Unter höchster Geheimhaltung wurde ein neues Viper-Team zusammengestellt sowie die Viper modernisiert. Fahrer der Viper wird der Ex-CIA-Agent Thomas Cole, das neue Team wird durch einen Verbindungsoffizier der Metro-Police vervollständigt: Detective Cameron Westlake. Das Team nimmt seine Arbeit auf, als äußerst brutale Banküberfälle die Stadt erschüttern. Doch bei diesem Einsatz versagt die neue Viper: Gangsterboss Dekker samt Bande können entkommen – zunächst.
Dr. Ilya Kafski stellt sein neues Kampfflugzeug, die MIG 89, vor. Während der Präsentation kommt es zu einem Überfall, und die Maschine wird gestohlen. Das Viper-Team kommt dem Waffenschieber Dietz auf die Spur, hinter dem man schon lange her ist. Dieser hat sich einen stillgelegten Flughafen ausgesucht, um die MIG 89 von einem Spezialteam startfertig machen zu lassen: Er will das Kampfflugzeug nach Havanna überführen. In letzter Minute kann Thomas Cole den Start verhindern.
Nach der kaltblütigen Ermordung von vier verdeckten Ermittlern erhält das Viper-Team den Auftrag, die Schuldigen zu finden. Verdächtig ist zunächst der Pilot Gage von der polizeilichen Hubschrauberstaffel, weil er falsche Hinweise an die Ermittler weitergeleitet hatte. Um mehr herauszubekommen, lässt sich Westlake undercover bei ihm als Flugschülerin einschleusen. Unterdessen prüfen die anderen, wie man die Mordopfer an den Ort des Verbrechens gelockt hat...
Dem zwielichtigen Unternehmer Terry Malloy ist jedes Mittel recht, um in der Stadt ganz nach oben zu kommen. Kritiker, die sich nicht bestechen lassen, werden skrupellos beseitigt. Als Radiomoderator Jay Lowery, der in seiner Sendung harte Themen anpackt, Terry Malloy aufs Korn nimmt, ist sein Leben keinen Pfifferling mehr wert. Das Viper-Team soll den Moderator schützen. Doch Lowery riskiert alles, um nur ja keine Sendung auszulassen – und fällt Malloys Männern in die Hände.
Eine skrupellose Bande begeht mit einer raffinierten Masche Überfälle: Jedes Mal wird ein so genanntes „Chaoten-Team“ vorgeschickt, das die Sicherheitsvorkehrungen aktiviert. Kaum haben sich die Betroffenen nach dem misslungenen Überfall von ihrem Schock erholt, tritt das professionelle Team in Aktion. Dem Viper-Team gelingt es, sich in die Bande einschleusen zu lassen, deren Chef ein gefeuerter FBI-Agent ist. Schon bald wird das Team für einen Coup eingeplant.
Dr. Bishop hat ein neues Gewehrmodell entwickelt, das eine wahre Wunderwaffe ist. Einige der FBI-Agenten, die zu Bishops Schutz abgestellt waren, wittern ein großes Geschäft und werden zu Verrätern: Sie wollen das sensationelle Gewehr an die kolumbianische Drogenmafia verkaufen. Bishop gelingt es, rechtzeitig zu fliehen und eine Kopie der Konstruktionspläne zu ziehen. Er vertraut sich dem Schutz von Cole und Westlake an, die den Verbrechern das Handwerk legen wollen...
Ein Überfall auf die Diamantenbörse von Metro City trägt die Handschrift der Bande der attraktiven Evangeline Raines. Doch die sitzt im Gefängis, nachdem sie von ihrem Partner Johnny Hodge verraten wurde. Nun hoffen Cole und Westlake, über Evangeline an Hodge heranzukommen. Aber Hodge scheint zu gerissen: Es gelingt ihm, Evangeline zu töten. Doch auch das ist nur ein Coup der Supergangster: Das Viperteam ahnt nicht, dass alles zwischen Evangeline und Hodge abgesprochen ist.
