Nikita hat sich nach der durch Operations und Madeline angeordneten Gehirnwäsche zur perfekten Sektionsangehörigen entwickelt. Sie wird durch überhaupt nichts mehr beeinflusst - nicht einmal ihr eigenes Gewissen. Sie ist emotionslos, kämpft ohne Gewissen, lächelt fast nie und vorallem gegenüber Michael ist sie gefühlslos. Die Gehirnwäsche war so wirkungsvoll dass sogar Madeline und Operations ihr schon Tipps geben, wie sich sich menschlicher verhalten soll... Michael, der befürchtet, dass dieser Vorgang bei jedem Sektionsmitglied angewandt werden könnte, macht sich auf die Suche nach dem mysteriösen Gelman, dem Erfinder dieser Gehirnwäsche. Doch als Operations von Michaels Suche erfährt, gibt er den Befehl zu Michaels Beseitigung - an Nikita...
Nachdem Michael Operations ersten Beseitigungsversuch entkommen ist, lässt Operations alle laufenden Missionen aussetzen und schickt ein Team aus, das ihn erledigen soll. Michael gelingt es jedoch wieder dem beinahe sicheren Tod zu entkommen, doch diesmal kehrt er heimlich zum Hauptquartier zurück. Auf der Suche nach den Unterlagen, in denen die Formeln für die Rücknahme von Nikitas Programmierung beschrieben werden, ist Michael schockiert, als er erfährt, wer das erste Testobjekt war: Adrian, Gründerin von Sektion Eins, deren Versuch Operations zu stürzen vor zwei Jahren fehlschlug. Um ein Druckmittel gegen Operations zu erhalten entführt Michael Adrian, doch ihre Nützlichkeit erweist sich als äußerst eingeschränkt, als Michael entdeckt, dass ihr Gedächtnis gelöscht wurde.
Michaels Trumpfkarte im Kampf gegen Operations und Madeline ist Adrian, die nach ihrem missglückten Putschversuch gegen Operations vor zwei Jahren am Leben gelassen wurde, um als Testperson für die neuen Gedankenkontrollexperimente zu fungieren. Adrian ist somit die einzige lebende Person, die weiß, wie man die Gedankenkontrolle, der Nikita zur Zeit unterliegt, rückgängig machen kann. Michael bringt Nikita in seine Gewalt, hierzu fingiert er einen Einsatz der Sektion, die dies aber als Falle bemerkte und 3 Nikitas zum Einsatz schickte, aber Michael erkennt natürlich die richtige... Falls George entdecken würde, was mit ihr gemacht wurde, würde er Operations und Madeline sofort beseitigen lassen. Doch diese planen George zu beseitigen, bevor er gegen sie vorgehen kann. Michael kann dies aber verhindern, doch Adrian erleidet einen kompletten Gedächnisverlust - Michael bringt sie sicher in einer Pflegestelle unter und kehrt zum erstaunen aller mit Nikita in die Sektion zurück ! Da Operations und Madeline nichts von Adrians Zustand wissen, und George immer noch lebt, kann Michael sie "erpressen" ihm seinen Alten Posten zurück zu geben...
Michael erhielt von Adrian Anweisungen, wie er Nikitas Ursprungszustand wiederherstellen kann, doch er muss erst einen Weg finden, diese auszuführen, während er gleichzeitig für Operations auf Missionen geschickt wird. Denn, obwohl es Michael ermöglicht wurde, seinen alten Sektion-Status wiederzuerlangen, nachdem es zwischen ihm und Madeline und Operations zur Pattsituation gekommen ist, ist sein Kampf, Nikita wieder herzustellen, noch lange nicht vorbei. Mit dem Wissen, dass Nikita nur noch fünf Tage hat, bevor der Gedankenkontrollprozess permanent wird, senden Operations und Madeline Michael auf eine Mission, damit er so weit wie möglich von Nikita entfernt ist, um zu verhindern, dass er sich einmischt. Doch Michael verhindert ihren Plan, entführt Nikita und beginnt mit dem Deprogrammierungsprozess. Doch die Rückgängigmachung der Gedankenkontrolle erweist sich als schwieriger, als er je vermuten konnte...
