Das Stargate wird unerwartet reaktiviert: Außerirdische erscheinen im Hochsicherheittrakt der Army - es kommt zu einer blutigen Konfrontation. Um den Vorfall zu untersuchen, wird die Truppe der erste Expedition um Colonel O'Neill wieder zusammengetrommelt. Noch einmal gehen sie auf die Reise ans andere Ende der Galaxis.
Das Stargate wird unerwartet reaktiviert: Außerirdische erscheinen im Hochsicherheittrakt der Army - es kommt zu einer blutigen Konfrontation. Um den Vorfall zu untersuchen, wird die Truppe der erste Expedition um Colonel O'Neill wieder zusammengetrommelt. Noch einmal gehen sie auf die Reise ans andere Ende der Galaxis.
Die gefährlichen Goa'Uld versuchen das Stargate in Richtung Erde zu durchstoßen. Um deren Angriffe besser abwehren zu können, will Colonel Jack O'Neill den Alien Teal'C als Unterstützung in sein Team aufnehmen. Obwohl General Hammond zunächst strikt dagegen ist, lässt er sich doch überreden und Teal'C vom militärischen Abschirmdienst genau überprüfen. Doch für O'Neill nehmen die Schwierigkeiten kein Ende: Kawalsky klagt plötzlich über höllische Kopfschmerzen. Es stellt sich heraus, dass sich eine Goa'Uld-Larve in ihm eingenistet hat. Unter Anleitung von Teal'C gelingt es den Ärzten, die Larve operativ zu entfernen. Allerdings ist nicht sicher, ob der Eingriff rechtzeitig stattgefunden hat ...
Auf dem Planeten Simarka trifft das SG1-Team auf das Volk der Shavadai. In der strengen Klassengesellschaft des kriegerischen Volkes spielen Frauen nur eine untergeordnete Rolle. Prompt wird Samantha Carter bei ihrer Begegnung mit Mughal, dem Häuptling der Shavadai, mit dem Tode bedroht. Als sie kurz darauf Mughals Sohn das Leben rettet, lässt man sie wieder frei. Doch bald danach wird sie von dem jungen Krieger Abu entführt, der sie gegen Nya, die Tochter von Mughals mächtigen Gegner Turghan, eintauschen will. Thurgan akzeptiert den Handel tatsächlich und Samantha wird seine Sklavin. Als das SG1-Team von dem Kidnapping erfährt, setzen sie alles daran, um ihre Kollegin zu befreien.
O'Neill und sein Team landen auf dem Planeten P3X97, auf dem es eine helle und eine dunkle Seite gibt. Die Bewohner der hellen Seite befinden sich auf einer bronzezeitlichen Kulturstufe. Auf der dunklen Seite dagegen wohnen eine Art Urmenschen. Sie sind brutal und rücksichtslos und benehmen sich wie wilde Tiere. Als das SG1-Team von dem fremden Planeten zurückkehrt, weisen einzelne Mitglieder seltsame Mutationen auf: Sie verwandeln sich in die unbeherrschten Bewohner der dunklen Seite. Selbst O'Neill wird zur brutalen Bestie. Nur Teal'C und Daniel bleiben davon verschont und sehen sich nun gezwungen, auf P3X97 zurückzukehren, um ihr Team zu retten ...
Auf der Suche nach dem SG9-Team landen Jack O'Neill und seine Crew auf einem seltsamen Planeten. Die vermisste Truppe wird hier von einheimischen Höhlenbewohnern als Götter verehrt. Captain Hanson, dem Leiter von SG-9, ist die Verehrung zu Kopf gestiegen. Er hält sich wirklich für einen Gott und zwingt die Bewohner, die alten Goa'Uld-Tempel wieder aufzubauen. Wer seinen Befehlen trotzt, wird der gnadenlosen Sonne ausgesetzt und stirbt eines qualvollen Todes. SG-1 will Hanson stoppen. Aber nur Dr. Samantha Carter hat eine Chance, zu ihm vorzudringen, weil sie früher eine Affäre mit ihm hatte. Doch die Aktion gestaltet sich schwieriger als gedacht ...