Sammi Taylor arbeitet als Komikerin in einem Nachtclub. Doch als ihr kleiner Sohn Ben zum Augenzeugen eines Mordes wird, den Clubbesitzer Metcalf und dessen Komplizen begehen, flüchtet Sammi mit ihrem Jungen zu ihrem Bruder und stellt sich der Polizei als Hauptzeugin zur Verfügung. Die FBI-Leute Cole und Westgate sollen für Sammis Schutz sorgen, aber Metcalf hat inzwischen herausbekommen, wer der wahre Mordzeuge ist. Nun beginnt ein Wettlauf mit der Zeit, um Bens Leben zu retten.
Die Firma Graf Aerospace entwickelt den neuen Hale-One-Satelliten, und deshalb testet das Viper-Team ihr Sicherheitssystem. Das Ergebnis: Es bietet nur eine Sicherheit von 98 Prozent. Während man über Verbesserungen nachdenkt, wird eingebrochen; die Gangster entkommen mit der Konstruktionssoftware. Mit einem hinterhältigen Trick gelingt es den Drahtziehern, das Viper-Team als korrupt hinzustellen. Allie wird verhaftet, und Cole hat eine schwierige Aufgabe vor sich.
In einem Lieferwagen wird eine neues, unbemanntes Sturmfahrzeug der Armee transportiert. Das Viper-Team kann im letzten Augenblick einen Überfall auf den Transport verhindern. Die Gangster entkommen, nur der Spezialist Mick Broussard kommt bei der Flucht ums Leben. Cole übernimmt die Rolle Broussards in der Gang der Waffenhändler. Als es ihm gelingt, das Sturmfahrzeug zu stehlen, wird er vollständig akzeptiert. Doch als Westlake in eine Falle gerät, fliegt Coles Tarnung auf.
Aus den Straum-Labors wird hochwertiger Treibstoff für die neue Space Shuttle-Generation gestohlen. Da die Diebe mit hochfrisierten Sportwagen kamen, ermitteln Frankie und Cole innerhalb einer Gruppe verrückter Autofans. Dort entdecken sie Dr. Straums Sohn Robbie. Cole wird von Anführer Conlon zu einem Duell auf der Straße aufgefordert. Dabei explodiert der Wagen seines Gegners Mico, weil Robbie etwas von dem Supertreibstoff XD58 in dessen Tank gefüllt hatte.
Der Wissenschaftler Dr. Russel Block versucht, sich Mikroroboter einzupflanzen und wird dabei verstrahlt. Zwar kann seine Frau Dr. Valerie Reed seinen Tod verhindern, doch Block ist danach nicht mehr er selbst. Er wird zu einer Art mordender Cybersoldat. Das Viper-Team wird eingeschaltet. Russel Block war einst Coles bester Freund – und das macht den Auftrag nicht einfacher. In der Klinik, in der Valerie arbeitet, kommt es zum Showdown zwischen den ehemaligen Freunden.
Während eines Streiks der Polizisten in Metro City hat das Viper-Team alle Hände voll zu tun: Zwei rivalisierende Gangs, die Vigilantes und die MCBs, nutzen die Situation aus. Als eines der Gangmitglieder ermordet wird, kommen Cole und Westlake einer wirklich schlimmen Geschichte auf die Spur: Grace Mayfield, die Assistentin des Jugendschutzbeauftragten Adam Sanders, ist die Tochter des New Yorker Mafioso de Campo – und sie rekrutiert Jugendliche für die Mafiakriege.
Cole und das Viper-Team analysieren das Bekennervideo einer terroristischen Gruppe, die eine Biologin entführt hat, um an das von dieser entwickelte Nervengas zu kommen. Auf dem Video ist die Erschießung eines Polizisten zu sehen, der versucht hatte, die Biologin Gwen zu befreien. Cole und Westlake finden das Versteck der Terroristen heraus und machen sich sofort auf den Weg. Es gelingt ihnen zwar, die völlig verstörte Gwen zu befreien, doch die Verbrecher können entkommen...
Das Viper-Team soll für die Sicherheit einer Ausstellung chinesischer Kunst sorgen. Zur gleichen Zeit gelingt dem Verbrecher Billy Lennox mit Hilfe der Auftragskillerinnen Jolie und Dana die Flucht aus dem Gefängnis. Lennox, der Cole seinen Gefängnisaufenthalt verdankt, will sich an diesem rächen. Er verschafft sich einen Wagen, mit dem er Cole und dessen „Defender“ Paroli bieten will. Lennox stiehlt das wertvollste Stück der Ausstellung – und beginnt ein waghalsiges Rennen.