Sektion Eins entdeckt, dass Helmut Volker, der reiche Erbe des Vermögens eines der größten europäischen Waffenhändler, Mitglieder der Roten Zelle zu seinen Freunden zählt. Aus Sorge, dass dadurch die Rote Zelle schon bald unbeschränkten Zugang zu modernen Waffen bekommen könnte, schickt Sektion Eins Michael und Nikita aus, um undercover in Helmuts palastartiges Anwesen einzudringen. Sie geben sich als Heroinhändler aus und Helmut verliebt sich Hals über Kopf in Nikita und hält schließlich um ihre Hand an. Operations beschließt, dass Helmut sich als permanente Informationsquelle als wertvoll erweisen könnte und befiehlt Nikita, dass Angebot anzunehmen. Doch nachdem er sein Leben riskiert hat, um Nikitas Gedächtnis wiederherzustellen, kann Michael da einfach so zusehen, wie Nikita jemand anderes zum Mann nimmt?
Als Michael und Nikita Helmut Volker zum ersten Mal trafen, hielten sie für einen verwöhnten, reichen Playboy mit einem großen Bekanntenkreis und einem ungesunden Interesse an Heroin und der Roten Zelle. Doch nachdem sie Helmut geheiratet hat entdeckt Nikita, dass Helmut in Wirklichkeit undercover für Interpol arbeitet und seine Motivation für die Heirat ihrer gleicht - sie ist Teil einer Mission. Ausserdem deckt er seinen jüngeren Bruder vor ihrem Vater, da dieser und nicht Helmut der böse Drogenhändler ist, aber auch der Liebling des kranken Vaters... Helmuts Bruder wird bei einem Raubüberfall getötet, hat die Sektion da ihre Finger im Spiel gehabt ? Als die Rote Zelle einen Bombenangriff auf ein Gebäude in den Haag plant, und Interpol (nach Manipulation durch Sektion Eins) sich weigert einzuschreiten, beschließt Helmut sein Leben zu riskieren, um sie aufzuhalten. Doch was wird Nikita tun, nachdem sie sich tatsächlich in ihn verliebt hat?
Operations vermutet, dass jemand versucht Willie Kane zu töten, einen ehemaligen Soldaten, der Operations Leben in einem Kriegsgefangenenlager in Vietnam gerettet hatte. Nach dem Krieg verwandelte sich Willie langsam in einen arbeitslosen Alkoholiker, der von Operations heimlich mit Geld unterstützt wurde. Als ein persönlicher Gefallen bittet Operations Michael und Nikita darum, Willie zu beschützen und herauszufinden, wer hinter ihm her ist - als Belohnung bekommen sie "2 Wochen Urlaub von der Sektion". Als sie den Auftrag annehmen müssen sie überrascht feststellen, dass Willie Verbindungen zum organisierten Verbrechen hat - und es sich bei ihm gar nicht um den Soldaten handelt, für den Operations ihn hält... Aber auch Walter hat ein Problem, Birkoff hat herausgefunden, dass er einen Zwillingsbruder hat : Jason. Walter erzählt ihm, dass seine Mutter eine ehemalige Sektionsagentin war, und die Kinder als Experiment getrennt wurden, einer wuchs in der Sektion auf, der andere in Freiheit.
Nikitas Zeit bei Sektion Eins steht vor dem Ende. Sie kommt in den Vorruhestand. Die Aufsicht hat ein neues Testprogramm entwickelt, um Mitarbeiter wieder in die Außenwelt zu entlassen und Nikita soll die erste Testkandidatin sein. Nikita vermutet, dass es sich nur um eine weitere Mission handelt, oder dass sie von Operations hereingelegt werden soll. Aber 6 Wochen vergehen, sie arbeitet als Verkäuferin in einem Buchladen, und auch das erste Date mit einem neuen Verehrer steht vor der Tür... Doch dann bekommt sie überraschend Besuch von George - er fordert ihre Rückkehr in die Sektion und die Beseitigung Operations. Zögernd willigt sie ein, doch kurz bevor sie den Attentatsversuch durchführen kann, erhält sie von Madeline Informationen über ihre Rekrutierung - und ihren angeblichen Vater : Operations !!
