Commander Benjamin Sisko hat seine Frau durch Picards Schuld beim Angriff der Borg verloren. Nun überträgt ihm Picard das Kommando über die Raumstation Deep Space Nine. Die Cardassianer haben die Station in der Nähe des Planeten Bajor geplündert zurückgelassen.
Auf dem Rückkflug von einem Erkundungsflug verlieren Commander Sisko und Lieutenant Dax mitten im Wurmloch die Kontrolle über ihr Shuttle. Sie landen auf einem merkwürdigen Planeten. Sisko trifft dort auf eine außergewöhnliche Lebensform.
Der Bajoraner Tahna Los, ein Mitglied der Kohn-Ma, des bajoranischen Wiederstands, kommt nach DS9. Anders als Kira hat er den Weg der Gewalt noch nicht aufgegeben, sonder kämpft auch weiterhin gegen die Feinde seiner Heimat. Darunter versteht er jeden, der nicht von Bajor stammt. Da das Wurmloch, die Heimat der bajoranischen Propheten, den Planeten für andere Spezies wieder interessant macht, setzt er nun alles daran es zu vernichten.....
Sternzeit: 46421.5 Als Odo auf der Promenade auf den Schwarzmarkthändler Ibudan stößt, kommt es zu einer heftigen Auseinandersetzung. Wenig später ist Ibudan tot und der Verdacht fällt auf Odo! Sisko und seine Freunde halten zwar zu Odo, aber während der Untersuchung wird der Gestaltwandler seines Postens enthoben und der aufgebrachte Mob schreit bereits nach seinem Kopf. Tatsächlich aber steckt Ibudan selbst hinter seiner Ermordung...................
Eine Nahrungsverteilermanipulation, die bereits beim Bau von DS9 von im Untergrund kämpfenden Bajoranern angebracht wurde, wird versehentlich von O'Brien aktiviert. Dadurch wird ein Virus verbreitet, der beim Opfer zunächst das Sprachzentrum lahmlegt und dann den Tod bringt. Kira reist nach Bajor, um den Assistenten des Entwicklers zu finden, der ein Gegenmittel herstellen soll...
Durch das Wurmloch kommt erstmals Besuch aus dem Gamma-Quadranten. Tosk dockt mit seinem havarierten Schiff auf der Station an und empfängt widerwillig fremde Hilfe. Während O'Brien und Tosk sich einwenig näher kommen, tauchen weitere Fremde aus dem Gamma-Quadranten auf. Sie sind gekommen um Tosk zu jagen, wie sich herausstellt wurde Tosk nur zu diesem Zweck geschaffen! Als er nun in schmachvolle Gefangenschaft übergeben werden soll, befreit O'Brien den Fremden.......
Vash, die für Picard einst viel empfand, taucht aus dem Gamma-Quadrant auf und kommt nach DS9. Zusammen mit Q hat es sie in diesen Teil des Universums verschlagen, wo sie auf die Jagd nach wertvollen Artefakten waren. Da sie Q nun überdrüssig ist, will sie ihn loswerden, aber so leicht gibt der omnipotente Q nicht auf. Während er noch Sisko und seine Leute mit seinen Spielchen nervt, taucht eine Gefahr ungleich größeren Ausmaßes auf........................
Dax wird von Ilon Tandro des Mordes an seinem Vater beschuldigt. Er wünscht eine Bestrafung, gemäß den Traditionen seines Volkes. Da Jadzia. die über die Taten ihres Vorgängers Curson natürlich Bescheid weiß , schweigt, kommt es zur Verhandlung. Erst als die Frau des Ermordeten auftaucht, wird klar, das Curson Dax unschuldig war, denn er hatte eine Affäre mit ihr und dadurch ein Alibi. Jadzia hat geschwiegen um das Ansehen der Frau zu schützen........................
Ein Transportschiff der Kobliader gerät in not. Auf DS9 versucht man, den Leiten zu helfen, wobei Dr. Bashir schließlich den Tod des Schwerverbrechers Rao Vantika feststellt. Seine Bewacherin ist jedoch noch immer überzeugt, er eine große Bedrohung darstellt! Tatsächlich ist es auch so, denn Vantika kann seinen Körper verlassen und von anderen Besitz ergreifen. Dr. Bashir schein der geeignete Kandidat zu sein...............
DS9 erhält Besuch von einer offiziellen Delegation aus dem Gamma-Quadranten. Die Wadi sind jedoch sind jedoch nicht an diplomatischem Geschwätz interessiert, sondern fühlen sich weit mehr von Quarks Bar angezogen. Dort drängen sie dem Ferengi ein Spiel auf, bei dem schließlich Sisko und seine Leute um ihr Leben kämpfen........