Auf dem Planeten P3X562 entdeckt das SG1-Team ein riesiges Tal, das mit zerbrochenen Kristallen übersät ist. Als sich Jack O'Neill einem der Kristalle nähert, der ein seltsames Licht ausstrahlt, fällt er in Ohnmacht. Kurz darauf nimmt ein geheimnisvolles Wesen heimlich Jacks Gestalt an und kehrt mit den anderen zur Erde zurück. Während sich der außerirdische Doppelgänger auf die Suche nach Jacks Ex-Frau Sara macht, finden Sam und Daniel heraus, dass die Kristalle Energiewesen in sich tragen. Diese können nicht nur Gedanken lesen, sondern auch Menschen in jeder Hinsicht imitieren. Aber diese Wesen können im elektromagnetischen Feld der Erde nicht überleben. Und auch jeder, der mit ihm in Berührung kommt, ist in höchster Gefahr ...
Das SG1-Team gerät unter Druck, weil hochrangige Regierungsbeamte mehr als nur Forschungsergebnisse von ihnen verlangen. Es sollen endlich bislang unbekannte und vor allem überlegene Technologien entdeckt und nutzbar gemacht werden. Teal'C erinnert sich an einen Planeten, dessen Bewohner über die Fähigkeit verfügen, sich unsichtbar zu machen. SG-1 erhält den Befehl, diese Technik auf die Erde zu bringen. Bei seiner Ankunft auf dem fremden Planeten landen sie mitten in einem Angriff von den Goa'Uld unter Führung von Apophis. Das SG1-Team gerät in einen Hinterhalt und wird getötet. Plötzlich tauchen die Nox auf, die die Gabe besitzen, Tote zum Leben zu erwecken ...
Auf dem Planeten Argos hilft Daniel einer jungen Frau, die gerade in den Wehen liegt. Zum Dank werden die Erdbewohner zu einem Fest eingeladen. Hier treffen sie auf schöne junge Menschen, die bis zum Sonnenuntergang ausgelassen feiern und danach in einen mysteriösen Schlaf fallen. Das Team stellt aber auch fest, dass die Bewohner von Argos unglaublich schnell altern. In ihrer Welt dauert ein Leben nur 100 Tage. Nach einer Nacht mit der attraktiven Kynthia beginnt auch Jack rapide zu altern. In der Hoffnung ein Heilmittel zu finden, kehrt das SG1-Team ohne O'Neill auf die Erde zurück. Ein Wettlauf gegen die Zeit beginnt, denn O'Neill wird von Stunde zu Stunde schwächer und droht den Tag nicht zu überleben ...
Auf der Suche nach Alliierten im Kampf gegen die Goa'Uld erreichen O'Neill und sein Team den Planeten Cimmeria, die Heimat der legendären nordischen Götter. Schon seit Urzeiten gilt Cimmeria als Sperrgebiet für die Goa'Uld. Gleich nach ihrer Ankunft wird Teal'C, der eine Goa'Uld-Larve in sich trägt, plötzlich von einem geheimnisvollen Lichtstrahl eingefangen. Als Jack ihm helfen will, werden beide in ein unterirdisches Labyrinth transportiert, wo einige böse Überraschungen auf sie warten. Während Jack und Teal'C um ihr Leben kämpfen, lassen Daniel und Sam nichts unversucht, um ihre Teamkameraden zu retten ...
Bei der Durchsicht von Dokumentarfilmen aus der Zeit kurz nach dem zweiten Weltkrieg macht Daniel eine interessante Entdeckung: Den Aufzeichnungen zufolge lüftete Professor Langford schon 1945 das Geheimnis des altägyptischen Sternentores. Bei einem Versuch wagte sich der junge Forscher Littlefield in ferne Welten und kehrte nie zurück. Daniel wendet sich an Catherine Langford, die Tochter des leitenden Professors. Sie überwacht das Stargate-Projekt seit Jahren und war damals Littlefields Verlobte. Zusammen mit Catherine macht sich SG-1 nun auf die Suche nach dem Vermissten. Schließlich finden sie den gealterten Wissenschaftler in einem riesigen Raum, der einst als Treffpunkt für verschiedene Alien-Zivilisationen gedient haben muss. Doch das vorhandene Sternentor funktioniert nicht mehr, und so scheint auch für O'Neill und seine Truppe eine Rückkehr unmöglich ...