Die Sektion Eins Zentrale wird mit einem giftigen Gas geflutet, das Birkoff in letzter Sekunde eindämmen kann. Doch als langsam alle Zeichen einer Vireninfektion zeigen, schickt George ein Biotechteam, um Sektions Zustand "abzuschätzen", beginnend bei den Führungspersönlichkeiten und den besten Mitarbeitern. Doch Operations und Madeline vermuten einen Hinterhalt, als jeder Mitarbeiter, der sich der Überprüfung unterzieht mit Gedächtnisschwund zurückkehrt. Es liegt nun an Michael und Nikita herauszufinden, was wirklich passiert und eine Lösung dagegen zu finden, bevor jeder Sektionmitarbeiter dasselbe Schicksal ereilen wird...
Sektion Eins "Kommandantenklon" - ein Computer, der Operation Rolle im Fall seiner Ermordung übernehmen soll - wird gestohlen und man ist bestrebt ihn wiederzuerlangen, bevor es in die Hände der Roten Zelle gerät. Ein Sektion Vier Mitglied namens Jerome wird persönlich von George ausgewählt, um bei dem Einsatz zu helfen, doch Operations und Madeline sind erstaunt, als es sich bei ihm um einen zehnjährigen Jungen mit unglaublich starken telepathischen Kräften, die sogar Madeline für bedrohlich erachtet, handelt. Während einer Befragung benutzt Jerome seine Kräfte, um einen Rote Zelle Informanten gegen Madelines klaren Widerspruch zu töten. Nun erscheint der verlorenen Kommandoklon plötzlich unwichtig gegenüber der Bedrohung durch ein Sektionsmitglied, das die Möglichkeit besitzt alle innerhalb der Sektion zu töten...
Als Sektion Acht angegriffen und von einer Terroristengruppe namens Crystal Star vernichtet wird, unternimmt George neue Anstrengungen, um neues Einsatzpersonal zu rekrutieren. Operations und Madeline nutzen die Gelegenheit, um Michael und Nikita von Sektion Eins zu trennen, indem sie die beiden zur Farm schicken, auf der sie fünf junge Rekruten für eine Mission mit geringer Erfolgschance trainieren müssen. Die fünf Rekruten arbeiten nicht besonders gut zusammen und als Operations den Befehl zum Angriff auf Crystal Sky erteilt, glauben Michael und Nikita nicht, dass das Team schon für die Mission bereit ist. Doch sie haben keine Wahl und müssen das Versteck der Terroristen angreifen. Bei dem Einsatz werden Michael und Nikita dann gefangen genommen und es liegt in den Händen ihres Teams, eine Möglichkeit zur Rettung zu finden, oder sie werden alle sterben...
Sektion Eins hat eine größere Anzahl von Rote Zellen Untergruppen angegriffen, um Leon herauszulocken, den Chefstrategen der Roten Zelle, der sich seit Jahren vor ihnen verstecken kann. Nach dem letzten Angriff vermutet Madeline, dass es sich bei einem der Gefangenen um Leon handeln könnte. Dies wird schließlich auch durch einen DNA-Test bestätigt und sie kann mit ihrer Befragung beginnen. Doch im Gegensatz zu bisherigen Terroristen behandelt Madeline Leon anders und behandelt ihn wie einen Gast. Dies bringt Operations ins Grübeln, da er befürchtet, dass ihre unkonventionellen Methoden fehlschlagen könnten. Seine Ängste bestätigen sich, als Madeline sich emotionell zu Leon hingezogen fühlt und mit ihm aus der Sektion auszubrechen versucht und dabei jeden tötet, der ihr in die Quere kommt...
Vor etwas mehr als einem Jahr ist Michaels Mission mit Elena und ihrem Sohn Adam abrupt geendet, nachdem man ihren Vater, Salla Vacek, aus seinem Versteck locken und eliminieren konnte. Vaceks Bruder, der nun die Kontrolle über den "Familienbetrieb" übernommen hat, vermutet, dass Elena für den Tod ihres Vaters verantwortlich ist und beschließt sich an ihr zu rächen. Operations plant Vaceks Verdacht zu nutzen, um ihn herauszulocken und ebenfalls zu eliminieren. Er befiehlt Corliss, sich Elena und Adam zu nähern in der Hoffnung, dass er dabei ist, wenn Vacek auftaucht. Doch Michael traut Corliss nicht und widersetzt sich Operations striktem Befehl, sich nicht in die Mission einzumischen, um selbst für die Sicherheit der beiden zu sorgen...
