Captain Picard scheint verloren: Er wurde in Locutus, einen Borg, verwandelt. Die Flotte der Föderation, die sich den Borg bei Wolf 359 in den Weg stellt, wird vernichtend geschlagen. Commander Riker, der neue Captain der Enterprise, setzt alles auf eine Karte, um die Borg aufzuhalten und Picard zu retten.
Die Enterprise liegt zur Reparatur im Orbit der Erde. Captain Picard will sich bei seinem Bruder und dessen Familie von der Entführung durch die Borg erholen. Aber die beiden Brüder haben sich noch nie gut verstanden. Worf erhält währenddessen Besuch von seinen Eltern.
Ein schwerkranker Junge muss schnellstens zu einer Sternenbasis mit medizinischer Einrichtung geflogen werden. Data aber durchkreuzt die Pläne. Er blockiert die Kommandofunktionen der Enterprise und steuert einen unbekannten Planeten an. Dort soll ihm sein Schöpfer Dr. Soong einen Emotionschip einbauen. Hinter dem aber ist auch Datas Bruder Lore her. Der Chip fällt ihm in die Hände.
Die Enterprise hilft einem Trainingsschiff der Talarianer, das in Not geraten ist. An Bord: vier verletzte junge Talarianer und ein Mensch. Der enpuppt sich nach einer Genanalyse als Jeremiah Rossa, der als Kleinkind den Talarianern in die Hände fiel. Picard will den jungen Mann zurück zur Erde bringen. Doch der möchte zurück zu seinem talarianischen Vater, der ihn adoptierte.
Währen eines Experimentes von Wesley wird Dr. Crusher in einer Art Warpblase gefangen und findet sich auf einer Enterprise wieder, auf der langsam die gesamte Crew verschwindet! Nur der Reisende kann jetzt noch helfen...
Die Enterprise macht sich auf den Weg zum Planeten Turkana IV, um zwei Ingenieure zu retten, die dort notgelandet sind. Die Erdenkolonie, die sich dort befindet, ist in zwei feindliche Lager zerfallen. Die Crew wird unfreiwillig in den Konflikt verwickelt. Ishara, die Schwester der verstorbenen Sicherheitschefin Tasha Yar, kommt an Bord, um zu vermitteln. Data freundet sich mit ihr an.
Picard wird von K Ehleyr, der Botschafterin der Klingonen, herbeigerufen. K Mpec, Führer des klingonischen Hohen Rates, liegt im Sterben. Er wurde vergiftet, und zwar von einem seiner beiden potentiellen Nachfolger. Picard soll nun herausfinden von wem. Ein gefährlicher Auftrag, der schon bald zwei Klingonen das Leben kostet.
Während einer Mission auf Alpha Onias III verliert Riker durch eine Gaswolke das Bewusstsein. Als er wieder zu sich kommt, ist er Captain der Enterprise und hat eine eigene Familie. Inzwischen sollen 16 Jahre vergangen sein. Den Gedächtnisverlust erklärt Dr. Crusher mit einer Krankheit, die sich Riker einst zuzog. Allmählich findet sich Riker mit seiner neuen Rolle ab, doch dann bemerkt er merkwürdige Fehler.
Wesley begleitet Captain Picard und Captain Dirgo nach Pentarus Fünf, wo sie einen Streit zwischen Bergleuten schlichten sollen. Doch ihr Shuttle muss notlanden und so kämpfen sie sich ohne Vorräte und dem Verdursten nah durch die Wüste. Da wird Picard auch noch schwer verletzt.
Troi stellt bei einer Sitzung fest, dass ihre emphatischen Fähigkeiten nachgelassen haben und sie die Gefühle und Empfindungen anderer Wesen nicht mehr spürt. Zur gleichen Zeit zeigen die Sensoren der Enterprise unbekannte Wesen an. Das Raumschiff wird im Gravitationsfeld dieser Wesen gefangen. Alle Kommunikationsversuche scheitern. Kurz darauf entdecken die Besatzungsmitglieder der Enterprise, dass ihr Schiff auf ein kosmisches Band zurast, in dem die totale Vernichtung droht.
Die Hochzeit von Keiko und Miles O Brien steht kurz bevor. Data, der Trauzeuge sein soll, fühlt sich unzureichend vorbereitet und versucht nebenbei mehr über menschliche Gefühle zu lernen. Indessen überschattet der tödliche Transporterunfall der vulkanischen Botschafterin T Pel die Vorbereitungen. Data vermutet ein falsches Spiel der Romulaner, mit denen T Pel verhandeln sollte.
Die Enterprise wird völlig überraschend von einem cardassianischen Schiff angegriffen. Und das, obwohl zwischen beiden Völkern eigentlich Frieden herrscht. Picard erfährt bald warum: Ein Außenposten der Cardassianer wurde von einem Schiff der Föderation beschossen, der Phoenix. Die wird von Captain Maxwell befehligt, der sich auf einem privaten Rachefeldzug befindet. Picard muss eingreifen, um einen Krieg zu verhindern.
Auf Ventax II kehrt nach tausend Jahren die Teufelsgestalt Ardra zurück. Ardra beansprucht aufgrund eines alten Vertrages die Herrschaft über den Planeten, seine Bewohner und alle im Orbit befindlichen Raumschiffe. Doch Picard hält Ardra für eine Betrügerin und setzt alles daran sie zu entlarven.
