Der neueste Auftrag führt die Serenity in das Georgia-System, wo Mal und seine Leute im Auftrag des Unterweltbosses Adelai Niska einen Zug überfallen sollen. Mehrere Kisten können aus der Luft aus dem Zug gestohlen werden, aber da nicht alles so läuft wie geplant, müssen Mal und Zoe im Zug verbleiben. In der Minenstadt Paradiso angekommen, müssen sie erfahren, dass sich in den Kisten medizinische Güter befinden, die vor Ort dringend benötigt werden, um eine äusserst degenerative Krankheit zu heilen. Mal muss sich entscheiden: verurteilt er die Bewohner der Stadt zum Tode oder stellt er sich gegen Niska.
Die Crew der Serenity findet ein im All treibendes Kurzstreckenschiff. Es handelt sich um ein Siedlerschiff und es scheint so, dass an Bord niemand mehr am Leben ist. Man dockt an dem Schiff an, will die Fracht überprüfen und nach Wertsachen suchen. Es wird ein Überlebender gefunden, der ziemlich verwirrt ist. Mal glaubt, dass das Schiff von den Reavern überfallen wurde. Die Lage spitzt sich zu, als ein Schiff der Allianz auftaucht, die Crew abführt und verhört. Die Geschichte, dass Reaver verantwortlich sein könnten, glaubt der Allianz-Captain nicht und beschuldigt stattdessen Mal, das Blutbad angerichtet zu haben.
Die Crew um Captain Reynolds ist auf dem Planeten Triumph in einer Kleinstadt zu Besuch, die schon lange Zeit von einer Gruppe gefährlicher Banditen überfallen wird. Die Mannschaft der Serenity kann diese vertreiben. Am Abend findet ein Fest statt, bei dem die Stadt zusammen mit der Serenity-Crew die Befreiung von den Banditen feiert. Am nächsten Morgen muss die Serenity schnell aufbrechen, da sich ein Kreuzer der Allianz nähert. Mit an Bord eine Frau, die vorgibt Malcolms Ehefrau zu sein. Nicht nur dem Spott seiner Crew ausgesetzt, muss Mal auch erkennen, dass hinter ihr mehr steckt, als nur ein schüchternes, junges Mädchen.
Mal will auf Higgins Mond ein Geschäft abschließen. Jayne fühlt sich spürbar unwohl auf dem Mond, scheint sich zu verstecken und verhüllt sein Gesicht. Es dauert nicht lange, und die Crew erlebt das Wunder ihres Lebens und eine Begründung für Jaynes Verhalten: Jayne wird von den Arbeitern verehrt, er ist eine Held für sie. Er hatte damals den Magistrat ausgeraubt und als er von dem kleinen Planeten fliehen wollte ging etwas schief, und das ganze Geld ist mitten in der Stadt abgestürzt - sehr zur Freude der Bewohner. Er wird nun von seinen Verehrern belagert und Mal nutzt Jaynes ungewollte Berühmtheit aus, um sein Geschäft doch noch abzuwickeln.
Die Serenity hat einen schweren Maschinenschaden erlitten. Das Schiff ist evakuiert und die Crew befindet sich in den Shuttles. Nur Malcolm ist noch an Bord. Er ist verletzt und versucht, sein Schiff zu reparieren. Die Lebenserhaltungssysteme versagen, es gibt keine Energie und die Luft wird langsam knapp. In Flashbacks erfährt man erstens wie es zu der Katastrophe an Bord kam, und dass Zoë schwer verletzt worden ist und zweitens wie Malcolm damals zusammen mit Zoë die Serenity gekauft und wie er Jayne, Kaylee, Inara und Wash kennen gelernt hat.
Auf Persephone hat Badger einen Job für Malcolm. Er muss jedoch dafür auf einen Ball gehen und den Klienten von dem Geschäft überzeugen. Auch Inara ist auf diesem Ball und wird begleitetet von Atherton Wing, einem ihrer langjährigen Kunden. Natürlich trifft Mal auf die beiden und die Männer beginnen sich zu streiten. Bevor er sich versieht, hat Mal sich auf ein Schwertduell im Morgengrauen eingelassen. Badger verhindert, dass die Crew der Serenity eine Rettungsmission starten kann, und so ist Mal auf sich und Inara angewiesen.
Ein neuer Job - eine Herde Rinder. Auf dem Planeten, wo diese Rinder verkauft werden sollen, klappt wieder nichts so wie es sollte. Shepherd Book wird angeschossen. Außerdem werden River und Simon entführt. Mal beschließt jedoch vorerst dem Pfarrer zu helfen und sich um die beiden Geschwister später zu kümmern. Er findet Hilfe auf einem Stützpunkt der Allianz. Währenddessen sind River und Simon in einem rückständigen Dorf gefangen. Simon soll einigen Verletzten und Kranken helfen. Als die Dorfbewohner merken, dass River telepathische Fähigkeiten besitzt, soll sie als Hexe auf dem Scheiterhaufen verbrannt werden.
