Unimatrix Zero, eine Einrichtung für gewisse Borg des Kollektivs, ist bedroht durch die Borg-Queen, welche diese Einrichtung auf jeden Fall zerstören will. Währenddessen versucht Janeway das Kollektiv zu infiltrieren, indem sie als Borg-Drohne auf eine Undercover-Mission geht. Als die Borg-Königin dies entdeckt, will sie sogar über ihre eigene Leiche gehen, um die Unimatrix Zero und Janeway zu stoppen...
Als das Kortikalimplantat von Seven nicht mehr arbeitet, versucht die Crew, einen Ersatz zu finden, zum Beispiel von einem toten Borg. Dies geht jedoch nicht - ein Implantat eines lebenden Borgs ist notwendig. Für Seven sieht es schlecht aus - sie muss wohl sterben, aber bevor das passiert, rettet Icheb sie, indem er sein eigenes Implantat entfernt. Ihm ist es wahrscheinlich möglich zu überleben, weil er nie komplett assimiliert wurde...
Paris nimmt mit dem Deltaflyer an einem Rennen teil. Für die organisierende Spezies ist dieses Rennen eine Friedensfeier nach vielen Jahren des Krieges. Torres wird Toms Co-Pilot. Auch Harry nimmt teil - er geht mit einer weiblichen Pilotin ins Rennen, weil alle ihre Co-Piloten verletzt sind. Allerdings stellt sich heraus, dass sie feindlich gesinnt ist und versucht, den Frieden zu zerstören...
Immer mehr Crewmitglieder werden bewusstlos aufgefunden, auch Chakotay. Seltsamerweise sind nur einige Marquis betroffen. Zu spät findet Janeway heraus, das die Marquis einer Gehirnwäsche unterzogen werden. Schließlich starten sie unter der Leitung von Chakotay eine Rebellion...
Der mobile Emitter des Doktors wird gestohlen und dem Leiter eines Hospitalschiffes verkauft. Dort soll sich der Doktor um drei Kranke kümmern. Da die Medikamente nicht reichen, bestimmt ein Computer namens Allocator den "Behandlungs-Koeffizienten" eines jeden Patienten. Beruf, Fähigkeiten und die Bedeutung für die Gesellschaft entscheiden darüber wer Medikamente bekommt....
Statt der üblichen Föderationsdaten wird der Voyager diesmal ein Hologramm von Reginald Barclay geschickt. Der Holo-Barclay erzählt von einem Plan der Föderation, die Voyager über einen Veteronstrahl, der zwischen zwei roten Sonnen erzeugt wird, in den Alpha-Quadrant zurück zu hohlen. Was keiner ahnt: Ein paar Ferengi hatten Barclays Hologramm abgefangen und verändert. Sie wollen Sevens Nanosonden. Die Crew aber würde den Raumsprung nicht überleben...
Während sie auf dem Delta Flyer einige Experimente durchführen, werden Seven of Nine, Harry Kim und der Doktor von einer Rasse aus dem Delta-Quadranten angegriffen, welche "photonische Wesen", wie der Doktor eines ist, als Todfeinde sehen. Die Zeit drängt und der Doktor muss einen Weg finden, seine holographische Existenz zu verbergen, in dem er über Sevens Borg-Implantate die Kontrolle über ihren Körper übernimmt und so versucht, zu überleben...
Auf der Suche nach Dilithium geraten Neelix, Seven of Nine und Harry Kim mit dem Delta Flyer in ein Gefecht zwischen zwei bisher unbekannten Völkern des Delta Quadranten. Kim gelingt es, ein Krayon-Schiff vor der Zerstörung zu bewahren, die Kommando-Crew wird aber getötet und benötigt nun einen neuen Captain. Kim bekommt das Angebot, neuer Kommandant des Schiffes zu werden, welches er dadurch, dass er während seiner Sternenflotten-Karriere stets nur ein Fähnrich war, schließlich ohne langes Zögern annimmt. Doch schon bald bekommt er in einem komplizierten und gefährlichen Konflikt die Last, die ein Captain nicht selten ertragen muss, zu spüren...
Die Voyager eilt einem Hirogen-Schiff zu Hilfe, das von Hologrammen angegriffen wurde. Eigentlich waren diese Hologramme als Beute gedacht, doch sie haben sich selbstständig weiterentwickelt und nehmen jetzt Rache an ihren Schöpfern. Iden, der Anführer der Hologramme, entführt den Doktor - der soll Verwundete reparieren. Vom Elend der Hologramme gerührt, schlägt sich der Doktor auf die Seite seiner Entführer ...