Operations ist verblüfft, als Birkoff behauptet, dass Versteck des "Kardinals", dem Anführer der Roten Zelle, den Sektion Eins seit zwanzig Jahren sucht, aufgespürt zu haben. Doch Hillinger, Birkoffs Nemesis, der nun für die Aufsicht arbeitet, glaubt, dass Birkoffs Informationen falsch sind, und kann George davon überzeugen Operations daran zu hindern, die Ermittlungen fortzusetzen. Operations vermutet, dass George den Ruhm für den größten Anti-Terroreinsatz der Geschichte einstreichen will, und setzt sich über den Befehl hinweg, um alle Resourcen der Sektion für die Mission einzusetzen. Verärgert erklärt George den Krieg gegen Sektion Eins. Der Einsatz zur Ergreifung des Kardinals schlägt fehl, dieser bekam einen Hinweis in letzter Sekunde ! Operations lastet den Fehlschlag Birkoff an, dieser wird in den White Room zur Streichung gebracht. In letzter Sekunde, Birkoff hat die Giftspritze schon im Arm, erfährt er von der Warnung und gibt Birkoff eine letzte Chance den Kardinal noch mal zu finden. Nun liegt es an Operations und einigen wichtigen Mitgliedern, darunter Michael und Nikita, den Kardinal zu finden, bevor ihnen allen die sichere Eliminierung durch George droht. Hillinger sucht ihn ebenfalls, aber tritt in eine Falle von Birkoff, der ihn nicht zum Kardinal, sondern ins geheime Hauptquartier von Mr. Jones von der Aufsicht führt, dem Centre !!
Birkoff wird mit zwei Monaten Urlaub belohnt. Doch als eine Mission fehlschlägt wird sein Urlaub gestrichen und er muss innerhalb der Sektion verbleiben. Er hat ein Künstliches Intelligenz Programm entwickelt, das ihn während seiner Abwesenheit vertreten soll. Diese KI, die nun schon selbst denken kann, erkennt Birkoffs Frustration und Enttäuschung. Sie will alle "Gegner" von Birhoff töten, darunter auch Walter, der ihn in die Sektion brachte, und Michael, weil er zwischen Nikita und Birkoff stände... Für Birkoff selber bietet die KI die Freiheit an. Nachdem Michael einen Sabotageversuch am Hauptrechner durchführte, löst die KI für Sektion Eins den Selbstzerstörungsmechanismus aus. Michael, Nikita und Birkoff müssen nun die KI überlisten, bevor Sektion Eins und alle darin befindlichen Mitglieder vernichtet werden - und einer von ihnen wird sich für alle Opfern !
Einer der Center-Satelliten hat seinen Orbit verlassen und ist in der Nähe einer Kleinstadt in Tennessee, USA abgestürzt. Da er streng geheimes Material enthält muss er so schnell wie möglich geborgen werden. Michael und Nikita geben sich als Mitglieder des Nationalen Geographischen Instituts aus, um sich auf die Suche nach den Satelliten machen zu können, doch als sie an der Absturzstelle eintreffen, müssen sie feststellen, dass er schon entfernt wurde. Während sie ihre Ermittlungen fortsetzen, bemerken sie, dass sich die Einwohner der Kleinstadt sehr seltsam verhalten. Eine Recherche bestätigt ihre Vermutung, dass hier etwas Seltsames vorgeht - alle Einwohner der Stadt sind als tot aufgeführt! Doch wenn alle in der Stadt Betrüger sind, auf was sind dann Michael und Nikita zufällig gestoßen? Jason, Birkoffs Zwillingsbruder, wird von der Sektion entführt, oder besser gesagt gegen die Leiche von Birkoff ausgetauscht. Er erwacht morgens in der Sektion, und als Walter, Nikita und Michael ihn sehen, glauben diese einen Geist vor sich zu haben...
