Staffel 4

Im All gefangen müssen Dr. McKay und das Team alles tun, um zu verhindern, dass die Schilde der Stadt versagen. Währenddessen muss sich Dr. Weir einer schweren Operation unterziehen.

Col. Sheppard und das Team unternehmen eine riskante Mission um von den Replikatoren ein ZPM zu erbeuten. Währenddessen befinden sich die Apollo und Col. Carter verzweifelt auf der Suche nach Atlantis

Eine Gruppe von Ronons Heimatwelt bittet das Team um Hilfe zum Angriff auf eine Waffenfabrik der Wraith. Während des Einsatzes findet man sich jedoch inmitten eines Konfliktes mit einem unerwarteten Feind. Wieder vereint mit einigen seiner Leuten,wird Ronon gefragt, ob er nicht die Atlantis Expedition verlassen würde um sich Ihnen anzuschliessen.

Während eines Einsatzes wird Col. Sheppard zum Wirt eines fremden Wesens. Zurück auf Atlantis beeinflusst dieses andere Teammitglieder und bewirkt furchtbare Albträume.

Sheppard wird von einer Spezies ,bekannt als die Reisenden gefangen genommen, die sein Antikergen nutzen wollen um ein Antiker-Kriegsschiff wieder funktionsfähig zu machen.

Ein Virus ergreift die Stadt und nach und nach führt er bei den Bewohnern zu Gedächnissverlust. Mit Ausnahme von Dex und Teyla.

Während eines Besuches auf der neuen Heimatwelt der Athosianer finden sich Teyla und Dr. Keller plötzlich auf der Flucht vor einem Stamm primitiver Krieger wieder.

Während der Suche nach den Athosianern trifft das Team auf einen Mann mit außergewöhnlichen vorherseherischen Fähigkeiten, der für die Stadt eine düstere Zukunft kommen sieht.

Rodney McKays Schwester wird entführt, als sie gerade ein Problem für das Stargate Center lösen soll. Zufall oder hat einer der Feinde des Stargate Programms seine Hand im Spiel? Sheppard, Ronon und McKay versuchen Jeanie zu finden, doch plötzlich ist auch noch McKay verschwunden …

Rodney und Zelenka machen Tests mit dem Stargate, um herauszufinden, warum es nicht läuft. Sie bekommen einen Bericht über einen Einschlag in der Stadt und gehen dem nach. Es handelt sich um eine Sonde, die sie aber nicht identifizieren können. Die Sonde ist beschädigt – durch Schusswaffen. Als Lorne vorschlägt, Zelenka solle mit den Tests am Stargate weitermachen, fährt ihm Sheppard über den Mund – die Sonde sei wichtiger; sie könne eine mögliche Gefahr darstellen. McKay und Zelenka entschlüsseln weiter die Resultate der Sonde und Zelenka will mit dem Stargate weitermachen. Das System der Sonde schließt sich abrupt, aber McKay kann noch genug sehen, um zu erkennen, dass es sich um einen Nanitencode handelt.

Die Atlantis Expedition hat sich mit dem gefangen genommenen Wraith-Wissenschaftler verbündet, welcher nun unter schwerer Bewachung, zusammen mit McKay im Kampf gegen ihren gemeinsamen Feind hilft.

Kurz nach dem erfolgreichen Kampf gegen die Replikatoren, findet das Atlantisteam ein Hive, das von einem anderen Hive angegriffen und besiegt wurde. Als sie dieses untersuchen, finden sie das Ziel, zu dem das Hive unterwegs war. Auf diesem Planeten finden sie eine Wraitheinrichtung, doch was hat es mit dieser auf sich?

Plötzlich werden auf Altlantis alle Türen verriegelt. Die Stadt hat die Quarantäneprotokolle ohne offensichtlichen Grund gestartet…

Sheppard und McKay sollen einer königlichen Gesellschaft helfen, erfolgreich ihre neue Königin zu bekommen und müssen deswegen um ihr Leben fürchten, denn die Genii sind hinter ihnen her...

Nach dem Tod seines Vaters reist Sheppard mit Ronon zum Begräbnis zur Erde. Dort wird er von einer Frau angesprochen die mit ihrem Vater einen toten Menschen in einen Replikatorn verwandelte. Als der NID zu ermittelten begann versuchten sie abzuschalten doch er wehrte sich und floh...

Carter fordert Dr. Keller und Rodney auf, mit ihr nach M5V-801 zu gehen, um die Einwohner dort zu bewegen, den Planeten zu verlassen. Vor 20 Jahren hatten die Genii die Bewohner dort gezwungen, eine unbekannte Substanz abzubauen. Die Bewohner möchten Geld dafür bekommen, dass sie sich umsiedeln lassen. Carter soll die Verhandlungen führen. Als sie auf dem Planeten eintreffen, plumpst McKay in ein Loch im Boden und wenig später brechen auch Carter und Keller durch und verschwinden.

Teal'C kommt nach Atlantis um Ronon bei den Vorbereitungen für eine Überprüfung durch das IOA zu helfen. Doch als sie zur Erde zurückkehren wollen, werden sie auf der Midway-Station von den Wraith überrascht, die einen Weg gefunden haben das Makro von McKay selbst zu nutzen. Nachdem die Wraith mit einem Gerät die Erdverteidigung ausgeschaltet haben und bis in das SGC vorgerückt sind, verfolgen Ronon und Teal'C die Eindringlinge und schalten sie auf der Erde aus. Ronon besteht aufgrund seines Einsatzes bei der Rettung der Erde auch die Prüfung des IOA.

Teyla wird von Visionen geplagt, in der sie immer wieder den Mann ihres Kindes sieht. Er bittet sie um Hilfe. Währenddessen sterben auf einigen Planeten die Menschen an einer Mysteriösen Krankheit. Doch hinter dem steckt noch viel mehr...

Die Suche nach Teyla und Michael geht weiter. Bei einer Untersuchung vom zuvor gefundenen Carson Becket stellt man etwas unerwartetes fest...

Als Sheppard mit dem Stargate von M4S-5H7 nach Atlantis reiste, kommt er in einem Atlantis an, das ihm nicht bekannt ist. Doch dann nimmt McKay über Funk Kontakt mit ihm auf...