Wir verfolgen das Leben von sieben angehenden FBI Agenten. Sie befinden sich auf einer Akademie in Quantico, wo sie ein 20-wöchiges Trainingsprogramm absolvieren müssen. Dabei werden die jungen Erwachsenen an ihre Grenzen gebracht, denn nur die Besten können das Training bestehen. Die Serie spielt in zwei verschiedenen Zeiten. So sehen wir zum einen die vergangene Ausbildungszeit. Doch blicken wir in die Zukunft befinden wir uns inmitten der Auswirkungen eines verheerenden Terroranschlags. Ausgerechnet Alex (Priyanka Chopra), eine der begabten Rekruten, wird verdächtigt, der Kopf hinter diesem Terroristenanschlag zu sein.
Alex befindet sich auf der Flucht. Dabei muss sie Liam und sein Team austricksen, um in ihr Appartement zu gelangen, wo sie Beweise für Ihre Unschuld zu finden versucht. Ryan sichert ihr seine Unterstützung zu. Zwar liegt er noch im Krankenhaus, weiß aber sicher, dass Alex ihn nicht angeschossen hat. Im Flashback zur Ausbildungszeit sind die Rekruten mit der Suche nach einer Nadel im Heuhaufen beschäftigt, während sie zeitgleich auf mögliche Gefahren für die nationale Sicherheit achten müssen.
Endlich erhält Alex Informationen über ihren Vater und seine Vergangenheit beim FBI. Zudem lernen die Rekruten sich selbst darzustellen und auf die Stärken und Schwächen ihrer Kameraden zu achten. Derweil wird Alex Mutter in der Zukunft von Liam überredet, sich während einer öffentlichen Pressekonferenz an Alex zu wenden, mit der Bitte sich zu stellen.
In Quantico stehen die Rekruten vor der schweren Aufgabe ein Geiseldrama zu beenden, was Alex beinahe dazu bringt das Handtuch zu werfen. In der Zukunft stößt Alex auf Beweise, welche die Unschuld einer ihrer Kameraden in Frage stellt.
Für ihren ersten Undercover Einsatz verlassen die zukünftigen Agenten erstmals das Trainingsgelände. Dabei kommen sich Alex und Ryan näher. In der Zukunft gibt Alex ein öffentliches Interview, um die vergangenen Ereignisse aus ihrer Sicht zu schildern, was bei vielen die Frage aufwirft, wer hier die Wahrheit sagt.
Mit Hilfe von Miranda und ihrem Sohn, lernen die Anwärter zu überwachen. Shelby hält Caleb auf Distanz, während Raina sich auf eine engere Bindung mit Simon einlässt. In der Zukunft versucht Alex sich in den FBI Computer zu hacken und bekommt dabei Unterstützung.
Die explosive Zwischenprüfung in Quantico endet damit, dass einige der Agenten Anwärter nach Hause geschickt werden. Während Zukunfts-Alex weiterhin versucht ist ihre Unschuld zu beweisen. Sie trifft dabei auf Raina und Nimah, was jedoch mehr Fragen aufwirft, als Antworten bringt. Vor allem die Frage: Wem kann man wirklich trauen?
Eine Hacker-Attacke auf den FBI Computer sorgt dafür, dass vertrauliche Informationen an die Öffentlichkeit gelangen. Alex wird klar, dass eine zweite Bombe in New York City im Spiel sein muss. In Quantico erhalten die Rekruten individuelle Aufgaben, die aber tatsächlich miteinander verbunden sind. Ziel der Übung ist es, das große Ganze zu sehen.
Nachdem sich Alex dem FBI gestellt hat, wird sie nun den Fragen eines hoch entwickelten Teams ausgesetzt. Zudem wurden neue Beweise entdeckt, die zu Alex Freilassung führen könnten. In Quantico ist die ehemalige Agentin und Analytikerin Dr. Susan Langdon Gastrednerin in einem der Akademiekurse. Sie schauen sich die Fälle von Serienmördern an, mit der Aufgabe das eine Opfer zu finden, das nicht in den Fall passt. Als Simon eine fragwürdige Entscheidung trifft, gerät sein Leben in Gefahr.
Ein notwendiges Disziplinarverfahren sorgt dafür, dass erschreckende Geheimisse enthüllt werden. In der Zukunft arbeiten Alex und ihr Team im Verborgenen daran, den tatsächlichen Attentäter zu finden, bevor es zu spät ist.
Die Terroristen die für den Bombenangriff auf Grand Central Station verantwortlich sind, verraten sich letzten Endes selbst. Doch anstelle von Antworten, bleiben umso mehr Fragen. Während die Rekruten in Quantico ein paar wohl verdiente Urlaubstage über den Jahreswechsel hinweg erhalten. Doch nicht jeder scheint so glücklich darüber zu sein.
Die Bombe hat 32 FBI Agenten das Leben gekostet, darunter auch Clayton. Seine Affäre mit Shelby hat ihre Karriere ruiniert. 3 Monate nach dem Bombenangriff auf die Grand Central Station wird ein Gerichtsverfahren angesetzt, in welchem Elias Harpers Beteiligung an dem Verbrechen bewiesen werden soll. Während des Verfahrens begeht Duncan Howell Selbstmord. Zuvor erklärt er jedoch genau wie Elias „keine Wahl gehabt zu haben“. Im Zeugenstand sagt Alex entgegen ihrer ursprünglichen Behauptung aus, dass Elias keinen Komplizen hatte. Wieder Zuhause erhält sie einen provozierenden Anruf von einer anonymen Person, die sich mit Alex treffen will. Am Treffpunkt schickt der Anrufer Alex eine Videobotschaft mit dem Selbstmordvideo von Duncan und erklärt ihr, dass sie ihm helfen wird „zu beenden was sie angefangen haben“. Gleich danach taucht Natalie auf, die an einer Bombe festgeschnallt ist. In Quantico treten die NATs gegen ein anderes Team mit mehr Erfahrung an. Dazu gehören Will Olsen, Iris Chang und Drew Perales. Das Gewinnerteam darf 5 Teilnehmer des anderen Teams nach Hause schicken.
