Als die Voyager auf ein Territorium stößt, in dem auf mehrere Lichtjahre weder Sterne noch Planeten zu finden sind, beginnt eine Reise in eine lange Nacht. Die wird auf Dauer so nerven zermürbend, dass sich bei einzelnen Crewmitgliedern Anzeichen von Klaustrophobie bemerkbar machen, während sich Janeway für immer längere Zeiträume in ihr Quartier zurückzieht und von Zweifeln geplagt wird, ob sie immer die richtige Entscheidung getroffen hat. Mit jedem weiteren Tag in der absoluten Finsternis droht das Ende für die Voyager näher zu rücken...
Die unbeabsichtigte Kombination des Holo-Emitters mit Sevens Nanosonden führt zur Entstehung einer Borg-Drohne des 29. Jahrhunderts. Die Crew steht damit vor dem Problem, sich gegen eine übermächtige Borg-Drohne zur Wehr zu setzen, die zu allem Oberfluss auch noch ein Signal aussendet, das andere Borg herbeilockt..
Während Tom Paris den Delta Flyer als neues und besonders robustes Shuttle entwirft, um eine Sonde aus der Atmosphäre eines Gasriesen zu bergen, verhält sich B'Elanna zunehmend selbst zerstörerisch. Der Grund für ihr Verhalten ist zunächst nicht klar, bis Chakotay dahinter kommt, dass sie von massiven Schuldgefühlen geplagt wird, da eine Nachricht aus dem Alpha-Quadranten besagte, dass das Dominion die Maquis-Rebellen vollständig ausgelöscht hat...
Die Voyager stößt auf ei ne Art Trainingslager der Spezies 8472, dessen Zweck es ist, menschliches Verhalten einzustudieren. Fernziel ist eine Invasion der Erde durch Spezies 8472, was Janeway und ihre Crew unter allen Umständen verhindern müssen. Der Versuch, sie auf friedliche Weise davon abzubringen, scheint recht aussichtslos...
Als der Delta-Flyer abstürzt und sich Ensign Wildman mit an Bord befindet, muss sich Neelix um ihre Tochter Naomi kümmern. Um sie von den Sorgen an Bord der Voyager abzulenken - immerhin bestehen ernsthafte Zweifel, die Crew des Delta-Flyers lebend wieder zu sehen -, unterhält Neelix Naomi mit einem Holomärchen...
Ein neuer Antrieb bringt Kim, Chakotay und den Doctor in einem Shuttle binnen kürzester Zeit zurück zur Erde, während die Voyager sich in einen Eisplaneten bohrt, wobei die gesamte Crew ums Leben kommt. Kim und Chakotay fühlen sich schuldig an diesem Unglück und kehren gegen den ausdrücklichen Befehl der Starfleet in den Delta-Quadranten und die Vergangenheit zurück, um die Voyager daran zu hindern, diesen Antrieb zu aktivieren...
In einem zerstörten Borg-Würfel entdeckt die Voyager-Crew ein so genanntes Vinculum, das die Borg an Bord eines Würfels miteinander verbindet. Die Bergung des Vinculums löst bei Seven of Nine eine Veränderung aus, da plötzlich andere Persönlichkeiten in ihr durchbrechen und die Oberhand über sie zu gewinnen drohen. Für die Voyager-Crew ist höchste Eile geboten, da die Gefahr besteht, dass Sevens eigentliche Persönlichkeit verloren geht...
B'Elanna wird von einem Alien angefallen, der sich an ihr so festsetzt, dass der Doctor keine Möglichkeit sieht, den Alien zu entfernen, ohne B'Elanna in Gefahr zu bringen. Er aktiviert schließlich das Hologramm eines cardassianischen Arztes, der auf diesem Spezialgebiet versiert ist. B'Elanna ist aber von der Idee, dieses Hologramm zu benutzen, nicht mehr so angetan, als ihr klar wird, dass der cardassianische Arzt ein geistiger Verwandter von Josef Mengele ist und er sein Wissen auf Kosten wehrloser Opfer erlangt hat...