Iden, der Anführer der Hologramme, holt auch noch Torres gegen ihren Willen auf sein Schiff. Er will ihr Wissen über Holotechnologie nutzen, da die Hologramme auf der Suche nach einem neuen Planeten sind. Dabei verspricht er Torres und dem Doktor, dass sie jederzeit mit der Rettungskapsel auf die Voyager zurückkehren können. Doch schon bald stellt sich heraus, dass Iden nicht nur gute Absichten hegt. Es kommt zum erbitterten Endkampf zwischen Hirogen und Hologrammen ...
Die Voyager wird durch den Blitzschlag einer temporalen Anomalie in verschiedene Zeitrahmen zersplittert. Einzig Chakotay, der sich verletzt hat und vom Doktor ein Serum gespritzt bekam, ist es möglich, von einem Zeitrahmen in den nächsten zu gelangen. Nach längerem Suchen findet er die Voyager schließlich im Hauptzeitrahmen. Dort ist das Schiff immer noch auf der Jagd nach dem Maquis. Für Captain Janeway ist Chakotay deshalb ein Feind, den es auszuschalten gilt ...
Torres ist schwanger - sie und Paris freuen sich sehr auf das Baby. Doch dann sieht Torres, dass ihr Kind die klingonischen Stirnwülste hat. Sie erinnert sich schlagartig an ihre eigene Kindheit, als sie von ihren Spielkameraden wegen ihrer Abstammung ständig gehänselt wurde. Sie glaubte sogar, dass ihr Vater damals ihretwegen die Familie verlassen hat. Torres will ihrer Tochter ein solches Schicksal ersparen: Sie beschließt, die Gene des Kindes zu verändern ...
Aufgrund eines Notrufs wird eine Gruppe Männer auf die Voyager gebeamt. Es handelt sich bei ihnen um den Gefängnisdirektor Yedig und mehrere zum Tode verurteilte Mörder. Nachdem alle Sträflinge überwältigt und eingesperrt werden konnten, versorgt sie Neelix mit Nahrung. Dabei schließt er Freundschaft mit dem Mörder Iko, der aufgrund seiner Herkunft seine Tat mit dem Tod bezahlen muss. Da Neelix davon überzeugt ist, dass Iko einen guten Kern hat, versucht er, ihm zu helfen ...
Die Voyager trifft auf ein klingonisches Schiff, dessen Besatzung seit mehr als 100 Jahren auf der Suche nach Kuvah'Magh, der Erlöserin, ist. Der klingonische Captain Kohlar glaubt, in Torres' Kind die Erfüllung der Prophezeiung gefunden zu haben. Einiges deutet darauf hin, dass er Recht hat, doch T'Greth ist misstrauisch - schließlich ist Torres nur Halbklingonin. Er fordert Paris, den Vater, zu einem Kampf auf Leben und Tod heraus ...
Die Voyager und einige andere Schiffe werden durch eine Art Trichter in eine Umgebung hineingezogen, die die "Leere" genannt wird. Alle Versuche zu entkommen schlagen fehl. Während Valen, Captain eines ebenfalls betroffenen Schiffes, als einzige Überlebenschance sieht, andere Schiffe auszuplündern, sucht Captain Janeway mit Hochdruck nach Alliierten, um sich aus der misslichen Lage zu befreien. Doch gibt es wirklich noch einen Ausweg aus dieser prekären Situation?
Als Kim, Chakotay und Neelix von einer Außenmission zurückkehren, finden sie die Voyager verlassen vor - nur der Doktor ist noch an Bord. Er berichtet, dass die Voyager angegriffen und durch eine Tetrion-Strahlung verseucht wurde. Kim und Chakotay orten die verschwundene Besatzung schließlich auf einem Planeten, wo sie als Arbeiter eingesetzt sind. Allerdings erkennen sie sich nicht mehr und können sich auch nicht mehr an ihre Zeit auf der Voyager erinnern ...
Die meisten Voyager-Mannschaftsmitglieder wurden durch Gehirnwäsche zu willenlosen Arbeitern der Quarren gemacht. Chakotay, Harry Kim, Neelix und der Doktor versuchen alles, um die Crew wieder zurück zur Normalität und zum Schiff zu bringen. Chakotay unterzieht sich einer Gesichtsoperation, um auf das Quarren-Schiff zu gelangen und lässt sich auch durch eine Verwundung nicht stoppen. Währenddessen sammeln sich bereits die Streitkräfte der Quarren ...
"Seven of Nine" möchte mit Hilfe eines Holodeckprogramms menschlicher werden. Nachdem sie keine Borgimplantate mehr hat, ist sie im Begriff, ein Verhältnis mit Chakotay anzufangen. Leider haben ihre holographischen Fantasien auch Nachteile: Sie ist von ihren Pflichten abgelenkt und bringt die Voyager durch ihre Fehler in gefährliche Situationen. Als "Seven of Nine" plötzlich kollabiert, stellt der Doktor fest, dass sich ihr Kortikalknoten einfach abgeschaltet hat ...