Das radioaktive Element 116 ist das Objekt der Begierde für Cyrus Lee, einen ehemaligen Kampfgefährten Dekkers. Lee ist nach Metro City gekommen, um den Tod seines Freundes zu rächen und um in den Besitz des begehrten Elements zu gelangen, das er an eine Terrorgruppe aus Osteuropa verkaufen will. Um den Coup in Ruhe ausführen zu können, geht er strategisch vor: Zunächst will er den Ruf des Viper-Teams ruinieren, indem er den Defender kopiert und damit sein Unwesen treibt...
Coles Freund Chet Riley stirbt bei einem Autounfall. Cole glaubt, dass Riley ermordet wurde. Rileys letzte Modem-Übertragung zeigt die verstorbene Schauspielerin Elisabeth Gantry als Hologramm. Eine andere Spur führt zu der jungen Rachel Davenport, die Elisabeth erstaunlich ähnlich sieht. Wie sich herausstellt, wollte Riley ein Buch über die Schauspielerin schreiben und darin ein Geheimnis lüften, das einen Politiker schwer belastet. Wenig später wird Rachel entführt.
Phil Tucker ist der Projektmanager der Waffenfabrik „Micro Tech“ und hat als solcher heimlich eine elektromagnetische Waffe entwickeln lassen. Mit ihr ist es möglich, Gegner zu Asche zerfallen zu lassen. Das FBI hat einen Mitarbeiter in die Firma eingeschleust, doch Tucker enttarnt den Mann und tötet ihn. Nun soll das Viper-Team die gefährliche Waffe stehlen – angeblich im Auftrag des FBI. Cole und Westlake erledigen den Auftrag mit Bravour – und werden anschließend verhaftet.
Der Terrorist Luke Ryker wurde in einer Spezialzelle lebendig eingefroren. Doch als durch ein Erdbeben sämtliche Steuerungssysteme ausfallen, gelingt es ihm freizukommen. Das Viper-Team, das mit der Bewachung seiner Zelle beauftragt wurde, stellt fest, das sich darin die Leiche des behandelnden Arztes befindet, während Ryker verschwunden ist. Nun ist höchste Alarmstufe angesagt, denn Ryker will sich an allen Menschen rächen, die für seine Inhaftierung verantwortlich sind...
Als Cameron Westlakes alter Freund Scott Ramsay ermordet wird, nimmt sich Westlake seines autistischen Bruders Tim an. Das Viper-Team beschützt Tim, der vermutlich den Mörder gesehen hat. Die Ermittlungen ergeben, dass Ramsays Chef mit der Mafia verbandelt ist. Inzwischen misslingt ein Versuch der Mörderin Bianca Carson, den Zeugen auszuschalten. Trotz aller Sicherheitsmaßnahmen gelingt es ihr dann, Tim und Westlake zu entführen – und nun bleibt Cole nicht mehr viel Zeit.
Ein Schwerverletzter dringt in die Viper-Zentrale ein, bittet Cole, nach einer schwarzen Box zu suchen und stirbt. Die Ermittlungen ergeben, dass der Tote Paul Brickley hieß und Softwareexperte bei der Computerfirma „Synapticon“ war. In Brickleys Büro finden Cole und Westlake eine Spur, die zu der Künstlerin Barbara Ann Dexter führt. Dort müssen sie feststellen, dass noch jemand anders an der schwarzen Box interessiert ist – und kein Mittel scheut, sie in die Hände zu bekommen.
Bei einem Treffen mit einem Informanten wird Cole getötet. Anschließend wird dem Viper-Team untersagt, in dem Mordfall zu ermitteln. Die Crew kommt mit der Situation nur schwer zurecht, immer wieder gibt es Streitigkeiten. Sie ahnen nicht, dass Cole lebt. Sein Tod wurde inszeniert, damit er sich in das Unternehmen von Talia Massey einschleusen kann. Die skrupellose Geschäftsfrau plant ein großes Drogengeschäft in MetroCity, in das angeblich auch Cameron Westlake verstrickt ist.