Die USS Voyager unter dem Kommando von Captain Kathryn Janeway soll ein Schiff der Maquis-Rebellen verfolgen. Da trifft die beiden Schiffe eine rätselhafte Energiewelle, die sie in einen weit entfernten Teil der Galaxie schleudert, 70.000 Lichtjahre von der Erde entfernt. Der Verantwortliche für diese Entführung scheint ein mächtiges Wesen an Bord einer riesigen Raumstation zu sein.
Die USS Voyager wurde vom Fürsorger in den 70.000 Lichtjahre entfernten Delta-Quadranten der Galaxie entführt. Der Grund: Das mächtige Wesen liegt im Sterben und sucht einen Nachfolger, um das Volk der Ocampa vor den kriegerischen Kazon zu bewahren. Um die Ocampa auf Dauer zu schützen, will Captain Janeway die Station des Fürsorgers nach dessen Tod zerstören. Doch dadurch würde sie der Crew zugleich die baldige Rückkehr zur Erde verbauen.
Captain Janeway besetzt einige Führungspositionen neu. Dabei kommt es zu Streitigkeiten mit der Maquis-Crew. Plötzlich trifft die Voyager auf eine Quantensingularität. Ein anderes Schiff wird bereits in diese hineingezogen. Der Versuch, es zu retten, scheitert. Da stellt Captain Janeway fest, dass sie selbst bereits in der Singularität gefangen sind.
Die "Voyager" entdeckt einen Klasse-M-Planeten, der offenbar früher bewohnt war. Ein Außenteam stellt ein hohes Niveau an polarischer Energie fest, als plötzlich Paris und Janeway verschwinden. Wie Kim und Torres feststellen, hat die polarische Energie bei einer starken Explosion, die alles Leben auf dem Planeten vernichtet hat, Subraumspalten erzeugt, durch die Paris und Captain Janeway in der Zeit zurückgereist sind. Tatsächlich befinden sich die beiden auf einem Planeten, auf dem die Welt noch in Ordnung zu sein scheint: laut der Zeitangabe wird es jedoch in kürzester Zeit zur Explosion kommen...
Neelix bricht während einer Außenmission auf einem fremden Planeten plötzlich zusammen. Der Doktor der Voyager stellt fest, dass ihm offenbar die Lungen entfernt wurden. Captain Janeway spürt ein vidiianisches Raumschiff in der Umlaufbahn auf, dessen Besatzung offenbar dafür verantwortlich ist. Die Vidiianer leiden an einer schrecklichen Krankheit und benötigen ständig neue Organe.
Die Voyager stößt auf einen rätselhaften Nebel, der einen hohen Anteil an Omicron-Partikeln auweist. Die Crew will sie als Energiereserve einsammeln. Doch plötzlich wird das Schiff angegriffen. Irgend etwas saugt die Energie ab. Captain Janeway stellt fest, dass sie sich im Inneren eines gigantischen Lebenwesens befinden.
Die Voyager entdeckt ein Wurmloch, das direkt zum Alpha-Quadranten führt. Es ist aber viel zu klein für das Schiff. Durch eine Sonde gelingt die Kontaktaufnahme mit einem romulanischen Schiff am anderen Ende. Der romulanische Kommander Telek glaubt zunächst aber nicht, dass sich die Voyager im Delta-Quadranten befindet. Er vermutet eine Falle der Föderation.
Tom Paris wird des Mordes beschuldigt. Er soll während einer Außenmission einen Professor getötet haben. Er wird dazu verurteilt, durch implantierte Erinnerungen den Mord durch die Augen des Opfers immer wieder von neuem zu Erleben. Tuvok bemerkt in den Erinnerungen allerdings einige Unstimmigkeiten.
Ein Außenteam der Voyager entdeckt auf einem Asteroiden den seltsamen Friedhof einer fremden Spezies. Da öffnet sich plötzlich eine Subraum-Vakuole und verschluckt Fähnrich Harry Kim. Der findet sich plötzlich auf einem unbekannten Planeten wieder. Die dortigen Bewohner glauben, Harry sei aus dem Leben nach dem Tod zurückgekehrt.
Der Planet Sikaris lädt die Voyager-Crew zu einem ausgedehnten Landurlaub ein. Während eines Rendezvous entdeckt Fähnrich Kim, dass die Sikarianer über eine hoch entwickelte Technologie verfügen, die die Voyager näher Richtung Erde bringen könnte. Doch ein Gesetz verbietet es ihnen, die Technologie mit Fremden zu teilen. Captain Janeway versucht trotzdem mit dem Anführer zu verhandeln.
Die Voyager folgt dem Notruf eines Schiffs der Kazon. Die ganze Besatzung fiel einem schrecklichen Unfall zum Opfer. Bei der Untersuchung des Unglücks stößt die Crew auf Besorgnis erregende Indizien: Offenbar wurde die Katastrophe durch Technologie der Föderation verursacht. Für Captain Janeway ist klar, dass es einen Verräter an Bord der Voyager geben muss.
Nachdem B Elanna eine Probe photonischer Energie an Bord gebeamt hat, kommt es an Bord zu Fehlfunktionen. Fähnrich Kim verschwindet sogar spurlos vom Holodeck. Zuletzt spielte er dort in einer mittelalterlichen Heldensage mit. Tuvok und Chakotay machen sich auf die Suche nach ihm und treffen dort auf Kriegerin Freya und König Hrothgar. Deren Reich wird von einem rätselhaften Monster bedroht.
Tuvok und Chakotay werden während eines Shuttlefluges von einer Energieladung getroffen. Chakotay fällt ins Koma. Kurz darauf werden auch andere Crewmitglieder von dieser merkwürdigen Energie angegriffen. Offenbar handelt es sich um ein Wesen, das von einer Person zur nächsten überspringen kann. Nur der Doktor scheint unangreifbar. Captain Janeway überträgt ihm deshalb die Kommando-Codes der Voyager.
B Elanna, Tom Paris und Fähnrich Durst geraten in die Gewalt der Vidiianer. Diese sind von einer schrecklichen Seuche befallen. Sie können nur überleben, indem sie Körperteile und Organe anderer Wesen in ihre eigenen Körper transplantieren. Ein vidiianischer Arzt entzieht B Elanna deshalb ihre komplette klingonische DNS.
Ein Fremder namens Dr. Jetrel kommt an Bord der Voyager. Neelix erkennt in ihm den Mann wieder, durch dessen schreckliche Waffe sein Heimatplanet Rinax völlig vernichtet wurde. Jetrel eröffnet Neelix, dass er durch die Aufräumarbeiten auf Rinax verseucht worden sei. Er werde an einer tödlichen Krankheit sterben.
Tuvok verordnet einigen Mitgliedern der ehemaligen Maquis-Crew einen Crash-Kurs in Sternenflotten-Disziplin. Während einer Übung kommt es zu einem schweren Unfall. Tuvok muss sich entscheiden, ob er gegen die Vorschriften verstoßen soll: Das Leben eines Crewmitglieds steht auf dem Spiel.