Als Teal'C dem SG1-Team beitrat, verschwieg er, dass er auf seinem Heimatplaneten Chulak eine Familie zurückließ. Er fürchtete, man würde sonst an seiner Loyalität zweifeln. Doch jetzt ist sein Sohn Rya'C in dem Alter, in dem ihm der Tradition folgend eine Goa'Uld-Larve eingepflanzt wird. Teal'C will das unbedingt verhindern, damit sein Sohn nicht zum Sklaven der Goa'Uld wird. Aber auf Chulak muss das SG1-Team feststellen, dass Teal'Cs Familie mittlerweile zu den Geächteten gehört und daher nicht leicht zu finden ist. Als sie nach einem harten Kampf gegen Soldaten und Priester Rya'C und seine Mutter endlich finden, zeigt sich, dass Rya'C eine Larve zum Überleben braucht ...
Das SG1-Team kehrt von ihrer Mission auf dem Planeten Oannes ohne Daniel Jackson zurück, der dort bei einem Vulkanausbruch ums Leben kam. Doch Daniel ist gar nicht tot, sondern wird von dem amphibischen Außerirdischen Nem gefangen gehalten. Nem will von Daniel wissen, was aus seinem Partner Omoroca geworden ist, der vor 4000 Jahren auf der Erde gelebt hat. Da Daniel nicht genug über babylonische Geschichte weiß, erklärt er sich schließlich dazu bereit, Nem seine Gedanken lesen zu lassen. Doch dieser Prozess könnte für beide tödlich enden ...
Archäologen, die eine Pyramide der Mayas in Mexiko erkunden, entdecken einen Sarkophag mit Hyroglyphen. Als sie ihn öffnen, wecken sie Hathor aus ihrem Jahrhunderte langen Schlaf. Hathor wurde vor 2000 Jahren von dem Sonnengott Ra auf die Erde verbannt. Noch ahnt niemand, dass die alte Göttin das Ende der Erde bedeuten könnte. Denn der Goa'Uld, der einst in diese mächtige Göttin geschlüpft war, wurde nun ebenfalls befreit. In Gestalt einer obdachlosen Frau macht sie sich auf den Weg zur Stargate-Basis, um einen teuflischen Plan auszuführen. Dort nutzt sie ihre Macht, um alle Männer zu verführen und Tausende von Goa'Uld-Larven zu legen, mit deren Hilfe sie die Weltmacht erringen will. Nur Carter und die wenigen anderen Frauen, die immun gegen den ""Kuss der Göttin"" sind, können jetzt noch helfen ...
Das SG1-Team reist zum Planeten P8X987, um von dort aus ein schwarzes Loch zu studieren. Doch bei ihrer Ankunft müssen Captain O'Neill und seine Leute feststellen, dass eine mysteriöse Krankheit alles Leben ausgelöscht hat. Nur ein kleines Mädchen namens Cassandra hat wie durch ein Wunder überlebt. Während O'Neill und Teal'C auf dem Planeten bleiben, um das schwarze Loch zu beobachten, kehren Sam und Daniel mit Cassandra auf die Erde zurück. Doch als Dr. Fraiser die Kleine untersucht, macht sie eine grauenhafte Entdeckung: Das Mädchen trägt eine Bombe in sich und wurde von den Goa'Uld zurückgelassen, damit die Menschen sie mit zur Erde nehmen und so ihren Planeten zerstören ...
Als das SG1-Team auf dem Planeten P3X1279 ankommt, erkennt Teal'C, dass er schon einmal dort gewesen ist. Ihm ist diese Welt als Chartago bekannt, die von den Bysra bewohnt wird. Teal'C war einst als Apophis' Diener nach Chartago gekommen, um Menschen für dessen Dienerschaft zu rekrutieren. Als O'Neill und sein Team in ein Dorf kommen, wird Teal'C von dem Bysra Hanno beschuldigt, damals seinen Vater ermordet zu haben. Teal'C wird vor Gericht gestellt, und da Hanno als Ankläger und Richter zugleich fungiert, wird Teal'C zum Tode verurteilt ...