Der Zustand von River verschlechtert sich. Plötzlich greift sie sogar Jayne unvermittelt an und verletzt ihn schwer mit einem Messer. Um endlich herauszufinden, was mit seiner Schwester angestellt wurde, schlägt Simon einen riskanten Plan vor. Auf dem Planeten Ariel, den sie gerade ansteuern, da Inara den für ihr Gewerbe notwendigen jährlichen Gesundheitscheck dort absolvieren muss, gibt es ein großes Krankenhaus. Wenn es ihnen gelingt, dort einzudringen, kann er das Gehirn seiner Schwester mit Hilfe eines modernen Gerätes untersuchen. Damit für die Crew auch etwas abfällt, kann diese in der Zwischenzeit teure Medikamente stehlen. Ein riskanter Plan ist von Simon auch schon ausgeklügelt worden. Doch natürlich läuft etwas schief.
Zoë und Mal erzählen mal wieder von ihren "Heldentaten". Da platzt Wash der Kragen. Dieses Mal möchte er den Captain begleiten, die letzten noch verbliebenen medizinischen Güter zu verkaufen, die man auf Ariel gestohlen hat. Schnell bereut er seine Entscheidung, denn beide werden von Adelai Niska gefangen genommen - jener Kunde, der Mal damals beauftragt hatte, einen Zug auszurauben - und gefoltert. Zoë bricht auf, die beiden zu retten, kann aber nur Wash befreien. Da Wash dem Captain sein Leben verdankt, tüftelt er mit Zoë zu seiner Rettung einen Plan aus, bei dem sich aus Loyalität Mal gegenüber alle auf der Serenity beteiligen wollen.
Wieder ein mal liest River die Gedanken ihrer anderen Mannschaftskameraden, unbewusst spielt sie mit einen entsicherten Revolver, den ihr Mal vorsichtig aus der Hand nimmt. Sie weiß nicht, wie die Waffe in ihre Hand gelangen konnte. Später sitzt man zusammen und diskutiert darüber, ob River eine Gefahr für Leib und Leben der Crew darstellt. Malcolm kann sich noch nicht entscheiden und beschließt erst eine Nacht drüber zu schlafen. In der Zwischenzeit hat ein fremdes Schiff unbemerkt an der Serenity festgemacht, der Pilot ist ein Kopfgeldjäger und schaltet ein Crewmitglied nach dem anderen aus - Er ist auf der Suche nach River und Simon.
Ein Handel mit dem Geschäftsmann Badger auf Persephone mit einer aus einem im Weltraum treibenden Wrack geborgenen Fracht platzt, weil ein Kreuzer der Allianz die Bergung beobachtet und die Güter als gestohlen meldet. Die Crew der Serenity beschließt, zum Mond Whitefall zu fliegen, um dort die Waren an die unabhängige Geschäftsfrau Patience zu verkaufen. Um Geld für die Reparatur des Schiffes zu erhalten und um Treibstoff kaufen zu können, nimmt man drei Passagiere mit an Bord, von denen jeder einzelne ein Geheimnis zu haben scheint.
Eine ehemalige Companion-Kollegin von Inara bittet sie und die Crew der Serenity um Hilfe. Auf einem Planeten betreibt sie ein Bordell und einer ihrer Kunden - der Bürgermeister und erklärter Waffennarr - hat eines ihrer Mädchen geschwängert und will sich das Kind holen, sobald es geboren ist, und wenn es sein muss mit Gewalt. Während sie die Verteidigung des Gebäudes vorbereiten, lässt Mal sich mit seiner Auftraggeberin ein und verbringt die Nacht mit ihr, was Inara zutiefst verletzt. Um das Bordell zu schützen, entbrennt ein heftiges Feuergefecht und Simon darf sein Talent als Hebamme unter Beweis stellen.
Auf einem einsamen Mond trifft sich Mal mit Monty Reynolds, einem entfernten Verwandten und altem Freund aus dem Bürgerkrieg, um mit ihm einen Handel abzuschließen. Da stellt dieser ihm seine neue Ehefrau vor. Mal ist nicht wenig überrascht, als er feststellt, dass es sich hier um seine Ex-Frau Saffron handelt, die er damals aus Versehen geheiratet hatte. Obwohl Malcolm nichts von ihr wissen will, bietet sie ihm das perfekte Verbrechen an. Sie will zusammen mit Mal ein wertvolles Artefakt von der alten Erde stehlen, dass sich im Besitz von Durran Haymer befindet - es handelt sich um die Lassiter, die erste Laserpistole und Vorgänger aller modernen Laserwaffen.
Auf einer Raumstation versucht die Crew ihrer erbeutete Antiquität zu verscherbeln. Außerdem wartet auch Post auf sie: Jayne bekommt eine gestrickte Pudelmütze von seiner Mutter, und Mal und Zoë erhalten einen Sarg mit einem toten Mann darin. Der Mann hieß Tracey und ist ein ehemaliger Kamerad der beiden. Die Mannschaft der Serenity erfährt, dass sich Tracey mit den falschen Leuten angelegt hätte und dass er dachte, bald sterben zu müssen. Sein letzter Wunsch sei es, nach Hause gebracht zu werden. Plötzlich taucht ein Lieutenant der Allianz auf, der nach Tracey sucht und nur kurze Zeit später wacht dieser auch noch von den Toten auf.