Die Borg haben sich auf den Vorschlag von Janeway eingelassen und eine Borg-Delegation auf die Voyager entsandt. Als Sprecherin der Gruppe agiert Seven of Nine. Die Anwesenheit von Borg auf dem Föderationsschiff erweist sich aber als recht problematisch, da sich die meisten Crewmitglieder in ihrer Gegenwart unbehaglich fühlen. Chakotays Bedenken gegen Janeways Plan scheinen sich zu bewahrheiten, als die Borg plötzlich die Voyager-Crew assimilieren wollen...
Kes macht eine rapide Zellveränderung durch und erkennt, dass sie ihre psychokinetischen Kräfte nicht länger kontrollieren kann. Während bei Seven of Nine nach ihrer Abtrennung vom Kollektiv allmählich die menschlichen Elemente an die Oberfläche durchbrechen, macht Kes eine Verwandlung hin zu einem nichthumanoiden Wesen durch. Die Ocampa hat schließlich keine andere Wahl, als die Voyager zu verlassen, um das Schiff nicht zu gefährden...
Ausgerechnet am "Tag der Ehre", der für die klingonische Seite von B'Elanna von großer Bedeutung ist, muss der Warpkern der Voyager ausgestoßen werden. Sie und Paris machen sich kurz darauf in einem Shuttle auf den Weg, um den Warpkern zu bergen. Dabei werden sie aber von den Caatati angegriffen, die es ebenfalls auf den Warpkern abgesehen haben. Das Shuttle der beiden wird zerstört und so müssen sie in ihren Raumanzügen darauf hoffen, von der Voyager gerettet zu werden. Im Angesicht des wohl unvermeidlichen Endes gesteht B'Elanna, dass sie Paris liebt...
Chakotay muss auf einem unbekannten Planeten notlanden, wo er sich einer Gruppe von Soldaten anschließt, die die brutalen Kradin bekämpfen. Dabei merkt er nicht, dass er von diesen Soldaten tatsächlich nur manipuliert wird und die Kradin die eigentlichen Opfer in diesem Krieg sind...
Die Voyager folgt einem Notruf, der von einem fremden Schiff stammt. Der Doctor und B'Elanna begeben sich auf das Schiff, wo sie auf eine isomorphische Projektion treffen, eine Art Hologramm, wie der Doctor. Die behauptete Seuche, die auf dem Schiff gewütet haben soll, entspricht jedoch nicht der Wahrheit. Vielmehr hat das Hologramm die Crew getötet und B'Elanna droht jetzt das gleiche Schicksal...
Seven of Nine verlässt die Voyager, als sie glaubt, dass das Borg-Kollektiv sie gerufen hat. Auf ihrer Flucht vom Föderationsschiff erreicht sie einen Planeten, auf dem sich das Schiff ihrer Eltern befindet - die Raven -, das dort abgestürzt war, nachdem die Borg sie und ihre Eltern assimiliert hatten...
An Bord der Voyager beginnen immer mehr Crewmitglieder, unter den verschiedensten Krankheiten zu leiden, ohne dass der Doctor eine Erklärung dafür finden kann. Seven of Nine stellt plötzlich fest, dass die Crew von einer unbekannten und für die Voyager-Besatzung unsichtbaren Spezies für diverse medizinische Experimente missbraucht wird. Als sich die Fremden auch nach ihrer Entlarvung weigern, ihre Experimente abzubrechen, droht Janeway ihnen mit der Vernichtung der Voyager, was auch ihren Tod zur Folge hätte...
Die Voyager-Crew erlebt eine unglaubliche Angriffswelle, die von Kriegsschiffen der Krenim ausgeht. Ursache für diese unerwartete Attacke ist der Krenim Annorax (Kurtwood Smith), der mit seinem Schiff in der Lage ist, in die Geschichte ganzer Planeten einzugreifen und komplette Zivilisationen verschwinden zu lassen. Für die Voyager scheint es keine Hoffnung zu geben, den Krieg mit den Krenim überstehen zu können....
Während sich Chakotay und Paris in der Gewalt von Annorax befinden, wird die Voyager nur noch von einer Minimalcrew besetzt, die übrigen Mitglieder haben das Schiff bereits in Rettungskapseln verlassen. Janeway verfolgt nur noch ein Ziel: Sie will Annorax besiegen. Das gelingt ihr schließlich auch, allerdings mit völlig unerwarteten Folgen...