Der große Nagus, das Oberhaupt der Ferengi, kommt nach DS9. Als er stirbt erklärt er Quark zu seinem Nachfolger. Dieser sieht sich am Ziel seiner Träume, muss aber schnell feststellen, dass Neid und Missgunst den Ferengi alles andere als fremd sind. Als sogar Rom versucht Quark zu beseitigen, um ihn so zu beerben, taucht der Nagus wieder auf! Er hat seinen Tod nur vorgetäuscht, um zu sehen wie sich sein Sohn in dieser Situation verhalten würde.............
Bei einem Treffen zweier Maradorner wird einer von Croden erschossen. Odo nimmt den Mann fest, woraufhin im dieser gesteht, ihm die Heimat der Gestaltwandler zeigen zu können. Als Odo mit dem Mann aufbricht, um ihn der Gerichtsbarkeit zuzuführen, werden sie angegriffen und sind gezwungen, zu eben jenem Planeten zu fliegen. Dort befindet sich jedoch nur Cordens Tochter in Stasis, woraufhin Corden erklärt, ein politischer Flüchtling zu sein. Auf Grund dieser Tatsache lässt Odo die beiden frei...................
Zusammen mit Kai Opaka, der religiösen Führerin Der Bajoraner, machen Sisko Kira und Bashir einen Ausflug in den Gamma-Quadranten. Als sie auf einem Planeten notlanden müssen, geraten sie inmitten ewig währender Kämpfe, da die Toten der verfeindeten Parteien immer wieder auferstehen. Als auch die Kai stirbt und wiederauferstehet, muss sie auf dem Planeten bleiben. sie entschließt sich einen Friedensprozess anzustrengen.....
Chief O'Brien und Dr. Bashirreagieren auf einen Notruf eines bajoranischen Dorfes. Dort erfahren sie, dass das Dorf einmal im Jahr für fünf Tage von einem mythologischen Wesen namens Dal'Rok angegriffen wird. Da der Sirah, der bisher gegen den Dal'Rok anging, dem Tode nahe ist, wählt er O'Brien als seinen Nachfolger aus.......
Der bajoranische Mond Jerrado soll evakuiert werden, da dieser für den Aufschwung des Planten zu einem Kraftwerk umfunktioniert werden soll. Kira erhält die Aufgabe, für die Evakuierung zu sorgen, stößt aber bei dem alten Farmer Mullibok auf erheblichen Widerstand. Während sie bei Mullibok lebt und ihn kennen lernt, ist Kira zwischen ihrer Pflicht und ihrem Gewissen hin und her gerissen. Am Ende jedoch sorgt sie dafür, dass auch Mullibok den Mond verlässt......
Auf DS9 geschehen merkwürdige Dinge: die Träume und Phantasien der Besatzung werden real, sodass man sowohl Rumpelstilzchen stößt, aber auch mit einer gefährlichen Subraumverschiebung, die die Station vernichten könnte, zurechtkommen könnte. Sisko findet schließlich heraus, dass telepathisch veranlagte Außerirdische dies alles haben war werden lassen, um so mehr über die Menschen zu erfahren.......
Lwaxana Troi kommt nach DS9. In Odo findet sie auch sofort einen adretten Mann, der ihr sehr zusagen würde. Natürlich ist der Constable nicht erpicht darauf, eine Beziehung zur Botschafterin zu beginnen. Beider werden aber doch zu Freunden, als sich eine Krisensituation einstellt und Lwaxana sich um den in seinen flüssigen Zustand zurückkehrenden Odo kümmert .......
Nachdem ein klingonisches Schiff durch das Wurmloch stößt, kommt es auf DS9 zu Kämpfen. Die tote Besatzung hat offenbar etwas mit sich gebracht, das nun dafür sorgt, dass Bajoraner und Menschen gegeneinander vorgehen. Lediglich Odo bleibt davon unbeeinflusst. Er muss nun versuchen, ein Gegenmittel zu finden, bevor es erste Tote gibt.......
Der Cardassianer Gul Darheel kommt auf die Station. Sofort wird er wegen Kriegsverbrechen festgenommen, aber als Kira den Mann verhört, wird ihr mehr und mehr klar, dass sie einem raffinierten Lügengebilde aufgesessen ist. Darheel ist in Wirklichkeit Marritza, ein kleiner Datenverarbeiter, der für die kollektive Schuld seines Folkes Buße tun will........
Vedek Winn besucht die Station und sorgt für Aufruhr, weil sie die blasphemischen Lehren der ansässigen Schule nicht für gut befinden kann. Als dies Vedek Bareil, ihren Gegner bei der Wahl zum nächsten Kai, auf den Plan ruft, wird ein Attentat auf ihn verübt. Es kann in letzter Minute abgewendet werden......