Staffel 1

Die weiblichen Roboter in einem Geisha-Haus sind durchgedreht und haben Geiseln genommen. Unglücklicherweise war gerade der Außenminister samt Stab zugegen. Die Lage wird zudem durch das Kompetenzgerangel zwischen Polizei und Militär verstärkt. Sektion 9 Chef Aramaki schickt seine Einheit, um das Problem zu lösen.

Der Prototyp eines Multiped-Panzers scheint außer Kontrolle geraten zu sein. Nachdem er die anderen beiden Prototypen zerstört hat, bricht er eigenmächtig aus der Trainingsanlage aus und macht sich auf den Weg in die Stadt. Wenig Zeit für die Sektion 9 den außer Kontrolle geratenen Kollegen zu stoppen...

Eine bestimmter Androiden-Typ, von seinen Benutzern „Jeri“ getauft, wurde mit einem Virus infiziert. Aus diesem Grund begehen immer mehr „Jeris“ plötzlich Selbstmord. Die Sektion 9 wird gerufen, um herauszufinden, was mit den Androiden nicht stimmt und wer hinter dem Virus steckt.

Yamaguchi, ein ehemaliger Kollege von Togusa, bittet ihn, über sensible Daten bezüglich des „Laughing Man“-Falls zu schauen. Bevor Yamaguchi zum Treffen erscheinen kann, gerät sein Fahrzeug aber von der Straße ab und explodiert. Togusa beginnt daraufhin mit der Untersuchung des Unfalls und stellt schnell fest, dass sein Kollege an einer großen Sache dran war, die auch höchste Kreise im Hauptquartier der Polizei betrifft...

Durch einen Vermittler hat „The Laughing Man“ bekannt gegeben, dass er von Dido verlangt, öffentlich die Wahrheit zu sagen. Die seltsame Persönlichkeit scheint greifbar nah. Ein erster Hauptverdächtiger wird ermittelt. Dieser heißt Nanao und pflegt dubiose Kontakte. Im Untergrund setzt die Sektion 9 ihre Ermittlungen fort.

Der General macht sich während der Pressekonferenz zu einer leichten Zielscheibe für „The Laughing Man“. Die Sektion 9 hat genug Beweise gegen Nanao in der Hand um ihn aus dem Verkehr zu ziehen. Doch bevor dies gelingt, schafft er es, ein modulares Virus über einen Zeitzünder freizusetzen. Das Virus greift allerdings nur das Wachpersonal an. Die Sektion 9 kann erst dann erkennen, wer von dem Wachpersonal durch das Virus befallen ist, nachdem sich die Symptome zeigen. Und dann ist es bereits zu spät...

Marcello Jarti, Anführer einer revolutionären Armee namens Jenoma, wurde Opfer eines Anschlages. Es stellt sich jedoch heraus, dass das Opfer eines seiner zahlreichen Doubles war. Genau richtig für die Zwecke der Jenoma, denn so können sie ihren Anführer zum wahren Helden verklären. Das Außenministerium bittet die Sektion 9 um Hilfe bei den Untersuchungen.

Motoko wurde von ihrem Freund Kurutan gebeten, einen seltsamen Fall zu untersuchen. Durch eine Herztransplantation konnte das Leben eines sechsjährigen Mädchens gerettet werden. Es stellte sich aber heraus, dass die Eltern des Spenders nie ihre Zustimmung für die Transplantation gegeben hatten. Hinter diesem Fall verbirgt sich mehr, als man auf den ersten Blick erkennen kann. Motoko und ihre Kollegen müssen herausfinden, wer hinter diesem scheinbar illegalen Organ-Handel steckt.

Eine virtuelle Konferenz wird einberufen, bei der es um „The Laughing Man“ geht. Der Superhacker ist nach sechsjähriger Abwesenheit wieder aus den Tiefen des Internets aufgetaucht und hat öffentlich einen Anschlag auf Superintendent-General Daido angekündigt. Die Sektion 9 muss ermitteln!

Marco Amoretti, ein ehemaliger US-Marine-Offizier, ist nach Japan gekommen und begeht dort abscheuliche Gewalttaten an Frauen. In diesem Fall wird die Sektion 9 durch die CIA unterstützt, was dem öffentlichen Sicherheitsdienst gar nicht recht ist. Bei Batou wirkt sich dieser gesamte Fall stark auf die Psyche aus, da die Schatten seiner Vergangenheit ihr hässliches Gesicht offenbaren.

Das Ministerium für Gesundheit, Arbeit und Soziales wurde von einem schweren Hacker-Angriff heimgesucht. Die Sektion 9 hat den Ursprung der Attacke zurück verfolgt. Hinter der Aktion scheint ein sehr fähiger Hacker zu stecken. Seltsam dabei ist, dass die Attacke von einem Arbeitsamt aus verübt wurde. Und dies hat den Fall nicht gleich gemeldet... Togusa bekommt den Geheimauftrag, herauszufinden, was in dem Arbeitsamt vorgeht.

Batous von Hand gefütterter Tachikoma erwacht vor den anderen und verschwindet aus dem Hangar um ein Abenteuer zu erleben. In einem Dorf trifft es auf Miki, die ihren Hund sucht. Außerdem findet es ein Cyberbrain, dessen Inhalt sehr interessant ist...

Während die japanische Sicherheitsbehörde eine Gruppe von Cybertechnologie-Gegnern namens New World Brigade verfolgt, wurden zufällig Fotos von Eka Tokura, der entführten Tochter eines Vorstandsvorsitzenden eines Cybertechnologie-Konzerns gemacht. Das Mädchen wurde vor über 16 Jahren verschleppt - im Alter von zehn Jahren. Während dieser Zeit hat sie sich äußerlich überhaupt nicht verändert. Aus noch nicht bekannten Gründen ging der Kontakt mit dem Aufklärungs-Team der Marine-Sicherheitsbehörden verloren. Die Sektion 9 führt dies zu der Möglichkeit, die Gruppe ausfindig zu machen und den Fall zu klären.