Bei einem Landgang auf der Heimatwelt der Mari, einer Spezies, bei der alles Gewalttätige verboten ist - derartige Gedanken eingeschlossen. kommt es zu einem Zwischenfall, als B'Elanna vorgeworfen wird, einen Gewaltausbruch durch ihre Gedanken herbeigeführt zu haben. Als sich in der Zwischenzeit jedoch ein Mord ereignet, ist zwar B'Elannas Unschuld klar, dennoch soll sie bestraft und von allen gewalttätigen Gedanken befreit werden. Als Tuvok in der Sache ermittelt, stößt er auf ein düsteres Geheimnis der Mari...
Nachdem eine unbekannte Spezies von der Voyager wichtige Geräte gestohlen haben soll, begibt sich Janeway zusammen mit dem Hologramm von Leonardo da Vinci - ausgestattet mit dem Holo-Emitter des Doktors - auf die Suche nach den fehlenden Teilen...
Bei einer Shuttlemission wird Neelix tödlich verletzt. Als sie zurück auf der Voyager sind setzt Seven of Nine Borg-Technologie ein, um ihn wieder zum Leben zu erwecken. Obwohl sie damit nur Gutes wollte, hat sie bei Neelix eine schwere Krise ausgelöst, da der erkennen musste, dass das Leben nach dem Tod gar nichts mit den Erzählungen seines Volks gemein hat. Dabei besteht für ihn das größte Problem in der Frage, wie er sich auf seinen Tod vorbereiten soll, wenn er nicht weiß, was ihn danach erwartet...
Nachdem ein Großteil der Voyager Crew begonnen hat, unter Albträumen zu leiden, in denen ein und dieselbe Kreatur auftaucht, beschließt Chakotay, sich in einen kontrollierten Traum versetzen zu lassen. Dabei stößt er auf ein Wesen, das in einer alternativen Realität lebt und nur in den Träumen der anderen auftaucht...
Über eine komplexe Relaisstation hat die Voyager die U.S.S. Prometheus im Alpha Quadranten entdeckt, doch das Schiff ist zu weit entfernt, um mit ihm Kontakt aufzunehmen. Also wird der Doctor über die Relaisstation auf die Prometheus geschickt, wo er dem neuen, verbesserten, aber äußerst ängstlichen medizinischen Hologramm begegnet. Die Prometheus ist ein Schiff der Starfleet im Experimentierstadium und von den Romulanern gestohlen worden. Beide Hologramme müssen zusammenarbeiten, um zu verhindern, dass das Schiff an die Romulaner fällt...
Über die von der Voyager entdeckten Relaisstationen werden nach dem erfolgreichen Kontakt zum Alpha Quadranten Nachrichten von der Erde an die Schiffscrew geschickt. Aber zugleich ergeben sich auch neue Probleme: Tuvok und Seven of Nine geraten in die Gewalt der Hirogen, einer unbarmherzigen Jägerspezies, deren einziger Lebenszweck die Jagd auf andere Lebewesen ist, die sie ausschließlich als Beute betrachten...
Die Voyager nimmt einen verletzten Hirogen an Bord, holt sich damit aber ungewollt einen Konflikt aufs Schiff. Ein Angehöriger der Spezies 8472, der von dem Hirogen erbarmungslos gejagt worden ist gelangt ebenfalls auf die Voyager. Janeway ist dadurch gezwungen, den Hirogen aus der Krankenstation zu entlassen, damit er im Kampf gegen Spezies 8472 hilft. Doch das von dem Hirogen bereits schwer verwundete Wesen hat nur einen Wunsch: Es möchte in seinen fluiden Raum zurückkehren...
Nachdem Seven of Nine den Waffenhändler Kovin aufgesucht hatte, um neue Waffen auf die Voyager-Crew einzustellen, gibt es Anzeichen dafür, dass Koven Seven Gewalt angetan hat, um ihr Nanosonden zu entnehmen. Als Janeway Kovin zur Rede stellen will, ergreift der die Flucht und kommt dabei ums Leben. Es stellt sich heraus, dass der Doctor Sevens Darstellungen falsch interpretiert hat und Kovin keine Schuld trägt...
Die Hirogen haben die Kontrolle über die Voyager übernommen und lassen die Crew in den einzelnen Holodecks verschiedene Szenarien durchspielen, in denen es stets Jäger und Gejagte gibt. Die Crew weiß von diesen Vorgängen nichts sondern glaubt, dies sei die Realität. Schließlich gelingt es, Seven of Nine eine Nachricht zukommen zu lassen, durch die sie erkennt, dass sie sich in einer Holodeck-Simulation befindet. Als sie in einer Simulation des Zweiten Weltkriegs versucht, das Programm zu deaktivieren, glaubt Janeway, sie sei eine Verräterin und will sie umbringen...