Quinn, Birkoffs Nachfolgerin, muss gleich an ihrem ersten Tag die Selbstzerstörung von Sektion Eins verhindern. Durch einen Überraschungsangriff wurde einer Untergruppe der Sektion zerstört und die Selbstzerstörungssequenz aus der Ferne aktiviert. Alles deutete darauf hin, dass die Rote Zelle dafür verantwortlich ist, doch als wenig später auch zwei Roten Zelle Untergruppen zerstört werden, dämmert es Operations und Madeline, dass eine mysteriöse dritte Gruppe aufgetaucht ist. Um diese neue Bedrohung zu bekämpfen, stimmen Operations und der Anführer der Roten Zelle einem Waffenstillstand überein und wollen zusammenzuarbeiten. Als gegenseitiger Vertrauensbeweis - und Pfand - wird jeweils die zweithöchste Einsatzkraft ("second in command") ausgetauscht - wodurch keiner einen Vorteil über dem anderen erhalten würde. Nachdem die Sektion den geheimnisvollen dritten gefangen hat - ein Computercrack, der dachte ein Spiel zu spielen - beschließt Operations diesen Waffenstillstand heimlich dazu zu benutzen, um die Rote Zelle entscheidend zu schädigen. Er lässt die Selbstzerstörung in der Roten Zelle Zentrale auslösen - doch bei seinem Plan könnte die ausgetauschte Einsatzkraft ebenfalls sterben : Madeline ...
Henry Collins ist ein einsamer, sozial geächteter Mann mittleren Alters, der seine gesammte Zeit damit verbringt, verletzte Tiere zu finden, sie wieder aufzupäppeln und sie in seinem Keller zu versorgen. Bei einer Mission zur Erlangung der Namensliste einer neu aufgetauchten Bright Star Terroristenorganisation, wird Nikita angeschossen und schwer verletzt. Bevor Sektion sie finden kann, wird sie von Henry gerettet und mit nach Hause genommen. Er entfernt ihren Sender und behandelt ihre Wunden. Ihm gelingt es Nikitas Zustand zu stabilisieren, doch er weigert sich, sie aus ihrem "Zoo" zu entlassen. Als Nikita von Sektion als Verlust abgeschrieben wird, verlangt Michael seine "15 Freitage" von Operations, um sich auf die Suche nach ihr zu machen. Doch gleichzeitig setzt Bright Star alles daran, um ihre Namensliste wiederzuerlangen, wodurch Michael gezwungen wird, Nikita vor ihnen zu finden. Henry bereitet unterdessen seine Hochzeit mit Nikita vor ...
Nach drei Jahren ist die Terrorgruppe "Freiheitsliga" wieder aufgetaucht und plant ein tödliches Gift von der Waffenhändlerin Krystal French zu kaufen. Sie arbeitet unter einem strengen Sicherheitsmantel und konnte so alle Festnahmeversuchen durch die Sektion entkommen. So ist der einzige Hinweis auf sie ihr Sohn David, der zur Zeit in einer Züricher Nervenheilanstalt sitzt. Nikita erhält den Auftrag in die Anstalt einzudringen, um mit Davids Hilfe das Versteck seiner Mutter zu finden. Um Nikitas Tarnung plausibler zu machen, wird ihre eine psychose-erzeugende Droge gespritzt. Die Infiltration verläuft erfolgreich, doch das Mittel, dass sie von der Psychose befreien soll, wird entdeckt und von einer Krankenschwester vernichtet. Wird es Nikita nun trotzdem gelingen ihre Mission zu erfüllen und das Krankenhaus wieder zu verlassen?