Alex und Natalie werden von den Terroristen kontaktiert, die versuchen an Informationen von den FBI Servern zu kommen. Dafür benötigen sie allerdings Ryans Schlüsselkarte und Hannahs Fingerabdrücke. Mit einer falschen Bombendrohung locken die Terroristen alle aus dem Gebäude, platzieren einen Wurm im System und kommen an die Geheiminformationen. Allerdings gelingt es Alex und Natalie den Computer der Terroristen durch den Wurm zurückzuverfolgen – bis Natalie von einer Explosion getötet wird. Bevor Alex die Gelegenheit bekommt Ryan von den Geschehnissen in Kenntnis zu setzen, erhält sie von den Terroristen eine Nachricht, in der sie Ryans Leben bedrohen. Zurück in Quantico lernen die NATs, wie sie Informanten ausfindig machen und auf ihre Seite ziehen können. Alex und Iris gelingt es als einzigen einen Informanten zu bekommen, aber da sie sich dabei selbst in Gefahr bringen gilt die Aufgabenstellung als nicht erfüllt. Währenddessen nimmt das Kidnapping-Drama um Samar eine unerwartete Wendung
Nach dem Tod von Vasquez sucht Alex Simon in dessen einsamer Hütte auf, um ihn um Hilfe zu bitten. Aber Simon lebt nur in seinen Trauma. Alex wird von Ryan und Nimah nach NYC zurückgeholt, erzählt aber nichts von Vasquez’ Tod. In Quantico entfalten sich im Verlauf einer Übung zum Auftreten vor Gericht alte und neue Backstory Wounds. Will deckt auf, dass Caleb ein Doppelleben führt. Und wir erfahren, dass Liam mit Alex geschlafen hat. Miranda erfährt das leider auch
Eine Terrorzelle versucht Quantico zu infiltrieren, was Miranda (Aunjanue Ellis) und Liam (Josh Hopkins) dazu zwingt, einen tödlichen Preis zu zahlen. In der Zukunft bekommt Alex (Priyanka Chopra) weiterhin Instruktionen von dem Terroristen - nur dieses Mal ist es Claire Haas' Leben, das am seidenen Faden hängt.
In Quantico bekommt das NATS Trainingsstunden, die Shelby (Johanna E. Braddy) ziemlich nahe gehen. In der Zukunft findet Alex (Priyanka Chopra) eine überraschende Verbündete in Hannah (Eliza Coupe) als sie versucht einen neuen Terroranschlag zu stoppen.
Die NATs erfahren mehr über Menschenhandel und Liam (Josh Hopkins) und Miranda (Aunjanue Ellis) fordern sie heraus, die Grenze der USA zu Kanada ohne Pässe zu überqueren. In der Zukunft hilft Simon (Tate Ellington) weiter Alex (Priyanka Chopra) dabei, den Terroristen zu finden, riskiert damit allerdings sein eigenes Leben.
Die NATs checken den Background ihrer Kollegen und dabei erfahren Alex (Priyanka Chopra), Shelby (Johanna Braddy) und Iris (Li Jun Li) überraschende Wahrheiten über Drew ( Lenny Platt), Will (Jay Armstrong Johnson) und Caleb (Graham Rogers). In der Zukunft kontaktiert Alex Claire Haas (Marcia Cross) um ihre verschwundenen Freunde zu finden. Sie ist geschockt als sie erfährt, was mit Caleb passiert ist.
Am Karrieretag in Quantico treffen die NATs auf Vertreter verschiedener FBI-Zweigstellen, die ihnen bei der Entscheidung für ihre Zukunftspläne helfen sollen. In der Zukunft sucht Alex (Priyanka Chopra) weiter nach dem Terroristen und entdeckt bekannte Gesichter - auch von jemandem, der das Ziel des Terroristen kennt.
Wenige Wochen vor ihrem Abschluss werden die NATS in verschiedene Büros geschickt, wobei Alex (Priyanka Chopra) und Ryan (Jake McLaughlin) zusammenarbeiten. In der Zukunft nimmt die Beziehung zwischen Shelby (Johanna E. Braddy) und Caleb (Graham Rogers) eine Wendung, und Alex weiß nicht mehr, wem sie vertrauen kann, nachdem sie neue Informationen über den Mann, den sie liebt, gefunden hat.
Die NATS sind gespannt auf den in kürze anstehende Abschluss. Sie bereiten sich darauf vor Quantico zu verlassen und am richtigen Leben mit ihren neuen Aufgaben teilzunehmen. In der Zukunft findet Alex (Priyanka Chopra) heraus, dass jemand aus Quantico nicht der ist für der er sich ausgegeben hat, als sie sich plötzlich inmitten der Gefahr eines weiteren Anschlages befindet.
Die NATS feiern ihren Abschlusstag in Quantico, während Alex (Priyanka Chopra) und ihr Team in der Zukunft einen Terroristen bekämpfen müssen.