Nach und nach gelingt es, die Simulation zu destabilisieren, die Situation gerät außer Kontrolle. Die auf dem Holodeck befindliche Crew weiß zum Teil, was Realität und was Schein ist. Da jedoch die Sicherheitsvorkehrungen abgeschaltet sind, ist der Kampf gegen die Hologramme eine tödliche Gefahr, der sich Janeway und ihre Leute stellen müssen, wenn sie das Schiff zurückerobern wollen...
Der Fremde Steth gibt vor, technische Probleme mit seinem Raumschiff zu haben, woraufhin sich Paris bereit erklärt, ihm zu helfen. Tatsächlich übernimmt Steth aber Paris Körper, während der im Körper des Fremden auf dessen Schiff zurückbleibt, Paris ist aber nicht das einzige Opfer von Steth, für den die Lage kritisch wird, bis er schließlich Janeways Körper übernimmt...
Als die Computer der Voyager anzeigen, dass Omega-Moleküle entdeckt wurden, folgt Janeway streng geheimen Anweisungen der Starfleet. Sie muss aber ihr Wissen mit der Crew teilen, da die nicht bereit ist, ohne Erklärungen des Captains scheinbar sinnlose Befehle zu befolgen. Sie lenkt schließlich ein und teilt den anderen mit, dass das Omega-Molekül zerstört werden muss, weil es seinerseits das Potential besitzt, das gesamte Universum auszulöschen. Mit ihrem Plan stößt sie jedoch auf Protest bei Seven of Nine, da das Omega-Molekül für sie das Symbol vollkommener Ordnung ist...
Die Voyager nimmt eine Frau namens Kellin an Bord, die dort um Asyl bittet. Sie kennt Chakotay von früher und behauptet, dass sie sich sogar verliebt hatten. Chakotay kann sich nicht daran erinnern, weil nach ihrer Abreise sämtliche Aufzeichnungen über diese Frau gelöscht wurden. Da sie nun auf der Flucht vor jenen Jägern ist, denen sie zuvor noch angehört hatte, hofft sie darauf, dass sich Chakotay entsprechend an sie erinnert...
Bei einer Simulation in einem kyrianischen Museum im 31. Jahrhundert wird der Besuch der Voyager und ihrer Crew 700 Jahre zuvor so dargestellt, als hätte die Crew nur Unheil und Verderben über den Delta Quadranten gebracht. Als zufällig das Programm des Doktors aktiviert werden kann, wird die Wahrheit bekannt - allerdings mit fatalen Folgen. Es kommt zu Rassenunruhen auf dem Planeten, da eine massive Geschichtsfälschung ans Licht gekommen ist. Wie leicht die Wahrheit verdreht werden kann, zeigt sich, als sich herausstellt, dass auch diese Ereignisse nur Teil einer Simulation in einem Museum sind, die viele hundert Jahre später vorgeführt wird...
Die Voyager benötigt dringend Deuterium. Sie trifft auf einen Planeten der Dämon-Klasse. In einem Shuttle fliegen Kim und Paris auf die Oberfläche. Als sie mit einer unbekannten Flüssigkeit in Kontakt geraten, werden die beiden dupliziert.
Um einen zeitraubenden Umweg um einen radioaktiven Nebel zu vermeiden, wird bis auf Seven of Nine die gesamte Crew in Stasis versetzt. Die Monotonie der langen Reise führt bei Seven unerwartet zu Halluzinationen, ein Konzept, das für sie fremd und bedrohlich ist. Der Doctor hilft ihr so gut es geht, dennoch wird Seven mit einer Reihe von Ereignissen konfrontiert, von denen sie nicht sagen kann, ob sie echt oder vorgetäuscht sind. Das gilt auch für einen Fremden, der im Nebel mit der Voyager Kontakt aufnimmt. Seven weiß nicht, ob sie an seine Existenz glauben soll oder nicht...
Die Voyager trifft auf Arturis, der der Crew dabei behilflich ist, eine Nachricht zu entschlüsseln, die zu einem hochmodernen Schiff der Starfleet führt, mit dem die Crew innerhalb kurzer Zeit nach Hause zurückkehren kann. Während Seven of Nine skeptisch ist, verhält sich die restliche Crew recht euphorisch. Wie sich jedoch schon bald herausstellt, verfolgt Arturis völlig andere Absichten. Er will Rache für das, was die Borg seinem Volk angetan haben...