Sektion Eins hat die Bestätigung erhalten, dass der neue Anführer der Terroristenorganisation Rote Zelle Maurice Grenet ist und dass dieser plant einen Kurzbesuch bei der Hochzeit seiner Tochter in Tunesien abzustatten. Die Sektion erstellt Pläne um ihn zu eliminieren, aber die Mission schlägt fehl nachdem Nikitas Commset ausfällt und Grenet entkommt. Michael wird ausgesandt und entdeckt die verletzte Nikita, die durch eine Wunde viel Blut verloren hat. Aber eine weitere Untersuchung ergibt, dass Nikitas Verletzung nur oberflächlich ist und sie in Wahrheit eine Besprechung mit Grenet abgehalten hat, weshalb Michael vermuten muss, dass Nikita nun für die Rote Zelle arbeitet. Als Michael Nikita zur Rede stellt, gibt sie zu Grenet absichtlich geschont hat, da er für ihre Freiheit von Sektion Eins sorgen will. Plötzlich bricht Michael zusammen - betäubt von Nikita, die ihn wenig später der Roten Zelle ausliefert. Zurück in der Sektion löscht sie alle ihre Personaldaten mit Hilfe einer Rote Zelle-CD, und schlägt Madeline nieder, die sie dabei erwischt. Jason's Freundin wird von der Sektion gefangen genommen - um ein Druckmittel gegen ihn in der Hand zu haben, damit er noch besser kooperiert. Er wird optisch näher zu Birkoff modifiziert, um Center zu täuschen, die nicht wissen das Birkoff tot ist, und so einen Spion dort einzuschleusen...
Nikita ist endlich die Flucht aus Sekiton Eins gelungen. Ihre persönlichen Daten wurden vernichtet, der Peilsender entfernt und, dank einer plastischen Operationen, ihr Aussehen verändert. Sie könnte jeder sein, überall. Das Scheitern von Nikitas wiederfindes würde Operations und Madelines Herrschaft über Sekiton Eins beenden. Nachdem Michael seinen Aufenthalt bei der Roten Zelle überlebt hat, wird er beauftragt zusammen mit Quinn Nikita zurück zu bringen. Ihre erste Mission erweist sich als Misserfolg und während der Nachbesprechung wachsen Michaels Zweifel an Quinns Wissen und Fragen über Nikita. Er erkennt plötzlich, dass Nikita sich direkt vor ihren Augen als Quinn versteckt hat. Nachdem er sie in seinem Büro zur Rede gestellt hat, überredet sie ihn mit ihr zusammen zu fliehen. Michael tötet dabei Davenport... Nun hat die Sektion zwei verschwundene Einsatzkräfte - und von der Oberaufsicht ist George auf dem Weg um herauszufinden warum... Aber Ops hat andere Pläne mit George, dank Jason hat er die Info, das George ein Maulwurf für die Rote Zelle ist ! Walter findet heraus, das Jasons Freundin gar nicht von der Sektion entführt wurde, sondern dass sie eine Sektionsagentin ist !
Michael und Nikita sind von Ort zu Ort gereist, immer einen Schritt vor den Versuchen von Sektion Eins sie aufzuspüren. Als George eliminiert wurde, nachdem er Informationen an die Rote Zelle weitergegeben hat um Sektion Eins zu diskreditieren, gelingt es dem wieder eingesetzten Operations und Madeline Michael und Nikita zu finden und sie zurück ins Hauptquartier zu bringen. Gerade als Michael und Nikita beseitigt werden sollen, fallen alle Systeme aus. Mr. Jones, der mysteriöse Anführer des Center, ist auf dem Weg zu Sektion Eins um eine Untersuchung durchzuführen und hat deshalb die Basis in Stase versetzt. Als Jones eintrifft offenbart er, dass Nikita in den letzten drei Jahren heimlich fürs Center gearbeitet hat. Nikita hilft Jones, und die Dinge ändern sich radikal : Operations wird gezwungen die nächsten sieben Jahre in Sektion Eins zu verbringen. Madeline begeht lieber Selbstmord, anstatt beseitigt zu werden. Walter wird auf die Farm versetzt, in der er neue Einsatzkräfte trainieren darf. Michael wird auf eine Selbstmordmission entsendet, damit er sein Leben als Soldat beenden kann. Aber sehr zu Michaels Überraschung wird er in letzter Sekunde von Nikita gerettet, die ihm seine Freiheit anbietet. Unglücklicherweise kann sie nicht mit ihm kommen. Um ihm bei seiner Entscheidung zu helfen, muss sie Dinge sagen, an die sie nicht wirklich glaubt, aber immerhin wird einer von ihnen endlich frei sein...