Nachdem Pete die schwerverletzte Violet gefunden hat, bringt er sie ins Krankenhaus, wo Naomi und Addison um ihr Leben kämpfen. Derweil ist unklar ob es dem Baby gut geht und wo es sich befindet.
Pete versucht, die unter Schock stehende Violet von der Notwendigkeit zu überzeugen, sich um ihr Baby zu kümmern und der Welt zu stellen. Doch die Psychiaterin weiss, wie sie Helfer ins Leere laufen lassen kann, weshalb Pete sich dazu überwindet, Sheldon um Rat zu fragen, in der Hoffnung, der Psychiater finde einen besseren Zugang zu Violet.
Doktor Bailey, die wegen den Fusionswirren in Seattle für eine hochriskante Transplantation nach Los Angeles gekommen ist, sorgt für Unruhe im Team. Sie zeigt sich in einem Konflikt mit Sam ebenso kompromisslos und hart wie in ihrer Kritik an Addisons Verhalten im Fall der Patientin Morgan. Indessen verlangt Sheldon angesichts der Tatsache, dass sich Pete um 'ihr' Kind kümmert, einen umgehenden Vaterschaftstest.
Violet nimmt ihre Arbeit wieder auf. Es zeigt sich, dass ihr Befinden ihr Urteilvermögen stark einschränkt. Dies bekommt eine Frau zu spüren, die von einem Vergewaltiger geschwängert wurde. Sam will den herzkranken Knaben einer Obdachlosen kostenlos operieren, was sich als hürdenreicher Plan herausstellt. Charlotte profitiert davon, dass Cooper finanziell nicht in der Lage ist, seinen Anteil einer notwendigen Kapitalerhörung zu übernehmen.
Charlotte bereichert als neues Teammitglied das Angebot der Praxis um eine Fachkompetenz, die ihren Freund Cooper stets erfreute, nun aber verärgert. Der Prozess gegen Katie löst bei Violet eine Krise aus, zumal sie gleich von zwei Seiten unter Druck gerät: Katies Vater bittet um Gnade, Pete fordert Rache. Indessen muss sich Addison mit zwei zerstrittenen Müttern auseinandersetzen, die wegen eines Fehlers von Naomi das Kind der jeweils anderen in sich tragen.
Naomi zerstreitet sich mit einem arroganten neuen Mitarbeiter über der Frage, ob künstliche Befruchtung bei einem kleinwüchsigen Paar ethisch vertretbar ist. Für Beisshemmungen sorgt der Umstand, dass ihr Gegner im Rollstuhl sitzt. Addison gerät wegen einer todkranken Frau in eine Krise, erhält dafür aber Trost in Form einer kuscheligen Mitbewohnerin. Indessen ist Charlotte unglücklich über ihren ersten Kunden, und Violet macht eine scheinbar unheilbar depressive Patientin glücklich.
Im Fall eines an einer Viagra-Überdosis leidenden Bräutigams zerstreiten sich Sexologin Charlotte mit Psychiaterin Violett darüber, ob bei einem verletzten männlichen Geschlechtsteil auch die dazugehörige Psyche der Behandlung bedarf oder nicht. Indessen stossen Sam und Addison bei einer Wanderung in einem abgelegenen Canyon auf zwei schwer verletzte Opfer eines Autounfalls, die sie vor schier unlösbare Probleme stellen.
Pete und Addison willigen auf Wunsch eines Paares in eine äusserst umstrittene Behandlung durch den neuen Doktor Fife ein, die dem krebskranken Ehemann ermöglichen soll, sein noch ungeborenes Kind vor seinem Ableben in den Armen zu halten. Indessen mischt sich Addison in einen Fall von Cooper ein, der sich durch die heimliche Versorgung eines illegal untergetauchten Patienten einen Gefängnisaufenthalt einbrockt.
