereits tot. Dr. Pulaskis Diagnose lautet Altersschwäche. Auch auf der Forschungsstation, an der die Lantree zuletzt Halt machte, sind Besatzungsmitglieder rapide gealtert. Dr. Pulaski vermutet bald, dass die genetisch veränderten Kinder, die in der Station betreut werden, mit der Krankheit etwas zu tun haben.
Im Rahmen eines Austauschprogramms kommt ein Benzite namens Mendon an Bord der Enterprise. Commander Riker wiederrum tritt, Worfs Einwänden zum Trotz, seinen Dienst auf einem Klingonen-Schiff an. Die Schwierigkeiten aber, die ihn dort erwarten, übertreffen Worfs düstere Prophezeiungen bei weitem.
Data soll an den Kybernetik-Spezialisten Captain Maddox übergeben werden. Maddox will Data einfach auseinandernehmen, um ihn zu analysieren und einen zweiten Androiden zu bauen. Data hat dagegen natürlich einige Einwände. In einem Prozess soll nun geklärt werden, ob Data das Recht hat, selbst über sein Leben zu bestimmen.
Die Enterprise soll die junge Salia zum Planeten Daled Vier bringen. Dort hat sie als künftige Herrscherin schwierige Aufgaben zu bewältigen. Ihre Erzieherin Anya tut alles, um eine Liebesromanze zwischen Salia und Wesley zu verhindern.
Die U.S.S. Yamato sendet einen Notruf aus der neutralen Zone. Die Enterprise kommt zu spät: Das Schiff ist bereits zerstört. Aus dem Logbuch erfährt Picard, dass die Yamato auf der Suche nach dem mysteriösen Planeten Iconia war. Captain Picard will dieser Spur nachgehen, da treten plötzlich im Computersystem der Enterprise rätselhafte Fehlfunktionen auf.
Die Enterprise-Crew entdeckt auf einem fremden Planeten die Überreste eines Raumschiffs aus dem 21. Jahrhundert. Worf, Data und Commander Riker lassen sich zu den Wrackteilen beamen und finden sich plötzlich in einem belebten Spielcasino wieder, aus dem es kein Entkommen zu geben scheint.
Die Enterprise holt ein havariertes Shuttle der Sternenflotte an Bord. Zu aller Erstaunen befindet sich ein bewusstloser Doppelgänger von Captain Picard in dem Schiff. Es stellt sich heraus, dass das Double aus der Zukunft stammt. Sein Logbuch berichtet von der Zerstörung der Enterprise.
Riker wird ein eigenes Kommando angeboten. Ausgerechnet sein Vater Kyle soll ihn auf die neue Aufgabe vorbereiten. Zwischen Vater und Sohn herrscht seit jeher ein angespanntes Verhältnis. Jetzt droht es, in offene Feindschaft umzuschlagen. Worf indessen plagen andere Sorgen: Er hat ein wichtiges klingonisches Ritual verpasst, an dem er als Heranwachsender hätte teilnehmen sollen. Die Crew will das Ritual auf dem Holodeck für ihn nachstellen.
Wesley bekommt eine verantwortungsvolle Aufgabe. Er leitete eine Gruppe, die im Sektor Secundi Drema geologische Untersuchungen durchführt. Derweil beantwortet Data den Hilferuf eines jungen Mädchens: Die kleine Sarjenka lebt mit ihrer Familie auf einem Planeten, der zu zerfallen droht. Gern würde er ihr helfen, doch damit würde er die oberste Direktive der Sternenflotte verletzen.
Die Besatzung der Enterprise trifft wieder einmal Q. Der wurde aus dem Kontinuum verstoßen und bittet Picard nun, ihn in die Besatzung der Enterprise aufzunehmen. Als Picard ablehnt, schleudert Q das Schiff in einen anderen Quadranten der Galaxie. Dort treffen Picard und seine Leute zum ersten Mal auf die gefährlichen Borg, die halb Mensch, halb Maschinenwesen sind
Captain Picard und Wesley fliegen mit einem Shuttle zur Raumbasis 515. Wesley soll dort sein Examen zum Studium an der Sternenflottenakademie ablegen. Unterdessen muss sich Picard einer zweiten Herzoperation unterziehen. Während ihrer Abwesenheit gerät die Enterprise in eine Falle der Pakled.
Die Besatzung der Enterprise rettet die Bringloidis von ihrem Planeten, der kurz vor der Zerstörung steht. Bei ihnen handelt es sich um die Nachkommen einer alten menschlichen Kolonie. Die Kolonie Mariposan hat unterdessen andere Probleme: Die Kolonisten haben sich nur durch Klonen fortgepflanzt. Mit der Zeit traten schwerwiegende Gendefekte auf. Dr. Pulaski versucht zu helfen.
Die Enterprise bringt zwei antedianische Abgeordnete zu einer Konferenz nach Pacifica. Unterdessen kommt auch Counselor Trois Mutter, Lwaxana Troi, an Bord der Enterprise. Sie ist auf Männersuche und hat es vor allem auf Captain Picard abgesehen. Der flieht in sein Holodeck-Programm, in dem er als Privatdetektiv Dixon Hill spannende Abenteuer erlebt.
Die Klingonin K Ehleyr, Worfs alte Liebe, kommt an Bord der Enterprise. Sie bittet Picard, ein klingonisches Schiff abzufangen, dessen Besatzung sich im künstlichen Tiefschlaf befindet. Man fürchtet, dass die Klingonen nach dem Erwachen die Sternenflotte angreifen könnten, da sie nicht wissen, dass der Krieg beendet ist. Unterdessen kommt es zu Spannungen zwischen K Ehleyr und Worf.
Um sich auf Angriffe der Borg vorzubereiten, nimmt die Enterprise an einer Kampfübung teil. Riker wird ein veraltetes Schiff zugeteilt, mit dem er gegen die Enterprise antreten soll. Als Kampfberater schickt die Sternenflotte den Strategieexperten Kolrami. Der ist fest davon überzeugt, dass Riker nicht die geringste Chance hat. Doch der hat einige Tricks auf Lager. Da greift plötzlich ein Schiff der Ferengi in die Kampfübung ein.
Commander Riker infiziert sich auf einem fremden Planeten mit einer Mikrobe. Bald ist sein ganzes Nervensystem befallen. Dr. Pulaski findet das einzige Gegenmittel: Endorphine, die bei negativen Emotionen im Körper gebildet werden. Sie beginnt Rikers Gehirn so zu stimulieren, dass er ausschließlich negative Träume hat.