Staffel 2

Während Lieutenant Aiden Ford sich von den Folgen eines nahezu tödlichen Zusammenstoßes mit den Wraith erholt, schlägt das Atlantis-Team eine entscheidende Schlacht gegen eine Wraithflotte.

Die Systeme der Daedalus werden von einem heimtückischen Virus befallen, der sich selbst ständig neu programmiert und somit fast nicht zu bekämpfen ist. Hinter dem Eindringling stehen die Wraith, die die Kontrolle über das Schiff erlangen wollen...

Ein verstümmelter Wraith bringt die Atlantis-Crew auf die Spur von Lieutenant Ford, der von Wraith-Enzymen abhängig ist. Bei ihren Nachforschungen werden Teyla und Sheppard von dem mächtigen Krieger Ronon Dex gefangen genommen, der seit sieben Jahren auf der Flucht vor den Wraith ist...

Dr. McKay und Lieutenant Laura Cadman werden in einen Wraith-Jäger gebeamt, der kurz darauf abgeschossen wird. Es gelingt, McKay aus dem Teleporter zu befreien, doch von Cadman fehlt jede Spur, bis McKay plötzlich ihre Stimme in seinem Kopf hört. Die beiden müssen sich von nun an einen Körper teilen...

Auf dem Planeten Olesia trifft das Atlantis-Team auf eine hoch stehende Zivilisation, die seltsamerweise nicht von den Wraith zerstört wurde. Dr. Weir kommt der Verdacht, dass die Bewohner mit den Wraith kollaborieren, um nicht angegriffen zu werden...

Auf einem zerstörten Planeten findet das Atlantis-Team die Überreste einer Forschungsanlage, in der die Antiker an einer neuartigen Energiequelle forschten. Dr. McKay will die Anlage für die Atlantis nutzen, doch schon ein erster Test endet mit dem Tod eines Besatzungsmitglieds...

Ein kleines Dorf wird von einem Wraith terrorisiert, dessen Schiff vor Jahren in der Nähe abgestürzt ist. Es gibt aber noch eine weitere Überlebende: Die Wraith Ellia ist bei dem Wissenschaftler Zaddik aufgewachsen. Er behandelt sie mit einem Serum, das sie angeblich von ihrem Jagdtrieb befreit hat...

Ein Mission des Atlantis-Teams geht schief, als sich Sheppard nach einem Angriff in einen Wraith verwandelt. Jetzt muss das Team alles daran setzen, die Verwandlung umzukehren, bevor es zu spät ist.

Das Atlantis-Team entdeckt die Aurora, ein riesiges Schiff der Antiker. Bei ihrer Ankunft muss es, dass die Mannschaft an Bord noch lebt...

Sheppard, McKay, Teyla und Ronon werden auf einem neu entdeckten Planeten gefangen genommen. Dahinter steckt der von Wraith-Enzymen abhängige Aiden Ford. Er will mit ihrer Hilfe ein Wraith-Basisschiff sprengen...

Sheppard, Teyla, Ford, Ronon und Kanayo sind in einem Wraith-Basisschiff gefangen. Mit eingeschmuggelten Messern gelingt es ihnen, sich aus ihrer Zelle zu befreien. Dr. McKay, der von Ford als Geisel auf dem Planeten zurückgelassen wurde, spritzt sich eine hohe Dosis Wraith-Enzym, um seine Wächter zu überwältigen...

Bei der Untersuchung eines seltsamen Antiker-Portals wird Colonel Sheppard auf die andere Seite gezogen. Hier trifft er auf ein Volk, das darauf wartet, in eine höhere Existenzebene hinüberzuwechseln. McKay findet inzwischen heraus, dass die Zeit auf der anderen Seite des Portals rasend schnell vergeht. Bei der Rettung Sheppards zählt deshalb jede Minute...

Die Goa'Uld wollen Atlantis mit einer Bombe vernichten. Sie explodiert, sobald am Stargate die Erde angewählt wird. Dr. McKay deaktiviert sofort das ZPM, womit auch das Stargate außer Betrieb ist. Doch dann macht der Attentäter mit einem Funksignal zwei Wraith-Cruiser auf Atlantis aufmerksam...

Auf einem Testflug stürzen Dr. McKay und Lieutenant Griffin in einem frisch reparierten Jumper ins Meer. Auf Atlantis läuft eine Hilfsaktion an, doch da der Funkkontakt abgebrochen ist, ist der Suchbereich sehr groß. Ein Rennen gegen die Zeit beginnt...

Das Team entdeckt eine exakte Replik von Atlantis auf einem Planeten, den sie gerade untersuchen. Der Planet wir von dem Beschützer gesichert, der die Technologie benutzt, um die Bewohner in Schach und die Wraith fern zu halten. Jetzt liegt der Beschützer im Sterben und Sheppard findet sich inmitten eines Disputs zwischen den Thronfolgern wieder...

Bei einer Erkundungsmission im Jumper finden Sheppard und sein Team zwei Stasiskapsel ähnliche Objekte. In ihnen befinden sich zwei außerirdische Krieger. Sie versuchen, einen historischen Krieg zwischen ihren Völkern Siegreich zu erkämpfen, wobei sie Weir und Sheppard als Wirte missbrauchen...

Als das Atlantis-Team herausfindet, dass die Genii sich zu einer neuen Bedrohung entwickelt haben, erkennen sie, dass der Waffenstillstand mit ihrem alten Feind vielleicht schon bald zu Ende sein könnte...

Ein Lieutenant vermutet, dass er durch das neue Heilmittel von Dr. Beckett, in einem Experiment, von einem Wraith zu einem Menschen verwandelt wurde...

Das Atlantis-Team trifft bei einer Erkundungsmission auf ein Volk, welches den Umgang mit einigen Antika-Geräten gelernt hat. Als das Stargate in der Lava eines bald ausbrechenden Supervulkans, in welchem auch der Antika-Stützpunkt erbaut wurde, versinkt, scheint es keinen Ausweg mehr zu geben...

Das Atlantis-Team verbündet sich mit der Wraith-Fraktion von Michael, dem Wraith, den sie versucht haben, in einen Menschen zu verwandeln. Nun bittet er um Hilfe um ihren gemeinsamen Feind zu bekämpfen...