Violet und Charlotte geraten sich in die Haare darüber, ob ein Paar mit sexuellen Nöten psychologische oder ganz praktische Hilfe benötigt. Derweil versöhnt sich Addison mit ihrem Vater, wenn auch nur für kurze Zeit. Zusammen mit Pete behandelt die Neonatologin eine 60-jährige schwangere Frau, die das Baby ihres 30-jährigen Ehemannes in sich trägt. Eine gefährliche Erkrankung des Ungeborenen stellt das Paar vor eine schwierige Wahl.
Bei einer Explosion in Dells Familienhaus wird seine Frau Heather schwer verletzt. Als Dell erfährt, dass der heimliche Drogenkonsum Heathers zum Unglück geführt hat, rächt er sich in seiner blinden Wut an seiner sterbenden Frau. Indessen muss Addison erfahren, dass die Entfremdung zwischen ihren Eltern ganz andere Gründe hat, als sie lebenslang gemeint hatte.
Addison und ihr Exkollege Doktor Mark Sloan, dessen schwangere Tochter sie in Los Angeles operieren soll, finden angesichts beidseitig schwieriger Lebenssituationen Trost beieinander. Damit sorgen sie für Aufregung in der Praxis und handeln sie sich neue Probleme ein. Cooper zeigt sich von seiner unerbittlichen Seite, sowohl gegenüber seiner Freundin Charlotte wie auch einer kranken Mutter gegenüber, der er das Sorgerecht für ihren Sohn entziehen will.
Violet kommt einem Mann näher, der seine Frau verloren hat, und wird dadurch mit ihrem eigenen Verlust konfrontiert. Als Naomi von der Schwangerschaft ihrer Tochter Maya erfährt, reagiert sie auf eine Weise, die ihrem Naturell völlig zuwiderläuft: Sie fordert eine Abtreibung. Cooper möchte Charlotte, nach dem er sie aus seiner Wohnung geworfen hat, am liebsten auch aus der Praxis vertreiben.
Maya und Dink überrumpeln Sam und Naomi mit konkreten Heiratsplänen. Von Naomi alleingelassen flüchtet Sam zunächst in einem tröstlichen Rausch, um danach seine Beziehung zu Addison zu intensivieren. Diese erhält eine alarmierende Kostprobe davon, wie Naomis Reaktion auf eine Affäre zwischen ihr und Sam aussehen könnte. Ausserdem wird Addison mit der Mutter von Zwillingen konfrontiert, die in ein schreckliches Dilemma gerät.
Sam lässt Addison seine Frustration über ihren Rückzug indirekt in der Zusammenarbeit spüren. Praxisbesitzer William White flirtet zunehmend offen mit seiner verwirrten Geschäftsführerin Naomi, was Doktor Fife missfällt. Cooper ist zu seinem Leidwesen auf die Hilfe seiner verhassten Exfreundin Charlotte angewiesen, die sich als Expertin für jugendliche Vampir-Schwärmereien erweist. Und: Zwischen zwei Teammitgliedern kommt es zu Sex ohne Liebe.
Maya wird von ihren Eltern weitgehend im Stich gelassen: Naomi verweigert die Teilnahme an ihrer Trauung, und Sam wird von der Erkenntnis abgelenkt, dass Addison mit Pete zusammen ist. Violet hingegen organisiert die Hochzeit mit einer Hingabe, als wäre es ihre eigene. Addison wiederum sieht sich mit den Eltern eines todkranken Frühchens konfrontiert, die das chancenlose Baby mit fragwürdigen Eingriffen retten wollen. Und Cooper? Dieser beschuldigt Charlottes neuen Freund der Tablettensucht.
Sheldon gelingt es, dank eines treffsicheren Tipps von Charlotte, eine Patientin von der Flugangst zu befreien. Addison erkennt, dass Sams bessere Laune mit der attraktiven Vanessa zu tun hat, was die Freuden ihrer Plausch-Verbindung mit Pete trübt. Beruflich bekommen es die beiden mit einer hochschwangeren Patientin zu tun, deren schwerkranker Verlobter vor der Ausweisung steht und mit einer Frau, die auf das Sperma ihrer grossen Liebe allergisch reagiert.