Die Voyager stößt auf eine Wasserwelt, die von den Moneanern bewohnt wird. Die idyllisch wirkende Welt ist aber in akuter Gefahr, da die Bewohner Raubbau an der Natur betreiben und nicht einsehen wollen, dass sie auf Dauer ihre Heimatzugrunde richten. Paris ist entschlossen, sie zur Vernunft zu bringen und taucht mit dem Delta Flyer in die Wasserwelt hinab. Bevor er aber seinen Plan umsetzen kann, wird er auf die Voyager zurückgeholt, wo er für dreißig Tage in die Arrestzelle wandert und zum Ensign degradiert wird...
Die Voyager durchquert das Territorium der Devore, die das Schiff wiederholt nach Telepathen durchsucht, da Telepathie den Gesetzen der Devore zufolge unzulässig ist. Um die Telepathen, die an Bord des Schiffes heimlich befördert werden, nicht der Entdeckung preiszugeben werden sie in Stasis versetzt. Die gesamte Situation erlebt eine absurde Wende, als der Leiter des Suchteams plötzlich Janeway um Asyl auf der Voyager bittet...
Der Doctor hat ein neues Hobby entdeckt: holographische Fotografien. Als er einige Aufnahmen macht, muss er jedoch feststellen, dass sein Gedächtnisspeicher manipuliert worden ist. Er beschließt, der Sache auf den Grund zu gehen, um herauszufinden, wer ihn manipuliert hat und warum. Als seine Falle zuschnappt, ist er höchsterstaunt über die Identität des Täters...
Aliens dringen in das gerade aktive Captain Proton Programm ein, das Paris auf dem Holodeck laufen lässt. Da sie mit dem Prinzip des Holodecks nicht vertraut und selbst aus genau der Materie bestehen, aus der sich auch Holodeck-Wesen zusammensetzen, glauben sie, in einer realen Welt gelandet zu sein. Um zu verhindern, dass den Aliens etwas geschieht, muss Janeway in der Maske der Königin Arachnia das Holodeck betreten und Chaotica von seinem schändlichen Treiben abhalten...
Tuvok, Paris und der Doctor geraten in eine Anomalie und stürzen auf einem Wüstenplaneten ab, von dem es scheinbar kein Entkommen gibt. Während auf der Voyager alles unternommen wird, um das Shuttle zurückzuholen, machen die drei Gestrandeten die Bekanntschaft mit einerjungen Frau namens Noss. Die verliebt sich in Tuvok und tatsächlich sieht es so aus, als würde der Vulkanier für sie ebenfalls etwas empfinden...
Die Voyager stößt auf eine Lebensform, die sich nicht als solche erkennt, da sie durch geistige Projektion auf die Crew wie ein Wurmloch wirkt, das in den Alpha-Quadranten zurückführt. Seven of Nine, Naomi Wildman und der Doctor erkennen als einzige die Wahrheit, werden jedoch von der Crew mundtot gemacht. Es gelingt ihnen jedoch, mit dem Captain eines anderen Schiffs Kontakt aufzunehmen, der diese Lebensform seit langem verfolgt, um sie endlich zu vernichten...
Nachdem die Voyager einem Borg Schiff begegnet ist, wird die Überlegung laut, von diesem Schiff eine Transwarpspule zu stehlen. Während auf dem Holodeck immer und immer wieder der Ablauf dieser Aktion präzise geprobt wird, erhält Seven of Nine eine Nachricht vom Kollektiv. Die Borg-Königin (Susanna Thompson) macht ihr das Angebot, die Voyager-Crew unbehelligt weiterreisen zu lassen, wenn Seven zum Kollektiv zurückkehrt. Als der Plan in die Tat umgesetzt wird, will Seven of Nine auf dem Borg-Schiff zurückbleiben...
Seven of Nine hat die Rechnung ohne Janeway gemacht, denn nachdem sich die Ex-Borg auf den Handel eingelassen hat und zum Borg-Kollektiv zurückgekehrt ist, setzt Janeway alles daran, Seven zurückzuholen, da sie sicher ist, dass sie nicht aus freien Stücken gegangen ist. Seven tritt unterdessen der Borg-Königin gegenüber, die von Seven alle Erkenntnisse über die Menschen erfahren will, um einen Weg zu finden, die Menschheit letztlich doch noch zu assimilieren....
Kim geht eine intime Beziehung zu Derran Tal ein, eine Angehörige der Spezies der Varo, die auf einem Generationenschiff leben. Zu der Tatsache, dass Kim mit seinem Verhalten gegen das Starfleet-Protokoll verstoßen hat, gesellen sich weitere Probleme: Zwischen Kim und Derran ist eine gegenseitige, biochemische Abhängigkeit eingetreten, außerdem droht diese Verbindung die Besatzung des Varo-Schiffs zu spalten...