Die Mitglieder der Sektion 9 verkleiden sich als Müllmänner, um voll undercover eine chinesische Mafia-Organisation zu beschatten. Diese plant einen Einbruch in ein Finanzinstitut. Zur selben Zeit erscheint eine Killerin der „South Seas Mafia“, die einen Auftrag ausführen will. Ihr Ziel ist ein ehemaliger Mathematiker und Finanz-Genie...

Eine neue Scharfschützeneinheit wird getestet, doch sie erweist sich als fehlerhaft. Während die Sektion eine Sitzung abhält und über das Schicksal der Scharfschützeneinheit berät, befallen die Tachikomas die Sorgen, dass sie die nächsten sein könnten. Die Tachikomas der Sektion 9 vereinigen sich und beratschlagen verschiedene Angelegenheiten, die sie während der vorangegangenen Folgen betrafen. Sie befürchten, dass der Großteil sie nicht anerkennt. Zur gleichen Zeit sucht der Major nach einer Möglichkeit, ohne die Tachikomas weiterzumachen.

Nach den Geschehnissen um die „Machines Désirantes“ wurden die Tachikomas zurück ins Labor geschickt, um weiter getestet zu werden. Batou hat wenig Zeit, um über den Verlust seines Lieblingstieres zu sinnieren. Ein Spion wird verdächtigt, in einem Trainings-Camp einer japanischen Selbstverteidigungs-Einheit in New Port City zu arbeiten. Batou ist beauftragt worden, dem nach zu gehen, während sich der Major und der Chief auf einer Sicherheits-Tagung in England aufhalten.

Aramaki und Kusanagi nehmen an einer internationalen Sicherheits-Konferenz in London teil. Dort besucht Aramaki auch eine alte Bekannte, die die Betreiberin eines Wein-Fonds ist. Ihr Treffen hat nicht nur freundschaftliche Gründe. Doch bevor sie beieinander sitzen und über alte Zeiten plaudern können, wird das Lager von zwei Mitgliedern der Mafia ausgeraubt.

Jin, der stellvertretende Ministerpräsident Chinas, ist in Japan angekommen, um das Kriegsdenkmal in Kagoshima zu besuchen. Dort wurden Hunderte von japanischen und chinesischen Soldaten und Zivilisten, die während des letzten Krieges gefallen waren, bestattet. Doch vor Ort finden sich viele Demonstranten, die gegen diesen Besuch protestieren. Die Sicherheitsbehörde ist deswegen in äußerster Alarmbereitschaft. Hier kommt nun auch die Sektion 9 ins Spiel...

Innerhalb kurzer Zeit ereigneten sich zahlreiche Kidnappings, die der typischen Vorgehensweise der Northern Territories Mafia ähneln. Aramaki und sein Team wurden bei diesem Fall hinzugezogen. Ironischerweise kam der Auftrag, in diesem Fall zu ermitteln, von dem ehemaligen Premierminister Japans, dessen Tochter ebenfalls von der Mafia entführt wurde. Pikant dabei: Während seiner Amtszeit hatte er stets dementiert, dass es diese mafiöse Gruppierung überhaupt gibt.

Im Fall des Laughing Man versucht Sektion 9 aufzudecken, dass er das Nano manipuliert. Dieser Fall steht mit dem Hack auf das Ministerium für Gesundheit, Arbeit und Sozialwesen in Verbindung. Togusa findet heraus, dass in dem Ministerium etwas fehlt: Ein Kontenbuch, das eine Liste von Impfstoff-Empfängern enthält.

Als Togusa verletzungsbedingt aus seinen aktuellen Ermittlungen ausscheidet, übernehmen seine Kollegen von Sektion 9 den Fall. Sie kommen dem Mann auf die Spur, der eventuell das Wissen besitzt um den gesamten Fall des "Laughing Man" aufzudecken...aber nur wenn Sektion 9 ihn finden kann bevor der Feind es schafft.

Auf Motoko erwarten einige Überraschungen, als sie ins Krankenhaus geht um sich einen neuen prothetischen Körper anpassen zu lassen. Zur gleichen Zeit erhält Aramaki die erschütternde Mittteilung, das sein Bruder entführt worden ist.

Der "Laughing Man" ist zurück und kidnappt erneut, wie vor sechs Jahren, den Präsidenten von Serano Genomics. Sektion 9 kommt zu spät und kann die Entführung nicht mehr stoppen und muss nun alle Informationsquellen aktivieren, um den vermissten Geschäftsmann aufzufinden.

Togusa nimmt auf Bitten von Chief Aramaki wieder seine Arbeit auf. Beide machen sich auf den Weg zu der Residenz des Premierministers. Sie erfahren, dass die Öffentliche Sicherheit beschuldigt wird, mit dem Laughing Man zusammen zu arbeiten. Die Sektion 9 muss alle Register ziehen, um sich von der Schuld freizusprechen.

Batou und Motoko sind die einzig noch aktiven Mitglieder der Sektion 9. Batou unternimmt einen riskanten Einsatz um an die versteckten Waffen, die sich in Motokos Wohnung befinden, ranzukommen.

Nachdem Togusa aus dem Gefängnis entlassen wird, versucht er Informationen über seine Kameraden zu finden. Doch als er sich bereit macht, um den jenigen zur Rechenschaft zu ziehen, der für die Auflösung von Sektion 9 verantwortlich ist, wird er von Batou gestoppt.