Addison will zwei Babys einer Leihmutter von Drillingen abtreiben, um deren Leben zu retten. Damit stösst sie auf den Widerstand der künftigen Adoptivmutter und denjenigen aus eigenen Reihen. Hinzu kommt, dass Addison ihre absurde Beziehungssituation zunehmend unerträglich findet. Doktor Fife soll Naomi bei einem Nachtessen für heikle medizinische Tests gewinnen. Doch der experimentierfreudige Mann erklärt das von Praxisbesitzer William initiierte Business-Dinner kurzerhand zum Date.
Ein Mann ringt sich zu der schweren Entscheidung durch, die lebenserhaltenden Geräte an seiner Frau abstellen zu lassen. Da diese jedoch als Leihmutter ungeborene Kinder in sich trägt, schreitet die Justiz ein. Unterdessen erhält Naomi Einblick in Addisons und Sams Gefühle füreinander. Naomi fühlt sich betrogen und sucht nach Unterstützung bei Dr. Fife, da sich William gerade auf Geschäftsreise befindet.
Addisons einstige Schwägerin Amy Shepherd taucht überraschend auf. Die ehrgeizige junge Neurochirurgin mischt sich nicht nur in Addisons Fall der komatösen Leihmutter Kayla ein, sondern auch ins Gefühlsleben ihrer ehemals Vertrauten. Sam wiederum muss Rebecca Rechenschaft darüber geben, ob er sie wirklich liebt, während Sheldon überraschend uneigennützig versucht, Cooper und Charlotte wieder zusammenzubringen.
Bei Carl, einem Soldaten, der im Irak seinen Dienst tut, wird eine Herzgefäßverkalkung diagnostiziert. Sam könnte durch eine Stent-OP wieder seine volle Diensttauglichkeit herstellen. Carls schwangere Frau Lucia ist jedoch dagegen. Violet möchte von jetzt an ihre Mutterrolle einnehmen, sie fühlt sich dazu in der Lage, seit sie wieder zurück ist. Pete lässt sich allerdings nicht darauf ein. Violet beschließt, um ihr Sorgerecht kämpfen - vor Gericht.
Im Kampf um das Sorgerecht von Lukas zerrt Petes Anwältin das Privatleben der als Zeugen vorgeladenen Freunde und Arbeitskollegen erbarmungslos ans Licht, um sie zu diskreditieren. Dabei werden Addison, Naomi und Cooper mit schmerzlichen (Halb)Wahrheiten konfrontiert und dazu gezwungen, sich zwischen Pete und Violet zu entscheiden. Besonders hart trifft es Sam, der angesichts von Addisons Verwicklung in den Fall einem grossen Widerspruch von Herz und Verstand ausgesetzt ist.
Sheldon nutzt die Unfähigkeit seines Rivalen Cooper, auf Charlotte zuzugehen, um selbst aktiv zu werden. Eigennützig verhält sich auch Doktor Five, der sich gegen Naomis Ansinnen sperrt, ihrem todkranken Geliebten William ein nicht bewilligtes Medikament abzugeben. Amelia wiederum will ihre Fähigkeiten als Neurochirurgin unter Beweis stellen, indem sie einer Patientin mit Hirntumor die harte Wahl zwischen einem kurzen, glücklichen Leben und einem langen, unglücklichen erspart.
Im dramatischen Staffelfinale schreitet Cooper endlich zu einer lange geplanten Tat, derweil sich die verheerenden Folgen des Unfalls von Dell und Maya offenbaren. Zwar hofft Amelia, verhindern zu können, dass Maya von den schweren Rückenverletzungen gelähmt bleibt, doch wird das ungeborene Baby die enormen Strapazen der Operation überleben? Während Addison und Amelia das scheinbar Unmögliche wagen, kommt es zu einem weiteren erschütternden Notfall.