Die Voyager bekommt Besuch von Q2, dem Sohn von Q. Trotz mehrmaliger Mahnungen von Captain Janeway bricht Q2 jede Regel auf dem Schiff und macht, wozu er Lust hat. Als Janeway sich bei Q beschweren will, entwendet dessen Sohn ein Shuttle und fliegt zusammen mit Icheb einfach davon. Unterwegs greift er aus einer Laune heraus ein anderes Schiff an, das prompt zurückschießt und Icheb verwundet. Nun ist Q2 in wirklichen Schwierigkeiten, denn der Doktor kann die Wunde nicht heilen ...
Aufgrund Barclays Forschungen hat die Voyager endlich wieder eine transgalaktische Verbindung zur Erde. Der Doktor sieht darin die Chance, einen von ihm verfassten Holoroman über den Verleger Broth veröffentlichen zu lassen. Dies geschieht auch gleich - der Roman ist ein voller Erfolg. Allerdings sind die Crewmitglieder damit gar nicht einverstanden. Die Charaktere erinnern zu sehr an Captain Janeway & Co. und lassen ein völlig falsches Bild entstehen ...
Captain Janeway soll die Sonde "Friendship One" von einem strahlenverseuchten Planeten bergen. Während der Aktion nehmen Bewohner des Planeten die Crew gefangen. Ihr Anführer Verin erklärt die Menschen zu den Allein schuldigen an der Verseuchung - jetzt sollen sie dafür büßen! Er verlangt von Janeway, dass sie einen anderen Planeten für die verseuchten Bewohner auftreiben soll. Als Verin das "Voyager"-Mitglied Carey tötet, beschließt Janeway, ihre Leute gewaltsam zu befreien.
Auf dem Weg zu den Ledosianern stürzen Chakotay und "Seven of Nine" in einer Region ab, die durch eine magnetische Barriere abgeschirmt ist. Dort entdecken sie ein Eingeborenenvolk, das sich nur mit Handzeichen verständigt. Mit Hilfe des Deflektors stellt "Seven of Nine" Kontakt zur Voyager her. Die dadurch entstandenen Löcher in der Barriere nutzt eine ledosianische Expedition, um die Bewohner zu erforschen. "Seven of Nine" fürchtet, dass dies das Ende der Eingeborenen bedeutet.
Innerhalb eines Asteroidenfeldes entdeckt die Voyager eine Siedlung der Talaxianer. Deren Anführer Oxilon begegnet der Voyager mit Misstrauen. Fremde sind ihm nicht geheuer, seit auswärtige Minenarbeiter sich immer weiter in die Mineralvorkommen des Asteroidenfeldes hineinarbeiten. Bald werden die Talaxianer aus ihrer Heimat vertrieben sein. Mit Hilfe der Voyager errichtet Neelix einen Schutzschild, der die Minenarbeiter fern hält - die kleine Talaxianerkolonie ist gerettet.
Hinterhältige Fremde vom Volk der R'Kaal überfallen einen Delta-Flyer der Voyager, in dem sich Janeway und der Doktor befinden. Janeway wird gegen ihren Willen festgehalten, während der Doktor so manipuliert wird, dass er perfekt in die Rolle der Entführten schlüpfen kann. Auf diese Weise wollen die Fremden an den Warpkern der Voyager gelangen. Als der Doktor in Janeways Gestalt ziemlich merkwürdige Befehle gibt, werden Chakotay, Kim und Tuvok allerdings misstrauisch ...
Nach Jahren ist die Voyager zur Erde zurückgekehrt. Anlässlich des 10. Jahrestages ihrer Rückkehr denkt die immer noch rüstige Janeway an ihre Crew, die auf der lange Reise dezimiert wurde. Seven ist bei einer Mission ums Leben gekommen, Chakotay starb kurze Zeit später; Tuvok leidet an einer unheilbaren geistigen Verwirrung. Dies alles vor Augen, fasst Janeway einen Entschluss: Sie kehrt durch eine Art Wurmloch auf die Voyager von vor 26 Jahren zurück, um die Zukunft zu ändern.
Nach weiteren 16 Jahren kehrte die Voyager endlich wieder zur Erde zurück. Allerdings haben die Jahre ihre Opfer gefordert: Seven kam bei der Heimreise ums Leben, Chakotay starb aus Kummer darüber und Tuvok leidet an einer unheilbaren Krankheit, die nur geheilt hätte werden können, wenn die Voyager rechtzeitig zurückgekommen wäre. Am zehnten Jahrestag der Rückkehr fasst Janeway einen Entschluss: Sie reist durch ein Wurmloch in die Vergangenheit, um diese drei Leben zu retten.