Das SG1-Team findet auf dem Planeten Tollan ein furchtbares Bild der Verwüstung vor. Die Ursache ist ein Vulkanausbruch. O'Neill und seinen Leuten gelingt es, einige Tollaner durch das Stargate auf der Erde in Sicherheit zu bringen, aber die Geretteten erweisen sich als äußerst undankbar. Ihr Anführer Omoc beklagt sich über die Primitivität der Erdlinge und verlangt, auf einen zivilisierteren und weiter entwickelten Planeten gebracht zu werden. In der Zwischenzeit untersucht das Militär die Technik des tollanischen Waffensystems. Doch das erweist sich als fataler Fehler ...
Als das SG1-Team von einem feindlichen Planeten in das Sternentor flüchtet, kommt es zu einer Panne: Zwar schaffen es Teal'C und Daniel zurück zur Stargate-Kommandozentrale, doch O'Neill und Sam werden in eine Gletscherspalte auf einem unbekannten Planeten geschleudert. Dabei wird O'Neill schwer verletzt, so dass Sam alleine im Eis nach dem Gate-Zugang graben muss. Inzwischen arbeiten Daniel und einige Techniker fieberhaft daran, den Standort ihrer Teamkollegen ausfindig zu machen. Noch ahnen sie nicht, dass O'Neill und Carter, die bei einer Eiseskälte und zur Neige gehenden Vorräten um ihr Leben kämpfen, ganz in der Nähe sind ...
Kaum auf dem Planeten PX3 989 angekommen, gerät das SG-1-Team in eine elektrische Falle, wodurch alle Mitglieder sofort das Bewusstsein verlieren. Sie erwachen erst wieder in dem unterirdischen Labor des Wissenschaftlers Harlan, einem anscheinend friedfertigen Eingeborenen des Planeten, der behauptet, 11.000 Jahre alt zu sein. Er macht den Team-Mitgliedern klar, dass er ihre Wunden nicht nur geheilt, sondern für immer beseitigt hat. Als sie sich auf den Weg zurück zur Erde machen, merken die SG-1-Leute, was er damit meinte: Er hat ihr Bewusstsein in unzerstörbare Maschinen implantiert!
Während Daniel einen fremden Stargate-Komplex erkundet, der eigentlich von den Goa'Uld zerstört worden sein soll, entdeckt er einen geheimnisvollen Spiegel. Neugierig berührt er dessen Oberfläche. Doch als er später wieder auf die Erde zurückkehren will, landet er stattdessen in einer anderen Realität. Der Planet sieht zwar wie die Erde aus, aber es gibt erschreckende Unterschiede: Die Goa'Uld haben mit massiven Attacken fast die ganze Menschheit ausgelöscht und sind im Begriff, auch die Stargate-Zentrale zu erobern. Verzweifelt versucht Daniel in seine eigene Realität zurück zu gelangen, um die anderen vor der drohenden Invasion zu warnen ...
Daniel Jackson kehrt von seinem Abenteuer aus einer Parallelwelt zurück und versucht, die restliche Crew vor einer Attacke der Goa'Uld zu warnen. Doch leider verhallen seine Warnungen ungehört, denn dem Stargate-Programm droht eine ganz andere Gefahr. Der einflussreiche US-Senator Kinsey will das gesamte Programm, dessen Ziele er zweifelhaft findet, stoppen. Er beauftragt ausgerechnet Daniel damit, das Stargate außer Kraft zu setzen.
Trotz Daniels eindringlicher Warnung vor der drohenden Goa'Uld- Attacke, soll das Stargate-Programm beendet werden. Bis zu den Zähnen bewaffnet, begibt sich das SG-1-Team auf eine letzte Reise durch das Stargate. Dabei landen sie auf einem Goa'Uld Raumschiff voller Jaffa-Krieger. Ausgerechnet in diesem Moment wird das Stargate ausgeschaltet, damit ist ihre Verbindung zur Erde endgültig abgeschnitten. Das Team sitzt in der Falle...