Nachdem Paris und B'Elanna geheiratet haben, breiten sich an Bord der Voyager unerklärliche Phänomene aus. Nicht nur die gesamte Struktur des Schiffs wird zunehmend instabiler, auch die Besatzung droht, sich förmlich aufzulösen. Das Ende scheint unausweichlich, als der Notruf der Voyager von einem anderen Schiff aufgefangen wird: der Voyager...
Beim Boxtraining auf dem Holodeck nimmt eine telepathische Spezies Kontakt mit Chakotay auf. Um die Voyager durch ein Gebiet zu bringen, in dem das Chaos herrscht, will Chakotay mit den Fremden in Kontakt bleiben. Während er daraufhin in einer Vision als "Maquis Mauler" gegen "Kid Chaos" in den Ring steigt, herrscht Ungewissheit darüber, ob er nicht möglicherweise den Verstand verliert...
Als sich die Voyager in einer ausweglosen Situation befindet, da das Schiff immer wieder von anderen Schiffen unerbittlich angegriffen wird, wendet sich Janeway an die "Denkfabrik". Dabei handelt es sich um eine einzigartigen Gruppe von Aliens, die unter der Führung des Alien Kurros (Jason Alexander) in der Lage sind, für jedes Problem eine Lösung zu finden. Das einzige Problem ist der Preis, den Kurros verlangt: Er will Seven of Nine zum Mitglied seiner Gruppe machen...
Die Voyager-Crew begibt sich an Bord eines defekten Mülltransportschiffs der Malon, um den Teil der Ladung zu sichern, der den gesamten Sektor verseuchen und sämtliches Leben auslöschen könnte. Die Besatzung des Transporters warnt das Voyager-Team vor einem unheimlichen Wesen, das in den Korridoren des Schiffs sein Unwesen treibt...
Seven of Nine möchte ihre menschlichen Verhaltensweisen erweitern und bittet den Doctor, ihr Unterricht darin zu erteilen, wie man sich mit einem Mann verabredet und wie man sich bei einem solchen Rendezvous zu verhalten hat. Der Doctor nimmt sich dieser Herausforderung an, muss aber erkennen, dass er sich schon längst in Seven verliebt hat...
In einer ruhigen Minuten erzählt Captain Janeway ihrer Seniorcrew die Geschichte ihrer Urahnin Shannon O'Donnell und deren erster Begegnung am Silvesterabend 1999 mit Henry Janeway, einem altmodischen Buchhändler, der mit aller Macht versucht, den Bau des Millennium Gate zu verhindern...
Captain Braxton vom Föderationsschiff Relativity aus dem 29. Jahrhundert nimmt mit Seven of Nine Kontakt auf, damit sie in der Zeit zurück reist und auf der Voyager nach einem Saboteur Ausschau hält, der vor dem Flug des Schiffs in den Delta-Quadranten an Bord eine Bombe versteckt hat, die das Schiff in Kürze zerstören wird. Nach mehreren fehlgeschlagenen Anläufe schafft sie es, den Attentäter zu entlarven und macht dabei eine höchst überraschende Entdeckung...
Auf einem Planeten entdeckt die Voyager-Crew einen Marschflugkörper, der offenbar Intelligenz besitzt. Der Doctor setzt sich dafür ein, dass die Waffe an Bord genommen wird, um sie zu "heilen". Seine guten Absichten werden aber missbraucht, da die künstliche Intelligenz des Flugkörpers den Doctor in ihre Gewalt bekommt und mit seiner Hilfe ihre tödliche Mission ausführen will..
Die Crew der Voyager stößt im Delta Quadranten auf die U.S.S. Equinox, ein weiteres Föderationsschiff, dessen Captain Ransom sich nicht annähernd so sehr an die Richtlinien der Starfleet gehalten hat, wie Janeway das seit fünf Jahren macht. Um nach Hause zu kommen, ist der Equinox-Crew praktisch jedes Mittel recht. So hat sein Verhalten unter anderem dazu geführt, dass sein Schiff von einer Spezies namens Ankari angegriffen wird. Ransom bringt Seven of Nine und den Doctor in seine Gewalt und tritt die Flucht an...