Die Enterprise nähert sich einem fremden Planeten im T-Tauri-System. Plötzlich wird sie durch ein Wurmloch geschleudert. Bis auf Data hat offenbar die ganze Crew dabei für 30 Sekunden das Bewusstsein verloren. Doch kurz darauf findet Dr. Crusher Anzeichen dafür, dass sie Crew viel länger bewusstlos war. Der einzige, der Licht in die rätselhafte Sache bringen könnte, ist Data. Doch der scheint etwas verbergen zu wollen.
Commander Riker soll das neu entdeckte Volk der Malcorianer erforschen. Dazu verkleidet er sich als einer von ihnen. Als Riker aber bei einem Unfall verletzt wird, fliegt seine Tarnung auf. Um seinen ersten Offizier zu retten, nimmt Picard Kontakt zu der malcorianischen Wissenschaftlerin Mirasta auf. Die Forscherin brennt geradezu darauf, fremde Wesen kennenzulernen.
Die Entwicklerin des Antriebs der Enterprise, Dr. Leah Brahms, inspiziert das Schiff. Zwischen der forschen Ingenieurin und Geordi, der sie aus der Ferne angebetet hatte, kommt es zum bald Streit. Plötzlich wird die Enterprise von einem unbekannten Wesen angegriffen, das dem Schiff die ganze Energie entzieht.
Die Enterprise findet ein treibendes Schiff. Die Besatzung hat sich offenbar gegenseitig umgebracht. Picard lässt das Schiff ins Schlepptau nehmen. Plötzlich verliert die Enterprise zunehmend Energie. Zudem verhalten sich die Besatzungsmitgleider immer aggressiver. Dr. Crusher findet bald den Grund: Niemand auf dem Schiff scheint noch zu träumen. Außer Counselor Troi. Und die hat heftige Albträume.
Auf Tarchannen III sind vor Jahren mehrere Mitglieder der Sternenflotte verschwunden. Geordi nahm damals gemeinsam mit Commander Susanna Leitjen an einer Expedition teil um den Fall zu klären. Ohne Ergebnis kehrten sie zu Enterprise zurück. Jetzt plötzlich, fünf Jahre später, setzen bei Geordi und Susanna seltsame Veränderungen ein.
Der Energieblitz einer fremden Sonde trifft den schüchternen Ingenieur Reginald Barclay. Plötzlich verfügt er über eine erstaunliche Intelligenz. In einer Gefahrensituation greift er sofort ein und rettet dadurch die Enterprise vor der Vernichtung. Kurz darauf jedoch entführt er das Schiff zu einem 30.000 Lichtjahre entfernten Planeten.
Während eines archäologischen Konzils auf der Enterprise trifft Picard seine Bekannte Vash wieder. Doch Zeit, gemeinsame Erinnerungen aufzufrischen bleibt den beiden kaum: Nur wenig später tauch Q auf der Enterprise auf und sorgt wieder für Ärger. Er versetzt die beiden und einen Teil der Crew in die Vergangenheit. Als Robin Hood und seine Bande muss Picard nun Vash vor der Hinrichtung durch Sir Guy retten.
Ein klingonischer Austauschoffizier an Bord der Enterprise wird der Spionage für die Romulaner beschuldigt. Admiral Satie soll den Fall untersuchen. Zusammen mit ihren Assistenten veranstaltet sie eine wahre Hexenjagd auf der Enterprise. Sogar Picard gerät unter Anklage.
Dr. Timcin vom Planeten Kaelon II ist zu Besuch auf der Enterprise. An Bord lernt er Lwaxana Troi, Counselor Trois Mutter, kennen, mit der er sich sofort blendend versteht. Als sie erfährt, dass ein alter Brauch von ihm verlangt an seinem 60. Geburtstag freiwillig aus dem Leben zu scheiden, ist sie entsetzt. Sie versucht Timicin zu überreden, mit dem grausamen Ritual zu brechen.
Botschafter Odan vom Planeten Trill ist auf der Enterprise zu Gast. Er soll einen Krieg zwischen den Bewohnern des Alpha- und denen des Betamondes verhindern. Dr. Crusher verliebt sich in ihn. Unterwegs mit Riker in einem Shuttle wird er schwer verletzt. Es stellt sich heraus, dass Odan der Wirtskörper eines Symbionten ist, der nun sofort einen neuen Wirt braucht. Riker stellt sich zur Verfügung.
Geordi fliegt mit einem Shuttle nach Risa um einige Tage auszuspannen. Unterwegs wird er von Romulanern verschleppt und einer Gehirnwäsche unterzogen. Zurück auf der Enterprise, bemerken seine Kollegen keinerlei Veränderung an ihm. Doch Geordi verfolgt unaufhaltsam seinen Auftrag: Er soll den klingonischen Gouverneur Vagh ermorden. Da bemerkt Data in Geordis Nähe verräterische Signale.
Während einer Mission verliebt sich Lieutenant Jenna D Sora in Data. Der Androide programmiert sich zum perfekten Liebhaber um. Einizger Haken: Er entwickelt keine echten Gefühle. Das führt natürlich zu heftigen Komplikationen. Währenddessen entdeckt die Crew der Enterprise einen mysteriösen Nebel, der sowohl der Besatzung, als auch dem Schiff gefährlich wird.
Gowron ist der rechtmäßige neue Führer des Hohen Rates der Klingonen. Das aber sehen Lursa und B Etor, die Schwestern seines verstorbenen Konkurrenten Duras anders. Sie wollen Duras angeblichen Sohn zum Führer wählen lassen. Worf verlässt daraufhin die Enterprise, um Gowron zu unterstützen. Der Konflikt spitzt sich zu und ein Bürgerkrieg scheint unvermeidbar.